주문
피고의 항소를 기각한다.
항소비용은 피고가 부담한다.
이유
제1심판결의 인용
이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같은 판단을 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.
추가하는 부분
신의성실의 원칙 위반 주장에 관한 판단
피고의 주장 요지
피고는 2013. 2. 1.경 원고 등과 연장·야간근로수당에 관하여 정부 실제 지원기준 등에 따라 교대근무자는 월 40시간, 일근자는 월 20시간까지 지급할 것을 합의하였다. 위 합의 내용을 초과하는 연장·야간근로수당을 인정할 경우 원고 등은 예상외의 이익을 얻는 반면, 국가보조금으로 운영되는 비영리법인인 피고는 예산 범위를 초과하는 인건비를 추가로 부담하게 되어 중대한 경영상의 어려움을 겪게 될 것이다. 따라서 원고 등의 청구는 신의성실의 원칙에 위배된다.
관련법리
단체협약 등 노사합의의 내용이 근로기준법의 강행규정을 위반하여 무효인 경우에, 무효를 주장하는 것이 신의칙에 위배되는 권리의 행사라는 이유로 이를 배척한다면 강행규정으로 정한 입법 취지를 몰각시키는 결과가 될 것이므로, 그러한 주장이신의칙에 위배된다고 볼 수 없음이 원칙이다. 그러나 노사합의의 내용이 근로기준법의 강행규정을 위반한다고 하여 노사합의의 무효 주장에 대하여 예외 없이 신의칙의 적용이 배제되는 것은 아니다. 신의칙을 적용하기 위한 일반적인 요건을 갖춤은 물론 근로기준법의 강행규정성에도 불구하고 신의칙을 우선하여 적용하는 것을 수긍할 만한 특별한 사정이 있는 예외적인 경우에 한하여 노사합의의 무효를 주장하는 것은 신의칙에 위배되어 허용될 수 없다. 임금협상 과정을 거쳐 이루어진 노사합의에서 정기상여금은 그 자체로 통상임금에 해당하지 아니한다고 오인한 나머지 정기상여금을 통상임금 산정 기준에서 제외하기로 합의하고 이를 전제로 임금수준을 정한 경우, 근로자 측이 앞서 본 임금협상의 방법과 경위, 실질적인 목표와 결과 등은 도외시한 채 임금협상 당시 전혀 생각하지 못한 사유를 들어 정기상여금을 통상임금에 가산하고 이를 토대로 추가적인 법정수당의 지급을 구함으로써, 노사가 합의한 임금수준을 훨씬 초과하는 예상외의 이익을 추구하고 그로 말미암아 사용자에게 예측하지 못한 새로운 재정적 부담을 지워 중대한 경영상의 어려움을 초래하거나 기업의 존립을 위태롭게 한다면, 이는 종국적으로 근로자 측에까지 피해가 미치게 되어 노사 어느 쪽에도 도움이 되지 않는 결과를 가져오므로 정의와 형평 관념에 비추어 신의에 현저히 반하고 도저히 용인될 수 없음이 분명하다. 그러므로 이와 같은 경우 근로자 측의 추가 법정수당 청구는 신의칙에 위배되어 받아들일 수 없다(대법원 2013. 12. 18. 선고 2012다89399 전원합의체 판결 참조).
판단
가)피고가2013.2.1.경'시간외근무는사전신청제로교대근무자월40시간,일근자월20시간정부실제지원기준에의거시행한다'는취지의합의서를작성한사실,F,H을제외한나머지원고등이위합의서에서명날인한사실은당사자사이에다툼이없다.그러나위합의서의내용은근로기준법제50조,제56조,제15조에반하여효력이없다.
나)을제1,23내지25호증의각기재에변론전체의취지를더하여인정되는아래의각사실과사정을종합하여보면,원고등에게미지급연장·야간근로수당을인정한다고하여도,원고등이노사가합의한임금수준을훨씬초과하는예상외의이익을추구하고그로말미암아피고에게예측하지못한새로운재정적부담을지워중대한경영상의어려움을초래하거나기업의존립을위태롭게한다고볼수없다.따라서이사건이근로기준법의강행규정성에도불구하고신의칙을우선하여적용하는것을수긍할만한특별한사정이있는예외적인경우에해당한다고할수없다.피고의위주장은이유없다.
(1)원고등(F,H제외)이2013.2.1경을제22호증의1,2의근무시간및시간외수당지급기준합의서에연명형식으로서명날인을한사실은앞서인정한바와같다.그러나위합의서의내용은사용자인피고와근로자들이임금협상과정을거치면서이루어진것이아니라,피고가아무런실질적인협의없이시간외근무는교대근무자월40시간,일근자는월20시간만인정하여지급하겠다는내용의합의서를만들어직원들에게회람하는방식으로서명을받은것이다.이를노사가정상적인임금협상과정을통하여관련된제반사정을고려하여합의를이룬경우와동일하게볼수없다.
(2)피고는전대표이사Q에대한검사의불기소처분을들어원고등의청구는위합의당시전혀예상할수없었던것이라고주장한다.그러나검사의불기소처분이유는Q이무보수명예직대표이사이고직원의임면,인사관리등에관한권한은모두C원장에게있었으므로Q에게근로기준법위반의고의를인정할수없다는것에불과하다.또한연장근로수당등의지급의무여부는관련법령과증거들을종합하여판단하여야할것이지검사가한불기소처분의이유에기속된다고보기도어렵다.
(3)C의2017년예산은3,206,231,000원이고그중보조금수입은2,631,395,000원으로전체예산의약82%를차지한다.나머지예산574,836,000원은입소자부담금수입69,000,000원,후원금수입20,000,000원,이월금451,900,000원,법인전입금33,835,000원,잡수입(예금이자)101,000원으로구성된다.피고가주장하는바와같이보조금의예산전용이허용되지않는다고하더라도,피고는위나머지예산으로원고등이청구한금액204,408,324원을모두충당할수있는것으로보인다.
이에대하여피고는위나머지예산역시각각의용도가정해져있기때문에이를원고등에대한추가인건비로지급할수없다고주장한다.살피건대,을제28,29호증의각기재에의하면,법인전입금은미지급퇴직금정산을위하여적립한예산으로모두미지급퇴직금지급을위하여사용된사실이인정된다.그러나을제26,27호증의각기재에의하면,입소자부담금수입을인건비로사용하고자하는경우에는운영위원회의심의·의결을거쳐관할시군구관리감독부서에보고하여야할뿐이고,후원금수입역시인건비로사용가능하되근로기준법에서정하고있는시간외근무수당등에한하여편성·지급하도록규정되어있는사실을인정할수있다.한편을제30호증의기재만으로는이월금이오폐수처리시설설치용도로만사용이제한되어인건비로사용할수없다고보이지않는다.
(4)2016정신건강사업안내에따르면시간외근무수당은보조금의예산·규모에따라지원기준이변경될수있고,각지방자치단체는재정여건에따라'국비,지방비매칭예산'외별도예산을확보하여시간외수당을추가지급하는것이가능하다.설령피고의주장대로위나머지예산역시인건비로사용하는것이어렵다고하더라도,피고는원고등에게지급하여야할미지급연장·야간근로수당이반영된차기년도보조금을새로신청함으로써예산을확보하는방안도검토할수있을것이다.
(5)더욱이정부의지침이근로기준법상강행규정을위반하는내용을포함하고있다면,법률을지키고수호해야하는정부로서는해당지침을적법하게개정해서법률에따른행정을하는것이법치국가원리에부합한다.피고는보건복지부지침에따라원고등에게시간외근무수당을지급한것이라고주장하나,강행법규를위반한정부의지침을근거로,강행법규를위반하였다는주장이신의칙에반한다고판단할수는없다.
미지급 임금액 재산정 주장에 관한 판단
피고의 주장 요지
피고는 논산시로부터 보조금을 받아 원고 등에게 시간외수당을 지급하는데, 논산시에서는 지문인식기 기록에 기재된 시간만을 그 기초자료로 인정하고 있다. 또한 피고는 직원들의 시간외수당 부정수급을 막기 위하여 지문인식기를 설치하였다. 따라서 원고 등에게 지급되어야 하는 미지급 연장·야간근로수당은 지문인식기 기록에 기재된 시간에 따라 재산정되어야 한다.
판단
갑 제10, 15호증의 각 기재와 이 법원의 대전지방고용노동청장에 대한 사실조회 결과, 제1심법원의 논산시장에 대한 사실조회 결과에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래의 각 사실과 사정을 종합하여 보면, 원고 등이 실제로 연장·야간근로를 한 내역은 담당 근로감독관이 작성한 갑 제4호증(체불임금 계산내역서)의 기재와 같은 사실이 인정된다. 따라서 실제로 연장·야간근로를 한 내역과 다르게 지문인식기 기록에 따라 산정해야 한다는 피고의 위 주장은 받아들이지 않는다.
대전지방고용고동청의 담당 근로감독관은 피고로부터 시간외근무확인대장을 제출받아 이를 근거로 원고 측 노무사와 함께 갑 제4호증을 작성하였다. 담당 근로감독관은 피고에게 수시로 자료를 보내주었으나 피고는 별도로 이의를 제기한 적이 없다. 갑 제4호증의 최종본에 대하여는 피고의 사무국장 R과 전 대표이사 Q이 그 내용을 확인하였다. 이러한 과정을 거쳐 작성된 갑 제4호증의 기재는 신빙성이 인정된다.
피고는 지문인식기 옆에 시간외근무확인대장을 함께 비치하여 원고 등으로 하여금 출퇴근 시간을 수기로 기록하게 하였는데, 이는 지문인식기가 제대로 작동되지 않을 경우를 대비한 것이다. 따라서 지문인식기가 제대로 작동되지 않는 경우 수기로 기록한 시간외근무확인대장의 내용이 실제 시간외근무 현황과 일치한다고 할 것이다. ③ 논산시는 보조금 예산의 범위 내에서 피고에게 시간외근로수당을 지급해왔는데, 지문인식기 기록만을 시간외근로수당 산정의 기초자료로 인정하고 있다. 그러나 보조금 지원기준 외에 발생되는 시간외근로수당에 관하여는 원칙적으로 시설 설치운영자가 지급하여야 하므로 피고로서는 위 보조금 지원기준과 관계없이 원고 등의 실제 총 연장·야간근로시간을 집계·관리하여 지급해야 한다. 논산시가 피고에 대한 보조금 지급의 기초자료로 지문인식기 기록만을 인정한다고 하여, 피고가 원고 등에게 지급하여야 할 미지급 연장·야간근로수당 산정의 기초자료 역시 지문인식기 기록만이라고 할 수는 없다. 피고는 원고 등이 실제로 근무한 연장·야간근로시간을 기준으로 수당을 지급하여야 한다.
결론
그렇다면 제1심판결은 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
판사 문광섭(재판장) 정승규 이인석
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.25.