주문
피고가 2024. 9. 3. 원고들에 대하여 한 재정지원금지원불허가처분을 취소한다.
소송비용은 피고가 부담한다.
이유
처분의 경위
시내버스 준공영제 이행협약의 체결 등
원고들은 버스운송업을 영위하는 회사들이고, O조합(이하 '이 사건 조합'이라 한다)은 원고들로 구성된 단체이다.
이 사건 조합과 대전광역시, P단체 Q노동조합, R노동조합 대전충정지역본부는 2005. 6. 28. 대전광역시 시내버스 준공영제 이행협약(이하 '이 사건 협약'이라 한다)을 체결하고, 원고 회사들의 각 대표자가 서명한 협약동의서를 첨부하였다. 이 사건 협약의 요지는 시내버스 운영으로 발생한 원고 회사들의 운송수입금을 공동으로 모아 관리·배분하고, 운송수입금이 운송원가에 미치지 못할 경우 피고가 그 차액을 지원하기로 하는 것으로서, 이 사건과 관련된 주요 내용은 아래와 같다. <생략> 3) 피고는 2005. 7. 4. 이 사건 협약 제11조가 정한 바에 따라 '대전광역시 시내버스 준공영제 운영지침'(이하 '운영지침'이라고만 한다) 및 그 세부지침(이하 '세부지침'이라고만 한다)을 각 제정하여 시행하였다.
2008년부터 2011년까지의 재정지원금 교부 피고는 이 사건 협약과 운영지침 및 세부지침에 따라 2008년 내지 2011년 각 사업연도(이하 '이 사건 각 사업연도'라 한다)에 매년 전문회계기관의 용역 및 시내버스 발전위원회의 조정 등의 절차를 거쳐 표준운송원가를 확정하고, 이를 바탕으로 운송원가와 운송수입금을 정산하여, 원고들에게 운송원가가 운송수입금을 초과하는 금액만큼 재정지원금을 교부하여 왔다.
관련 민사소송의 진행 경과 등
원고들 소속 정규직 버스운전기사 1,300여 명은 원고들을 상대로 대전지방법원 2011가합12945호로 승무수당, 교통비, 식대, 운전자보험금, 하계휴가비, 상여금, 무사고 개근포상 등이 통상임금에 해당한다고 주장하면서, 이를 통상임금에 반영하여 새로 계산한 각종 수당 중 2008년부터 2011년까지의 미지급분에 대한 지급을 구하는 소를 제기하였다. 이에 대하여 위 법원은 2015. 11. 11. 버스운전기사들이 통상임금이라고 주장한 항목 중 교통비 및 운전자보험금 등 일부 항목이 통상임금에 포함된다고 판단하여 이를 바탕으로 미지급 연장근로수당, 야간근로수당, 휴일근로수당, 주휴수당, 유급휴일수당, 연차수당을 계산한 후 그 지급을 명하고, 소송비용 중 90%는 버스운전기사들이, 나머지는 원고들이 각 부담하도록 하는 내용의 판결을 선고하였다.
원고들은 위 1심 판결을 바탕으로 대부분의 버스운전기사들과 합의를 하여 증가 된 수당을 지급하였고, 이에 불복하여 항소한 버스운전기사들과는 항소심에서의 조정 내지 판결 결과를 바탕으로 증가된 수당을 지급하였다. 원고들은 그 밖에 위 대전지방법원 2011가합12945호 소송에 참여하지 않고 별도로 소를 제기한 버스운전기사들과도각 판결 내지 화해권고결정<1> 결과에 따라 증가된 수당을 지급하였다(이하 원고들이 지급한 증가된 수당 원금을 '쟁점 인건비'라고 하고, 위 민사사건을 통틀어 '관련 민사사건'이라 한다).
원고들의 선행 당사자소송
원고들은 2019. 11. 6. 대전광역시를 상대로 대전지방법원 2019가합109210호로 '대전광역시는 이 사건 협약과 운영지침에 따라, 원고들이 지출한 쟁점 인건비 및 이에 대한 지연손해금과 원고들이 관련민사사건에서 지출한 소송비용을 재정지원금으로 보전해줄 의무가 있다.'고 주장하면서 그 지급을 구하는 소를 제기하였다.
위 사건은 대전지방법원 2021구합101177호로 행정부에 재배당되었고, 위 법원은 2021. 6. 9. '원고들의 소는 구체적인 권리가 발생하지 아니한 당사자가 제기한 당사자소송으로서 부적법하다.'는 이유로 각하 판결을 선고하였다. 이에 대하여 원고들이 대전고등법원 2021누11676호로 항소하였으나 항소심 법원은 2022. 1. 28. 항소기각 판결을 선고하였다. 이에 대하여 원고들이 상고하지 않아 2022. 2. 18. 위 각 판결이 그대로 확정되었다.
이 사건 신청 및 종전 처분에 대한 선행 항고소송
원고들은 2021. 6. 23. 피고에게 '운수종사자 통상임금 수당 추가지급에 따른 운송원가 인건비 보전'을 위하여 '대전광역시 여객자동차 운수사업자 재정보조 등 조례'(이하 '재정보조 조례'라 한다) 제4조에 따라 재정보조금 지급 신청을 하였다(갑 제2호증의 1 내지 13, 이하 '이 사건 신청'이라 한다). 이에 대하여 피고는 2021. 7. 8. 원고들에게 '재정지원금은 매 다음연도 1월 8일 이전에 정산 후 차액에 대해서 각 사의 재정지원금 교부 요청에 의해 지원한 것으로, 이 사건 신청액은 이미 해당년도 표준운송원가에 반영되어 정산이 완료되었다'는 이유로 이를 거부하였다(갑 제3호증의 1, 이하 '종전 처분'이라 한다).
원고들은 2021. 9. 24. 대전지방법원 2021구합105506호로 피고를 상대로 종전 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였는데, 위 법원은 2022. 12. 15. 원고들의 청구를 모두 기각하는 판결을 선고하였다. 이에 대하여 원고들이 대전고등법원 2023누10110호로 항소하였는데, 항소심 법원은 2023. 10. 10. 위 제1심 판결과 종전 처분을 모두 취소하는 판결을 선고하였고, 이에 대하여 피고가 대법원 2023두57630호로 상고하였으나 대법원이 2024. 2. 8. 심리불속행기각 판결을 함으로써 위 항소심 판결이 그대로 확정되었다(이하 확정된 위 항소심 판결을 '선행 취소판결'이라 한다).
선행 취소판결의 주요 내용은 다음과 같다. 피고는 종전 처분 당시 시행되던 구구 지방재정법과 그 위임에 따른 구 '대전광역시 지방보조금 관리조례'의 특별규정인 여객자동차운수사업법과 그 위임에 따른 구 '재정보조 조례'가 정한 바에 따라 원고들이 제출한 사업계획의 타당성, 신청자금 규모의 적정성, 보조 가능한 자금의 규모가 어떠한지 등을 검토하였어야 한다. 나아가 피고는 이 사건 신청 당시 시행되고 있던 구 '대전광역시 시내버스 준공영제 운영 조례'(이하 이 조례의 제목을 '준공영제 조례'라고 한다)와 이 사건 협약이 정한 시내버스 준공영제의 취지를 고려할 때, 피고가 이 사건 신청을 거부함으로써 준공영제의 정상적인 운영이 저해되거나 그 취지가 훼손될 우려는 없는지, 이 사건 신청금액을 2021년 시내버스 준공영제 예산에 반영할 필요가 있는지, 그 가능성은 어느 정도인지, 이를 위하여 2021년도 표준운송원가를 변경할 여지가 있는지 등도 신중히 검토했어야 한다. 그런데도 피고는 이러한 내용을 고려하지 않은 채, 이와 전혀 다른 사유인 이 사건 각 사업연도의 재정지원금 정산이 완료되었다는 사유만 들어 종전 처분을 하였는바, 이는 피고가 재량권을 전혀 행사하지 아니한 채 종전 처분을 한 것이어서 위법하다.
피고의 이 사건 처분 피고는 2024. 9. 3. 이 사건 신청에 대해 준공영제운영위원회의 심의를 거친 다음, 재정보조 조례 제5조에 따라 사업의 타당성, 자금의 적정성, 보조가능한 자금의 규모 항목을 검토한 결과 이 사건 신청에 따른 재정지원이 불가하다는 이유로 재차 거부처분을 하였다(갑 제4호증, 이하 '이 사건 처분'이라 한다). 그 구체적인 처분사유는 아래와 같다. <생략> [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 15 내지 26, 30호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 3 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 원고들 주장의 요지 피고는 아래에서 보는 바와 같이 1 재정보조 조례 제5조에서 열거하고 있는 '사업계획의 타당성, 적정한 자금 규모, 보조가능한 자금의 규모'를 제대로 고려하지 아니하고, 2 준공영제 예산 반영 등과 준공영제의 정상적인 운영을 고려하지 않고, 이 사건 처분을 하였으므로 이는 재량권을 일탈 · 남용한 것이다.
시내버스 준공영제에 따라 피고는 원고들에게 '운송수입금이 운송원가보다 적을 경우' 재정지원금으로 보전해 주도록 되어 있다. 이전 정산 당시 이 사건 각 사업연도에 원고들의 각 운송수입금이 운송원가에 미치지 못하여 피고가 원고들에게 그 차액만큼 재정지원금으로 보전을 해 주었고, 운전기사들 인건비는 실제 지출한 인건비(이하 '실인건비'라 한다)로 정산을 했었다. 그런데 관련 민사사건 결과에 따라 원고들이 추가로 쟁점 인건비와 이에 대한 지연손해금(이하 '쟁점 지연손해금'이라 한다), 관련 민사 사건에서 원고들이 지출한 변호사비용 등 소송비용(이하 '쟁점 소송비용'이라 한다)을 지출하였는데(이하 이를 합하여 '재정지원금 신청액'이라 한다), 이를 각 사업연도별로 이미 정산한 실인건비에 더해도 표준인건비를 초과하지 않는다. 따라서 이 사건 각 사업연도별로 재정지원금 신청액만큼 운송원가가 증가되었으므로, 피고는 원고들에게 추가로 재정지원금 신청액을 보전해 주는 것이 타당하다.
그런데 피고의 이 사건 처분사유는 모두 부당하다. 즉, 재정지원금 신청액 상당액은 전에 정산된 적이 없고, 이미 정산된 금액에 적정이윤이 포함되어 있었다고 하여 피고가 추가된 운송원가 상당액의 재정지원금 지급을 거절할 수 없다. 그리고 원고들의 재정지원금 신청액은 적정한 금액이다. 또 재정지원금 신청액은 피고의 2021년도 준공영제 예산을 변경할 필요도 없이 피고가 충분히 지급할 수 있었다. 거기다가 피고가 이 사건 신청을 거부함으로써 시내버스 준공영제 시행을 위한 이 사건 협약의 취지가 훼손되고 준공영제의 정상적인 운영이 저해될 우려가 충분히 있다.
또 피고가 이 사건 처분을 함에 있어서는 이 사건 협약과 운영지침 및 세부지침등을 준수하여야 하는데, 거기에는 재정지원금의 대상 및 산정방식(교부 기준과 범위)이 구체적으로 규정되어 있으므로, 이에 따라 산정된 재정지원금의 지급 여부 및 액수에 관해서는 피고의 재량권을 인정할 여지가 없거나 그렇지 않다고 하더라도 이를 위반한 것은 재량권의 범위를 벗어난 것이 된다.
이 사건 처분의 적법 여부
관련 법리
행정소송법 제30조 제2항의 규정에 따르면, 행정청의 거부처분을 취소하는 판결 이 확정된 때에는 그 처분을 행한 행정청이 판결의 취지에 따라 이전의 신청에 대하여 재처분할 의무가 있으나, 이 때 확정판결의 당사자인 처분 행정청은 그 확정판결에서 적시된 위법사유를 보완하여 새로운 처분을 할 수 있는 것이고, 행정처분의 적법 여부는 그 행정처분이 행하여 진 때의 법령과 사실을 기준으로 하여 판단하는 것이므로 거부처분 후에 법령이 개정·시행된 경우에는 개정된 법령 및 허가기준을 새로운 사유로 들어 다시 이전의 신청에 대한 거부처분을 할 수 있으며 그러한 처분도 위 조항에 규정된 재처분에 해당된다(대법원 1998. 1. 7.자 97두22 결정 등 참조). 또 행정행위는 처분 당시에 시행중인 법령과 허가기준에 의하여 하는 것이 원칙이고, 인·허가신청 후 처분 전에 관계 법령이 개정 시행된 경우 신법령 부칙에 그 시행전에 이미 허가신청이 있는 때에는 종전의 규정에 의한다는 취지의 경과규정을 두지 아니한 이상 당연히 허가신청 당시의 법령에 의하여 허가 여부를 판단하여야 하는 것은 아니며, 소관 행정청이 허가신청을 수리하고도 정당한 이유 없이 처리를 늦추어 그 사이에 법령 및 허가기준이 변경된 것이 아닌 한 변경된 법령 및 허가기준에 따라서 한 불허가처분은 위법하다고 할 수 없다(대법원 2005. 7. 29. 선고 2003두3550 판결 참조).
보조금 교부는 수익적 행정행위로서 교부대상의 선정과 취소, 그 기준과 범위 등에 관하여 행정청에 상당히 폭넓은 재량이 부여되어 있으므로, 행정청이 상위법령의 위임 범위 내에서 보조금 교부에 관한 기준을 설정한 경우 그 기준이 객관적으로 합리적이지 않다거나 타당하지 않다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 행정청의 의사는 가능한 한 존중되어야 하고, 그 기준의 해석·적용에 관해서도 문언의 한계를 벗어나거나, 객관적 합리성을 결여하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 기준을 마련한 행정청의 해석이 존중되어야 한다(대법원 2019. 10. 31. 선고 2017두62600 판결 등 참조).
한편, 재량준칙은 일반적으로 행정조직 내부에서만 효력을 가질 뿐 대외적인 구속력을 갖는 것은 아니므로 행정처분이 이를 위반하였다고 하여 그러한 사정만으로 곧바로 위법하게 되는 것은 아니다. 다만 그 재량준칙이 정한 바에 따라 되풀이 시행되어 행정 관행이 이루어지게 되면 평등원칙이나 신뢰보호의 원칙에 따라 행정기관은 상대방에 대한 관계에서 그 규칙에 따라야 할 자기구속을 받게 되므로, 이러한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 그에 반하는 처분은 평등원칙이나 신뢰보호의 원칙에 어긋나 재량권을 일탈·남용한 위법한 처분이 된다.(대법원 2019. 8. 14. 선고 2017두71093 판결 등 참조) 4) 행정청이 확약을 한 경우, 그 상대방은 약속이 이행될 것에 대한 강한 신뢰를 가지게 되고, 이러한 신뢰는 단순한 사실상의 기대를 넘어 법적으로 보호받아야 할 이익이라고 보아야 하므로 행정청으로서는 정당한 이유 없이 이 신뢰를 깨뜨려서는 아니 되고 이를 어긴 경우에는 그 신뢰의 상실에 따르는 손해를 배상할 의무가 있다(대법원 2004. 2. 27. 선고 2003다44912 판결 참조).
관련 규정
앞서 인정한 사실에 따르면, 이 사건 신청은 재정보조 조례 제4조에 따른 것이고, 피고의 이 사건 처분은 위 조례 제5조 제1항에 근거한 것이다. 이를 바탕으로 앞서 본 법리에 따라 이 사건 처분일인 2024. 9. 3. 당시 이 사건 처분에 적용되던 법령을 살펴보면, 다음과 같다.
구 여객자동차 운수사업법(2025. 12. 2. 법률 제21180호로 개정되기 전의 것. 이하 '구 여객자동차법'이라 한다) 제50조 제2항은 '시 · 도는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있으면 여객자동차 운수사업자(이하 '운수사업자'라고만 한다)에게 필요한 자금의 일부를 보조하거나 융자할 수 있다. 이 경우 보조 또는 융자의 대상 및 방법과 보조금 또는 융자금의 상환 등에 관하여 필요한 사항은 해당 시 · 도의 조례로 정한다.'고 규정하면서, 1 같은 항 제1호 및 제1항 제2호는 '운수사업자가 수익성이 없는 노선을 운행하는 경우'를 들고 있고, 2 제2항 제3호는 '대중교통을 활성화하기 위하여 버스교통체계를 개선하는 경우'를 들고 있다.
위 위임에 따른 재정보조 조례 제3조 제1호는 '대전광역시장(이하 '시장'이라고만 한다)은, 여객자동차법 제50조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업 및 버스교통체계의 개선에 따른 표준운송원가와 운송수입금의 차액보조사업에 대하여 여객자동차운수사업자 및 간선급행버스체계 운수사업자에게 사업비의 일부를 재정보조 할 수 있다'고 규정하고 있다. 그리고 제4조는 '제3조에 따라 재정보조를 받고자 하는 자는 별지 서식의 재정보조신청서를 시장에게 제출하여야 한다'고 규정하고 있고, 제5조 제1항은 '운수사업자로부터 재정보조 신청서를 접수한 경우에는, 사업의 타당성(1호), 신청자금의 적정성(2호), 보조 가능한 자금의 규모 등(3호)을 종합적으로 검토하여 그 보조 여부를 결정하여야 한다'고 규정하고 있다.
한편, 2021. 1. 12. 법률 제17892호로 '지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률'(이하 '지방보조금법'이라 한다)이 제정되어 2021. 6. 13.부터 시행되었는데, 제3조 제1항이 '지방보조금 예산의 편성 · 집행 등 그 관리에 관하여는 다른 법률에 규정이 있는 것을 제외하고는 이 법에서 정한 바에 따른다'고 규정하고 있으므로, 이 법이 이 사건에 보충적으로 적용된다. 위 법 제11조 제1항은 '지방자치단체의 장은 지방보조금의 교부를 결정한 경우 그 후에 발생한 사정의 변경으로 특히 필요하다고 인정할 때에는 지방보조금의 교부 결정 내용을 변경하거나 그 교부 결정의 전부 또는 일부를 취소할 수 있다. 다만, 이미 수행된 부분의 지방보조사업에 대해서는 그러하지 아니하다.'고 규정하고, 제2항은 '제1항에 따른 지방보조금의 교부 결정 취소 사유는 지방보조금의 교부 결정을 한 후에 발생한 천재지변이나 그 밖의 사정 변경으로 인하여 지방보조사업의 전부 또는 일부를 계속할 필요가 없어진 경우와 대통령령으로 정하는 경우로 한정한다.'고 규정하고 있다.
또 대전광역시는 2019. 12. 27. 조례 제5401호로 시내버스 준공영제의 운영에 필요한 사항을 규정하기 위하여 준공영제 조례를 제정하여 그 후 몇 차례 개정을 하였다. 이 사건 처분 당시 시행되던 위 조례의 내용 중 이 사건 처분과 관련된 규정은 다음과 같다. 1 시내버스 준공영제란 대전광역시가 시내버스 노선 및 운행계통의 조정 권한을 가지면서 운송사업자의 운송적자에 대하여 재정을 지원하고, 운송사업자는 시내버스 운행과 노무·차량관리 등을 담당하는 제도를 말한다(제2조 제1호). 수입금 공동관리란 수입금공동관리협의회가 시내버스 운송수입·이자수입·광고수입 및 부대사업수입 등의 모든 수입금을 공동으로 관리하고 배분하는 것을 말한다(제2조 제2호). 표준운송원가란시내버스 운송사업에 드는 비용을 표준화된 기준으로 산정한 원가를 말한다(제2조 제3호). 2 대전광역시와 운송사업자는 원활하고 안정적인 대중교통운영체계를 확립하고 대전광역시민(이하 '시민'이라 한다)들의 대중교통 편의증진과 시내버스 이용을 활성화하기 위하여 시내버스 준공영제를 운영한다(제3조 제1항). 대전광역시와 운송사업자는 준공영제를 투명하고 효율적으로 운영하여 상호 신뢰와 협력관계가 유지되도록 노력하여야 한다(제3조 제2항). 대전광역시와 운송사업자는 경영환경 및 근로조건 개선을 위하여 노력하여야 한다(제3조 제3항). 대전광역시와 운송사업자는 시민들에게 안전하고 편리한 시내버스 서비스를 제공하는데 노력하여야 한다(제3조 제4항). 시장은 준공영제활성화를 위한 시책 개발을 하여야 한다(제4조). 3 시장은 표준운송원가의 결정·변경 및 정산기준에 관한 사항(제6조 제1항 제2호), 수입금 관리 및 배분에 관한 사항(같은 항 제3호), 수입금 부족분의 확보에 관한 사항(같은 항 제4호) 등에 대하여는 준공영제운영위원회가 심의 · 의결하기 전에 운송사업자와 협의절차를 거쳐야 한다(제6조 제3항). 시장은 매년 전문 회계기관에 용역을 발주하고 운송사업자의 재무·회계자료 조사 및 현지실사 등을 통하여 표준운송원가를 산정한다(제8조 제1항). 시장은 제1항에 따라 산정된 표준운송원가를 위원회 심의·의결을 거쳐 결정한다(제8조 제2항). 제2항에 따라 확정된 표준운송원가는 해당연도 1월부터 소급하여 적용한다. 다만, 운수종사자 인건비 항목은 임금협상 결과를 반영하여 2월부터 소급하여 적용한다.(제8조 제3항) 수입금공동관리협의회는 수입금이 제8조에 따른 표준운송원가에 미치지 못한 경우 수입금 현황 등 관련 자료를 붙여 시장에게 재정지원을 신청할 수 있다(제8조의2 제1항). 시장은 제1항에 따른 재정지원 신청이 타당하다고 인정하는 경우에는 예산의 범위에서 재정지원금을 지원할 수 있다(제8조의2 제2항).4 준공영제 운영에 대하여 이 조례에서 규정되지 아니한 사항은 「대전광역시 여객자동차 운수사업자 재정보조 등 조례」, 「대전광역시 지방보조금 관리 조례」에 따르고, 협의회 구성 등 준공영제 운영에 관한 그 밖의 세부적인 사항은 운송사업자와 협의하여 시장이 따로 정한다(제17조).
한편, 위 각 조례가 제정되기 전인 2005. 6. 28. 피고는 이 사건 조합과 사이에 이 사건 협약을 체결하고, 이 사건 협약 제11조에 따라 2005. 7. 4. 운영지침과 세부지침을 각 제정하여 시행하였다. 그런데 이 사건 처분 당시인 2024. 9. 3.에는 운영지침과 세부지침이 준공영제 조례 제17조에 따른 하위 규범이 되었다. 이 사건 처분 당시의 운영지침과 세부지침의 각 규정 중 이 사건과 관련된 규정은 다음과 같다.
운영지침의 규정은 다음과 같다. 1 이 지침은 「시내버스 준공영제 이행 협약서」 및 「대전광역시 시내버스 준공 영제 운영 조례」 에 따라 시내버스 준공영제 시행과 그 운영에 필요한 사항을 규정함으로써 시민에게 편리하고 안정적인 대중교통 서비스를 제공하는 것을 그 목적으로 한다(제1조). 2 표준운송원가란 시내버스 운송사업에 소요되는 비용을 표준화된 기준으로 산정한 원가를 말하며 운수종사자 인건비, 연료비, 고정비로 구분한다(제2조 제3호). 고정비란 시내버스 운행대수에 따라 변동되지 않는 원가를 말하며, 임원인건비, 관리직인건비, 정비직인건비, 정비비, 감가상각비, 차고지비, 보험료, 공동관리비, 기타원가, 이윤, 성과금 등으로 구성된다(제2조 제4호). 이윤이란 운송사업자의 경영수익을 담보하기 위한 원가로서「공공요금 산정기준」(기획재정부 훈령)에 따른 적정투자보수를 말한다(제2조 제5호). 3 운송원가의 정산은 시장과 운송사업자가 협의한 표준운송원가를 기준으로 하고 노선에 투입된 차량(이하 "상용차량"이라 한다)과 노선에 투입되지 않은 차량(이하 "예비차량"이라 한다)으로 구분하여 다음 각 호와 같이 정산한다(제28조 제1항).
상용차량 정산기준 : 운수종사자 인건비 + 연료비 + 고정비
예비차량 정산기준 : 고정비 4 시장은 시내버스 준공영제 시행을 위한 재정지원금 확보를 위해 노력해야 한다(제31조 제1항).
세부지침 [별표1]의 규정 중 정규직 운전기사 인건비 산출방법은 별지1 기재와 같다<2>. 다. 쟁점 및 판단 앞서 든 증거들과 갑 제9 내지 14, 27 내지 29, 31호증, 을 제2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리 및 관련 규정들에 비추어 보면, 피고의 이 사건 처분은 확약의 법리 및 자기구속의 법리에 반하는 것으로서 재량권을 일탈 · 남용하여 위법하다. 원고들의 주장은 이유 있다.
이 사건의 쟁점
선행 취소판결의 취지는, 종전 처분은 구 재정보조 조례 제5조에 기한 재량행위임에도 불구하고 피고가 재량권 행사시에 고려해야 할 사항을 전혀 고려하지 않은 채 이미 정산이 끝났다는 이유만으로 처분을 한 것이어서 위법하다는 것이다. 그 후 피고는 위 판결의 취지에 따라 재정보조 조례 제5조가 정한 사항들을 검토한 다음 재량권을 행사하여 이 사건 처분을 하였다.
그러므로 피고의 이 사건 처분이 선행 취소판결의 기속력에 반하지는 않는다. 다만, 이 사건에서는 피고가 재량권을 행사하여 이 사건 처분을 한 것이 재량권 일탈· 남용에 해당하는지 여부가 문제된다. 구체적으로는 1 피고가 이 사건 처분을 함에 있어서 이 사건 협약과 운영지침, 세부지침에 구속되는지 여부, 2 피고가 한 이 사건 처분이 위 협약 등에 위반되는지 여부 등이다.
인정사실 앞서 인정한 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 1 원고들과 피고가 이 사건 각 사업연도에 운송수입금과 운송원가 정산을 하였는데, 매 사업연도마다 모든 원고들의 운송수입금이 운송원가보다 적어 그 차액만큼 피고가 원고들에게 재정보조금을 지급한 사실, 2 당시 운송원가 중 운전기사들의 인건비는 실인건비가 표준인건비에 미치지 못하여 실인건비를 기준으로 정산하였는데<3>, 원고별로 각 사업연도마다 쟁점 인건비를 추가하여 정산을 한다고 하더라도 여전히 실인건비 합계가 표준인건비에 미치지 못하여 그만큼 정산해야 할 운송원가가 상승하게 되는 사실, 3 위와 같은 정산 및 그에 따른 재정보조금 지급액은 이 사건 협약 및 운영지침, 세부지침 등이 정한 산식및 절차에 따라 산정된 것으로서 그 과정에서 피고의 재량 여지가 거의 없는 사실, 4 이 사건 각 사업연도 외에도 모두 같은 방법으로 정산을 하였고, 피고가 운송수입금과 운송원가의 차액 중 일부만 지급한 적은 한 번도 없는 사실 등을 인정할 수 있다.
구체적 판단
이 사건 협약과 운영지침, 세부지침의 구속력
재정보조 조례 제5조에 따르면, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어서 검토해야 할 사항은 사업의 타당성(제1호), 신청 자금의 적정성(2호), 보조 가능한 자금의 규모등(3호)이다. 그런데 위와 같은 내용은 예시적인 것에 불과하므로, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어서는 위와 같은 사항들 외에도 준공영제 조례와 운영지침 및 세부지침, 이 사건 협약 등을 모두 고려하여 재량권을 행사하여야 한다. 따라서 이 사건 처분이 재량권을 일탈 · 남용한 것인지 여부를 판단함에 있어 위와 같은 규정들도 모두 기준이 된다.
그런데 이 사건 협약은 공법상 확약에 해당한다. 비록 이 사건 협약 체결의 형식적 당사자는 이 사건 조합이지 운송사업자인 원고들이 아니지만, 이 사건 협약 제1조 내지 제3조에는 명시적으로 '운송사업자'의 의무사항을 정하고 있고, 제10조에는 피고가 재정지원금을 보전해 줄 상대방을 '운송사업자'로 규정하고 있다. 그 외에도 이 사건 협약을 실질적으로 이행할 책무와 그로 인한 권리의무를 가지게 되는 당사자는 모두 운송사업자이고, 이 사건 조합이 아니다. 그리하여 이 사건 협약 제13조는 이 사건 협약 내용을 성실히 이행하기 위하여 운송사업자의 각 대표가 서명한 협약동의서를 첨부하도록 되어 있고, 원고들의 각 대표이사가 서명한 협약동의서를 첨부하였다. 위와 같은 점들에 비추어 보면, 이 사건 협약은 민법 제539조의 제3자를 위한 계약과 유사한 것으로서 원고들이 협약동의서를 제출함으로써 원고들과 피고 사이에도확약으로서의 효력이 미친다. 그리고 이 사건 협약 제11조는 '대전광역시는 협약내용을 달성하기 위한 기준과 절차 등을 규정한 준공영제 운영지침을 시내버스 노사와 협의하여 제정하고 협약당사자는 이를 성실히 준수한다'고 규정하고 있는데, 이에 따라 피고가 운영지침 및 세부지침을 제정하였으므로, 위 각 지침 또한 이 사건 협약에 편입되어 확약의 효력이 있다. 그러므로 만일 이 사건 처분이 이 사건 협약 및 운영지침, 세부지침 등에 위반된다면, 앞서 본 확약의 법리에 따라 이 사건 처분은 재량권을 일탈 · 남용한 것으로서 위법하게 된다.
뿐만 아니라 피고는 운영지침 및 세부지침을 수년간에 걸쳐 반복적으로 적용해 왔으므로, 피고는 운영지침 및 세부지침에 따라야 할 자기구속을 받게 된다. 그러므로 만일 이 사건 처분이 이에 위반된다면 특별한 사정이 없는 한 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에도 어긋나 재량권을 일탈 · 남용한 것으로서 위법하게 된다.
이 사건 처분이 이 사건 협약과 운영지침, 세부지침에 위반되는지 여부
원고들과 피고는 시내버스 준공영제 도입을 위하여 이 사건 협약을 체결하였는데, 이 사건 협약 제10조는 '운송수입금이 운송원가보다 적을 경우 재정지원금으로 보전하여 주되, 결행 등 비정상 운행시에는 운송원가를 삭감한다'고 규정하고 있다. 그리고 피고가 이 사건 협약 제11조에 따라 운영지침 및 세부지침으로 정산 방법 및 정산 절차, 운송수입금의 범위, 운송원가 산정 방법 등을 구체적으로 정하고, 그에 따라 산정된 운송수입금에서 운송원가를 뺀 차액 전부를 원고들에게 재정지원금으로 지급해왔다. 원고들은 이를 신뢰하고 시내버스 준공영제 운영에 참여했다. 이러한 점들에 비추어 보면, 운송수입금이 운송원가보다 적을 경우에 결행 등 비정상 운행시와 같은 특별한 사정이 없는 한 피고는 원고들에게 반드시 그 차액 전부를 재정지원금으로 지급하여야 하고, 이를 임의로 감액할 수 없다.
한편, 세부지침 [별표1] 제1항은, 운송원가 중 정규직 운전기사 인건비의 산출방법을 구체적으로 규정하고 있는바, 이에 따르면 위 인건비는 급여, 퇴직급여, 복리후생비, 제수당 등 4가지 종류로 구성되어 있고, 급여 및 기타복리후생비, 제수당은 모두 임금협정서상 단가를 적용하도록 되어 있다. 그러므로 운송원가를 산정함에 있어서 정규직 운전기사의 인건비는 반드시 '임금협정서상 단가'를 적용하여야 한다. 그런데 임금협정서 제5조에는 통상임금에 대하여 '근로기준법 시행령 제6조에 의한다'고 규정하고 있다. 앞서 본 관련 민사사건의 판결 등과 위 각 규정들에 따르면, 원고들과 피고는 이 사건 각 사업연도에 적용되는 임금협정서상 인건비 단가를 적용함에 있어서 착오로 '통상임금'의 범위를 잘못 해석 · 적용하였기 때문에 결과적으로 이 사건 각 사업연도마다 [별표1] 제1항의 규정에 위반하여 쟁점 인건비만큼 적게 정규직 운전기사의 인건비를 산정하여 정산을 함으로써 피고가 원고들에게 쟁점 인건비만큼 적게 재정지원금을 지급한 결과를 초래하였다(관련 민사사건의 판결로써 비로소 그와 같은 인건비 상승이 발생한 것이 아니라 관련 민사사건의 판결은 이를 확인해 준 것에 불과하다). 이러한 상태는 이 사건 협약과 운영지침, 세부지침에 위반되는 것은 물론이고 원고들과 피고가 그동안 정산을 해 온 관행에도 반한다.
따라서 특별한 사정이 없는 한 피고는 이 사건 처분을 함에 있어서 이러한 잘못된 상태를 해소하도록 재량권을 행사하여야 한다. 그런데 앞서 본 준공영제 조례 규정을 보면 다음과 같은 점들을 알 수 있다. 즉, 시내버스 준공영제는 대전광역시가 시내버스 노선 및 운행계통의 조정 권한을 가지면서 운송사업자의 운송적자에 대하여 재정을 지원하고, 운송사업자는 시내버스 운행과 노무·차량관리 등을 담당하는 제도로서, 준공영제를 실시해야 할 기본적 책임이 운송사업자에게 있는 것이 아니라 대전광역시에 있는데, 운송사업자가 이에 대하여 공동책임을 지는 대신 그 대가로 피고가 운송사업자의 운송적자에 대하여 재정지원을 한다는 것이 핵심적인 내용이다. 그리고 대전광역시는 준공영제를 투명하고 효율적으로 운영하여 상호 신뢰와 협력관계가 유지되도록 해야 하고, 운송사업자의 경영환경 및 근로조건 개선을 위하여 운송사업자와 함께 노력하여야 하며, 시장은 준공
제 조례 규정을 보면 다음과 같은 점들을 알 수 있다. 즉, 시내버스 준공영제는 대전광역시가 시내버스 노선 및 운행계통의 조정 권한을 가지면서 운송사업자의 운송적자에 대하여 재정을 지원하고, 운송사업자는 시내버스 운행과 노무·차량관리 등을 담당하는 제도로서, 준공영제를 실시해야 할 기본적 책임이 운송사업자에게 있는 것이 아니라 대전광역시에 있는데, 운송사업자가 이에 대하여 공동책임을 지는 대신 그 대가로 피고가 운송사업자의 운송적자에 대하여 재정지원을 한다는 것이 핵심적인 내용이다. 그리고 대전광역시는 준공영제를 투명하고 효율적으로 운영하여 상호 신뢰와 협력관계가 유지되도록 해야 하고, 운송사업자의 경영환경 및 근로조건 개선을 위하여 운송사업자와 함께 노력하여야 하며, 시장은 준공영제 활성화를 위한 시책 개발을 할 의무가 있다. 이 사건 협약과 운영지침 및 세부지침에 따른 정산 및 재정보조금 지급은 위와 같은 버스 준공영제 실시를 위한 핵심적인 요소인데, 만일 이에 관한 이 사건 협약과 운영지침 및 세부지침에 반하는 상태를 그대로 둘 경우 준공영제 운영에 관한 신뢰가 훼손되어 그 운영에 막대한 지장을 초래할 우려가 있다. 이러한 사정들에 비추어 보면, 이 사건 처분사유 중 쟁점 인건비 부분에 대하여는 피고가 내세운 사정들만으로 이 사건 협약과 운영지침, 세부지침의 구속력에 반하는 상태를 그대로 두어도 될 정도의 정당한 사유가 있다고 할 수 없다. 특히 피고가 내세운 2024년도의 예산 부족 문제는 쟁점 인건비를 예산이 허용되는 범위 내에서 매 연도마다 분할하여 지급하는 방법도 있으므로, 이를 이유로 이 사건 신청을 거부할 수는 없다.
다만, 이 사건 처분사유 중 쟁점 지연손해금과 쟁점 소송비용 부분에 대하여는 이 사건 협약과 운영지침, 세부지침 어디에도 이를 운송원가에 산정하도록 한 규정이 없으므로, 이에 대하여 거부처분을 한 것이 재량권을 일탈 · 남용한 것이라고 할 수 없다.
피고의 주장에 대한 판단
피고는, 각 사업연도마다 매년 정산하도록 되어 있는데 보조사업이 완료되거나 사업연도가 종료된 이후 사정변경을 이유로 보조금 추가 교부를 신청하는 것은 불가능하다고 주장한다<4>. (2) 살피건대, 이 사건 처분 당시 시행되던 지방보조금법 제11조 제1항에 따르면,'지방자치단체의 장은 지방보조금의 교부를 결정한 경우 그 후에 발생한 사정의 변경으로 특히 필요하다고 인정할 때에는 지방보조금의 교부 결정 내용을 변경하거나 그 교부 결정의 전부 또는 일부를 취소할 수 있다. 다만, 이미 수행된 부분의 지방보조사업에 대해서는 그러하지 아니하다.'고 규정하고 있고, 제2항은 '제1항에 따른 지방보조금의 교부 결정 취소 사유는 지방보조금의 교부 결정을 한 후에 발생한 천재지변이나 그 밖의 사정 변경으로 인하여 지방보조사업의 전부 또는 일부를 계속할 필요가 없어진 경우와 대통령령으로 정하는 경우로 한정한다'고 규정하고 있다. 위 규정 제1항 단서의 취지는 지방보조금 교부 결정을 한 다음 보조사업이 이미 시행된 후에는 보조사업자의 신뢰를 보호하기 위하여 보조사업자에게 불리하게 교부 결정의 내용을 변경하거나 교부결정을 취소하지 못하도록 하기 위한 것이므로, 원고들에게 유리하게 교부결정을 변경하는 이 사건에 그대로 적용할 수는 없다. 오히려 이 사건 각 사업연도의 보조사업은 이미 수행이 완료되었기 때문에 그 부분에 대한 보조금 지급은 그 수행 당시 적용되던 이 사건 협약과 운영지침 및 세부지침에 따라야 하고, 그 후 발생한 사정변경을 이유로 이와 다른 내용으로 보조금 교부결정이 되어서는 안된다고 보아야 한다. 따라서 이 사건은 위 규정 제1항 본문이 정한 특히 필요한 경우에 해당하여 기존 보조금교부 결정 내용을 변경할 수 있다고 보아야 한다.
나아가 1 운송수입금이 운송원가보다 적을 경우 피고가 그 전부를 재정지원금으로 보전해 주는 것은 시내버스 준공영제를 시행하기 위한 핵심적인 사항인 점, 2 이를 신뢰하고 원고들이 시내버스 준공영제에 참여하고 있는 것인데, 만일 이 부분에 대하여 피고의 재량권을 광범위하게 인정한다면 시내버스 준공영제가 유지되기 어려운 점, 3 조례와 운영지침 등에서 매년 정산하도록 규정되어 있고 위 규정에 따른 정산이 끝났다고 하여 언제나 원고들이 재정산 요구를 할 수 없다고 볼 것은 아닌 점, 4 쟁점 인건비는 법률상 이미 해당 각 사업연도에 발생해 있었으나 다만, 착오로 원고들과 피고가 알지 못하였던 것을 사후에 관련 민사사건의 판결에서 확인한 것일 뿐이지 새로 발생한 사정변경이라고 할 수 없는 점, 5 실제 피고 스스로도 과거 사업연도가 종료되어 정산검사까지 모두 마친 바 있음에도, 원고들이 버스운전기사들에게 별건 합의 내지 판결 선고 결과에 따라 과거 사업연도에 지급되었어야 할 미지급 수당 등을 추가로 지급하는 것을 승인한 사례들이 있는 점(원고들은 2019. 4. 버스운전기사들에게 '2018년도 7월분부터 12월분까지의 미지급 연장근로수당'을 추가로 지급하였고, 2019. 7.에도 버스운전기사들에게 '2009년도 2월분 미지급 연장근로가산수당'을 추가로 지급한 바 있는데, 피고는 이를 모두 승인하였다) 등에 비추어 보면, 피고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
소결론 결국 피고의 이 사건 처분사유 중 1 쟁점 지연손해금 및 쟁점 소송비용 부분에 대하여는 재량권 일탈 · 남용이 있다고 보기 어려운 반면, 2 쟁점 인건비 부분에 대하여는 재량권을 일탈 · 남용한 위법이 있다. 그러므로 이 사건 처분은 취소되어야 한다.
결 론 따라서 원고들의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 판사 정선오(재판장) 나광윤 김하림
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.26.