주문
이 법원에서 교환적으로 변경된 청구에 따라, 원고가 피고의 2010. 6. 23.자 기업지원연구직 운영요령의 적용을 받는 근로자 지위에 있음을 확인한다.
소송 총비용은 피고가 부담한다.
이유
기초사실
당사자의 지위
피고는 과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률에 따라 설립된 정부출연연구기관이며, 원고는 피고 소속 근로자로서 중소기업과 중견기업(이하 ‘참여기업’이라 한다)에 파견되어 기업지원연구 업무를 수행하고 있는 사람이다.
원고와 피고의 근로계약 체결 경위
지식경제부장관은 2010. 1. 6. 기술혁신형 중소․중견기업 기술인재지원사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 포함한 36개의 지식경제 기술혁신사업에 관한 시행계획 공고를 하고, 2010. 3. 18. 이 사건 사업의 구체적인 시행계획을 공고하였다.
산업기술연구회는 2010. 5. 19.경 이 사건 사업에 따라 240명 내외의 석․박사급 연구인력을 산업기술연구회 소관 11개 정부출연연구기관의 기업지원연구직(사업일반직) 직원으로 채용하여, 기술혁신형 참여기업의 부설연구소에 3년 단위로 순환 근무하게 한다는 내용의 기술인재 모집공고를 하였다.
산업기술연구회는 2010. 6. 10. 채용조건 변경을 이유로 기업지원연구직 모집재공고를 하였고, 이에 따라 같은 날 산업기술연구회 소관 기관인 피고는 산업기술연구회와 같은 내용의 모집공고를 하였는데, 피고의 모집공고에는 아래와 같은 채용조건이 기재되어 있었다.
원고는 이에 따른 채용절차에 지원하여 2010. 8. 2. 피고와 사이에 기업지원연구직 고용계약(이하 ‘이 사건 근로계약’이라 한다)을 체결하고, 그 무렵부터 참여기업에 파견되어 근무하였다.
원고와 피고 사이의 이 사건 근로계약은 3년 단위로 갱신되었고, 원고는 현재까지 기업지원연구 업무를 수행하고 있다.
피고의 기업지원연구직 운영요령 개정 등
이 사건 근로계약 체결 당시 피고의 기업지원연구직에 대한 근로조건 등에 관하여 2010. 6. 23.자 기업지원연구직 운영요령(이하 ‘운영요령’이라고만 한다)이 규정되어 있었는데, 그 후 운영요령은 2010. 11. 18., 2013. 12. 26. 및 2016. 4. 20. 개정되었다.
피고의 2010. 6. 23.자 운영요령 제9조 제2항은 ‘기업지원연구인력의 임용기간은 정년까지로 한다’고 규정하였는데, 피고는 2010. 11. 18.자 개정을 통하여 위 규정을 ‘기업지원연구인력의 임용기간은 사업 또는 이를 승계하는 후속사업이 존속하는 한에서는 정년까지로 한다’고 변경하였다. 또한 피고는 2013. 12. 26.자 운영요령 제30조 제1항 제10호에서 ‘이 사건 사업이 폐지되어 정부출연금이 지원되지 않을 경우’를 면직사유로 추가하고, 2016. 4. 20.자 운영요령에서 기업지원연구인력의 정년에 관한 규정을 삭제하였다.
피고의 2010. 6. 23.자 운영요령 제20조는 기업지원연구인력의 급여를 연봉 50%(기본연봉 35%, 성과연봉 15%)와 기업지원수당 50%, 연봉외급여로 구분하고 있었고, 제21조는 기업지원연구인력에게 매월 기본연봉, 성과연봉, 기업지원수당을 합한 금액의 12분의 1을 곱한 금액을 연봉으로 지급하도록 규정하고 있었는데, 피고는 2010. 11. 18.자 운영요령에서 기업지원수당을 연봉 외 급여로 변경하고, 연봉 대비 기업지원수당 비율을 삭제하였다.
피고의 2010. 6. 23.자 운영요령 제25조 제1항은 기업지원연구인력이 참여기업에서 복귀하여 피고의 사업장에 대기할 경우 초기 3개월은 연봉을, 3개월 ~ 6개월 사이에는 성과연봉을 제외한 기본연봉을 지급받고, 진행 중인 타 사업에 참여하여 인센티브를 받을 수 있도록 규정하였는데, 피고는 2013. 12. 26.자 운영요령에서 기업지원 연구인력이 피고의 사업장에 복귀할 경우 피고가 확보할 수 있는 기업부담금 범위 내에서 급여를 지급하되, 기업부담금이 없는 경우 정부출연금 범위 내에서 급여를 지급하는 것으로 변경되었다.
위와 같이 개정되어 온 피고의 운영요령 중 이 사건과 관련된 규정은 별지 ‘운영요령 개정 경과’ 기재와 같다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 4호증, 갑 제6, 9, 11, 18, 34, 52호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지
당사자들 주장의 요지
원고의 주장
원고가 기업지원연구인력으로서 피고와 이 사건 근로계약을 체결할 당시에 존재하던 피고의 2010. 6. 23.자 운영요령은 제9조 제2항에서 기업지원연구인력의 정년을 보장하고 있었다. 그런데, 그 후 피고는 2010. 11. 18. 및 2013. 12. 26. 운영요령 개정을 통하여 기업지원연구인력에 대하여 ‘이 사건 사업 또는 이를 승계하는 후속사업이 존속하는 한에서만’ 정년을 보장하는 취지로 규정을 변경하고, 2016. 4. 20. 운영요령을 개정하면서 기업지원연구인력의 정년보장 규정 자체를 삭제하여 운영요령을 원고에게 불리하게 변경하였을 뿐 아니라, 그 외 급여 및 상여금 관련 규정인 제20, 21, 25조도 원고에게 불리하게 변경하였다.
그런데, 피고의 운영요령은 피고와 근로계약을 체결한 기업지원연구인력에 대한 근로조건 등을 정한 취업규칙에 해당하므로, 피고의 위 운영요령 변경에는 근로기준법 제94조 제1항 단서에 따른 근로자의 집단적 동의가 필요하고, 그럼에도 피고는 그러한 동의 없이 위와 같이 운영요령을 개정하였는바, 위 2010. 11. 18., 2013. 12. 26. 및 2016. 4. 20.자 운영요령 개정은 원고에 대하여 효력이 없고, 원고에게는 여전히 2010. 6. 23.자 운영요령이 적용된다.
피고의 주장
2010. 8. 2. 체결된 이 사건 근로계약은 원고가 1년의 기간을 정한 계약직으로서 체결한 것이고, 원고가 피고의 정식 ‘사업일반직’ 직원으로서 근로계약을 체결한 시점은 2011. 8. 2.이다. 그런데, 원고가 주장하는 2010. 6. 23.자 운영요령은 이미 2010. 11. 18.에 개정을 거친바 있으므로, 그 후인 2011. 8. 2.에서야 피고의 사업일반직 직원이 된 원고에게는 2010. 6. 23.자 운영요령이 적용될 여지가 없다.
피고의 운영요령 변경은 이 사건 사업으로 인하여 채용된 기업지원연구인력이 가지는 당연한 내용을 확인적으로 추가한 것에 불과하여 원고에게 불이익한 변경이라고 볼 수 없거나, 사회통념상 합리성 있는 변경에 해당하므로, 그 개정규정은 유효하다.
판단
원고가 2010. 6. 23.자 운영요령의 적용을 받는 근로자였는지 여부
원고와 피고가 이 사건 근로계약을 체결한 2010. 8. 2. 당시 시행되던 피고의 2010. 6. 23.자 운영요령 제2조는 ‘이 요령은 사업에 참여하는 연구원의 기업지원연구인력에게 적용된다’고 규정하여 위 2010. 6. 23.자 운영요령의 적용대상을 기업지원연구인력으로 정하였는데, 위 운영요령 제6조에서는 ‘기업지원연구인력은 채용 후 1년간 계약직으로 근무하게 되며 근무기간(1년)의 평가결과가 평균 C등급 이상인 자를 대상으로 인사위원회의 심의를 거쳐 원장이 사업일반직으로 임용할 수 있다’고 규정하는 등 위 운영요령은 1년의 기간을 정하여 근로계약을 체결한 자 또한 위 기업지원연구인력에 해당함을 전제로 하고 있고, 이 사건 근로계약 체결 당시 원고와 피고가 작성한 근로계약서(별지2 ‘기업지원연구직 임용계약서’ 참조, 이하 ‘이 사건 근로계약서’라 한다)인 갑 제52호증에도 그 제목이 ‘기업지원연구직 임용계약서’라고 기재되어 있다. 따라서, 원고가 1년의 기간을 정한 계약직으로서 이 사건 근로계약을 체결한 2010. 8. 2.에도 원고는 위 2010. 6. 23.자 운영요령 제2조에서 규정한 기업지원연구인력으로서 해당 운영요령의 적용을 받는 자였다고 봄이 타당하다.
피고의 운영요령 개정이 기업지원연구인력에 내재하던 당연한 내용을 확인적으로 추가한 것에 불과한지 여부
기업지원연구인력의 정년 관련 규정(운영요령 제9조)에 관하여
위 기초사실에서 본 바와 같이 원고를 포함한 기업지원연구인력은 이 사건 사업에 따라 피고에게 채용된 자들이기는 하지만, 앞서 든 각 증거들, 갑 제7, 19 내지 22, 42호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음 각 사정들에 비추어 보면, 그러한 사정만으로는 원고와 피고 사이의 근로계약에 ‘이 사건 사업 또는 이를 승계하는 후속사업이 존속하는 한에서만’ 원고의 정년이 보장된다는 내용이 내재되어 있었다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
이 사건 근로계약서 상단 표 안의 제1항에는 ‘기업지원연구인력의 임용기간은 정년까지로 하되, 단 최초 1년간은 계약직(1년 비정규직)으로 채용하며, 이후 사업일반직재계약기간은 3년 단위로 한다’고 기재되어 있어 원고가 최초 1년의 계약기간을 채우고, 3년 단위로 재계약할 경우 임용기간을 정년까지로 보장하고 있다. 또한, 위 근로계약서 상단 표 안의 제4항에는 ‘세부사항은 「기업지원연구직 연구요령」을 참고하시기 바랍니다’라고 기재되어 있고, 당시 시행되던 2010. 6. 23.자 운영요령 제9조 제2항에서도 ‘기업지원 연구인력의 임용기간은 정년까지로 한다’고 규정하였다.
위와 같이 이 사건 근로계약서, 운영요령 등 원고와 피고의 근로계약 내용이라 할 수 있는 자료들에 원고의 정년을 보장한다는 내용이 명시되어 있는 반면, 원고의 임용기간이 ‘이 사건 사업 또는 이를 승계하는 후속사업이 존속하는 한에서만’ 보장된다는 취지의 내용은 존재하지 아니한다.
이에 대하여 피고는, 원고를 포함한 기업지원연구인력이 피고의 다른 일반직과 달리 이 사건 사업 시행에 따른 모집절차로 채용되었고, 이 사건 사업은 기업지원연구인력의 참여기업에의 정규직 전환을 주된 목적으로 하는 점, 이 사건 사업은 국가가 지원하는 보조금을 재원으로 하므로, 보조금 지급이 중단되면 이 사건 사업도 중단될 수 밖에 없는 점 등에 비추어 보면, 원고의 임용기간은 근로계약서에 명시하지 않더라도 당연히 ‘이 사건 사업 또는 이를 승계하는 후속사업이 존속하는 한에서만’ 보장된다는 내용이 내재되어 있었다는 취지로 주장한다.
그러나, 피고가 주장하는 위 사정들은 피고가 원고와 근로계약을 체결한 동기에 불과하거나 피고와 그 상위기관인 지식경제부, 산업기술연구회 등 사이의 문제에 불과하여 그러한 사정들이 원고와 피고 사이의 근로계약에 편입되지 않는 한 피고가 이를 원고에게 주장할 수 없다고 봄이 타당한데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 근로계약에는 ‘이 사건 사업 또는 이를 승계하는 후속사업이 존속하는 한에서만’ 이 사건 근로계약이 유지된다는 내용이 존재하지 않으므로, 그와 같은 내용이 이 사건 근로계약에 편입되었다고 볼 근거가 없다.
또한, 원고가 이 사건 사업의 시행에 따라 채용되기는 하였으나 이 사건 사업이 종료된 후에도 피고의 다른 일반직 직원들과 같이 이 사건 사업과 무관한 업무를 담당하는 등의 방법으로 계속 근무할 수 있으므로, 피고가 주장하는 위 사정들을 감안하더라도 원고의 임용기간이 반드시 이 사건 사업 또는 그 후속사업의 존속을 전제로 한다고 보기도 어렵다.
오히려, 산업기술연구회가 2010. 6. 7. 기업지원연구직 지원자들에게 보낸 선발일정 변경안내 메일(갑 제42호증의 1, 2)에는 ‘채용조건 구체화 : (기존)사업일반직(기업지원연구직) → (향후)기업지원연구직(정규직), 출연연 연구직과 동일한 정년, 처우 및 복리후생 적용’이라고 기재되어 있고, 산업기술연구회와 피고의 2010. 6. 10.자 공고(갑 제6호증의 2, 3)에는 ‘1년간 계약직 근무 후 평가 결과에 따라 사업정규직 전환’이라고 기재되어 있으며, 산업기술연구회가 2010. 6.경 개최한 설명회에서도 기업지원연구인력은 급여, 정년, 복지 등에서 피고의 다른 연구직과 동일한 처우를 받을 것이라고 설명하였는데(갑 제7호증의 2, 제5면 참조), 위 각 내용은 기업지원연구직의 정년 보장이 피고의 다른 일반직과 동일하게 이루어질 것이라는 취지로 해석된다.
뿐만 아니라, 산업기술연구회의 위 2010. 6.경 설명회 자료에는 이 사건 사업의 향후 추진계획에 관하여 1단계 계획으로서 10년 간 12,273억 원을 투입하되, 기업기술 경쟁력 제고를 위한 계속사업으로 추진한다는 취지로 기재되어 있는바(갑 제7호증의 1, 제15면 참조), 원고는 적어도 자신이 정년에 이를 때까지는 이 사건 사업이 계속되거나 그렇지 않더라도 피고의 다른 연구직과 동일하게 자신의 정년이 보장될 것이라고 인식하였을 것으로 보이는데, 이 사건 근로계약 체결 후 원고의 정년이 아직 남아있음에도 이 사건 사업을 중단하고, 이를 이유로 원고를 면직시킬 수 있다는 취지의 운영요령을 두는 것은 이 사건 근로계약 체결 당시부터 이 사건 근로계약에 내재되어 있던 내용이라고 보기 어렵다.
피고는, 원고와 피고는 3년 단위의 계약을 체결하여 그 기간 만료로 근로계약이 당연히 종료될 것으로 인식하고 있었고, 원고가 피고의 운영요령이 개정되는 동안 아무런 이의제기를 하지 아니하였으며, 2014년도에는 피고의 정규직 전환절차에 응시하는 등 자신의 정년이 보장되지 아니한다는 점을 인정하였으므로, 이 사건 근로계약은 원고의 정년이 보장되지 않는 근로계약이라는 취지로 주장한다.
그러므로 살피건대, 기간을 정하여 근로계약을 체결한 근로자의 경우 그 기간이 만료함으로써 근로자로서의 신분관계가 당연히 종료하고, 근로계약을 갱신하지 못하면 갱신 거절의 의사표시가 없어도 당연 퇴직하는 것이 원칙이다. 다만 근로계약, 취업규칙, 단체협약 등에서 기간 만료에도 불구하고 일정한 요건이 충족되면 당해 근로계약이 갱신된다는 취지의 규정을 두고 있거나, 그러한 규정이 없더라도 근로계약의 내용과 근로계약이 이루어지게 된 동기 및 경위, 계약 갱신의 기준 등 갱신에 관한 요건이나 절차의 설정 여부 및 그 실태, 근로자가 수행하는 업무의 내용 등 당해 근로관계를 둘러싼 여러 사정을 종합하여 볼 때 근로계약 당사자 사이에 일정한 요건이 충족되면 근로계약이 갱신된다는 신뢰관계가 형성되어 있어 근로자에게 근로계약이 갱신될 수 있으리라는 정당한 기대권이 인정되는 경우에는, 사용자가 이를 위반하여 부당하게 근로계약의 갱신을 거절하는 것은 부당해고와 마찬가지로 아무런 효력이 없고, 이 경우 기간만료 후의 근로관계는 종전의 근로계약이 갱신된 것과 동일하다(대법원 2014. 2. 13. 선고 2013다51674 판결 참조).
그런데, 원고와 피고가 3년 단위의 계약을 체결하기는 하였으나, 위에서 본 바와 같이 이 사건 근로계약에는 임용기간을 원고의 정년까지로 정하고 있고, 피고의 다른 일반직 근로자들도 피고와 3년 단위로 계약서를 작성해온 점(갑 제20, 21호증 참조), 피고의 단체교섭 지부협약서(갑 제22호증) 제21조 제3항, 제4항에서 피고의 재계약 거부사유를 ‘계약기간 중 업무실적 종합평가에서 3회 연속 최하등급을 받거나 기타 재계약을 거부할 만한 정당한 사유가 있는 경우’로 한정하면서, 재계약 거부사유가 있더라도 노사 동수의 재계약조정위원회를 통해 최종 결정을 하도록 하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고와 피고가 3년 단위로 근로계약을 체결하였다 하더라도, 그 기간 만료로 근로계약이 당연히 종료될 것으로 인식하였다고 보기 어렵다.
또한, 사회적 약자인 근로자를 보호하고자 하는 근로기준법의 입법취지(근로기준법 제1조 참조), 근로기준법 제94조 제1항의 문언 내용 등에 비추어 보면, 근로자 개인이 불리한 취업규칙 개정에 대하여 이의제기를 하지 아니하였다거나, 그러한 취업규칙에 따른 불안전한 지위 개선을 위해 사업자가 마련한 절차에 참여한 사실이 있다고 하더라도 그러한 사정만으로 불리하게 변경된 취업규칙에 대하여 근로기준법 제94조 제1항에 규정된 동의가 있었던 것과 마찬가지로 보는 것은 불합리한바, 결국 피고의 위 주장은 이를 받아들일 수 없다.
한편 피고는, 2010. 6. 23.자 운영요령 제30조 제2항 제8호에서 ‘기업지원연구인력은 정원의 개폐, 예산감소 등에 따라 폐직 또는 과원이 되었을 경우 인사심의위원회의 심의를 거쳐 원장이 직권면직 할 수 있다’고 규정하는 점을 근거로 기업지원연구직이 이 사건 사업 또는 그 후속사업이 존재하는 것을 전제로 하여서만 유지된다는 취지의 주장도 하고 있으나, 피고의 인사규정(갑 제11호증의 3) 제49조 제1호에 의하면, 피고의 일반직 직원도 ‘기구개편, 사업축소 또는 예산감소로 폐직 또는 감원이 불가피하게 되었을 때’에는 담당업무를 면한 채 대기명령을 받게 되고, 위 인사규정 제47조 제3호에 의하면, 담당하는 업무가 없이 대기명령을 받은 후 3개월이 경과한 때에는 직권면직 되도록 규정되어 있어서 위 규정이 기업지원연구직에만 있는 특별한 면직사유로서 기업지원연구직은 이 사건 사업 또는 그 후속사업이 존재하는 것을 전제로 하여서만 유지된다는 주장에 대한 근거가 되는 규정이라고 볼 수 없다.
기업지원연구인력의 급여 및 상여금 등 관련 규정(운영요령 제20, 21, 25조)에 관하여 앞서 본 기초사실 다.항에 의하면, 피고는 2010. 11. 18. 및 2013. 12. 26. 운영요령 제20, 21조를 개정함으로써 원고에게 연봉의 일부로서 정기적, 일률적, 고정적으로 지급되던 기업지원수당을 연봉 외 급여로 변경하여 비고정적 수당으로 변경하고, 연봉 대비 기업지원수당 비율을 임의대로 조정할 수 있게 하면서 그 재원을 피고가 아닌 참여기업이 부담하게 하도록 변경하였고, 2010. 11. 18., 2013. 12. 26. 및 2016. 4. 20. 운영요령 제25조를 개정함으로써 원고가 참여기업에서 피고로 복귀한 기간 동안 받을 수 있는 급여의 액수를 피고가 확보한 기업부담금 또는 정부출연금 범위로 제한하는 것으로 변경하였는바, 위 각 규정의 개정 또한 원고에게 불리한 변경이라 할 것이다.
소결론
따라서, 원고가 피고의 2010. 6. 23.자 운영요령의 적용을 받는 근로자였음에도 피고는 근로기준법 제94조 제1항 단서에서 규정한 근로자의 동의를 받지 아니한 채 위 운영요령을 원고에게 불리하게 개정하였고, 그 개정이 본래 원고와 피고 사이의 근로계약에 내재되어 있던 사항을 확인적으로 추가한 것으로서 사회통념상 합리성이 있는 것이라는 취지의 피고 주장은 이를 받아들이기 어려운바, 결국 피고의 위 운영요령 개정은 원고에 대하여 효력이 없고, 원고에게는 여전히 위 2010. 6. 23.자 운영요령이 적용된다고 봄이 타당하다.
결론
그렇다면, 이 법원에서 교환적으로 변경된 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다(구소인 원고의 일반직 근로자지위 확인 등 청구의 소는 이 법원에서 이루어진 소의 교환적 변경으로 취하되어 이에 대한 제1심판결은 실효되었다).
판사 남양우(재판장) 조미화 김윤석
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.25.