주문
피고의 항소를 기각한다.
항소비용은 피고가 부담한다.
이유
제1심판결의 인용
피고의 항소이유 및 피고가 당심에서 주장하는 내용은 제1심에서의 주장 내용과 크게 다르지 아니한바, 피고의 주장을 제1심 및 당심에 제출된 증거들과 함께 다시 살펴보아도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다.
이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 판결 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하고, 피고가 강조하거나 추가하는 주장에 대하여 제2항과 같은 추가판단을 하는 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 별지와 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.
[고쳐 쓰거나 추가하는 부분]
제1심판결문 제7면 제16행의 "나. 이 사건 금원에 대한 보험료 징수권의 소멸시효 완성 여부"를 "다. 이 사건 금원에 대한 보험료 징수권의 소멸시효 완성 여부"로 고쳐 쓴다.
제1심판결문 제9면 제17행의 "이 사건 합의" 다음에 "(화해계약에 해당한다)"를 추가한다.
제1심판결문 제11면 제9행 다음에 아래의 내용을 추가한다.
『 한편, 대법원은 산업재해보상보험법에 따른 부당이득 징수권의 소멸시효와 관련하여 '근로복지공단이 부정한 방법으로 보험급여를 받은 사람에게 산업재해보상보험법에 정한 금액을 부당이득으로 징수하는 경우, 그 징수권의 소멸시효는 특별한 사정이 없는 한 근로복지공단이 보험급여를 지급한 날부터 진행한다고 보아야 하고, 위와 같은 징수 사유의 발생 사실을 근로복지공단이 알지 못하였고, 알지 못한 데 과실이 없다고 하여도 위 징수권의 소멸시효 기산일을 달리 볼 것은 아니다.'는 취지로 판시한 바 있다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2009두3880 판결 참조). 또한 고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 관한 법률 제43조 제1항은 고용보험료 등의 정산에 따른 권리의 소멸시효에 대하여 '다음 보험연도의 첫날부터' 진행하는 것으로 규정하고 있는데, 전년도 보수총액을 기준으로 월별보험료를 부과한 후 다음 해 확정된 해당 연도의 보수총액을 기준으로 정산하는 보험료 부과 및 징수 체계는 건강보험료의 그것과 동일하다. 건강보험료의 징수와 관련하여 위와 같은 명문의 규정이 없기는 하나 관계 법령의 내용, 취지 및 징수권의 소멸시효에 대한 일반적 법리에 비추어 볼 때 건강보험료에 대한 징수권 소멸시효를 다른 사회보험료와 마찬가지로 객관적으로 파악하지 않을 이유가 없다. 』
제1심판결문 제14면 제2행의 "어렵다" 다음에 아래 내용을 추가한다.
『 (피고가 그 주장의 근거로 들고 있는 대법원 판결들은 이 사건과는 사안을 달리하는 것이어서 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다). 』
제1심판결문 제14면 제3행의 "바)" 다음에 아래의 내용을 추가한다.
『 월별 정기보험료를 부과한 후 다음 해에 정산을 예정하고 있는 것은 보수가 발생한 해당 월에 곧바로 보수를 확인하여 보험료를 부과하는 것이 용이하지 않은 현실적 제약이 있음을 감안하는 한편, 피고의 1회계연도 지출을 예정하여 주 수입원인 보험료의 가액을 확정하고 보험급여가 비교적 단기간에 이루어지는 단기보험의 특성에 따른 것이다. 이러한 보험료 정산체계를 근거로 보험료 징수권의 시효기간을 연장하거나 징수권을 추상적 권리로 파악할 수는 없다. 』
추가판단
소멸시효 중단 주장
피고는, 원고가 2020. 2. 5. 피고에게 2009년 ~ 2017년 귀속분 보험료의 재정산을 요청함으로써 이 사건 금원의 지급에 따른 보험료 채무 중 2016. 1.부터 같은 해 12.까지의 기간에 대한 연간 정산보험료 채무를 승인하였으므로, 2016. 1.부터 같은 해 12.까지의 기간에 대한 연간 정산보험료 채무의 소멸시효가 중단되었다고 주장한다.
국민건강보험법 제91조 제4항은 "제2항에 따른 시효중단에 관하여 이 법에서 정한 사항 외에는 민법에 따른다"고 규정하고 있고, 민법 제168조는 청구(1호), 압류 또는 가압류, 가처분(2호), 승인(3호)을 소멸시효 중단 사유로 규정하고 있다.
소멸시효 중단사유로서의 채무의 승인은 시효이익을 받을 당사자인 채무자가 소멸시효의 완성으로 권리를 상실하게 될 자에 대하여 그 권리가 존재함을 인식하고 있다는 뜻을 표시함으로써 성립한다고 할 것이며, 그 표시의 방법은 아무런 형식을 요구하지 아니하고, 또 그 표시가 반드시 명시적일 것을 요하지 않고 묵시적인 방법으로도 가능한 것이기는 하지만, 그 묵시적인 승인의 표시는 적어도 채무자가 그 채무의 존재및 액수에 대하여 인식하고 있음을 전제로 하여 그 표시를 대하는 상대방으로 하여금채무자가 그 채무를 인식하고 있음을 그 표시를 통해 추단하게 할 수 있는 방법으로 행해져야 할 것이고, 소멸시효의 중단사유로서 채무자에 의한 채무승인이 있었다는 사실은 이를 주장하는 채권자 측에서 입증하여야 한다(대법원 2005. 2. 17. 선고 2004다59959 판결, 대법원 2007. 11. 29. 선고 2005다64552 판결, 대법원 2015. 4. 9. 선고 2014다85216 판결 등 참조). 그리고 위와 같은 채무승인의 의사표시가 존재하는지 여부의 해석은 그 표시된 행위 내지 의사표시의 내용과 동기 및 경위, 당사자가 그 의사표시 등에 의하여 달성하려고 하는 목적과 진정한 의도 등을 종합적으로 고찰하여 사회정의와 형평의 이념에 맞도록 논리와 경험의 법칙, 그리고 사회일반의 상식에 따라 객관적이고 합리적으로 이루어져야 할 것이다(대법원 2008. 7. 24. 선고 2008다25299 판결 참조).
그런데 을 제3호증의 기재에 의하면, 원고가 소속 근로자들과 상여금의 통상임금 포함 등에 따른 추가 보수 지급과 관련한 이 사건 합의를 한 후 2020. 2. 5. 피고에게 2009년 ~ 2017년 귀속분 보험료의 재정산을 요청한 사실을 인정할 수 있으나, 한편 국민건강보험법 시행령 제35조는 국민건강보험법 제70조 제1항에 따른 보수월액 산정을 위해 사용자로 하여금 매년 3월 10일까지 피고에게 직장가입자의 전년도 보수 등을 통보하도록 하고 있고, 같은 시행령 제36조는 사용자가 위 조항에 따라 통보한 보수의총액을 기준으로 보수월액을 결정하도록 하고 있으므로, 원고가 2020. 2. 5. 피고에게 2009년 ~ 2017년 귀속분 보험료의 재정산을 요청하였다고 하더라도 이는 국민건강보험법 시행령에서 사용자인 원고에게 부과하고 있는 보수월액 산정을 위한 보수 등의 통보 의무를 이행한 것으로 볼 여지가 상당하여 이를 민법 제168조 제3호의 채무의 승인으로 단정하기는 어렵다.
설령 이와 달리 볼 여지가 있다 하더라도, 을 제4호증의 기재에 의하면, 원고가 2020. 2. 5. 피고에게 2009년 ~ 2017년 귀속분 보험료의 재정산을 요청하였다가 얼마 지나지 않은 같은 달 14일 이를 철회한 사실이 인정되므로, 위와 같은 일시적인 보험료 재정산 요청을 들어 원고가 2016. 1.부터 같은 해 12.까지의 기간에 대한 연간 정산보험료 채무를 종국적으로 승인하였다고 보기는 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 이유 없다.
소멸시효 이익 포기 주장
피고는, 원고가 이 사건 금원에 대한 피고의 보험료 징수권의 소멸시효가 완성되었음을 알면서도 먼저 적극적으로 피고에게 이 사건 합의에 따라 소속 근로자들에게 추가로 지급한 통상임금에 대하여 보험료 재정산을 요청하였는바, 원고의 이러한 행위는 소멸시효의 이익을 포기한 것으로 평가하기 충분하다는 취지로 주장한다.
그러나 시효이익을 받을 채무자는 소멸시효가 완성된 후 시효이익을 포기할 수 있고, 이것은 시효의 완성으로 인한 법적인 이익을 받지 않겠다고 하는 의사표시이다.그리고 그러한 시효이익 포기의 의사표시가 존재하는지 여부의 판단은 그 표시된 행위 내지 의사표시의 내용과 동기 및 경위, 당사자가 그 의사표시 등에 의하여 달성하려고 하는 목적과 진정한 의도 등을 종합적으로 고찰하여 사회정의와 형평의 이념에 맞도록 논리와 경험의 법칙, 그리고 사회일반의 상식에 따라 객관적이고 합리적으로 이루어져야 한다(대법원 2013. 2. 28. 선고 2011다21556 판결 등 참조).
그런데 원고는 소속 근로자들과의 통상임금 관련 분쟁 당시 소송에서 패소할 경우 원고가 부담할 임금우발채무액의 범위에 건강보험료 등을 포함한 간접노무비 등을 고려하여 신의칙 위반을 주장한 사실, 원고는 2020. 2. 28. 이 사건 합의에 따른 합의금을 소속 근로자들에게 지급한 후 2020. 5. 21. 피고에게 2014년 ~ 2017년 귀속분 보험료의 재정산을 요청하였고, 이에 피고는 2020. 6. 16. 원고에게 2014. 1.부터 2016. 12.까지의 추가 보수인 이 사건 금원의 지급에 따른 보험료 1,060,931,120원을 부과하는 이 사건 처분 등을 한 사실, 원고는 2020. 7. 10. 피고에게 위 보험료를 전액 납부한 사실은 앞서 본 바와 같거나 을 제5, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 이를 인정할 수는 있다.
그러나 위 가.항에서 본 바와 같이 원고가 피고에게 2014년 ~ 2017년 귀속분 보험료의 재정산을 요청한 것은 국민건강보험법 시행령에서 사용자인 원고에게 부과하고 있는 보수월액 산정을 위한 보수 등의 통보 의무를 이행한 것으로 보이고, 설령 이와 달리 본다 하더라도 상여금의 통상임금 포함 등에 따른 추가 보수 지급을 이유로 한 피고의 보험료 부과처분에 관하여 소멸시효 기산점 등에 관한 의견 차이로 인해 보험료 징수권의 소멸시효 완성 여부는 법적 다툼이 있을 수 있으므로(실제 원고도 위 보험료 납부 후 3년 정도의 시간이 흐른 뒤에야 소멸시효 완성을 이유로 이 사건 처분의 무효 확인을 구하는 이 사건 소를 제기하기도 하였다), 위와 같은 사정들만으로는 원고가 이 사건 금원에 대한 피고의 보험료 징수권의 소멸시효가 완성되었음을 알면서도시효완성에 따른 이익을 받지 않으려는 의사로 피고에게 위와 같이 보험료 재정산을 요청하거나 관련 보험료를 납부하였다고 보기는 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 이유 없다.
신의성실의 원칙 위반 주장
피고는, 원고가 피고에게 허위의 보수총액을 통보함으로써 소멸시효 완성 전에 피고의 보험료 징수권 행사를 현저히 곤란하게 하였을 뿐만 아니라, 소멸시효 완성 후에 피고에게 보험료 재정산을 요청하여 보험료 전액을 납부하고 그로부터 수년간 아무런 이의를 제기하지 않는 등 시효를 원용하지 아니할 것 같은 태도를 보여 피고로 하여금 그와 같이 신뢰하게 하였으므로, 원고가 뒤늦게 보험료 징수권의 소멸시효 완성을 주장하는 것은 신의성실의 원칙에 반하여 허용될 수 없다고 주장한다.
그러나 원고가 2014년부터 2016년까지 원고 소속 근로자들의 보수에 관하여 기존 상여금을 통상임금에서 제외하거나 휴일근로에 따른 연장근로 중복할증을 제대로 하지 않은 채 법정수당을 지급함에 따라 결과적으로 보수총액을 과소하게 산정하여 피고에게 통보한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으나, 이는 상여금의 지급 방식이나 신의칙의 적용 여부 등에 따라 기존 상여금이 통상임금에 포함되는지 여부가 달라지는 등 통상임금 및 휴일근로에 따른 연장근로 중복할증 산정의 법적 판단기준이 명확하지 않았기 때문이므로, 이러한 사정만을 들어 원고가 의도적으로 피고에게 허위의 보수총액을 통보함으로써 시효완성 전에 피고의 보험료 징수권 행사를 현저히 곤란하게 하였다고 보기는 어렵다.
나아가 원고가 2020. 2. 28. 이 사건 합의에 따른 합의금을 소속 근로자들에게 지급한 사실, 원고가 2020. 5. 21. 피고에게 2014년 ~ 2017년 귀속분 보험료의 재정산을 요청하였고, 이에 피고가 2020. 6. 16. 원고에게 2014. 1.부터 2016. 12.까지의 추가 보수인 이 사건 금원을 포함한 추가 보수 지급에 따른 보험료 합계 3,215,858,240원을 부과하는 처분을 하였고(그중 이 사건 금원의 지급에 따른 보험료 1,060,931,120원을 부과하는 부분이 이 사건 처분이다), 원고가 2020. 7. 10. 피고에게 위 보험료를 전액 납부한 사실, 원고가 위 보험료 납부 후 3년 정도의 시간이 흐른 뒤에 이 사건 처분의 무효 확인을 구하는 이 사건 소를 제기한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 한편 상여금의 통상임금 포함 등에 따른 추가 보수 지급을 이유로 한 피고의 보험료 부과처분에 관하여 소멸시효 기산점 등에 관한 의견 차이로 인해 보험료 징수권의 소멸시효 완성 여부는 법적 다툼이 있을 수 있으므로, 원고가 위 보험료 납부 후 3년 정도의 시간이 흐른뒤에 이 사건 처분의 무효 확인을 구하는 이 사건 소를 제기하였다는 사정만을 들어 원고가 추가 보수 지급에 따른 보험료 징수와 관련하여 소멸시효 완성 사실을 알았음에도 시효를 원용하지 아니할 것 같은 태도를 보여 피고로 하여금 그와 같이 신뢰하게 만들었다고 단정하기는 어렵다.
그리고 원고가 이 사건 합의에 따라 2020. 2. 5. 피고에게 2009년 ~ 2017년 귀속분 보험료의 재정산을 요청하였다가, 2020. 2. 14. 위 재정산의 취소를 요청한 사실은 위에서 본 바와 같으나, 한편 앞서 본 바와 같이 피고는 직장가입자의 보수월액을 산정하거나 정산하여 정당한 보험료를 징수할 권한과 책무가 있고, 보수 및 임금체계에 대하여 잘 알 수 있는 지위에 있었으며, 보험료를 확정할 수 있도록 행정조사 권한과 유관기관에 대한 자료제출 요청권 등 보험료 징수권을 행사하기 위한 각종 권한을 부여받고 있어 소멸시효 기간이 경과하기 전에 충분히 추가 보수 지급에 따른 보험료 징수권을 행사할 수 있었음에도 불구하고 소멸시효 완성이 임박한 2016년 귀속분 연간정산보험료를 포함한 2014년 ~ 2016년 귀속분 보험료의 재정산을 제때에 하지 않아 2016년 귀속분 연간정산보험료 징수권을 포함한 2014년 ~ 2016년 귀속분 보험료의 징수권이 시효소멸 한 것으로 인정되므로, 원고의 위와 같은 2009년 ~ 2017년 귀속분 보험료의 재정산 요청 및 취소가 피고의 정당한 보험료 징수권 행사를 방해한 것으로 보기도 어렵다.
한편 피고는, 원고가 시효완성 사실을 알지 못하고 보험료를 납부하였다 하더라도 이는 도의관념에 적합한 비채변제가 되어 반환을 청구할 수 없는 것이므로, 이러한 점에서도 원고가 소멸시효 완성의 항변을 하는 것은 권리남용에 해당한다는 취지로 주장하나, 행정처분의 위법 여부는 행정처분이 있을 때의 법령과 사실 상태를 기준으로 판단하여야 하는바(대법원 2019. 7. 25. 선고 2017두55077 판결 등 참조), 원고의 보험료 납부행위가 도의관념에 적합한 비채변제에 해당하는지 여부는 이 사건 처분 이후의 사정에 불과하므로, 피고 주장의 당부를 떠나 위와 같은 사후적인 사정을 들어 이 사건 금원에 대한 피고의 보험료 징수권의 소멸시효 완성 여부, 즉 이 사건 처분의 위법 여부를 판단할 수는 없다.
따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 이유 없다.
(피고는 이 사건 항소심 변론종결 이후 소멸시효 중단 내지 소멸시효 이익 포기주장을 추가로 하면서 변론재개신청서를 제출하였으나, 앞서 가., 나.항에서 본 바와 같이 이러한 소멸시효 중단 내지 소멸시효 이익 포기 주장을 받아들이기 어려운 이상 피고의 변론재개신청은 받아들이지 아니한다).
결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.
판사 조진구(재판장) 이영창 정총령
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.25.