주문
제1심판결을 다음과 같이 변경한다.
피고가 2022. 5. 17. 원고에게 한 보험료 합계 16,384,680,850원의 부과처분 중 2011~2015년도 귀속분 추가 임금 지급에 따른 정산보험료 48,520,620원 부분은 무효임을 확인한다.
피고는 원고에게 48,520,620원과 이에 대하여 2022. 6. 11.부터 2023. 3. 19.까지연 1.2%, 그다음 날부터 2024. 3. 21.까지 연 2.9%, 그다음 날부터 2025. 3. 20.까지 연 3.5%, 그다음 날부터 2025. 4. 9.까지 연 3.1%, 그다음 날부터 2026. 6. 17.까지 연 5%, 그다음 날부터 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.
원고의 나머지 청구를 기각한다.
소송총비용 중 8분의 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
제1의 나항은 가집행할 수 있다.
이유
처분 및 소송의 경위
이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 고치는 것을 제외하고는 제1심판결 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약칭을 포함하여 이를 인용한다.
제1심판결 2쪽 13행의 "2011~2015년도 귀속분 추가 임금" 다음에 "(이하 '이 사건 금원'이라 한다)"를 추가한다.
제1심판결 2쪽 20행의 "그 무렵"을 "2022. 6. 10."로 고친다.
제1심판결 3쪽 10행의 "현재 대법원 2025두34444 상고심 계속 중이다"를 "대법원 2025. 10. 16. 자 2025두34444 심리불속행 상고기각 판결"로 고친다.
관계 법령
별지 기재와 같다
이 사건 처분의 효력 유무
원고 주장의 요지
국민건강보험법령에 의하면, 피고의 직장가입자 보수월액보험료 징수권은 해당연도에 전년도 귀속 보수총액을 기준으로 매월 잠정 부과하는 '월별 정기보험료 징수권'과 다음 해에 확정된 해당 연도 귀속 보수총액을 기준으로 사후 정산하여 부과하는 '연간 정산보험료 징수권'으로 구분되는데, 후자에 관해서는 사용자가 매년 3월 10일까지 전년도 직장가입자에게 지급한 보수의 총액 등을 피고에게 통보할 의무가 있고 피고가 이를 기초로 정산보험료를 산정 · 부과하게 되므로[국민건강보험법(이하 '법'이라 한다) 제70조 제4항, 법 시행령 제34조 제1항, 제35조 제1항, 제36조 제3항, 제39조 제1항], 다음 해 3월 11일부터 소멸시효가 진행한다고 보아야 하며, 3년이 경과하면 소멸시효가 완성된다(법 제91조 제1항 제1호).
보험료 징수권의 소멸시효가 완성된 후 이루어진 보험료 부과처분은 하자가 중대· 명백하여 당연무효라고 보아야 한다. 그럼에도 피고가 원고로부터 이 사건 처분에 따른 정산보험료 48,520,620원을 취득하여 법률상 원인 없이 이익을 얻었으므로, 피고는 원고에게 민법 제741조에 따라 48,520,620원과 이에 대하여 위 보험료의 납부 다음날인 2022. 6. 11.부터 이 사건 소장 송달일인 2025. 4. 9.까지 민법에 정한 연 5%, 그 다음 날부터 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법에 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 반환할 의무가 있다.
보험료 징수권의 소멸시효 기산점
소멸시효는 객관적으로 권리가 발생하여 그 권리를 행사할 수 있는 때로부터 진행하고 그 권리를 행사할 수 없는 동안은 진행하지 않는다. 여기서 '권리를 행사할 수 없다'고 함은 그 권리행사에 법률상의 장애 사유, 예컨대 기간의 미도래나 조건 불성취등이 있는 경우를 말하고, 권리의 존재나 권리행사의 가능성을 사실상 알지 못하였고 알지 못함에 과실이 없다고 하여도 이러한 사유는 법률상 장애사유에 해당하지 않는다(대법원 2011. 5. 26. 선고 2011두242 판결 등 참조). 이와 같은 법리는 법 제91조 제1항 제1호에 따라 3년의 소멸시효가 적용되는 피고의 보험료 징수권에 대하여도 그대로 적용된다(법 제91조 제4항).
법은 직장가입자에 대한 보수월액보험료의 징수에 있어서, 전년도 귀속 보수총액을 기준으로 보수월액을 산정하여 보험료를 잠정 부과한 후, 다음 해에 해당 연도 귀속 보수총액이 확정되면 이를 기준으로 사후 정산을 거쳐 위와 같이 잠정 부과하여 징수한 보수월액보험료 금액이 정산한 보수월액보험료의 금액에 부족한 경우에는 그 부족액을 사용자로부터 추가로 징수하도록 하는 절차를 두고 있다. 이에 따라 피고의 보수월액보험료 징수권은 ① 해당 연도에 전년도 귀속 보수총액을 기준으로 매월 잠정 부과하는 보수월액보험료 징수권(이하 '월별 정기보험료 징수권'이라 한다)과 ② 다음 해에 확정된 해당 연도 귀속 보수총액을 기준으로 사후 정산하여 부과하는 보수월액보험료 징수권(이하 '연간 정산보험료 징수권'이라 한다)으로 구분된다(법 제70조, 법 시행령 제33조 내지 제36조, 제39조 참조).
먼저 월별 정기보험료 징수권의 소멸시효 기산일에 대하여 본다. 근로자의 근로 제공에 따라 월별 보수채권이 발생하면, 실제 그 지급 여부와 상관없이 그에 따른 건강보험료 부과권이 위 법률에 따라 객관적으로 당연히 성립하고, 피고는 전년도 보수총액을 기준으로 보수월액보험료를 잠정적으로 결정하여 사용자에게 그 납입고지를 하게 되며, 이에 따라 사용자는 그 달의 보험료를 그다음 달 10일까지 납부할 의무를 부담하게 된다(법 제69조 제1항, 제2항, 제4항, 제70조 제1항, 제3항, 제77조 제1항, 제3항, 제78조 제1항, 제79조, 제91조 참조).
따라서 피고는 월별 정기보험료 납부기한의 다음 날, 즉 보수월액보험료 산정의 기준이 되는 보수채권이 발생한 날의 다음 달 10일의 다음 날부터 사용자에게 월별 정기보험료 징수권을 행사할 수 있게 되고, 그와 같이 피고가 월별 정기보험료 징수권을 행사할 수 있을 때부터 시효기간이 진행하여 3년이 지나면 그에 관한 징수권은 시효완성으로 소멸한다.
연간 정산보험료 징수권의 소멸시효 기산일에 대하여 본다. 피고는 직장가입자에 대한 보수월액보험료를 전년도에 받은 보수 총액을 기준으로 산정한 보수월액에 따라 부과한 후, 다음 해에 확정된 해당 연도의 보수총액을 기준으로 사후 정산하게 된다(법 제70조 제1항, 같은 법 시행령 제34조 제1항, 제35조 제1항, 제36조 제3항, 제39조 제1항 참조). 즉, 사용자는 보수월액의 산정을 위하여 매년 3월 10일까지 전년도 직장가입자에게 지급한 보수의 총액 등을 피고에게 통보할 의무를 부담하고, 피고는 확정된 해당 연도의 보수총액을 기준으로 보수월액을 다시 산정하여 정산하며, 피고는 사용자가 통보를 하지 않거나 통보 내용이 사실과 다른 경우에는 그 사실을 조사하여 보수월액을 산정 · 변경할 수 있게 된다. 전년도 보수총액을 기준으로 월별 정기보험료를 부과한 후, 다음 해에 정산을 예정하고 있는 위와 같은 규정은 보수가 발생한 해당 월에 곧바로 그 내역을 확인하여 보험료를 부과하는 것이 용이하지 않는 등 절차적 · 현실적 제약을 감안한 것이다.
아울러 피고는 '지급받아야 하는 보수'를 기준으로 직장가입자의 보수월액을 산정하여 정당한 건강보험료를 징수할 권한과 책무가 있는바, 위 규정에 의한 보수월액은 실제 지급한 보수를 기준으로 하는 것이 아니라, 그 지급 여부와 상관없이 사용자가 근로자에게 지급할 의무를 부담하는 보수총액을 기준으로 한다고 봄이 타당하다.
따라서 피고는 국민건강보험법상 연간 정산보험료의 징수권을 사용자의 해당 보험연도 보수의 총액 통보 기한인 해당 보험 연도의 다음 해 3월 10일의 다음 날부터 행사할 수 있는바, 그와 같이 피고가 연간 정산보험료 징수권을 객관적으로 행사할 수 있을 때부터 시효기간이 진행하여 3년이 경과하면 그에 관한 징수권은 시효완성으로 소멸한다(대법원 2022. 12. 15. 선고 2022두49793 판결 참조).
이에 대하여 피고는, 원고와 원고 소속 근로자들의 통상임금에 관한 법적 분쟁이 종료되어 피고가 객관적으로 보험료를 징수할 수 있음을 알게 된 때, 즉 원고가 통상임금 소송의 법원 판결에 따라 이 사건 금원을 소속 근로자에게 지급한 후 이를 피고에게 통보한 때에 정산보험료 징수권의 행사가 가능하게 되었으므로, 그때부터 소멸시효가 진행한다고 주장한다.
살피건대, 국민건강보험 제도는 보험가입자가 납부하는 보험료와 국고부담을 재원으로 하여 국민에게 발생하는 질병 · 부상 등 사회적 위험을 보험방식으로 대처하는 사회보험제도이다. 이를 유지하기 위한 재원인 보험료 징수에 관하여 3년의 단기소멸시효를 규정한 것은, 공단과 가입자 사이의 권리의무관계를 조기에 확정하고 예산 수립의 불안정성을 제거하여 보험재정을 합리적으로 운용하기 위한 것인데, 피고의 주장에 따를 경우 사용자의 지급 의사와 지급 능력, 통보 시점 또는 근로자의 추심 의사 등 우연하고 주관적인 사정에 따라 소멸시효 기산일이 달라지므로, 단기 소멸시효를 규정한 입법 취지에 반하는 부당한 결과가 발생한다.
또한 법 제91조 제3항, 제79조 제5항은 휴직이나 그 밖의 사유로 보수의 전부 또는 일부가 지급되지 아니하는 가입자의 보수월액보험료를 징수할 권리의 소멸시효에 대하여는 납입 고지를 유예함으로서 휴직 등의 사유가 끝날 때까지 진행하지 않는 것으로 별도로 정하고 있다. 이러한 단기 소멸시효의 취지와 예외 규정을 앞서 본 보험료 징수권에 관한 규정, 체계 등과 종합적으로 고려하면, 보험료 징수권은 사용자가 보수 지급관계의 성립을 인식하지 못하거나 피고가 그 성립 여부를 알지 못하였는지 여부와 무관하게 보험료 징수권을 행사할 수 있는 권리의 기초되는 객관적 사실관계, 즉 직장가입자의 경우 사용자가 근로계약에 따라 지급하여야 하는 보수가 발생한 때 해당 보수에 대한 보험료 징수권이 성립하고, 이를 행사함에 있어서 특별한 법률상 장애사유는 없다고 보아야 한다.
피고는 '지급받아야 하는 보수'를 기준으로 직장가입자의 보수월액을 산정하여 정당한 보험료를 징수할 권한과 책무가 있고, 행정조사 권한과 유관기관에 대한 자료제공요청권한을 부여받고 있으며(법 제69조 제1항, 제70조 제1항, 제3항, 제4항, 제94조 내지 제96조 등 참조), 사업장 지도점검을 통해 사용자가 기한 내 전년도 직장가입자에게 지급한 보수의 총액 등을 통보하지 않거나 통보 내용이 사실과 다른 경우 그 사실을 조사하여 보수월액을 산정 · 변경할 수 있는 지위에 있다(법 시행령 제36조 제3항). 이러한 피고의 권한과 공법관계에 있어 우월적 지위를 고려하면, 사용자와 근로자 사이에 보수 지급에 관한 분쟁이 계속 중이었다거나, 피고가 사용자의 협조 없이 직장가입자의 보수를 확정하기 어렵다는 사정이 있었다 하더라도, 이는 피고가 징수권을 행사할 수 없는 법률상 장애사유에 해당하지 않는다.
대법원은 2013. 12. 18. 선고 2012다89399호 전원합의체 판결을 통하여, 어떠한 임금이 통상임금에 속하는지 여부는 그 임금이 소정근로의 대가로 근로자에게 지급되는 금품으로서 정기적 · 일률적 · 고정적으로 지급되는 것인지를 기준으로 그 객관적인 성질에 따라 판단하여야 한다는 법리를 제시하였고, 그 후 원고 소속 근로자들은 원고를 상대로 '상여금 등을 통상임금에 포함하여 시간외 근무수당을 재산정하여 지급하라'는 내용의 통상임금 청구 소송(대전지방법원 2019. 6. 19. 선고 2018가합107088 판결 등)을 제기하였는바, 피고는 이 시점부터 추가 임금 지급 가능성을 충분히 예상할 수 있었고, 보험료 징수권의 행사 또는 시효중단을 위한 조치를 취할 수 있었으나, 그러한 조치를 취하였다는 사정은 기록상 확인되지 않는다.
한편, 대법원은 산업재해보상보험법에 따른 부당이득 징수권의 소멸시효와 관련하여 "근로복지공단이 부정한 방법으로 보험급여를 받은 자에 대하여 산업재해보상보험법에 정한 금액을 부당이득으로 징수함에 있어서, 위 징수권의 소멸시효는 특별한 사정이 없는 한 근로복지공단이 보험급여를 지급한 날부터 진행한다고 보아야 하고, 위와 같은 징수 사유의 발생 사실을 근로복지공단이 알지 못하였고, 알지 못한 데 과실이 없다고 하여도 위 징수권의 소멸시효 기산일을 달리 볼 것은 아니다."라고 판시한 바 있다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2009두3880 판결 참조). 또한 고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 관한 법률 제43조 제1항은 고용보험료 등의 정산에 따른 권리의 소멸시효에 대하여 '다음 보험연도의 첫날부터' 진행하는 것으로 규정하고 있는데, 전년도 보수총액을 기준으로 월별보험료를 부과한 후 다음 해 확정된 해당 연도의 보수총액을 기준으로 정산하는 보험료 부과 및 징수 체계는 건강보험료의 그것과 동일하다. 건강보험료의 징수와 관련하여 위와 같은 명문의 규정이 없기는 하나 관계 법령의 내용, 취지 및 징수권의 소멸시효에 대한 일반적 법리에 비추어 볼 때 건강보험료에 대한 징수권 소멸시효를 다른 사회보험료와 마찬가지로 객관적으로 파악하지 않을 이유가 없다.
따라서 이 사건 금원에 대한 징수권의 소멸시효 기간은 사용자의 해당 보험 연도보수의 총액 통보 기한인 해당 보험 연도의 다음 해 3월 10일의 다음 날부터 진행하는 것이고, 이 사건 금원에 대한 보험료 징수권의 소멸시효 기산점을 통상적인 경우와 달리 인정하여야 할 특별한 사정이 있다거나, 시효완성 전에 피고가 이를 행사하지 못할 법률상 장애 사유가 있었다고 인정하기 어렵다. 따라서 피고의 주장은 받아들일 수 없다.
이 사건 금원에 대한 보험료 징수권의 소멸시효 완성 여부
위 법리에 비추어 이 사건을 보면, 이 사건 금원은 원고 소속 근로자들에게 2011년 1월분부터 2015년 12월분까지 기간의 보수로 추가 지급된 것이므로, 위 금원에 대한 월별보험료 납부기한은 2011. 2. 11.부터 2016. 1. 11.까지 사이에 순차로 도래하고, 연간 정산보험료 산정을 위한 보수총액의 통보기한은 2012. 3. 10.부터 2016. 3. 10.까지 사이에 순차로 도래한다. 피고의 이 사건 금원에 대한 월별보험료 및 연말 정산보험료징수권은 위 각 기한의 다음 날부터 3년의 소멸시효가 진행하므로, 2022. 5. 17. 이루어진 이 사건 처분은 피고의 징수권이 시효로 소멸한 이후에 이루어졌음이 역수상 명백하다.
피고의 도의관념에 적합한 비채변제 항변에 대한 판단
피고는 원고가 시효완성 사실을 알지 못하고 이 사건 정산보험료를 납부하였다 하더라도 이는 도의관념에 적합한 비채변제가 되어 반환을 청구할 수 없다고 주장한다. 살피건대, 민법 제744조가 정하는 도의관념에 적합한 비채변제에서 변제가 도의관념에 적합한 것인지는 객관적인 관점에서 급부를 수령자가 그대로 보유하는 것이 일반인의 법감정에 부합하는지에 따라 판단하고 이에 대한 증명책임은 급부수령자에게 있는데(대법원 2024. 10. 8. 선고 2024다257362 판결 참조), 피고가 주장한 사정이나 제출한 증거들만으로는 원고의 정산보험료 납부가 도의관념에 적합한 비채변제라고 인정하기 부족하고, 달리 그렇게 인정할 증거가 없다.
피고의 항변은 이유 없고, 이 사건 처분은 보험료 징수권의 소멸시효 완성 후 이루어져 위법하다.
이 사건 처분의 당연무효 여부
조세에 관한 소멸시효가 완성되면 국가의 조세부과권과 납세의무자의 납세의무는 당연히 소멸한다 할 것이므로 소멸시효 완성 후에 부과된 부과처분은 납세의무 없는 자에 대하여 부과처분을 한 것으로서 그와 같은 하자는 중대하고 명백하여 그 처분의 효력은 당연무효이다(대법원 1988. 3. 22. 선고 87누1018 판결 등 참조).
피고는 "이 사건 처분의 소멸시효 기산점에 관하여 해석상 다툼의 여지가 있었으므로 이 사건 처분의 하자가 명백하다 할 수 없고, 조세채권과 건강보험료는 법적 성질이 다르므로, 이 사건 처분과 같이 건강보험료가 문제되는 사안에서 위 조세채권의 당연무효 법리를 적용할 수 없다."고 주장한다.
살피건대, 법상 보험료는 특정의 반대급부 없이 금전 납부의무를 부담하는 세금과 달리 반대급부인 보험급여를 전제로 하고, 부과 주체가 국가 또는 지방자치단체가 아니며, 그 징수절차 역시 다른 점은 인정된다. 그러나 우리나라의 건강보험 제도가 사회보험방식을 채택하여 전 국민의 강제가입, 소득수준에 따른 보험료의 차등부과, 균등한 보험급여, 법률에 의한 보험료의 강제징수를 특징으로 하는 점을 고려하면, 보험료 징수권의 소멸시효 완성의 효과 역시 조세에 준하여 보는 것이 타당하다. 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.
민법상 소멸시효는 그 기산일에 소급하여 효력이 생긴다(제167조). 소멸시효가 완성되면 당사자의 원용이 없어도 시효완성의 사실로서 채무는 당연히 소멸한다(대법원1978. 10. 10. 선고 78다910 판결, 대법원 1979. 2. 13. 선고 78다2157 판결, 대법원1985. 5. 14. 선고 83누655 판결 등 참조).
이 사건 처분 이전에 이미 피고의 보험료 징수권이 시효로 소멸하였으므로 원고에게는 납부의무가 없고, 이러한 납부의무 없는 자에 대한 처분의 하자는 중대하고 명백하다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 처분은 당연무효이다.
부당이득반환의무의 발생 및 범위
관련 법리
조세환급금은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸하였음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하고, 환급가산금은 그 부당이득에 대한 법정이자로서의 성질을 가진다(대법원 2008. 1. 10. 선고 2007다79534 판결 참조). 이 때 환급가산금의 내용에 대한 세법상의 규정은 부당이득의 반환범위에 관한 민법 제748조에 대하여 그 특칙으로서의 성질을 가진다고 할 것이므로, 환급가산금은 수익자인 국가의 선의 · 악의를 불문하고 그 가산금에 관한 각 규정에서 정한 기산일과 비율에 의하여 확정된다. 한편 부당이득반환의무는 일반적으로 기한의 정함이 없는 채무로서, 수익자는 이행청구를 받은 다음 날부터 이행지체로 인한 지연손해금을 배상할 책임이 있다.
그러므로 납세자가 조세환급금에 대하여 이행청구를 한 이후에는 법정이자의 성질을 가지는 환급가산금청구권 및 이행지체로 인한 지연손해금청구권이 경합적으로 발생하고, 납세자는 자신의 선택에 좇아 그 중 하나의 청구권을 행사할 수 있다(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009다11808 판결 참조).
구체적 판단
이 사건 처분이 위법하고 그 하자가 중대 · 명백하여 당연무효인데도 원고가 2011~2015년도 귀속분 추가 임금 지급에 따른 정산보험료 48,520,620원 전액을 2022. 6. 10. 납부한 사실은 앞서 본 바와 같다. 피고는 과오납금에 대해 법률상 원인 없이 수령하거나 보유한 부당이득으로써 법 시행령이 정한 이자를 가산하여 반환할 의무가 있다(법 제86조 제3항, 법 시행령 제52조 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제43조의3 제2항, 국세기본법 시행규칙 제19조의3).
한편, 국세기본법 시행규칙 제19조의3의 개정에 따라 이 사건에 적용될 국세환급가산금의 이율은 원고가 보험료를 납부한 날의 다음 날인 2022. 6. 11.부터 2023. 3. 19.까지 연 1.2%, 그다음 날부터 2024. 3. 21.까지 연 2.9%, 그다음 날부터 2025. 3. 20.까지 연 3.5%, 그다음 날부터 이 사건 소장 송달일인 2025. 4. 9.까지 연 3.1%이다.
따라서 피고는 원고에게 과오납금 48,520,620원과 이에 대하여 2022. 6. 11.부터 2023. 3. 19.까지 연 1.2%, 그다음 날부터 2024. 3. 21.까지 연 2.9%, 그다음 날부터 2025. 3. 20.까지 연 3.5%, 그다음 날부터 2025. 4. 9.까지 연 3.1%의 각 비율로 계산한 법정이자, 원고가 그 지급을 청구한 소장이 송달된 다음 날인 2025. 4. 10.부터 피고가 그 이행의무의 존재 여부나 범위에 관하여 항쟁하는 것이 타당하다고 인정되는 이 판결 선고일인 2026. 6. 17.까지 민법에 정한 연 5%, 그다음 날부터 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법에 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.
결론
원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 그 밖의 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것이다. 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 위와 같이 변경한다.
판사 이광만(재판장) 문광섭 박연욱
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.25.