서울행정법원판결

서울행정법원 2015. 8. 13. 선고 2014구합57430 판결

2014

주문

1.

이 사건 소 중 원고 주식회사 A의 주위적 청구 중 2014. 2. 20.자 "과제명(과제번호): E(F)"에 대한 출연금 환수 및 국가연구개발사업의 참여제한처분 취소청구 부분, 원고 B의 주위적 청구 중 2014. 2. 20.자 "과제명(과제번호): E(F)"에 관한 3년의 국가연구개발사업 참여제한처분 취소청구 부분, 원고 C의 주위적 청구, 원고 주식회사 A의 예비적 청구 중 2013. 11. 11.자 "과제명(과제번호): E(F)"에 대한 출연금 환수 및 국가연구개발사업의 참여제한처분 취소청구 부분, 원고 B의 예비적 청구 중 2013. 11. 11.자 "과제명(과제번호): E(F)"에 관한 3년의 국가연구개발사업 참여제한처분 취소청구 부분을 각 각하한다.

2.

피고가

가.

원고 주식회사 A에 대하여 한,

1)

2014. 1. 29.자 "과제명(과제번호): G(H)"에 대한 출연금 환수 및 국가연구개발사업의 참여제한처분을,

2)

2014. 1. 29.자 "과제명(과제번호): I(J)"에 대한 출연금 환수 및 국가연구개발사업의 참여제한처분을,

3)

2014. 1. 29.자 "과제명(과제번호): K(L)"에 대한 출연금 환수 및 국가연구개발사업의 참여제한처분을

각 취소하고,

나.

원고 B에 대하여 한,

1)

2014. 1. 29.자 "과제명(과제번호): G(H)"에 관한 4년의 국가연구개발사업 참여제한처분을,

2)

2014. 1. 29.자 "과제명(과제번호): I(J)"에 대한 3년의 국가연구개발사업 참여제한처분을,

3)

2014. 1. 29.자 "과제명(과제번호): K(L)"에 대한 5년의 국가연구개발사업 참여제한처분을

각 취소하고,

다.

원고 C에 대하여 한 2013. 11. 11.자 "과제명(과제번호): E(F)"에 관한 3년의 국가연구개발사업 참여제한처분을 취소하고,

라.

원고 D에 대하여 한 2014. 1. 29.자 "과제명(과제번호): I(J)"에 관한 1년의 국가연구개발사업 참여제한처분을 취소한다.

3.

소송비용 중 30%는 원고들이, 나머지는 피고가 각 부담한다.

4.

제2항 기재 각 처분은 이 판결의 확정일까지 그 효력을 정지한다.

이유

1.

처분의 경위

가.

당사자의 지위 및 협약 체결 등

1)

원고 주식회사 A(이하 '원고 회사'라고 한다)는 콘텐츠 및 소프트웨어의 제작과 판매 등을 목적으로 하는 회사이고, 원고 B는 위 회사의 대표이사, 원고 C는 위 회사의 이사, 원고 D은 위 회사의 실장이다. 피고는 산업기술혁신 촉진법(이하 '촉진법'이라 한다)에 의하여 산업통상자원부장관이 추진하는 산업기술개발사업의 과제기획·관리 및 평가에 관한 업무 등의 권한을 위탁받은 공공기관이다.

2)

피고는 촉진법 제11조에 따른 아래 표와 같은 과제(이하 '이 사건 각 과제'라고 한다)의 주관기관 내지 참여기관으로 원고 회사를 선정하여 협약을 체결하였다.

3)

한편 피고는 2013. 4. 24. 원고 회사, B, C에게 과제 1에 대한 평가결과를 '보통'으로 통보하였고, 2013. 6. 5. 원고 회사, B에게 과제 2에 대한 동남회계법인 작성의 사업비 사용 실적 보고서를 토대로 하여 '일부 부가가치세를 제외한 나머지는 적정하게 집행하였다'고 통보하였다. 또한 피고는 진도점검을 한 결과 원고 회사, B에게 2013. 7. 2. 과제 2에 대한 주요 사업비 점검의견을 '적정'으로 통보하였고, 2013. 3. 19. 과제 4에 대한 사업비의 집행 등이 체계적으로 집행되고 있다고 통보하였다.

4)

원고 회사의 사업비 사용과 관련하여, 과제 1의 경우는 피고가 원고 회사의 사업비 계좌에 출연금을 송금하면 원고 회사가 그 출연금을 인출하거나 하여 사업비로 사용하는 방식으로, 과제 2, 3, 4의 경우는 원고 회사가 실시간통합연구비관리시스템(이하 'RCMS'라고 한다)에 접속하여 비목 및 세목, 관련 증빙자료 등을 등록하면서 신청하면 피고가 확인절차를 거친 후 피고의 RCMS 계좌에 보관된 사업비를 원고 회사의 사업비 계좌를 경유하여 거래처 계좌, 카드결제계좌로 이체하여 지급하는 방식으로 진행되었다. 다만, 인건비에 관하여는 원고 회사가 지출결의서를 증빙자료로 하여 RCMS에 월별로 신청하여야 하고, 피고가 인건비를 원고 회사의 사업비 계좌 또는 사업비 계좌를 거쳐 원고 회사의 다른 계좌로 각 이체한 후 원고 회사가 이를 출금하여 인건비로 사용할 수 있었다.

나.

피고의 조사 및 원고 회사의 확인서 작성

1)

피고는 2013. 5. 7.경 국민권익위원회로부터 "원고 회사가 산업기술개발사업의 연구비용을 편취한 의혹이 있다"는 내용의 신고사항을 이첩받은 다음, 2013. 5. 6. 및 2013. 7. 1.부터 같은 달 12.까지 원고 회사를 조사한 결과 원고 회사가 사업비 계좌로 이체받은 이 사건 각 과제의 인건비를 원고 회사의 운영자금으로 사용한 사실과 과제 2, 3에 대하여 실제 연구에 참여하지 않은 인원을 참여 연구원으로 하여 인건비를 지급받은 사실을 확인하였다.

2)

이에 원고 회사는 2013. 7. 1. 피고에게 이 사건 각 과제에 관하여 "원고 회사가 아래 표와 같이 수차례에 걸쳐 사업비 계좌로부터 원고 회사의 운영 계좌로 인건비를 송금한 후, 해당 금액을 참여 연구원에게 인건비로 즉시 지급해야 함에도 지연지급 또는 미지급함으로써 원래 용도가 아닌 원고 회사의 운영자금으로 지출하였다"는 내용의 확인서(이하 '이 사건 제1확인서'라고 한다)를 작성해 주었다. 또한 원고 회사는 같은 날 피고에게 "과제 2, 3을 수행함에 있어 연구지원 부서 인원인 에게 현물인건비 25,075,000원[= 10,325,000원(과제 2) + 14,750,000원(과제3)]를 계상하였다"는 내용의 확인서도 작성해 주었다.

3)

이후 피고는 이 사건 제1확인서의 금액에서 1 과제 시작일 이후 협약체결(사업비 지급 개시) 시점까지 RCMS 인출을 지연한 경우, 2 전월 인건비를 RCMS에서 인출했으나 지급하지 않은 상태에서 당월 인건비를 RCMS에서 인출해서 당일에 전월 인건비를 지급한 경우, 3 당월 인건비를 RCMS에서 인출하여 일부를 사업비 목적 외 용도로 사용하였으나 일부 금액은 잔고를 유지하여 해당 금액을 인건비로 지연지급한 경우에 해당하는 각 금액을 제외하였고, 원고 회사는 2013. 9. 25. 피고에게 과제 2, 3, 4에 관하여 아래 표와 같이 인건비를 지연지급 또는 미지급하였다는 내용의 확인서(이하 '이 사건 제2확인서'라고 한다)를 다시 작성해 주었다.

4)

한편 이 사건 각 확인서에 '지연지급'으로 기재된 금액은 위 각 확인서 작성 당시에는 이미 인건비로 지급된 상태였다.

다.

과제 1에 관련한 처분 피고는 2013. 11. 11. 과제 1에 관하여 "유용, 편취, 횡령 등으로 사업비를 용도 외 사용하였다."는 이유로 촉진법 제11조의2 제1항 제5호, 같은 법 시행령 제14조의3, 구 산업기술혁신사업 공통 운영요령(산업통상자원부고시 제2013-77호, 이하 '운영요령'이라 한다) 제45조 제1항 제10호에 따라 원고 회사로부터 출연금 537,560,642원을 환수하고, 원고 회사, B, C에 대하여 각 3년간의 국가연구개발사업의 참여를 제한하였다(이하 원고 회사, B, C에 대한 환수 및 참여제한처분을 통틀어 '이 사건 제1처분'이라 한다). 원고 회사, B, C는 2013. 12. 5. 위 처분에 불복하여 이의신청을 하였는데(이하 '이 사건 이의신청'이라 한다), 피고는 2014. 2. 20. 위 이의신청을 받아들이지 않고 위 처분을 확정하는 내용의 통보를 하였다.

라.

과제 2에 관련한 처분 피고는 2013. 10. 19. 원고 회사, B에게 과제 2에 관하여 "사업비를 목적 외 용도로 유용하였으므로 원고 회사로부터 해당 금액 중 1,035,089,877원(= 정부출연금 1,035,089,877원 + 현물인건비 10,325,000원)을 환수하며, 원고 회사, B에 대하여 각 4년간 국가연구개발사업의 참여를 제한한다."는 내용의 특별평가 결과 종합의견서(갑 제2호증의 3)를 교부하였고, 원고 회사, B는 2013. 10. 28. 이에 불복하여 이의신청을 하였는데, 피고는 2014. 1. 8. 위 이의신청을 기각하였다. 피고는 2014. 1. 29. 원고 회사, B에게 전문위원회 심의결과에 따라 위와 같은 내용을 처분을 확정하는 통보를 하였다(이하 '이 사건 제2처분'이라 한다).

마.

과제 3에 관련한 처분 피고는 2013. 10. 18. 원고 회사, B, D에게 과제 3에 관하여 "사업비를 목적 외 용도로 유용하였으므로 원고 회사로부터 해당 금액 중 정부출연금 41,760,066원을 환수하고, 원고 회사, B에 대하여 각 3년간, 원고 D에게 1년간 국가연구개발사업의 참여를 제한한다."는 내용의 특별평가 결과 종합의견서(갑 제3호증의 1)를 교부하였고, 원고 회사, B, D은 2013. 10. 28. 이에 불복하여 이의신청을 하였는데, 피고는 2014. 1. 8. 위 이의신청을 기각하였다. 피고는 2014. 1. 29. 원고 회사, B, D에게 전문위원회 심의결과에 따라 위와 같은 내용을 처분을 확정하는 통보를 하였다(이하 '이 사건 제3처분'이라 한다).

바.

과제 4에 관련한 처분 피고는 2013. 10. 19. 원고 회사, B에게 과제 4에 관하여 "사업비를 목적 외 용도로 유용하였으므로 원고 회사로부터 해당 금액 중 정부출연금 142,710,693원을 환수하며, 원고 회사, B에 대하여 각 5년간 국가연구개발사업의 참여를 제한한다."는 내용의 특별평가 결과 종합의견서(갑 제4호증의 2)를 교부하였고, 원고 회사, B는 2013. 10. 28. 이에 불복하여 이의신청을 하였는데, 피고는 2014. 1. 8. 위 이의신청을 기각하였다. 피고는 2014. 1. 29. 원고 회사, B에게 전문위원회 심의결과에 따라 위와 같은 내용을 처분을 확정하는 통보를 하였다(이하 '이 사건 제4처분'이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 22호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 소 중 원고 회사의 주위적 청구 중 2014. 2. 20.자 환수 및 참여제한처분 취소청구 부분, 원고 B의 주위적 청구 중 2014. 2. 20.자 참여제한처분 취소청구 부분, 원고 C의 주위적 청구 부분의 적법 여부 직권으로 살피건대, 갑 제1호증 2, 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, 이 사건 제1처분에 관한 문서 중 2013. 11. 11.자 2013-8차 산업기술혁신산업 전문위원회 개최결과 통보(갑 제1호증의 2)에는 구체적인 처분사유와 처분내용 등이 기재되어 있는 '전문위원회 심의결과'가 첨부되어 있음에 반해, 2014. 2. 20.자 전문위원회 결과에 대한 이의신청 타당성 검토 결과 송부(갑 제1호증의 4)에는 원고 회사의 이의에 대한 검토결과만이 기재되어 있을 뿐, 이 사건 제1처분의 구체적인 처분사유와 처분내용 등에 대하여는 전혀 기재되어 있지 않는 등 그 각 기재 내용과 형식 등에 비추어 볼 때, 이 사건 제1처분의 처분일자는 2013. 11. 11.이라고 봄이 상당하다. 따라서 2014. 2. 20.자 이의신청 기각 결정은 종전의 이 사건 제1처분을 유지함을 전제로 한 것에 불과하여 원고 회사, B, C의 권리·의무에 새로운 변동을 가져오는 공권력의 행사나 이에 준하는 행정작용이라고 할 수 없어 처분성이 인정되지 아니하므로, 이를 전제로 하는 원고 회사의 주위적 청구 중 2014. 2. 20.자 환수 및 참여제한처분 취소청구 부분, 원고 B의 주위적 청구 중 2014. 2. 20.자 참여제한처분 취소청구 부분, 원고 C의 주위적 청구 부분의 소는 각 부적법하다.

3.

피고의 본안전 항변에 관한 판단

가.

본안전 항변

1)

이 사건 각 처분은 원고 회사와 피고가 대등한 당사자로서 체결한 '공법상 계약'의 일종인 협약의 위반에 따른 일종의 원상회복조치일 뿐, 공권력의 행사인 처분에 해당하지 않는다.

2)

원고 회사의 예비적 청구 중 2013. 11. 11.자 환수 및 참여제한처분 취소청구 부분, 원고 B의 예비적 청구 중 2013. 11. 11.자 참여제한처분 취소청구 부분, 원고 C의 예비적 청구 부분은 제소기간을 경과하여 제기되었다.

나.

판단

1)

처분성 인정 여부 촉진법 제11조의2 제1항에서 산업기술개발사업에 참여한 기관 등이 출연금을 연구개발비 연구용도 외의 용도로 사용한 경우 행정제재 수단으로 국가연구개발사업 참여제한과 사업비 환수를 함께 규정하고 있고 사업비를 환수함에 있어 협약의 해약을 전제하고 있지 아니한 점, 이 사건 각 처분에 협약을 해약하는 의사표시가 포함되었다고 단정하기도 어려울 뿐만 아니라 피고가 원고들에게 협약을 해약하는 의사를 표시하였다고 볼 증거도 없는 점 등을 종합해 보면, 이 사건 각 처분은 행정청이 공권력주체로서 한 국민의 권리의무에 직접적으로 영향을 미치는 행위에 해당하여 항고소송의 대상인 '처분등'이라고 봄이 타당하다. 따라서 피고의 이 부분 본안전 항변은 이유 없다.

2)

제소기간 도과 여부

가)

원고 회사, B의 경우 갑 제1호증의 2, 3, 4의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 2013. 11. 11. '원고 회사 및 서울지점 대표이사(원고 B 대표)'를 수신자로 기재하여 이 사건 제1처분을 통지한 사실, 원고 회사, B는 2013. 12. 5. 이에 불복하여 피고에게 이 사건 이의신청을 하였는데, 피고는 2014. 2. 20. 위 이의신청을 기각한 사실, 원고 회사, B는 2014. 5. 20. 이 사건 제1처분의 취소를 구하는 청구취지를 예비적으로 추가한 사실을 인정할 수 있고, 이 사건 제1처분의 취소를 구하는 소는 원고 회사, B가 위 처분이 있음을 알았다고 인정되는 2013. 11. 11.부터 90일이 경과한 후에 제기되었음은 기록상 명백하므로, 원고 회사의 예비적 청구 중 2013. 11. 11.자 환수 및 참여제한처분 취소청구 부분, 원고 B의 예비적 청구 중 2013. 11. 11.자 참여제한처분 취소청구 부분의 소는 각 부적법하다. 따라서 피고의 이 부분 본안전 항변은 이유 있다. 이에 대하여 위 원고들은, 이 사건 제1처분에 대한 이의절차를 거친 다음 행정소송을 제기한 경우 제소기간은 행정소송법 제20조 제1항 단서에 따라 위 처분에 대한 이의신청 결과를 통보받은 2014. 2. 20.부터 기산되어야 한다는 취지로 주장하므로 살피건대, 촉진법 제11조의2 제2항은 "연구개발의 결과가 극히 불량하여 산업통상자원부장관이 실시하는 평가에 따라 실패한 사업 또는 중단사업으로 결정된 경우(제1항 제1호)에 따른 연구결과의 평가기준, 평가절차, 연구개발의 참여제한 기간 및 이의신청 절차 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다."고 규정하고 있고, 촉진법 시행령 제14조의3 제5항은 "주관연구기관의 장은 연구개발에 대한 평가 결과에 이의가 있을 때에는 산업통상자원부장관이 평가 결과를 통보한 날부터 10일 이내에 산업통상자원부장관에게 이의신청을 할 수 있다.", 같은 조 제6항은 "제2항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 평가 및 이의신청 등에 필요한 세부 사항은 산업통상자원부장관이 정하여 고시한다."고 규정하고 있으며, 이에 따른 운영요령 제34조 제6항은 "수행기관(과제수행을 위하여 선정된 주관기관 및 참여기관을 말한다)이 사업수행 평가결과에 대해 평가 방법 및 절차에 중대한 하자가 있다고 판단하여 이의가 있을 경우 주관기관의 장은 전담기관의 장에게 이의를 신청할 수 있다."고 규정하고 있다. 위와 같은 관계 법령의 규정체계 및 내용에 비추어 보면, 평가결과, 평가방법 및 절차에 관하여는 이의를 신청할 수 있지만 참여제한 및 환수처분에 관하여는 이의를 신청할 수 없으므로, 설령 피고가 임의로 참여제한 및 환수처분에 관하여 이의제도를 운영하고 있고, 원고 회사, B가 피고에게 그와 같은 이의제도에 따라 이 사건 이의신청을 하였다고 하더라도 이 사건 제1처분에 대해 법률이 정한 이의절차를 거쳤다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 촉진법상의 이의신청은 처분청으로 하여금 처분결과나 그에 따른 요구사항의 적법·타당 여부를 스스로 다시 심사하도록 한 절차로서 행정심판과는 성질을 달리하고 또한 사안의 전문성과 특수성을 살리기 위하여 특별한 필요에 따라 둔 행정심판에 대한 특별 또는 특례 절차라 할 수 없어 행정소송법에서 정한 행정심판을 거친 경우의 제소기간의 특례가 적용된다고 할 수도 없으므로, 이 사건 이의신청에 대한 결과통지일이 아니라 원고 회사, B가 이 사건 제1처분이 있음을 알았다고 인정되는 2013. 11. 11.부터 제소기간을 기산하여야 한다고 봄이 타당하다. 따라서 위 원고들의 위 주장은 받아들이지 아니한다. 위 원고들은 다시 피고가 이 사건 제1처분을 함에 있어 90일 이내에 행정심판 또는 행정소송을 제기할 수 있음을 고지하지 않았고, 권리구제를 위해서는 행정소송에 있어서도 행정심판법 제27조 제6항이 유추적용되어야 하므로 2013. 11. 11.부터 180일 이내에 제기된 이 사건 제1처분에 대한 취소소송은 제소기간을 준수한 것이라는 취지로 주장하므로 살피건대, 행정심판법 제27조 제6항에 의하면 행정청이 심판청구기간을 알리지 아니한 때에는 같은 조 제3항의 기간, 즉 처분이 있은 날로부터 180일 이내에 심판청구를 할 수 있다고 규정되어 있지만, 이러한 규정은 행정심판 제기에 관하여 적용되는 규정이지, 행정소송의 제기에도 당연히 유추적용되는 규정이라고 할 수는 없으므로(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두16875 판결 등 참조), 이와 다른 전제에 선 위 원고들의 위 주장도 이유 없다. 위 원고들은 또한 피고가 2013. 10. 18.과 같은 달 19. 원고들에 대하여 과제 2 내지 4에 관한 특별평가 결과만을 각 통지한 후 2013. 11. 11. 과제 1에 관한 이 사건 제1처분을 한 점, 피고가 원고들에게 과제 1도 과제 2 내지 4와 동일하게 처리하겠다고 반복하여 진술하고, 과제 1에 대해서도 이의신청을 할 수 있다고 안내한 점, 원고들이 아무런 귀책 없이 피고의 안내에 따라 이의절차를 거침으로써 결과적으로 제소기간 준수하지 못하게 된 점, 특히 이 사건 제1처분에 관하여 2013. 1. 11.자 통보서(갑 제1호증의2)에는 전문위원회 의결결과가 '출연금 환수 및 참여제한'이라는 것을 알리고 있을 뿐 피고가 위와 같은 내용의 처분을 한다는 취지는 전혀 나타나 있지 않고, 나아가 불복절차에 대한 안내도 없었던 점 등을 고려하면, 이 사건의 경우 행정소송법 제20조 제1항 단서를 유추적용하여 제소기간은 이 사건 제1처분에 대한 이의신청 결과를 통보받은 2014. 2. 20.부터 기산되어야 한다는 취지로 주장하므로 살피건대, 앞서 살핀 바와 같이 위 원고들이 촉진법상의 이의절차를 거쳤더라도 그 이의절차는 행정심판과는 성질을 달리할 뿐만 아니라 행정심판에 대한 특별 또는 특례 절차라 보기도 어렵고, 또한 피고의 행정심판청구에 관한 잘못된 안내가 있었다고 볼만한 자료도 없으며, 한편 2013. 11. 11.자 통보(갑 제1호증의 2)에 구체적인 처분사유와 처분내용 등이 기재되어 있음은 앞서 살핀 바와 같으므로, 원고가 주장하는 사정만으로는 행정소송법 제20조 제1항 단서에서 정한 '행정청이 행정심판청구를 할 수 있다고 잘못 알린 경우'에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 위 원고들의 위 주장도 받아들이지 아니한다.

나)

원고 C의 경우 상대방 있는 행정처분이 상대방에게 통지되지 않은 경우 등은 비록 상대방이 그 내용을 어떠한 경로를 통하여 알게 되었다고 하더라도 제소기간이 진행될 수 없는바(대법원 2004. 4. 9. 선고 2003두13908 판결 등 참조), 달리 피고가 이 사건 제1처분을 원고 C에게 통지하였다는 점을 인정할 증거가 없는 이상 원고 C의 예비적 청구가 제소기간을 도과하여 부적법하다고 할 수는 없으므로, 피고의 이 부분 본안전 항변은 이유 없다.

4.

원고 C에 대한 참여제한처분 및 이 사건 제2, 3, 4처분(이하 위 각 처분을 통틀어 '이 사건 각 처분'이라고 한다)의 적법 여부 가. 원고들의 주장 1) 사전절차 미준수 이 사건 각 처분은 행정절차법에 따른 사전통지를 누락하거나 의견제출의 기회를 주지 않은 절차상의 하자가 있다.

2)

처분사유 불특정 피고는 이 사건 각 처분을 하면서 원고 회사가 용도 외 사용한 금액만을 일방적으로 제시할 뿐 그 구체적인 내역을 밝히지 않고 있으므로, 이 사건 각 처분은 처분사유가 불특정되어 위법하다.

3)

처분사유의 부존재

가)

이 사건 각 처분의 근거 규정인 운영요령에서 '사업비를 목적 외 용도로 유용한 경우'를 횡령·편취에 준하여 규정하고 있으므로 그 경우에도 불법영득의 의사가 표시되어야 할 것인데, 원고 회사가 피고로부터 지급받은 이 사건 각 과제의 인건비 중 일부를 인건비가 아닌 다른 용도에 사용하여 인건비 지급을 일시 지연하기는 하였으나 종국적으로 참여 연구원에게 인건비를 모두 지급하였으므로, 불법영득의 의사가 없어 '사업비를 목적 외로 사용한 경우'에 해당하지 않는다.

나)

운영요령 별표 3은 '사업비를 다른 용도로 일시 전용한 경우'와 '사업비를 목적 외로 사용한 경우'를 구분하고 있고, 원고 회사는 인건비 항목의 사업비를 다른 용도로 일시 사용했다가 원래 용도로 충당했으므로 일시 전용한 경우이지 사업비를 궁극적으로 해당 용도인 인건비 외의 다른 용도로 사용한 경우가 아니다.

다)

산업기술혁신사업 사업비 산정, 관리 및 사용, 정산에 관한 요령(산업통상자원부고시 제2013-78호, 이하 '사업비 요령'이라 한다) 제7조에 따르면 사업비는 조정할 수 있다고 규정되어 있고, 그 밖에 사업비 관련 법 규정을 보더라도 사업비 예산의 용도가 제한되어 있더라도 항목이나 비목 간 변경이 금지된다고 볼 만한 규정이 없으므로 인건비 중 일부를 일시적으로 다른 곳에 사용한 후 충당하여 원래 용도에 사용한 것에 대하여 용도 자체를 벗어난 사용으로서 '연구용도 외의 사용'이라고 할 수는 없다.

라)

피고는 이 사건 각 처분에 따른 환수금액을 정하면서 원고 회사가 매월 연구원에게 지급해야 하는 급여를 해당 월에 지급하지 않고 다음 달에 지급한 경우 그 지급된 급여는 전월의 급여일 뿐 그 달의 급여가 아니라고 파악함으로써 실제로는 매월 급여가 지급되고 단지 첫 번째 달의 급여만이 미지급 또는 지연지급된 것임에도 전 기간의 급여에 해당하는 사업비를 '연구용도 외의 사용'으로 평가하여 그 전액을 환수금액으로 정하였는바, 이는 급여가 모두 지급되었다는 사정에 비추어 위법하다.

4)

신뢰보호원칙 위반 피고는 수차례 사업비 집행에 대한 점검을 하고 적정하다고 통보하였고, 원고들은 피고의 위 통보를 신뢰하여 원고 회사의 경영상의 어려움이 해소될 때까지 동일한 방식으로 인건비를 집행해 온 것인데, 피고가 원고들이 사업비 집행을 위법·부당하게 하였다는 이유로 이 사건 각 처분을 한 것은 원고들의 정당한 신뢰를 침해하는 것으로서 신뢰보호원칙에 위반된다.

5)

재량권의 일탈·남용 원고 회사가 인건비 용도의 출연금을 원고 회사의 세금이나 공과금에 사용한 점, 출연금을 용도 외로 사용함으로써 원고 회사 또는 제3자로 하여금 이득을 취하게 하려 한 것이 아니라 자금사정상 어쩔 수 없이 선지출하여 사용한 점, 이후에는 순차적으로 인건비를 전부 집행한 점, 원고 회사의 기술력과 이 사건 각 처분으로 인한 원고들이 받게 될 불이익 등을 고려하면, 이 사건 각 처분은 원고들에게 지나치게 가혹하여 재량권을 일탈·남용하였다.

나.

관련 법령 별지 기재와 같다.

다.

판단

1)

사전절차 미준수에 대하여 구 행정절차법(2014. 1. 28. 법률 제12347호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항, 제4항, 제22조에 의하면, 행정청이 당사자에게 의무를 과하거나 권익을 제한하는 처분을 하는 경우에는 미리 처분하고자 하는 원인이 되는 사실과 처분의 내용 및 법적 근거, 이에 대하여 의견을 제출할 수 있다는 뜻과 의견을 제출하지 아니하는 경우의 처리방법 등의 사항을 당사자 등에게 통지하여야 하고, 또한 다른 법령 등에서 필수적으로 청문을 실시하거나 공청회를 개최하도록 규정하고 있지 아니한 경우에도 당사자 등에게 의견제출의 기회를 주어야 하되, '당해 처분의 성질상 의견청취가 현저히 곤란하거나 명백히 불필요하다고 인정될 만한 상당한 이유가 있는 경우' 등에는 처분의 사전통지나 의견청취를 아니할 수 있다. 따라서 행정청이 침해적 행정처분을 하면서 당사자에게 위와 같은 사전통지를 하지 아니하거나 의견제출의 기회를 주지 아니하였다면, 사전통지를 하지 아니하거나 의견제출의 기회를 주지 아니하여도 되는 예외적인 경우에 해당하지 아니하는 한, 그 처분은 위법하여 취소를 면할 수 없다(대법원 2013. 1. 16. 선고 2011두30687 판결 등 참조).

가)

원고 회사, B, D의 경우 갑 제2호증의 3, 4, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 2, 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 이 사건 제2, 3, 4처분에 앞서 구체적인 처분사유와 처분내용 등이 기재된 이 사건 각 통지서를 위 원고들에게 교부한 사실, 위 원고들이 위 각 처분의 통지 전후로 피고에게 모두 이의신청을 한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정 사실에 의하면 이 사건 제2, 3, 4처분에 대하여는 위 원고들에게 사전통지가 이루어졌다고 봄이 상당하므로, 위 각 처분에 사전절차를 준수하지 않은 하자는 없다. 따라서 위 원고들의 위 주장은 이유 없다.

나)

원고 C의 경우 피고가 2013. 11. 11. 이 사건 제1처분을 함에 있어 원고 C에게 행정절차법이 정한 사전통지를 하였다고 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고 C에 대한 위 처분은 절차상 하자가 있어 위법하다. 따라서 원고 C의 위 주장은 이유 있다.

2)

처분사유 불특정에 대하여 행정절차법 제23조 제1항은 행정청이 처분을 하는 때에는 당사자에게 그 근거와 이유를 제시하도록 규정하고 있고, 이는 행정청의 자의적 결정을 배제하고 당사자로 하여금 행정구제절차에서 적절히 대처할 수 있도록 하는 데 그 취지가 있으므로, 처분의 근거와 이유 제시의 정도는 처분서에 기재된 내용과 관계 법령 및 당해 처분에 이르기까지 전체적인 과정 등을 종합적으로 고려하여 처분 당시 당사자가 어떠한 근거와 이유로 처분이 이루어진 것인지를 충분히 알 수 있어서 그에 불복하여 행정구제절차로 나아가는 데에 별다른 지장이 없을 정도여야 할 것이다(대법원 2013. 11. 14. 선고 2011두18571 판결 참조). 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하면 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, 이 사건 각 처분서에 행정처분의 기준이 되는 근거 법령 등을 분명하게 제시하고, 그 처분사유를 '이 사건 각 과제에 대한 사업비를 용도 외로 사용한 것'이라고 밝혔던 점, 원고 회사가 피고에게 인건비의 지연지급 및 미지급액수가 구체적으로 기재된 이 사건 각 확인서를 작성해 주었던 점, 이 사건 각 처분을 전후로 원고들이 이의신청한 내용 등을 종합해 보면, 이 사건 각 처분 당시 원고들이 어떠한 근거와 이유로 처분이 이루어진 것인지를 충분히 알 수 있었으므로, 이 사건 각 처분에 행정절차법 제23조 제1항의 규정을 위반한 절차상 위법이 없다. 따라서 원고들의 위 주장도 이유 없다.

3)

처분사유 부존재에 대하여 위 인정사실에 갑 제6, 9호증(각 가지번호 포함)의 기재, 증인 M의 증언 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, 1 촉진법 제11조의2 제1항 제5호에서 "출연금을 연구개발비의 연구용도 외의 용도 사용한 경우"라고만 규정하고 있고, 형벌과 행정처분은 그 주체와 목적, 성질 등을 달리하는 점 등에 비추어 보면, '용도 외 사용'에 따른 제재처분을 함에 있어 형법상 구성요건인 '불법영득의 의사'까지 요구된다고 보기 어려운 점, 2 '보조금의 예산 및 관리에 관한 법률'에 의하면, 보조금은 별도 계정을 설정하고 자체 수입 및 지출을 명백히 구분하여 계리하고 관리하여야 하며(제34조 제1항), 다른 용도에 사용하는 것이 엄격히 금지되고(제22조 제1항), 이를 위반하는 경우 3년 이하의 징역 또는 200만 원 이하의 벌금형에 처하도록 할 뿐 아니라(제41조) 교부결정의 전부 또는 일부를 취소하고(제30조 제1항) 취소된 부분에 해당하는 보조금의 반환을 명하며(제31조 제1항), 반환받을 보조금에 대하여는 국세징수의 예에 따라 징수할 수 있도록(제33조 제1항) 규정되어 있는데, 이러한 제 규정의 취지를 고려하면 보조금은 용도가 엄격히 제한된 자금으로 보아야 하는바(대법원 2011. 10. 13. 선고 2009도13751 판결 등 참조), 피고가 원고 회사에 지급한 이 사건 각 과제에 대한 인건비가 종국적으로 대부분 지급되었다고 하더라도 이는 사후에 발생한 사정에 불과하고, 원고 회사가 수년간 용도가 엄격히 제한된 인건비를 회사의 운영자금 등으로 사용한 것 자체로서 불법영득의 의사가 실현되었다고 보이는 점, 3 운영요령 별표 3에서 '사업비를 다른 용도로 일시 전용한 경우'와 '사업비를 용도 외로 사용한 경우'를 구분하고 있기는 하나, 일시 전용의 예시로 "전용 횟수가 1회에 국한되고 전용한 금액을 사업비 통장에 재입금한 상태로 적발된 경우"로 규정하고 있으므로, 원고 회사가 인건비를 전용한 기간, 금액, 피고에게 발각된 경위 등을 고려하면 이를 '일시적인' 전용이라고 보기는 어려운 점, 4 사업비 요령 제7조에서는 피고가 평가위원회의 검토 등을 반영하여 사업비의 세부내역을 조정할 수 있다고 규정하고 있으므로 이를 근거로 원고 회사가 사업비를 임의로 변경할 권한이 있다고 볼 수는 없고, 앞서 본 바와 같이 원고는 사업비의 비목 및 세목을 조정한 것을 넘어 이 사건 각 과제의 인건비를 그 용도 외로 사용하였던 점, 5 원고 회사는 경영난으로 인하여 피고로부터 교부받은 인건비를 다른 용도로 우선 사용하고 해당 직원들의 인건비는 대부분 지연하여 지급한 것으로 보이는데, 근로기준법에 따른 형사처벌 및 지연이자의 가산, 근로자의 의사, 변제충당의 법리 등을 고려할 때 해당 월의 인건비를 지급함에 있어 기존에 미지급된 인건비가 있는 상태에서 그 이후로 발생된 인건비가 먼저 충당된다고 보기는 어렵고, 일단 용도 외 사용으로 인건비가 지급되지 않거나 지연하여 지급된 이상 원고 회사가 사후에 이를 변상하거나 보전하였다고 하더라도 환수할 금액에서 공제해야 하는 것은 아닌 점 등을 종합하면, 원고 회사는 용도가 엄격히 제한된 이 사건 각 과제의 인건비를 그 용도 외로 사용한 사실이 인정되고, 이는 촉진법이 정한 '출연금을 연구개발비의 연구용도 외의 용도로 사용한 경우'에 해당함이 분명하다. 따라서 이 사건 각 처분사유는 존재한다고 봄이 타당하다.

4)

신뢰보호의 원칙 위반에 대하여 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 그 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 마지막으로 위 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 하는바, 둘째 요건에서 말하는 귀책사유라 함은 행정청의 견해표명의 하자가 상대방 등 관계자의 사실은폐나 기타 사위의 방법에 의한 신청행위 등 부정행위에 기인한 것이거나 그러한 부정행위가 없다고 하더라도 하자가 있음을 알았거나 중대한 과실로 알지 못한 경우 등을 의미한다고 해석함이 상당하고, 귀책사유의 유무는 상대방과 그로부터 신청행위를 위임받은 수임인 등 관계자 모두를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두1512 판결 등 참조). 위 인정사실에 갑 제10호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 1 원고 회사는 경영난을 이유로 수년간 용도가 제한된 인건비를 회사의 운영자금으로 우선 사용하면서 피고에게 이러한 유용이 가능한지 여부를 직접 문의한 적은 없었던 점, 2 과제 1에 대한 피고의 평가는 '과제 달성 여부'에 관한 것이지 사업비의 적정사용에 관한 것이 아니고, 과제 2에 대한 2013. 6. 5.자 통보는 원고 회사의 사업비에 대한 동남회계법인의 정산 결과에 따라 이루어진 피고의 평가인데 당시 위 회계법인은 인건비가 지연 지급되는 동안 인건비에 상당하는 금액이 다른 용도에 사용되었는지 여부를 조사한 것은 아니었으며, 과제 2, 4에 대한 각 진도점검은 중간의 잠정적인 평가일 뿐 원고 회사의 사업비 사용을 확정적으로 정당하다고 인정한 것으로 보기 어려운 점, 3 운영요령

알 수 있는 다음과 같은 사정들, 1 원고 회사는 경영난을 이유로 수년간 용도가 제한된 인건비를 회사의 운영자금으로 우선 사용하면서 피고에게 이러한 유용이 가능한지 여부를 직접 문의한 적은 없었던 점, 2 과제 1에 대한 피고의 평가는 '과제 달성 여부'에 관한 것이지 사업비의 적정사용에 관한 것이 아니고, 과제 2에 대한 2013. 6. 5.자 통보는 원고 회사의 사업비에 대한 동남회계법인의 정산 결과에 따라 이루어진 피고의 평가인데 당시 위 회계법인은 인건비가 지연 지급되는 동안 인건비에 상당하는 금액이 다른 용도에 사용되었는지 여부를 조사한 것은 아니었으며, 과제 2, 4에 대한 각 진도점검은 중간의 잠정적인 평가일 뿐 원고 회사의 사업비 사용을 확정적으로 정당하다고 인정한 것으로 보기 어려운 점, 3 운영요령 제34조, 제35조는 '사업결과의 평가'와 '사업비 사용실적에 대한 정산'을 구분하면서, "전담기관의 장 등은 사업비 사용실적보고 및 정산이 완료된 후에도 사업비를 부당하게 집행한 사실을 알게 된 경우에는 정산 및 현장검증을 거쳐 해당 금액 중 정부출연금 지분에 해당하는 금액을 회수할 수 있다"고 규정하고 있는 점 등을 종합하면, 피고가 원고들에게 이 사건 각 과제의 인건비 집행과 관련하여 이 사건 각 처분을 하지 않겠다는 공적 견해를 표명하였다거나 원고들이 장차 이 사건 각 처분이 이루어지지 않을 것이라고 신뢰한 데에 정당한 이유가 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고들의 위 주장도 이유 없다.

5)

재량권의 일탈·남용에 대하여 산업기술혁신촉진법에서 산업기술개발사업에 참여하는 자에게 출연금을 지급하는 목적은 산업기술혁신을 촉진하고 기반을 조성하여 산업경쟁력을 강화함으로써 국민경제의 지속적인 발전에 이바지하고자 하는 것으로, 산업기술개발을 수행하는 자가 사업 수행을 위하여 지급된 정부출연금을 사업과제와 무관한 용도로 사용하는 것을 방지하기 위하여 국가연구개발사업의 참여를 제한하고 이미 출연한 사업비를 환수할 공익상 필요가 있다. 그러나 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하면 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, 1 이 사건의 경우 원고들이 인건비 용도의 사업비를 사적인 이익을 위하여 소비하거나 빼돌린 것이 아니라 원고 회사의 경영난으로 인하여 회사의 운영자금으로 우선 사용한 것으로 원고 회사가 종국적으로는 그 대부분을 본래 용도에 따른 인건비로 지급하였던 점, 2 원고들이 이 사건 각 과제를 비교적 성실하게 수행한 것으로 보이는 점, 3 운영규정 제45조 제1항 [별표 3] '문제과제에 대한 제재 및 환수 기준'에서 위반행위의 경중과 과제의 목표 달성 가능성 등을 고려하여 사업비 환수 금액을 감액할 수 있고, 용도 외 사용사실을 적발하였을 때에 해당 금액이 사업비 계정에 이미 회복된 경우에는 참여제한기간을 1년 이상 감경할 수 있다고 규정하고 있는데, 이 사건에서도 원고 회사가 그 인건비를 차후에라도 지급함으로써 해당 금액이 사업비 계정에 이미 회복된 경우에 해당한다고 볼 수 있는 점, 4 사업비가 제대로 집행되고 있는지 규제할 공익상 필요가 인정된다고 하더라도 그 용도대로 사용된 인건비 전액을 환수하는 취지의 이 사건 각 처분으로 말미암아 원고 회사가 입게 될 불이익이 클 것이라는 점은 쉽게 예상할 수 있는 점 등을 종합하면, 이 사건 각 처분은 재량권의 범위를 일탈·남용한 것이라고 보인다. 따라서 원고들의 위 주장은 이유 있다.

5.

효력정지 이 사건 기록에 의하면, 이 사건 각 처분으로 인하여 원고들에게 생길 손해를 예방하기 위하여 긴급한 필요가 있다고 인정되고 달리 효력정지로 인하여 공공복리에 중대한 영향을 미칠 우려가 있는 때에 해당한다고 보이지 아니하므로, 직권으로 이 사건 각 처분의 효력을 이 판결의 확정일까지 정지하기로 한다.

6.

결론 그렇다면 원고 회사의 주위적 청구 중 2014. 2. 20.자 과제 1에 대한 출연금 환수 및 국가연구개발사업의 참여제한처분 취소청구 부분, 원고 B의 주위적 청구 중 2014. 2. 20.자 과제 1에 관한 3년의 국가연구개발사업 참여제한처분 취소청구 부분, 원고 C의 주위적 청구 부분, 원고 회사의 예비적 청구 중 2013. 11. 11.자 과제 1에 대한 출연금 환수 및 국가연구개발사업의 참여제한처분 취소청구 부분, 원고 B의 예비적 청구 중 2013. 11. 11.자 과제 1에 관한 3년의 국가연구개발사업 참여제한처분 취소청구 부분은 각 각하하고, 원고 회사, B의 각 나머지 청구, 원고 D의 청구, 원고 C의 예비적 청구는 모두 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 판사 차행전(재판장) 조현욱 박광민

출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.25.