주문
피고가 2014. 9. 12. 원고에 대하여 한 부가가치세 2008년 제1기분 4,786,600원, 2008년 제2기분 3,875,920원, 2009년 제1기분 3,764,860원, 2009년 제2기분 541,900 원(각 가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.
소송비용은 피고가 부담한다.
이유
처분의 경위
원고는 2008년부터 2009년까지 B(이하 '이 사건 회사'라 한다)에서 프로그램개발업무를 하고 그 대가로 합계 75,338,710원(2008년 제1기 27,000,000원, 2008년 제2기 22,500,000원, 2009년 제1기 22,500,000원, 2009년 제2기 3,338,710원)을 수령하였다.
이 사건 회사는 위 지급액을 사업소득으로 원천징수하였고, 원고도 이를 사업소득으로 하여 2008년 및 2009년 귀속 종합소득세를 신고하였다.
피고는 원고가 사업자로서 이 사건 회사에게 프로그램개발 용역을 공급한 것으로 보아 2014. 9. 12. 원고에게 부가가치세 4건 합계 12,969,280원(2008년 제1기분 4,786,600원, 2008년 제2기분 3,875,920원, 2009년 제1기분 3,764,860원, 2009년 제2기분 541,900원)을 결정·고지하였다(각 가산세 포함, 이하 포괄하여 '이 사건 처분'이라 한다).
원고는 이에 불복하여 2014. 11. 26. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2015. 4. 3. 원고의 청구를 기각하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 7호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
이 사건 처분의 적법 여부
원고의 주장
원고는 프로그램개발이라는 업무의 특성상 기간을 정하여 계약을 체결하고 그 계약기간을 연장하거나 동일한 조건으로 반복하여 계약을 체결한 것이며, 독립하여 자신의 계산으로 사업을 영위한 것이 아니다. 즉, 원고는 부가가치세가 부과되는 독립된 사업자로서 인적용역을 제공한 것이 아니라 이 사건 회사에 종속되어 있는 근로자로서 업무를 제공한 것이므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
관계 법령
별지 기재와 같다.
판단
구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 부가가치세법'이라 한다) 제2조 제1항 제1호는 '영리목적의 유무에 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자'를 '사업자'라 하여 부가가치세 납세의무자로 규정하고 있는데, 여기서 '사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자'란 부가가치를 창출하여 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 뜻한다(대법원 2005. 7. 15. 선고 2003두5754 판결 등 참조).
한편, 구 부가가치세법 제7조는 제1항에서 '용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화 · 시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다'고 하면서 제3항에서 '대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하거나 고용관계에 의하여 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다'고 규정하고 있으며, 근로기준법은 제2조에서 '직업의 종류와 관계없이 임금을 목적으로 사업 또는 사업장에 근로를 제공하는 자'를 '근로자'로 규정하고 있다. 여기서 근로기준법상의 근로자에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는 그 계약의 형식이 민법상의 고용계약인지 또는 도급계약인지에 관계없이 그 실질에 있어 근로자가 사업 또는 사업장에 임금을 목적으로 종속적인 관계에서 사용자에게 근로를 제공하였는지 여부에 따라 판단하여야 할 것이고, 위에서 말하는 종속적인 관계가 있는지 여부를 판단함에 있어서는, 업무의 내용이 사용자에 의하여 정하여지고 취업규칙 또는 복무(인사)규정 등의 적용을 받으며 업무수행과정에 있어서도 사용자로부터 구체적·개별적인 지휘·감독을 받는지 여부, 사용자에 의하여 근무시간과 근무장소가 지정되고 이에 구속을 받는지 여부, 근로자 스스로가 제3자를 고용하여 업무를 대행케 하는 등 업무의 대체성 유무, 비품·원자재나 작업도구 등의 소유관계, 보수의 성격이 근로 자체의 대상적 성격이 있는지 여부와 기본급이나 고정급이 정하여져 있는지 여부 및 근로소득세의 원천징수 여부 등 보수에 관한 사항, 근로제공관계의 계속성과 사용자에의 전속성의 유무와 정도, 사회보장제도에 관한 법령 등 다른 법령에 의하여 근로자로서의 지위를 인정받는지 여부, 양 당사자의 경제·사회적 조건 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 1994. 12. 9. 선고 94다2289 판결 등 참조). 다만, 기본급이나 고정급이 정하여졌는지, 근로소득세를 원천징수하였는지, 사회보장제도에 관하여 근로자로 인정받는지 등의 사정은 사용자가 경제적으로 우월한 지위를 이용하여 임의로 정할 여지가 크다는 점에서, 그러한 점들이 인정되지 않는다는 것만으로 근로자성을 쉽게 부정하여서는 안 된다(대법원 2006. 12. 7. 선고 2004다29736 판결, 2010. 5. 27. 선고 2007두9471 판결 등 참조).
갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제4호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.
원고와 이 사건 회사가 체결한 용역계약서에 의하면, 업무내용(C회사 APP팀 내에서 원고에게 부여하는 업무)과 근로장소(이 사건 회사가 지정하는 장소) 및 근무시간(오전 9:00 ~ 오후 6:00)이 정해져 있고, 원고에게 직접 지휘·명령하는 자는 APP팀의 팀장으로 되어 있다.
원고는 이 사건 회사 소속의 지휘·감독자에게 업무 진행 현황을 주기적으로 보고할 것을 지시받았고 업무를 수행함에 있어 이 사건 회사에서 정한 취업규칙, 업무기준 및 근무수칙 등을 적용받았으며, 원고의 업무 수행에 필요한 시설 및 장비는 이 사건 회사가 제공하였다.
원고의 근무 내용이 위와 같았고, 원고가 스스로 제3자를 고용하여 업무를 대행하도록 할 수 없었다는 등의 내용이 기재된 이 사건 회사 명의의 사실확인서가 이 법원에 제출되었다.
원고는 이 사건 회사에서 수행하는 업무의 대가로 매월 말일에 월 4,500,000원의 고정된 금액을 지급받았고, 특정한 프로그램의 개발 여부 또는 그 진행정도에 따라 이 사건 회사로부터 지급받는 금액이 달라지지는 않았던 것으로 보인다. 마) 을 제3호증의 기재에 의하면, 원고가 2006년부터 2014년까지(2010년 제외) 매년 2개 이상의 회사에 용역을 제공하고 이를 사업소득으로 하여 소득세를 신고한 사실은 인정되나, 이는 프로그램개발 업무의 특성상 하나의 회사에 1년 이상 고용되는 경우가 많지 않기 때문인 것으로 보이고, 원고가 이 사건 회사와의 계약기간 중에 중복하여 다른 업체에 대해서도 용역을 제공하였음을 인정할 자료는 없다.
이 사건에서 피고가 부가가치세의 과세 대상으로 삼은 원고의 프로그램개발업무가 독립된 사업자로서 이 사건 회사에 공급한 용역에 해당하는지 여부에 관하여 보건대, 피고는, 갑 제1호증의 1 내지 3에 용역계약서(프리랜서) 또는 용역연장계약서(프리랜서)라고 기재되어 있는 점, 이 사건 회사에서 위 각 계약에 따른 용역의 대가에 대해 사업소득으로 원천징수하였고, 원고도 이를 사업소득으로 하여 종합소득세를 신고한 점, 원고가 이 사건 회사 이외에도 매년 1~3개 업체에서 업무를 수행하였다는 점 등을 이유로 원고가 독립된 사업자로서 이 사건 회사에 부가가치세 과세대상인 프로그램 개발용역을 제공하였다고 주장한다. 그러나 위 인정사실에 의하면, 원고는 일정한 계약기간 동안 임금을 목적으로 이 사건 회사에 전속되어 프로그램개발업무를 수행한 것으로 볼 수 있으므로, 독립된 사업자로서가 아니라 이 사건 회사와의 고용관계에 의하여 근로를 제공하였다고 봄이 상당하고, 피고의 주장과 같은 사유만으로는 이를 뒤집기에 부족하다(또한 피고는 변론종결 후, '이 사건 회사가 다수의 프로그램 개발용역 참가자들 중 원고를 제외한 일부에 대해서만 실질적 근로소득자임을 인정하고 이에 따른 근로소득원천징수 지급조서 및 수정 사업소득지급조서를 제출하였으므로 원고는 근로자가 아니라 독립된 사업자에 해당한다'는 취지의 서면을 제출하였으나, 위 근로소득자들과 원고의 업무형태가 실질적으로 다르다는 점을 인정할 자료가 없고, 이 사건 회사가 위와 같이 원고를 근로소득자로 인정하지 않았다는 이유만으로 원고가 독립된 사업자에 해당한다고 볼 수는 없다).
따라서, 이와 다른 전제에서 원고에게 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 위법하고, 원고의 주장은 이유 있다.
결론
원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판사 김병수(재판장) 강효인 장인혜
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.25.