주문
원고의 청구를 기각한다.
소송비용은 원고가 부담한다.
이유
처분의 경위
원고는 공공주택 특별법 제6조 제1항에 따라 공공주택지구로 지정된 서울 강남구 A 일원 386,479㎡에서 실시된 공공주택지구 조성사업(이하 '이 사건 사업'이라고 한다)의 사업자이다.
이 사건 사업지구는 2016. 6. 29. 공공주택지구로 지정된 후 2018. 1. 9. 지구계획 승인을 받았으며, 이후 수차례 지구계획 변경을 거쳐 2021. 4. 30. 지구계획 3차 변경 승인을 받고 이 사건 사업은 현재 시행 중이다.
이 사건 사업지구 면적은 30만㎡ 이상으로서, 원고는 구 폐기물처리시설 설치촉진 및 주변지역지원 등에 관한 법률(2020. 6. 9. 법률 제17427호로 개정되기 전의 것<1>, 이하 '구 폐기물시설촉진법'이라고 한다) 제6조 제1항에 의하여 이 사건 사업지구에서 발생하는 폐기물을 처리하기 위해 폐기물처리시설을 설치하거나 그 설치비용에 해당하는 금액(이하 '폐기물처리시설 설치부담금'이라고 한다)을 피고에게 납부할 의무가 있다.
원고는 2019. 4. 16. 피고에게 구 폐기물시설촉진법 제6조 제1항, 제4항 및 같은 법 시행령(2020. 12. 8. 대통령령 제31238호로 개정되기 전의 것<2>, 이하 '구 폐기물시설촉진법 시행령'이라고 한다) 제4조, 구 서울특별시 강남구 폐기물처리시설 설치비용 징수와 기금설치 및 운용에 관한 조례(2024. 5. 17. 서울특별시강남구조례 제1953호로 개정되기 전의 것, 이하 '이 사건 조례'라고 한다)에 따라 작성한 폐기물처리시설 설치분담금 납부계획서(이하 '이 사건 납부계획서'라고 한다)를 제출하였다.
피고는 2023. 1. 6. 원고에게 폐기물처리시설 설치부담금 5,737,275,870원을 부과·고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
관계 법령
별지 기재와 같다.
피고의 본안전항변에 관한 판단
항변의 요지
피고는 이 사건 처분 당시 '처분을 통지받은 날로부터 90일 이내에 행정심판 또는 행정소송을 제기할 수 있다'라고 고지하였는데, 원고는 이 사건 처분의 법적 성격 및 구제 방법을 자의적으로 해석한 후 피고에게 적법한 구제 방법이 아닌 이의신청을 하였다. 이의신청절차를 거친 기간은 제소기간 도과 여부 판단에 고려할 수 없고, 이 사건 소는 이 사건 처분일로부터 90일이 도과된 후에 제기되었으므로 부적법하다.
판단
지방자치법 제155조는 '지방자치단체는 그 재산 또는 공공시설의 설치로 주민의 일부가 특히 이익을 받으면 이익을 받는 자로부터 그 이익의 범위에서 분담금을 징수할 수 있다'라고 규정하고 있고, 어떤 법인이 특정한 지방자치단체에서 인적·물적 설비를 갖추고 계속적으로 사업을 영위하면서 해당 지방자치단체의 재산 또는 공공시설의 설치로 특히 이익을 받는 경우에는 지방자치법 제155조에 따른 분담금 납부의무자가 될 수 있다(대법원 2022. 4. 14. 선고 2020두58427 판결 참조).
부담금관리 기본법 제2조는 '이 법에서 "부담금"이란 중앙행정기관의 장, 지방자치단체의 장, 행정권한을 위탁받은 공공단체 또는 법인의 장 등 법률에 따라 금전적 부담의 부과권한을 부여받은 자가 분담금, 부과금, 기여금, 그 밖의 명칭에도 불구하고 재화 또는 용역의 제공과 관계없이 특정 공익사업과 관련하여 법률에서 정하는 바에 따라 부과하는 조세 외의 금전지급의무(특정한 의무이행을 담보하기 위한 예치금 또는 보증금의 성격을 가진 것은 제외한다)를 말한다'라고 규정하고 있고, 반드시 부담금관리 기본법 별표에 부담금이 포함되어야만 부담금 부과가 유효하게 된다고 해석할 수는 없다(대법원 2014. 1. 29. 선고 2013다25927, 25934 판결 참조).
앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거들, 갑 제4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정, 즉 ① 지방자치단체의 장인 피고가 이 사건 사업과 관련하여 원고에게 구 폐기물시설촉진법령에 따라 폐기물처리시설 설치부담금지급의무를 부과한 점, ② 원고는 이 사건 사업지구에서 계속적으로 이 사건 사업을 영위하면서 피고의 폐기물처리시설 설치나 종전 시설의 존재로 인하여 특히 이익을 받게 되는 점, ③ 피고도 폐기물처리시설 설치부담금이 부담금(분담금)임을 전제로 원고에게 이 사건 처분을 한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 처분은 지방자치법 제155조에서 정한 분담금에 해당한다고 봄이 타당하다.
지방자치법 제157조 제2 내지 4항은 분담금의 부과에 대하여 이의가 있는 자는 그 처분을 통지받은 날부터 90일 이내에 그 지방자치단체의 장에게 이의신청할 수 있고, 이에 대하여 행정소송을 제기하려면 이의신청에 대한 결정을 통지받은 날부터 90일 이내에 처분청을 당사자로 하여 소를 제기하여야 한다고 규정하고 있다.
앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고는 이 사건 처분일인 2023. 1. 6.로부터 90일 이내인 2023. 3. 13. 피고에게 이 사건 처분에 대한 이의신청서를 제출한 사실, 피고는 2023. 4. 3. 원고에게 부담금 재산정은 불가능함을 통보하였고, 원고는 그로부터 90일 이내인 2023. 6. 28. 이 사건 소를 제기한 사실이 인정된다. 이 사건 소는 지방자치법 제157조에 따라 제소기간을 준수하였다.
피고의 본안전항변은 이유 없다.
본안에 관한 판단
원고의 주장 요지
폐기물처리시설 설치부담금 중 '시설의 톤당 설치비용'을 산정함에 있어 납부계획서 제출일이 속한 연도에 완공 또는 완공 예정인 수도권 지역 시설이 없고, 최근 5년 이내 설치된 2개 시설의 사례가 없을 경우, '납부계획서 제출일이 속한 연도의 환경부 폐기물처리시설 설치비용 표준단가'를 적용하여야 함은 이 사건 조례 제7조 제2항의 문언에 비추어 명백하다.
따라서 피고가 폐기물처리시설의 톤당 설치비용을 산정하면서 이 사건 납부계획서 제출 시점인 2019년경의 설치비용 표준단가(신규 소각시설 표준단가 : 3.51억 원/톤, 음식물류폐기물 공공처리시설 평균 표준단가 : 1.61억 원/톤)를 적용하여야 함에도이 사건 처분 시점에 가까운 2022년경의 설치비용 표준단가(신규 소각시설 표준단가 : 4.36억 원/톤, 음식물류폐기물 공공처리시설 평균 표준단가 : 3.26억 원/톤)를 적용한 것은 위법하다(이하 '① 주장'이라고 한다).
설령 피고에게 처분일에 가까운 연도의 환경부 폐기물처리시설 설치비용 표준단가를 적용할 수 있는 재량권이 있다고 보더라도, 피고는 이 사건 납부계획서를 제출받고 얼마든지 단기간 내에 폐기물처리시설 설치부담금을 부과할 수 있었음에도 처분을 지연함으로써 오로지 처분이 보류되었던 기간 동안의 물가상승률만을 원고에게 전가하였으므로, 이 사건 처분은 재량권을 일탈·남용한 것으로 위법하다(이하 '② 주장'이라고 한다).
위와 같이 이 사건 처분은 폐기물처리시설 설치부담금을 과다하게 산정되었으므로, 이 사건 처분 중 환경부의 2019년경 설치비용 표준단가를 적용하여 산정한 폐기물처리시설 설치부담금 4,966,120,000원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.
① 주장에 관한 판단
구 폐기물시설촉진법 제6조 제1항, 제2항, 구 폐기물시설촉진법 시행령 제4조 제1항, 제2항 등에 의하면, 조성면적 30만㎡ 이상인 공동주택단지 또는 택지를 개발하려는 자는 그 공동주택단지나 택지에서 발생하는 폐기물을 처리하기 위한 소각시설과 음식물류 폐기물처리시설을 설치하거나 그 설치비용에 해당하는 금액을 해당 지역을 관할하는 구청장 등에게 내야 하고, 구청장 등은 납부 받은 설치비용 해당금액을 해당 공동주택단지나 택지에서 발생하는 폐기물을 처리하기 위한 폐기물처리시설을 설치하는 데 사용하여야 한다.
구 폐기물시설촉진법 시행령 제4조 제3항, 제4항에 의하면, 설치비용 해당금액은 시설부지의 매입에 드는 비용과 시설의 설치에 드는 비용을 구분하여 산정하되, 납부금액의 산정에 관하여 그 밖에 필요한 사항은 그 지역을 관할하는 자치구 등의 조례로 정하도록 하고 있다. 그 위임에 따라 이 사건 조례는 설치비용 해당금액 등의 산정기준을 정하고 있다.
이 사건 조례 제7조 제2항은 그 중 폐기물처리시설의 '톤당 설치비용 산정방법'에 관하여 ① '납부계획서 제출일이 속한 년도에 완공 또는 완공 예정인 수도권 지역 시설의 톤당 평균 설치비용을 기준'으로 하고, 해당 사례가 없을 경우 ② '최근 5년 이내 설치된 시설 중 최근 년도에 완공된 2개 시설의 평균 톤당 설치비용을 적용'하되, 해당 사례가 없을 경우 ③ '환경부 폐기물처리시설 설치비용 표준단가를 적용한다'라고 규정하고 있다. 위 조항은 ①의 경우에만 '납부계획서 제출일이 속한 년도'을 기준으로 삼는다고 명시하고 있을 뿐, ②와 ③의 경우에는 그 기준시점을 명시하고 있지 않다(③의 경우에도 '납부계획서 제출일이 속한 년도의 환경부 폐기물처리시설 설치비용 표준단가'을 기준으로 하는 것이 문언상 명백하다는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다).
① 위와 같이 이 사건 조례 제7조는 폐기물처리시설의 설치를 원활히 한다는 구 폐기물시설촉진법의 목적을 실현하기 위하여 부여받은 입법형성의 재량권에 기초하여 폐기물처리시설의 시설설치비용 산정방법을 구체적으로 정한 것인데 그 문언만으로는 '환경부 폐기물처리시설 설치비용 표준단가'가 납부계획서를 제출하는 시점의 것을 의미한다고 단정하기 어려운 점, ② 구 폐기물시설촉진법 시행령 제4조 제5항은 설치비용 해당금액을 납부하려는 자는 납부계획서를 그 개발사업의 착공 전에 해당지역을 관할하는 구청장 등에게 제출하여야 하고, 납부계획서를 제출받은 구청장 등은 그 적정 여부를 확인한 후 납부금액과 납부기한을 납부계획서의 제출자에게 통보하여야 한다고 규정하고 있는바, 그 해석상 택지 개발사업자인 원고의 폐기물처리시설 설치부담금 납부의무는 피고가 원고 제출의 납부계획서에 대한 적정 여부를 확인한 후 실제로부담금 부과처분을 한 시점에 성립하는 점, ③ 폐기물처리시설 설치부담금은 해당 공동주택단지나 택지에서 발생하는 폐기물을 처리하기 위한 폐기물처리시설을 직접 설치하는 대신 그 설치비용에 해당하는 금액을 납부하도록 하는 것이므로 실제로 폐기물처리시설을 설치할 경우의 설치단가를 고려할 수 있도록 하는 것이 구 폐기물시설촉진법의 입법취지에도 보다 부합하는 점 등에 비추어 보면, 피고로서는 해당 사업의 실제 폐기물처리시설을 설치할 경우의 합리적이고 적정한 표준단가를 적용하여 폐기물처리시설 설치부담금을 부과할 수 있다고 봄이 타당하다.
따라서 이 사건 조례 제7조에 따라 피고에게 '납부계획서 제출일이 속한 연도의 환경부 폐기물처리시설 설치비용 표준단가'를 적용하여 폐기물처리시설 설치부담금을 산정할 의무가 있다는 취지의 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
② 주장에 관한 판단
앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거들, 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하면, 이 사건 처분에 원고 주장과 같은 재량권 일탈·남용의 위법이 있다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
앞서 본 바와 같이 폐기물처리시설 설치부담금은 해당 공동주택단지나 택지에서 발생하는 폐기물을 처리하기 위한 폐기물처리시설을 직접 설치하는 대신 그 설치비용에 해당하는 금액을 납부하도록 하는 것이고, 구청장 등은 이에 따라 받은 금액을 해당 공동주택단지나 택지에서 발생하는 폐기물을 처리하기 위한 폐기물처리시설을 설치하는 데에 사용하여야 한다. 따라서 사업자로부터 납부계획서를 제출받은 구청장 등은 그 적정성 여부를 제대로 확인한 후 납부금액과 납부기한을 결정할 필요가 있고, 납부금액 산정을 위해서는 계획인구와 조성원가 등 기초자료가 확인되어야 한다.
원고와 피고는 2019. 3. 7.경부터 '톤당 평균 시설 설치단가' 등에 대한 자료를 주고받는 등 폐기물처리시설 설치부담금 관련 협의를 진행해 왔고, 원고는 2019. 4. 16. 이 사건 납부계획서를 제출하면서 '이 사건 사업지구는 공동사업 시행자(LH, KR)간 실시협약체결 전으로 2019년 예산반영 및 정산 관련 협의의 어려움이 있으며, 이 사건 사업지구의 최초 용지공급시(최초 공급일 2020년 하반기 예정) 공개된 택지조성원가를 반영하여 재산정 및 납부하는 것이 타당할 것으로 사료되어 강남구 관련 조례 제8조에 따라(납부시기 착공 시~개발사업 완료 시) 2021년 상하반기에 걸쳐 2회 납부하고자 함'이라고 기재하였다. 피고는 위와 같이 택지조성원가가 추후 변동될 수 있어 이를 재산정할 필요가 있다는 원고의 의견 등을 고려하였던 것으로 보인다.
한편 원고는 이 사건 납부계획서 제출일인 2019. 4. 16. 당시 이 사건 사업지구의 공동주택 수용호수와 수용인구를 기준으로 삼아 폐기물처리시설 설치부담금을 산정하였는데, 당시 이 사건 사업지구는 오피스텔 등의 신축에 따라 추후 수용인구가 변동될 여지가 있었다. 이에 피고는 2020. 11. 29. 원고에게 '폐기물처리시설 설치비용을 2020년에 부과할 계획이었으나 공공주택 계획인구에 오피스텔 등 입주인구를 더하여 산출한 총 인구수를 기초로 부담금을 산정하는 것이 타당할 것으로 사료되어 업무시설 등의 활용계획이 확정되지 않는 2020년 중에는 부과가 어려울 것으로 예상되므로, 이 사건 사업지구의 계획안이 좀 더 구체화된 후 충분한 검토와 논의를 통해 설치비용을 차후에 부과하고자 한다'는 취지의 문서를 보냈고, 원고도 이에 대하여 별다른 이의를 제기하지 않았다. 실제로 이 사건 사업은 최초 지구계획 승인고시 후 수차례 지구계획변경을 거쳐 2021. 4. 30. 지구계획 3차 변경 승인을 받았다.
결과적으로 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 폐기물처리시설 설치비용의 표준단가만 2022년경의 금액을 적용하였을 뿐, 인구나 부지매입비용 등 변경이 가능했던 다른 산정 요소에 관하여는 이 사건 납부계획서의 내용을 그대로 수용하였다. 그러나 앞서 본 사정들에 비추어 볼 때 피고로서는 폐기물처리시설 설치비용<3> 산정 과정에서 인구와 조성원가, 폐기물예상발생량 등에 대한 적정성 검토가 필요했을 것으로 보인다. 피고가 이 사건 납부계획서를 제출 받고도 고의로 이 사건 처분을 지연한 것이라고 볼 수는 없다.
원고가 결국 문제 삼고 있는 것은 이 사건 처분이 지연됨에 따라 높은 단가의 2022년 폐기물처리시설 설치비용 표준단가가 적용되었다는 것이다. 그런데 위 표준단가는 2020. 1. 20.경 9차 개정 과정에서 근로기준법 개정, 정부노임단가 반영 등을 이유로 대폭 상승한 것으로 보인다(을 제2호증 제234, 252면 참조). 앞서 본 바와 같이 2020년은 원고 스스로도 택지조성원가가 추후 변동될 수 있어 설치비용을 재산정할 필요가 있다는 의견을 개진한 시기이고, 피고로서도 아직 설치비용 산정에 필요한 인구와 조성원가 등에 대한 적정성 검토가 필요했던 점에 비추어 보면, 피고의 처분 지연으로 인하여 폐기물처리시설 설치부담금이 과다하게 산정되었다고 보기도 어렵다.
결론
따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판사 나진이(재판장) 조민식 조용민
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.25.