서울행정법원판결

서울행정법원 2024. 9. 12. 선고 2023구합71971 판결

주문

1.

원고의 청구를 기각한다.

2.

소송비용은 보조참가로 인한 부분을 포함하여 원고가 부담한다.

이유

1.

재심판정의 경위

가.

참가인은 ‘D 사업(이하 ‘이 사건 연구사업’이라 한다)‘의 연구인력으로 채용되어 2021. 1. 1. 원고와 계약기간을 1년(2021. 1. 1.~2021. 12. 31.)으로 하는 임용계약(이하 ’이 사건 근로계약‘이라 한다)을 체결하였고, 위 임용계약은 2022. 12. 31.까지로 1회 갱신되었다.

나.

참가인은 2022년 10월경부터 출산전후휴가를 사용하였고, 원고는 2022년 12월경 참가인이 2022. 12. 31. 자로 계약기간 만료로 인해 당연면직된다는 통보를 하였다.

다.

참가인은 원고가 위와 같이 2022. 12. 31. 자로 이 사건 근로계약을 그대로 종료한 것이 부당해고에 해당한다며 구제신청을 하였으나, 부산지방노동위원회는 근로관계가 계약기간 만료로 유효하게 종료되었다는 이유로 위 구제신청을 기각하는 판정을 하였다(E).

라.

참가인은 이에 불복하여 재심을 신청하였고, 중앙노동위원회는 2023. 6. 15. 참가인에게 근로계약의 갱신기대권이 인정되고 원고가 근로계약 갱신을 거절한 데에 합리적인 이유가 없어 부당해고에 해당한다는 이유로 초심판정을 취소하고 구제신청을 인용하는 판정을 하였다(C, 이하 ’이 사건 재심판정‘이라 한다).

[인정근거: 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을가 제1, 2호증, 변론 전체의 취지]

2.

이 사건 재심판정의 위법 여부

가.

원고 주장의 요지

다음과 같은 이유로 2022. 12. 31. 이 사건 근로계약이 기간의 만료로 적법하게 종료하였을 뿐 원고가 위 일자에 참가인을 부당하게 해고하였다고 할 수 없으므로, 이와 달리 판단한 이 사건 재심판정은 위법하다.

1)

원고는 임용계약, 취업규칙, 단체협약 등에서 기간 만료에도 불구하고 일정한 요건이 충족되면 임용계약이 갱신된다는 취지의 규정을 두고 있지 않았고, 오히려 참가인의 임용계약에는 계약기간이 만료되거나 연구사업 참여기간이 만료되는 경우 원고가 재계약을 원하지 않을 때 계약이 종료된다는 점이 명시되어 있었으며, 원고와 참가인 사이에 근로계약 갱신에 관한 신뢰관계가 형성된 바도 없다. 따라서 참가인에게는 근로계약의 갱신기대권이 인정되지 않는다.

2)

설령 참가인에게 근로계약의 갱신기대권이 인정된다고 하더라도, 이 사건 연구사업이 진행됨에 따라 업무를 위해 고도화된 컴퓨터 프로그램 사용이 요구되어 컴퓨터 사용이 익숙하지 않은 참가인 대신 임상 경험이 있거나 관련 업무를 능숙하게 처리할 수 있는 사람으로 연구인력을 교체할 필요가 있었고, 참가인의 출산휴가 이후 대체인력이 근무하고 있는 상황에서 연구비의 한계로 인해 연구인력을 증원하여 유지할 수 있는 상황도 아니었으므로, 원고가 참가인에 대한 계약 갱신을 거절한 데에는 합리적인 이유가 있었다.

나.

인정사실

앞서 든 증거들과 갑 제7 내지 14호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을가 제3 내지 24호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

1)

참가인은 2018. 3. 1.경부터 평소 알고 지내던 원고 소속 F 교수의 연구 업무를 돕다가, 2019. 1. 14. 원고와 2019. 2. 28.까지를 계약기간으로 하는 임용계약을 체결하고 원고 부설 연구기관인 G에서 F 교수가 연구책임자를 맡은 연구과제의 연구인력으로 근무하기 시작하였다. 위 임용계약은 2019. 3. 1.부터 2020. 2. 29.까지(1년), 2020. 3. 1.부터 2020. 11. 30.까지(9개월) 및 2020. 12. 1.부터 2021. 11. 30.까지(1년) 총 3차례에 걸쳐 갱신되었다.

2)

원고는 2020. 7. 16. H병원과의 컨소시엄이 선정되어 2028년까지 총 440억 원 규모의 이 사건 연구사업 신규과제를 수행하게 되었다. 참가인은 이 사건 연구사업 신규과제의 연구인력으로 근무하기 위해 2020. 12. 11. 원고에게 개인 사정으로 인하여 2021. 1. 1. 자로 사직한다는 사직서를 제출하였고, 원고 내에서는 업무 공백 없이 참여 연구과제를 변경하여 연구를 진행할 수 있도록 참가인에 관하여 퇴사 후 지정채용의 형식을 취한다는 문서가 작성되었다.

3)

참가인은 이 사건 연구사업의 연구과제 수행에 관하여 2021. 1. 1.부터 2021. 12. 31.까지를 계약기간(1년)으로 하는 이 사건 근로계약을 체결하였고, 위 계약은 이후 2022. 12. 31.까지로 한 차례 갱신되었다. 이 사건 근로계약의 ’기타사항‘ 부분에는 “본 계약의 계약기간 만료 또는 참가인의 해당사업 참여기간(근로계약기간과 동일하게 기재되어 있다) 만료 시 원고가 재계약을 원하지 않을 경우 참가인과의 근로계약은 종료된다.”라는 내용이 명시되어 있다.

4)

참가인은 2022년 2월경 임신하였고, 7월 내지 8월경에 F 교수에게 출산휴가 의사를 전달하였다. 참가인은 2022. 9. 26.경 다른 연구사업에 참여하고 있던 I 연구원에게 업무인수인계서를 작성하여 송부하였다.

5)

참가인은 2022. 9. 29.경 연구행정업무 등을 담당하는 원고 소속 연구원에게 “일전에 말씀나눈 대로 저는 10월 1일 자로 출산휴가를 진행하고자 합니다. 출산휴가가 끝나고도 일정 기간의 육아기간이 필요할지 모르지만 사업이 지속되고 있는 상황이라면 저는 복직하고 싶습니다. 선생님께서 번거로우시더라도 저의 재고용 건에 관하여 회계법인이 아닌 계약직 근로자의 재계약 갱신 건에 대해서 노무 관련 담당 부서에 문의해주시길 부탁드립니다.”라는 내용의 이메일을 보냈다.

6)

참가인은 2022. 9. 29.경 G 내 환송회를 마친 뒤 2022. 10. 1.부터 2022. 12. 31.까지 개인 연차휴가 및 출산전후휴가를 사용하였다.

7)

참가인의 후임으로 이 사건 연구사업에 대체 참여하고 있던 I 연구원은 원고와 계약기간을 2022. 12. 1.부터 2022. 12. 31.까지로 하는 임용계약을 체결하였다.

8)

2022년 12월경 G 내에서는 2022. 12. 31. 계약기간이 만료하는 참가인과 I 중에서 누구와 재계약을 할 것인지에 관한 논의가 이루어졌고, 그 결과 I의 임용계약을 1년 연장하기로 결정되었다.

9)

원고는 2022. 12. 6. 참가인에게 이 사건 근로계약이 2022. 12. 31. 부로 종료된다는 통보를 하였다.

다.

이 사건 근로계약에 대한 갱신기대권의 존부

1)

기간을 정하여 근로계약을 체결한 근로자의 경우 기간이 지나면 근로자로서의 신분관계는 당연히 종료되고 근로계약을 갱신하지 못하면 갱신거절의 의사표시가 없어도 근로자는 당연히 퇴직하는 것이 원칙이다. 그러나 근로계약, 취업규칙, 단체협약 등에서 기간만료에도 불구하고 일정한 요건을 갖추면 근로계약이 갱신된다는 규정을 두고 있거나, 그러한 규정이 없더라도 근로계약의 내용과 근로계약이 이루어지게 된 동기와 경위, 계약 갱신의 기준 등 갱신 요건이나 절차의 설정 여부와 그 실태, 근로자가 수행하는 업무의 내용 등 근로관계를 둘러싼 여러 사정을 종합하여 볼 때 근로계약 당사자 사이에 일정한 요건을 충족하면 근로계약이 갱신된다는 신뢰관계가 형성되어 있어 근로자에게 그에 따라 근로계약이 갱신될 수 있으리라는 정당한 기대권이 인정되는 경우에는 사용자가 이를 위반하여 부당하게 근로계약의 갱신을 거절하는 것은 부당해고와 마찬가지로 아무런 효력이 없다. 이 경우 기간만료 후의 근로관계는 종전의 근로계약이 갱신된 것과 동일하다(대법원 2011. 4. 14. 선고 2007두1729 판결 등 참조).

2)

위 인정사실 및 앞서 든 증거들과 갑 제5, 6, 15, 16호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 따라 살펴보면, 참가인에게는 이 사건 근로계약에 관한 갱신기대권이 인정된다고 봄이 타당하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

가)

이 사건 근로계약이나 원고가 마련하고 있는 G규정, 계약직임용규정, 연구계약직 운영지침 등에 기간제 근로자의 계약기간 종료 시 일정한 요건이 충족되면 계약이 갱신된다는 등의 규정이 확인되지 않는 것은 사실이다. 그러나 계약직임용규정 제7조 제2항은 “계약기간은 2년 미만으로 하되 필요시 재계약할 수 있다.”라고 규정하여 계약 갱신에 관한 가능성을 분명하게 열어두고 있고, 특히 참가인과 같은 연구원들에게 적용되는 연구계약직 운영지침 제8조 제2항은 “사업 특성상 연구과제 및 근로조건 등이 변동될 수 있음에 따라 매년 계약서를 작성하여 관리한다.”라고 규정하고 있는데, 이는 그 문언 자체에서부터 장기간 진행되는 연구사업의 변화에 따라 연구원의 근로계약이 연 단위로 갱신되며 오랜 기간 유지될 수 있음을 전제로 하고 있다.

나)

참가인은 2018. 3. 1.경 F 교수를 통해 연구 업무에 참여하게 된 이후 2019. 1. 14.경 명시적인 임용계약을 체결하고 3차례에 걸쳐 해당 계약을 갱신하여 오면서 동일한 연구사업에 그대로 참여하였고, 위 연구사업이 이 사건 연구사업으로 변경되면서 퇴사 후 재임용의 절차를 거쳐 이 사건 근로계약을 체결하였으며, 이 사건 근로계약도 무난히 1차례 더 갱신되었다. 비록 중간에 참가인이 퇴직 처리가 되면서 퇴직금까지 수령하였던 것은 사실이나, 이는 ’연구사업 변경 시에는 퇴사처리 후 재임용한다‘고 규정한 원고의 연구계약직 운영지침 제8조 제2항에 따라 형식적으로만 퇴사 후 재임용의 방식을 취했기 때문이라고 보인다. 이처럼 실질적으로는 참가인의 근로관계가 단절된 적이 없음을 고려할 때, 이 사건 근로계약 이전의 임용계약이 수차례 갱신되었다는 사정은 이 사건 근로계약에 관한 갱신기대권의 유무에 관하여도 충분히 참작될 수 있다. 나아가 참가인 외에도 원고 소속으로 연구사업에 참여하는 계약직 연구원들 상당수가 이미 수차례 계약 갱신을 반복하면서 장기간 연구업무에 종사하여 왔던 것으로 보인다.

다)

참가인이 참여하는 이 사건 연구사업은 2028년 말까지 진행될 것이 예정되어 있었고, 이 사건 근로계약 만료 무렵에 참가인이 담당하고 있던 연구과제 관련 업무의 내용이 종전과 판이하게 달라졌다고 볼 만한 객관적인 자료는 확인되지 않는다. 원고는 해당 연구과제가 3년차에 접어들면서 업무의 고도화가 진행되었다는 취지로 주장하나, 이에 관하여 F 교수가 작성하여 제출한 ’연구원 교체 사유서‘(갑 제12호증)에 의하더라도 연구 고도화의 의미는 관리하여야 할 자료의 양이 늘어나고 이를 더욱 세밀하게 검사 및 관리해야 할 필요성이 생겼다는 것뿐인데, 이는 종전에 참가인이 수행하던 업무의 성격 자체가 본질적으로 달라지는 경우에 해당한다고 보이지 않는다. 앞서 본 바와 같이 참가인은 종전에도 연구사업이 동일하게 유지되고 있는 선에서는 이미 수차례 기간제 근로계약을 갱신하면서 연구원으로 근무하여 온 전력이 있는바, 수행할 연구과제의 내용과 성격이 본질적으로 변화하지 않은 2022년 말경에도 마찬가지로 충분히 계약 갱신을 기대할 수 있는 상황에 있었다고 보인다.

라)

원고는 기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률(이하 ’기간제법‘이라 한다) 및 같은 법 시행령이 연구원 등 전문직종에 대하여 2년을 초과하여 기간제근로자를 사용할 수 있도록 예외를 인정하는 조항을 두고 있는 취지를 고려할 때 연구업무에 대한 갱신기대권의 존부가 엄격하게 판단되어야 한다고 주장한다. 그러나 원고의 주장에 의하더라도 기간제법이 마련하고 있는 위 조항의 취지에는 ’전문직 근로자가 장기간에 걸쳐 경력관리를 하려는 희망‘, ’연구경험을 계속 쌓아야 함에도 기간제한으로 인해 연구의 단절이 초래된다는 점‘ 등을 고려하여 고용안정 및 연구과제의 안정적인 수행을 도모하는 것이 포함되어 있는데, 이에 비추어 보더라도 장기간 진행되는 연구사업에 비해 짧은 기간의 근로계약만이 체결되어 있는 경우 계약 갱신을 폭넓게 보장하여 연구원이 해당 연구사업에 충분히 참여할 수 있도록 하는 것이 위 조항의 입법취지에 더욱 부합함이 명백하고, 오히려 원고의 주장과 같이 연구사업의 기간에 비해 단기간으로 정해진 근로계약기간만을 형식적으로 준수하도록 하는 것은 연구사업이 종료되지 않았는데도 연구원의 경력 단절을 초래함으로써 기간제법의 예외를 둔 입법 취지에 반하는 결과를 야기한다. 참가인의 경우 이 사건 연구사업에 관하여는 이 사건 근로계약이 1회 갱신되어 기간제법이 원칙으로 규정하고 있는 2년의 기간만을 근무하였을 뿐임을 고려하면 더욱 그러하다.

마)

원고는 참가인이 스스로 2022년 7~8월경에 계약 갱신 의사가 없음을 표시하였고 2022. 9. 29.경 개최된 환송회를 통하여 퇴직의사를 분명하게 확인할 수 있었다는 취지로도 주장한다. 그러나 참가인이 스스로 계약 갱신 의사가 없다고 밝혔음을 확인할 수 있는 객관적인 자료가 없고, 오히려 참가인은 정반대로 2022. 9. 29.경 연구행정업무를 담당하는 직원에게 ’연구사업이 지속되고 있다면 복직하고 싶다‘는 이메일을 발송하기까지 하였다. 2022. 9. 29.경 개최된 환송회 역시 참가인의 퇴사를 전제로 한 것이 아니라 당분간 출산휴가에 들어가는 참가인을 위하여 열렸을 가능성이 충분하다.

라.

계약갱신 거절에 대한 합리적 이유의 존부

1)

근로자에게 이미 형성된 갱신에 대한 정당한 기대권이 있는데도 사용자가 이를 배제하고 근로계약의 갱신을 거절한 데에 합리적 이유가 있는지가 문제 될 때에는 사용자의 사업 목적과 성격, 사업장 여건, 근로자의 지위와 담당 직무의 내용, 근로계약 체결 경위, 근로계약의 갱신 요건이나 절차의 설정 여부와 운용 실태, 근로자에게 책임 있는 사유가 있는지 등 근로관계를 둘러싼 여러 사정을 종합하여 갱신 거부의 사유와 절차가 사회통념에 비추어 볼 때 객관적이고 합리적이며 공정한지를 기준으로 판단하여야 하고, 그러한 사정에 관한 증명책임은 사용자가 부담한다(대법원 2017. 10. 12. 선고 2015두44493 판결, 대법원 2019. 10. 31. 선고 2019두45647 판결 참조).

2)

위 인정사실 및 앞서 든 증거들과 갑 제19 내지 21호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 이 사건 연구사업이 3년차로 접어들면서 업무가 고도화되었는데도 참가인이 이를 수행하기 위한 업무능력을 충분히 갖추지 못하였다는 것을 계약갱신 거절의 사유로 들고 있으나, 앞서 살펴본 바와 같이 참가인이 참여하는 연구과제 및 업무의 내용 등이 2023년경부터 본질적으로 변화하였다고 보기는 어려울 뿐만 아니라, 나아가 참가인의 업무능력 부족을 확인할 수 있을 만한 별다른 객관적인 자료가 제출되지도 않은 점, ② 오히려 F 교수가 참가인에 대하여 작성한 ’참여연구원 연구업무수행 확인서‘에는 참가인이 능동적으로 연구 진행 상황을 점검하고 미비한 점을 수정하였으며 변동상황에 적절한 조치를 하였다는 등의 긍정적인 평가내용만이 기재되어 있고, 달리 업무능력 부족과 같은 부정적인 평가내용은 찾아볼 수 없는 점, ③ 참가인의 후임으로 참여한 I 연구원이 실제로 수행한 업무의 내용 역시 종전에 참가인이 수행하던 것과 크게 다르지 않았다고 보이는 점, ④ 원고가 대체인력으로 참여한 I과의 임용계약을 체결한 것은 참가인이 출산휴가를 사용하였기 때문이고, 원고가 복직할 경우 I을 종전 연구과제에 참여하도록 업무를 조정하는 등의 다른 방법도 있음을 고려하면 연구비의 한계 역시 원고와의 계약 갱신을 거절할 충분한 사유가 되지 못하는 점 등을 위 법리에 따라 살펴보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 근로계약 갱신을 거절한 데에 합리적 이유가 있다고 보기 어렵다. 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

3.

결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판사 송각엽(재판장) 심용아 오민관

출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.25.