수원지방법원판결

수원지방법원 2001. 12. 5. 선고 2001구4238 판결

주문

1.

피고가 2001. 4. 10. 원고들에 대하여 한 전문연구요원편입취소처분을 각 취소한다.

2.

소송비용은 피고의 부담으로 한다

이유

1.

처분의 경위

아래의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2, 4호증의 각 1, 2, 을 제3호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 반증이 없다.

가 원고 는 대학교 약학대학원을 마치고 석사학위를 취득한 후, 1996. 1. 1. 병역법 시행령 제74조 소정의 전문연구요원 또는 산업기능요원 종사지정업체인 소외 주식회사(이하 소외 회사라 한다)에 입사하여 근무하던 중, 1996. 5. 14. 병역법 제37조 제1호 소정의 전문연구요원으로 편입되었고, 원고 은 대학교 약학대학원을 마치고 석사학위를 취득한 후, 1997. 8. 18. 소외 회사에 입사하여 근무하던 중, 1997. 11. 5. 병역법 제37조 제1호 소정의 전문연구요원으로 편입되었다.

나.

그런데, 피고는 2001. 3. 5. 원고들의 복무현황에 대한 실태조사를 거친 결과, 원고들이 편입당시 지정업체의 해당분야인 용인시 소재 소외 회사 중앙연구소(이하 중앙연구소라 한다)의 '제재연구'에 종사하지 아니하고, 비지정업체인 서울 서초구 소재 소외 회사 서울사무소(이하 서울사무소라고 한다)에서 원고 는 2000. 3. 27.부터 2001. 3. 5.까지 11개월 9일간, 원고 은 2000. 5. 22.부터 2001. 3. 5.까지 9개월 14일간 근무함으로써 편입당시 지정업체의 해당분야에 종사하지 아니하였다는 이유로, 2001. 4. 10. 원고들에 대하여 병역법(1999. 12. 28. 법률 제6058호로 개정된 것, 이하 '법'이라고 한다) 제41조 제1항 제1호, 제40조 제2호, 법 시행령 제91조의 3 제1항, 제2항 별표 3.에 따라 전문연구요원편입을 취소하는 이 사건 처분을 하였다

2.

이 사건 처분의 적법 여부

가.

당사자의 주장

피고는 위 처분사유 및 관계법령을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장하고, 원고들은 다음과 같은 사유를 들어 이 사건 처분이 위법하므로 그 취소를 구한다고 주장한다.

첫째, 원고들은 전문연구요원으로 편입되어 소외 회사의 중앙연구소에서 근무하도록 지정받아 근무하여 오던 중, 중앙연구소의 연구소장인 소외 이 원고들에게 서울사무소에서 근무하도록 지시를 하여 원고 는 개발부에서, 원고 은 마켓팅부에서 각 근무하여 왔으나, 원고들은 서울사무소에서도 전문연구요원편입 당시의 담당업무인 제재연구업무를 수행하여 왔으므로, 이러한 원고들의 근무 형태는 같은 지정업체 내에서 단지 업무수행장소를 달리하는 것에 불과하여 법 제40조 제2호 소정의 "편입 당시 지정업체의 해당분야에 종사하지 아니한 때"에 해당한다고 볼 수 없고, 따라서 원고들의 위반행위가 이에 해당한다고 본 피고의 이 사건 처분은 법령을 위반한 위법이 있다

둘째, 가사 원고들의 위반행위가 위에서 본 "편입 당시 지정업체의 해당분야에 종사하지 아니한 때"에 해당한다고 하더라도, 그 위반유형은 법 시행령 제91조의3 제2항 별표3. 1의 가.항의 "전직·파견할 수 없는 업체에 근무한 때"에 해당하는 것이 아니라 1의 나 항의 "승인 또는 신상이동통보 없이 출장 또는 파견근무한 때"에 해당한다 할 것이고, 이 조항에 따르면 피고가 주장하는 원고들의 근무일수 모두를 인정한다 하더라도 그 위반기간이 6월 이상 1년 미만인 경우이므로 피고는 원고들에 대하여 그 위반행위에 대한 제재처분으로 연장종사를 명하여야 한다 그럼에도 불구하고 원고들의 위반행위가 위 별표3 1의 가.항의 유형에 해당하고 그 위반기간이 3개월 이상이라 하여 원고들에 대하여 전문연구요원편입처분을 취소한 피고의 이 사건 처분에는 법령의 해석을 그르친 위법이 있다.

더욱이, 피고가 원고들에 대한 이 사건 처분의 근거규정으로 삼은 위 법 시행령 제91조의3 제2항 별표3. 1의 가.항의 "전직·파견할 수 없는 업체에 근무한 때"에 관하여 법이나 그 시행령에서는 이를 전혀 규정하지 아니한 채 아무런 위임규정 없이 병무청 내부 업무처리기준인 전문연구요원 및 산업기능요원 관리규정(병무청 예규 3-67호) 제44조에서 "관련업무수행이나 공동연구를 위하여 동일법인내 지정업체간의 파견"과 "법인이 다른 지정업체간의 공동연구의 경우"를 전직·파견을 승인할 수 있는 업체로 규정하였고, 피고는 실제로 위 관리규정에 따라 동일 법인내의 비지정 업체인 소외 회사의 서울사무소를 위 법 시행령 제91조의3 제2항 별표 3.의 "전직·파견할 수 없는 업체"로 보아 이 사건 처분에 이르렀는바, 피고가 원고들에게 병역의무의 이행을 명하는 개인적으로 엄청난 불이익을 가하는 이 사건 처분을 함에 있어 법 또는 법 시행령에서 아무런 위임규정 없이 규정된 위 관리규정을 근거로 하여 이 사건 처분을 한 것은 법치행정의 원칙에도 반한다.

셋째, 원고들은 지정업체의 병역법에 대한 무지 및 지정업체의 장의 일방적인 지시에 의하여 서울사무소에서 근무하게 되었으나, 서울사무소에 근무하면서도 제재개발 업무에 계속하여 종사하면서 여러 편의 연구활동업적을 제출하는 등 성실히 근무한 점, 원고 는 2001. 5. 13. 이미 5년의 복무기간을 마쳤고, 원고 역시 3년 6개월이 넘는 복무기간을 준수하였음에도 불구하고, 전문연구요원 편입이 취소되면 원고들이 다시 현역병으로 입영해야 된다는 점, 소외 회사 또한 원고들의 불안한 신분을 구제하기 위하여 서울사무소에 기업부설연구소를 설립하여 피고로부터 지정업체로 선정받으려고 하였던 점 등을 종합하여 볼 때, 피고가 원고들에 대하여 한 이 사건 처분은 너무 가혹하여 그 재량권을 일탈하거나 남용한 위법이 있다.

나.

관계법령

○

법

제2조 (정의) ①이 법에서 사용되는 용어의 정의는 다음과 같다

12 "전문연구요원"이라 함은 학문과 기술의 연구를 위하여 제36조의 규정에 의하여 전문연구요원으로 편입되어 해당전문분야의 연구업무에 종사하는 사람을 말한다

14 "지정업체"라 함은 제36조의 규정에 의하여 병무청장이 선정한 연구기관·기간산업체·방위산업체와 농어촌발전특별조치법 제7조의 규정에 의한 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다), 농업기계화촉진법 제11조제2항의 규정에 의한 농업기계의 사후봉사업체(이하 "사후봉사업체"라 한다)를 말한다

제36조 (지정업체의 선정등) ① 병무청장은 연구기관·기간산업체 및 방위산업체 중에서 전문연구요원이나 산업기능요원이 종사할 지정업체(농업회사법인 및 사후봉사업체를 제외한다)를 대통령령이 정하는 기준에 따라 선정한다

⑥

제1항 내지 제5항의 규정에 의한 지정업체의 선정·승계·선정취소와 전문연구요원 또는 산업기능요원으로의 편입에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

제37조 (전문연구요원의 편입대상) 다음 각호의 1에 해당하는 사람은 원에 의하여 제36조의 규정에 의한 전문연구요원으로 편입할 수 있다

1 석사 이상의 학위를 취득한 사람으로서 지정업체로 선정된 연구기관에 종사하고 있는 사람(공익근무요원소집대상보충역으로서 자연계학사학위를 취득하고 지정업체로 선정된 연구기관 중 중소기업부설연구기관에 종사하고 있는 사람을 포함한다)

제39조 (전문연구요원 및 산업기능요원의 복무) ③ 전문연구요원 또는 산업기능요원은 편입 당시 지정업체의 해당분야에 종사하여야 한다 다만, 지정업체의 폐업등 대통령령이 정하는 경우와 종사하는 지정업체의 변경, 관련업무 수행을 위한 파견·교육훈련, 학문 및 기술의 지도 기타 부득이한 사유로 인하여 편입당시 지정업체의 해당분야에 종사시킬 수 없어 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할지방병무청장의 승인 또는 허가를 받은 경우에는 그러하지 아니하다

⑤

전문연구요원 및 산업기능요원이 종사하여야 할 해당분야, 의무종사기간의 계산, 서약등 복무에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다

제40조 (전문연구요원 및 산업기능요원의 신상이동통보) 지정업체의 장(지정업체의 장을 위하여 인사관리를 담당하고 있는 사람을 포함한다), 농업기술센터소장(농업기술센터가 설치되지 아니한 경우에는 관할 특별시장·광역시장, 시장·군수) 또는 수산기술관리소장(후계농 어업인의 경우에 한한다)은 전문연구요원이나 산업기능요원 또는 그 지정업체가 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 14일 이내에 관할지방병무청장에게 통보하여야 한다

2 편입당시 지정업체의 해당분야에 종사하지 아니한 때

제41조 (전문연구요원 및 산업기능요원의 편입취소 및 의무부과) ①관할지방병무청장은 전문연구요원 또는 산업기능요원으로 편입된 사람이 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 그 편입을 취소하여야 한다 다만, 종사하고 있는 지정업체에서 해고된 사람이 근로기준법 제33조제1항의 규정에 의하여 노동위원회에 구제신청을 하거나 법원에 해고의 효력을 다투는 소송을 제기하여 계류중인 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 결과가 확정될 때까지 편입의 취소를 유보할 수 있으며, 제40조 제2호의 규정에 해당하는 사람이 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 편입을 취소하지 아니하고 해당 분야에 종사하지 아니한 기간만큼 의무종사기간을 연장하여 복무하게 할 수 있다

1 제40조 제1호 내지 제5호의 1에 해당한 때

③

제1항의 규정에 의하여 전문연구요원 및 산업기능요원의 편입이 취소된 사람은 편입되기 전의 신분으로 복귀하여 현역병으로 입영하게 하거나 공익근무요원으로 소집하여야 한다.

제43조 (공익근무요원등의 실태조사) 지방병무청장 또는 관할지방병무청장은 공익근무요원·전문연구요원 또는 산업기능요원이 복무하고 있는 국가기관·지방자치단체·공공단체·사회복지시설 및 지정업체 등에 대하여 그 복무 및 관리에 관한 사항을 대통령령이 정하는 바에 따라 실태조사를 실시할 수 있다

○

법 시행령

제72조 (연구기관등 지정업체의 선정기준) ① 전문연구요원이 종사할 연구기관의 선정기준은 다음 각호와 같다

1 자연계분야 석사 이상의 학위를 가진 연구전담요원(의학계 연구전담요원을 제외한다) 5인(중소기업기본법에 의한 중소기업의 부설연구기관의 경우에는 2인) 이상을 확보하고 있는 자연계연구기관

제87조 (교육훈련 및 파견근무등) ① 지정업체의 장, 농업기술센터소장 또는 수산기술관리소장이 전문연구요원 및 산업기능요원에 대하여 의무종사기간 중에 통산 3월 이상의 해당분야와 관련되는 국내교육훈련 및 관련업무수행을 위한 국내파견(출장을 포함한다 이하 같다)근무를 시키고자 하는 때에는 교육훈련승인신청서 또는 파견근무 승인신청서에 복무기록표 사본을 첨부하여 관할지방병무청장의 승인을 얻어야 하며, 그 기간은 다음 각호의 구분에 따른 기간을 초과할 수 없다 이 경우 그 국내교육훈련 및 국내파견근무기간은 지정업체의 해당분야에 종사한 것으로 보며, 동일법인내 지정업체로의 파견근무의 경우에는 신상이동통보로써 승인을 갈음한다

1 국내교육훈련 의무종사기간중 통산 6월

2 국내파견근무 의무종사기간중 통산 2년 다만, 산업기능요원의 경우에는 통산 1년

제91조 (신상이동통보등) ① 지정업체의 장, 농업기술센터소장 또는 수산기술관리소장은 전문연구요원이나 산업기능요원 또는 그 지정업체가 법 제40조에 규정된 사유와 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 14일이내에 관할지방병무청장(농어업분야 산업기능요원을 고용하고 있는 경우에는 시장 군수를 거쳐)에게 통보하여야 한다 이 경우 법 제40조 제7호에 해당되는 사유와 다음 제5호 내지 제7호의1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 이를 지정업체선정추천권자에게도 통보하여야 한다

3 의무종사기간중 통산 3월미만의 해당분야와 관련되는 국내교육훈련 및 관련업무수행을 위한 파견근무를 실시하게 된 때

8 동일법인내 지정업체로 전직 또는 파견근무하게 된 때

제91조의3 (전문연구요원 등의 연장복무 등) ①법 제41조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 법 제40조 제2호의 규정에 해당하는 사람이 지정업체의 장의 지시에 의하여 부득이하게 그 위반행위를 한 경우를 말한다

②

법 제41조 제1항 단서의 규정에 의한 의무종사기간 연장에 관한 기준은 별표 3과 같다

다 판단

(1)

"편입 당시 지정업체의 해당분야에 종사하지 아니한 때"에 해당하는 지 여부

병역법 제36조 제1항에 의하면 '병무청장은 연구기관·기간산업체 및 방위산업체' 중에서 전문연구요원과 산업기능요원이 종사할 지정업체를 지정하도록 되어 있고, 전문연구요원의 경우 시행령 제72조 제1항, 제3항에서 정한 각종 연구기관에서, 산업기능요원의 경우 같은 조 제2항, 제3항에서 정한 기간산업체 혹은 방위산업체에서 종사하여야 하는데, 이 때 연구기관이라 함은 연구소 또는 연구분소를, 공업분야의 기간산업체 또는 방위산업체는 공장 또는 사업장을, 그 외 에너지산업, 광업, 건설업, 수산업, 해운업 분야 기간산업체는 해당 업체를 각 가리키는 것으로서(시행령 제73조 제1항), 그 소재지의 이전에 관하여는 관할 지방병무청장에게 통보하여야 하고(시행령 제91조 제7호), 전문연구요원이나 산업기능요원이 교육훈련, 파견, 출장 등의 사유로 해당 연구기관이나 사업장 등의 소재지 아닌 곳에서 교육을 받거나 근로를 제공하는 경우에는 언제나 이를 관할지방병무청장의 승인이나 신상이동통보의 대상으로 삼고 있는바(시행령 제87조 제1항, 제91조 제1항 제3호), 이러한 관련 조항의 내용에 비추어 보면, 법에서 말하는 지정업체 중 전문연구요원이 종사할 연구기관이라 함은 공업분야 기간산업체 등에서 말하는 공장 또는 사업장과 마찬가지로 장소적 요소를 포함하는 개념으로서 만일 전문연구요원이 당초 지정된 소재지의 연구소, 연구분소를 이탈하여 다른 장소에서 근로를 제공하는 경우에는 '편입 당시 지정업체에서 근무하지 않은 것'이 된다 할 것이다 따라서, 이 점에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

(2)

법 시행령 제91조의3 제2항 별표3 기준의 적용 여부

(가)

법 제41조 제1항 제1호 단서의 위임에 따라 의무종사기간연장의 기준을 정한 시행령 제91조의 3 제2항 별표 3은 '편입 당시 지정업체가 아닌 다른 업체에 근무한 경우'에 그 제재의 정도를 크게 가 전직·파견할 수 없는 업체에 근무한 때와, 나 승인 또는 신상이동통보 없이 교육훈련·출장·파견근무한 때로 구분하여, 가 항의 경우에는 그 기간이 3월 미만인 때만 연장종사처분이 가능하도록 하여 3월을 초과하는 경우에는 편입취소처분을 하여야 하는 것으로 규정한 반면, 나.항의 경우에는 3월 이상 6월 미만인 경우에도 경고에 그치도록 하고, 6월 이상 1년 미만인 경우에도 연장종사처분이 가능하도록 규정하고 있는바, 이는 나.항의 경우 승인이나 신상이동통보 절차를 이행하지 않음으로써 단순히 병역자원 관리의 차원에서 행정적 위험이 발생한 것에 지나지 않은 데 반하여, 가.항의 경우 지정업체 선정과 전문연구요원 편입을 제한하고 있는 법 제36조, 제37조 등의 취지를 본질적으로 해하는 것이어서 이를 엄격히 금지할 필요성이 있기 때문에 위와 같이 제재의 정도에 있어서 큰 차이를 둔 것이라 할 것이다

따라서, 위 가.항에서 말하는 '전직·파견할 수 없는 업체에 근무한 때'에 해당한다고 하기 위해서는 법 제39조 제3항, 제40조, 법 시행령 제87조 제1항에서 정한 승인이나 신상이동통보 대상이 될 수 없는 것에 한정된다고 봄이 상당하다고 할 것인바, 법 시행령 제87조 제1항 단서에서는 "동일 법인내 지정업체로의 파견근무의 경우에는 신상이동통보로써 승인을 갈음한다"고 규정하여 그 해석상 동일 법인내의 비지정업체로의 파견근무를 예정하고 있다고 보이고, 달리 법 또는 법 시행령에서 동일 법인내의 비지정업체로의 파견근무를 규제하는 규정을 찾아볼 수 없다.

다만, 전문연구요원 및 산업기능요원 관리규정(병무청 예규 3-67호) 제44조에 의하면, 국내파견근무 승인의 범위에 관하여 연구요원의 경우 ① 관련업무수행이나 공동연구를 위하여 동일법인내 지정업체간의 파견, ② 법인이 다른 지정업체간의 공동연구의 경우를 국내파견을 승인할 수 있는 업체로 규정하고 있고, 산업기능요원의 경우는 동일법인 내 비지정업체 제조·생산공장 파견(무등록공장 및 조건부 공장, 사업장을 제외한다)도 가능한 것으로 규정하고 있어, 피고는 위 관리규정에 따라 소외 회사의 서울사무소는 동일 법인내 비지정업체로서 제44조의 국내파견근무 승인 범위에 해당하지 아니하여 원고들의 근무형태를 법 시행령 제91조의3 제2항 별표3. 가.항의 "전직·파견할 수 없는 업체에 근무한 때"로 판단하여 이 사건 처분을 한 것으로 보이나, 위 관리규정은 입법형식상 상위법에 근거를 두지 아니한 것으로서 그 성질 및 내용으로 보아 행정청 내부의 사무처리준칙을 정하고 있는 것에 불과하여 대외적으로 법원이나 일반국민을 기속하는 효력은 없다고 할 것이므로, 위 관리규정을 이유로 동일 법인내의 비지정업체를 법 시행령 제91조의3 제2항 별표3의 "전직·파견할 수 없는 업체"로 볼 수는 없다고 할 것이다(더욱이, 위 관리규정은 산업기능요원의 경우 동일법인 내 비지정업체 제조·생산공장 파견도 가능한 것으로 규정하고 있다).

(나)

돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 을 제1, 2호증의 각 1 내지 3, 을 제3 내지 5호증, 을 제6, 7호증의 각 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 지정업체의 장인 소외 회사의 대표이사 은 소외 회사의 서울사업소와 협의 하에 원고 를 서울사무소 개발부로, 원고 을 서울사무소 마켓팅부로 각 파견근무하도록 한 사실, 이러한 지정업체의 장의 지시에 따라 원고 는 2000. 3. 27.부터 2001. 3. 5.까지 11개월 9일간 소외 회사 서울사무소 개발부에서 제품의 선정과 라이센스 및 인·허가 업무에 종사하였고, 원고 은 2000. 5. 22.부터 2001. 3. 5.까지 9개월 14일간 위 서울사무소 마켓팅부에서 학술, 문헌 및 임상조사업무에 종사한 사실을 각 인정할 수 있고, 달리 반증이 없는 바, 원고들이 비록 지정업체의 요건을 갖추지 못한 소외 회사의 서울사무소에서 근무하였다고 하더라도, 법 시행령 제91조의 3 제2항 별표 3에서 '전직·파견할 수 없는 업체에 근무한 때'를 앞서 본 바와 같이 해석하는 이상, 소외 회사의 서울사무소를 법 시행령 제91조의 3 제2항 별표 3의 "전직·파견할 수 없는 업체"로 볼 수 없다고 할 것이다.

(다)

따라서 원고들의 경우 법 시행령 제91조의3 제2항 [별표 3]의 "편입 당시 지정업체가 아닌 다른 업체에 근무한 경우" 중 피고가 이 사건 처분에서 적용한 "전직·파견할 수 없는 업체에 근무한 때"에 해당한다고는 볼 수 없고, 오히려 다음 항목의 "승인 또는 신상이동통보 없이 출장·파견근무한 때"에 해당한다고 보아 그에 따른 기준을 적용하여야 할 것이므로, 이 점에 관한 원고의 주장은 이유 있다(이와 같이 해석하는 경우, 사실상 지정업체의 장이 동일 법인내의 비지정업체로 전문연구요원을 파견하여 병역법에서 규정하고 있는 전문연구요원 제도의 취지를 몰각시키게 할 우려가 있으나, 이러한 문제는 근본적으로 "전직·파견할 수 없는 업체"에 관하여 법 및 법시행령에 아무런 근거규정이 없기 때문에 발생한 것으로서 결국 입법적인 조치로 해결하여야 한다고 보인다).

(4)

소결론

그런데, 피고는 원고 가 2000. 3. 27.부터 2001. 3. 5.까지 11개월 9일간, 원고 이 2000. 5. 22.부터 2001. 3. 5.까지 9개월 14일간 소외 회사의 서울사무소에서 근무하였으니 이는 법 시행령 제91조의3 제2항 별표 3 1 의 가.항이 정한 "전직·파견할 수 없는 업체에 근무한 때"에 해당한다고 보고 그 위반기간이 3월 이상이라 하여 원고들에 대하여 기능요원 연장종사 처분을 하지 아니하고 그 편입처분을 취소하는 이 사건 처분을 하였으나, 위에서 살펴본 바와 같이 원고들의 위 서울사무소 근무 형태는 위 별표 3의 1. 나.항이 정한 "승인 또는 신상이동통보 없이 출장·파견근무한 때"로 보아야 할 것이고 그 기준에 따르면 피고가 주장하는 원고들의 위반기간은 모두 6월 이상 1년 미만에 해당하므로 그 위반행위에 대한 처리기준은 편입취소 처분이 아니라 연장종사 처분이 되어야 할 것이므로, 이 사건 처분은 결국 그 처리기준을 잘못 적용하여 위법하다고 하겠다.

3 결론

그렇다면, 이 사건 처분의 위법을 들어 그 취소를 구하는 원고들의 청구는 원고들의 나머지 주장에 관하여 나아가 판단할 필요 없이 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

2001. 12. 5.

판사 주경진(재판장) 정문성 오상용

출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.27.