창원지방법원 2025. 7. 17. 선고 2024구합10636 판결

이 사건 인건비를 법인세의 손금불산입 대상으로 한 부분

원고 주장의 요지

관련 규정 및 관련 법리

법인세법은 '손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실또는 비용의 금액으로 한다'고 규정하고 있고(법인세법 제19조 제1항), '손비는 이 법및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다'고 규정하고 있다(법인세법 제19조 제2항). 또한 인건비 중

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다(대법원 2005. 4. 14. 선고 2005두647 판결 등 참조).

구체적 판단

원고의 최대주주 현황, 원고의 관계사의 최대주주 현황 등에 의하면, 원고는 실질적으로 최대주주인 D에 의하여 운영되고 있고, D이 원고의 최종 의사결정에 영향을 미치고 있다. 원고는 D이 건강상 문제로 이 사건 골프장에 대한 경영이 어려워지자 E에게 원고의 경영 등을 맡긴 것이라고 주장하는데, E은 캐나다에서 장기거주하면서 캐나다국적을 취득한 자로 원고의 업무와 관련된 근로이력이나 사업이력이 전무하였음에도, 원고의 실운영자인 D의 결정에 의해 원고의 대표이사로 취임한 것으로 보인다. ② 원고는 E이 대면 또는 SNS를 통해 업무보고를 받고, 대표이사의 권한으로 원고의 서류를 직접 결재하였다고 주장하나, 원고 부사장의 진술서, 업무인수인계 메모등에 의하면, 원고 소속 실무담당 직원들이 기안문 등의 서류를 작성할 때 자신의 도장뿐만 아니라 E의 결재도장까지 직접 날인한 것으로 보이고, 일일자금현황에 의하면 대표이사 란에 도장 인영이 다른 것도 존재한다. 원고의 사업장에는 E이 상주할 수 있는사무실이나 별도의 근무공간이 존재하지 않고, E의 상근 사실을 인정할 수 있는 전산시스템에 의한 출퇴근 기록 등 객관적인 자료도 없다.

원고의 코스 관리 등 가장 중요하고 이례적인 사항은 실경영자인 D 또는 부사장인 H 등이 직접 점검하고 처리하였던 것으로 보이고, E이 대표이사로서 구체적으로 어떠한 업무를 수행하였는지 알 수 있는 자료는 없다. E이 은행에 방문하여 관계사인 주식회사 I 등의 고액 지출 청구서를 작성하였다거나 잔디관리 노하우 등의 자질을 갖추기 위해 골프장 CEO 과정을 한 학기 이수하였다는 등의 사정들만으로는 E이 원고의 조직구성, 의사결정에 있어 주요한 역할을 하였다고 인정하기 어렵다.

E에 대한 노동조합 및 노동관계조정법위반 혐의 사실에 관하여 수사한 부산지방고용노동청 진주지청의 수사결과 보고에는 'E은 원고의 대표이사이기는 하나, 원고 사업장의 모든 업무는 부회장인 J에 의하여 행해지고, E은 부회장과 총무이사에게 교섭위임을 하였으므로, 사업장의 교섭에 대한 실질적인 권한이 없는 것으로 판단되어 불기소(혐의없음) 의견'이라는 내용이 기재되어 있다.

이 사건 통합조사 당시 E은 부산에 거주하면서 원고 외의 10개 관계사 사업장의 대표로 등재되어 급여 등을 지급받고 있었던 사실이 확인되었다. E의 경력, 거주지 등 생활환경에 비추어 볼 때, E이 원고를 포함한 위 다수의 사업장을 대표이사로서 실제로 운영하였다고 보기 어렵다.

이 사건 공사비를 법인세의 손금불산입 및 부가가치세의 매입세액 불공제 대상으로 한 부분