주문
피고는 원고들에게 별지 1. 원고별 청구금액 산정표의 ‘주위적 청구금액’란 기재 각 돈 및 위 각 돈에 대하여 2022. 12. 21.부터 2024. 1. 16.까지는 연 5%의, 그다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.
소송비용은 피고가 부담한다.
제1항은 가집행할 수 있다.
이유
기초사실
피고는 지방자치단체 출연 연구기관으로 충청남도 및 시·군에 대한 도정 및 시·군정 사업에 대한 조사, 분석, 연구를 수행하고 있는 재단법인이고, 원고들은 피고에게 고용되어 연구업무에 종사하는 근로자들이다.
피고는 2011. 12. 19.경 임직원의 보수체계를 기존의 호봉제에서 실질적 연봉제로 변경하면서 임직원의 연봉에 관한 사항을 규정하기 위하여 연봉규정을 개정하여 시행하였는데, 그 내용은 다음과 같다.
<1>
피고는 연봉규정 제3조 제9호에 따라 연봉제 운영에 관한 세부사항을 규정하기 위하여 2012. 2. 15.경 O 연봉제 운영지침(이하 ‘이 사건 운영지침’이라 한다)을 제정하여 시행하였는데, 그 내용은 다음과 같다.
<2>
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 11호증, 을 제1, 5, 7 내지 19호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
당사자의 주장 요지
원고들
이 사건 운영지침은 취업규칙에 해당하므로 원고들과 피고 사이의 각 근로계약에서 정한 근로조건이 이 사건 운영지침에 미달할 경우 그 부분에 관하여는 근로계약이 무효로 되고 이 사건 운영지침이 적용된다. 또한 이 사건 운영지침이 이후 개정된 부분은 원고들에게 적용되지 않거나 근로자 과반수의 동의 없이 불리하게 변경된 것으로서 효력이 없다. 따라서 피고는 원고들과의 각 근로계약 및 이 사건 운영지침에 따라 원고들에게 정당하게 산정된 임금을 지급하여야 한다. 그런데 피고는 이 사건 운영지침 제9조에 따라 승진자에게 경력에 맞게 기본연봉을 상향조정해야 함에도 불구하고 이를 하지 않음으로써 임금인상분을 미지급하였다. 또한 피고는 기본연봉에 산입되어야 할 성과조정액과 처우개선비를 일부 미지급하였다.
따라서 주위적으로, 피고는 원고들에게 2017년부터 2022년까지 재산정한 정당한 임금 중 이 사건 소 제기일로부터 3년이 경과하지 않아 시효로 소멸하지 않은 금액을 합한 별지 1. 원고별 청구금액 산정표의 ‘주위적 청구금액’란 기재 각 돈 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다. 예비적으로, 설령 충청남도의 페널티 적용으로 인한 피고의 미지급이 정당하다고 하더라도 피고는 원고들에게 별지 1. 원고별 청구금액 산정표의 ‘예비적 청구금액’란 기재 각 돈 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.
피고
이 사건 운영지침은 취업규칙이 아니라 급여담당자를 위한 업무처리지침 내지 참고사항을 정리해둔 것으로서 이사회 의결을 거치지 않은 추상적인 정강·정책에 불과하여 그 보호영역에 따라 보호되는 직접적이고 구체적인 이익인 원고들의 보수지급청구권이 도출된다고 볼 수 없다. 더욱이 이 사건 운영지침은 2020. 1. 21., 2020. 2. 27., 2020. 11. 17., 2023. 4. 1. 각 개정되어 원고들에게 적용되지 않는다. 이 사건 운영지침은 보수규정이 정하지 않은 처우개선비나 성과조정액을 새로 규정하는 등 위임범위를 유월하거나 포괄위임금지의 원칙에 위배되어 무효이다. 또한 피고는 지방자체단체출연기관으로서 행정안전부장관이 제정하는 ‘지방출자출연기관 예산편성지침’에 따라 인건비를 책정하고 보수를 지급할 수밖에 없고, 충청남도는 피고가 예산편성지침을 준수하지 않아 페널티를 적용하여 예산을 주지 않았기 때문에 피고는 그에 따라 원고들에게 처우개선비와 성과조정액을 지급한 것뿐이다. 연봉제에 있어서는 승진에 따른 호봉의 재획정이 존재할 수 없으므로 이 사건 운영지침 제9조는 원고들에게 적용되지 않는다. 이 사건 운영지침 제9조의 승진은 직급승진(전문연구원에서 책임연구원으로 승진)을 의미하는 것이지, 직위승진(책임연구원 이상 직급에서의 승진)을 의미하는 것이 아니다. 원고들은 2017년부터의 임금을 재산정하여 이미 소멸시효가 완성된 2017년부터 2020년 2월까지의 임금을 청구하고 있다.
판단
이 사건 운영지침의 적용 여부
갑 제8호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 피고는 이 사건 운영지침을 2020. 1. 21. 개정한 것으로 보이나, 개정된 운영지침 부칙 제3조에 의하면 개정된 운영지침은 2020. 1. 신규임용자부터 적용하므로 원고들에게는 여전히 기존의 이 사건 운영지침이 적용된다(따라서 개정된 운영지침이 불이익 변경인지 여부는 나아가 살펴보지 아니한다).
이 사건 운영지침이 취업규칙인지 여부
근로기준법에서 규율하는 취업규칙이란 임금 등 근로조건과 복무규율에 관한 기준을 집단적이고 통일적으로 설정하기 위하여 사용자가 일방적으로 작성한 준칙으로서 명칭은 불문하고, 사용자는 근로자의 근로조건, 근로형태, 직종 등의 특수성에 따라 근로자 일부에 적용되는 별도의 취업규칙을 작성할 수 있다(대법원 2007. 9. 6. 선고 2006다83246 판결 등 참조).
살피건대, 이 사건 운영지침은 피고 소속 임직원의 연봉에 관한 사항을 규정한 연봉규정 제3조 제9호의 위임에 따라 그 세부사항을 규정함으로써 급여체계 개선을 통한 연구성과 제고와 경쟁력 강화에 기여함을 목적으로 작성된 것으로서(제1조), 피고 소속 연봉제 적용직원의 연봉계산․지급 등과 관련된 사항에 대하여 타지침보다 우선적으로 적용되고(제2조), 그 규정 내용도 구체적이어서 단순히 급여담당자를 위한 업무처리지침 내지 참고사항을 정리해둔 추상적인 정강·정책에 불과하다고 볼 수 없고, 오히려 이 사건 운영지침에 따라 원고들이 지급받아야 할 급여의 액수를 산정할 수 있으므로, 이 사건 운영지침은 취업규칙에 해당한다고 인정할 수 있다. 또한 연봉규정 제3조 제9호는 위임할 사항을 정하여 위임하고 있어 포괄위임금지 원칙에 반한다고 볼 수 없고, 이 사건 운영지침이 연봉의 구성에 관한 사항 중 처우개선비와 성과조정액을 정하였다고 하여 연봉규정의 위임 범위를 유월하였다고 볼 수도 없다.
따라서 원고들이 피고와 체결한 근로계약 중 이 사건 운영지침에 미달하는 부분은 무효가 되고, 무효로 된 부분에 관하여는 이 사건 운영지침이 정한 기준에 따라야 한다(근로기준법 제97조 참조).
처우개선비와 성과조정액 지급 의무
이 사건 운영지침 제11조 제1항, 제7조 제6항, 제7항에 의하면 피고는 원고들에게 전년도 연봉에 지방공무원 임금인상율을 적용한 처우개선비와 전직원 기본연봉의 평균에 평정등급별로 정해진 비율을 곱하여 산출한 성과조정액을 더한 기본연봉을 지급할 의무가 있다.
먼저 처우개선비에 대하여 보건대, 갑 제7호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 지방공무원 임금인상율은 2017년 3.5%, 2018년 2.6%, 2019년 1.8%, 2020년 2.8%, 2021년 0.9%, 2022년 1.4%인 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 피고는 원고들에게 위 임금인상율에 따른 처우개선비를 지급할 의무가 있다.
다음으로 성과조정액에 대하여 보건대, 피고의 전직원 기본연봉 평균액이 2016년 59,805,163원, 2017년 63,547,303원, 2018년 61,642,583원, 2019년 62,977,825원, 2020년 63,625,193원, 2021년 64,270,544원, 2022년 65,041,494원인 사실, 원고들의 근무성적평정은 별지 2. 청구금액 산정표 ‘근무성적평가’란 기재와 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 피고는 원고들에게 전직원 기본연봉 평균액에 원고들의 근무성적평정에 따라 이 사건 운영지침 [별표 7]이 정한 비율을 곱한 성과조정액을 지급할 의무가 있다.
한편 피고가 지방자치단체 출연 기관이어서 행정안전부장관이 정하는 예산편성지침이나 충청남도지사가 정한 예산편성 보완 기준에 따라 예산을 배정받는다고 하더라도 이는 정부 또는 충청남도의 내부적 예산 배정 내지 관리․감독 작용에 해당할 뿐 위와 같은 예산편성지침이나 예산편성 보완 기준이 근로기준법에 따라 인정되는 피고의 보수지급의무에 직접적인 영향을 미친다고 볼 것은 아니므로, 피고가 충청남도로부터 페널티를 받은 사정은 원고들의 보수지급청구에 있어서 고려하여야 할 사정이 아니다.
승진에 따른 기본연봉의 상향 조정 여부
연봉규정 제9조는 “연봉계약기간 중 신분상의 변동이나 기타 사유로 인하여 연봉조정이 필요한 경우에는 연봉계약을 변경할 수 있다.”라고 규정하고 있고, 이 사건 연봉지침 제9조는 “연봉규정 제9조에 의거 승진자의 경우 승진 직급과 경력에 맞도록 제7조<3> 제1호의 기본연봉을 상향 조정한다.”고 규정하고 있는바, 승진자의 경우에는 기존의 연봉계약이 변경된다고 해석된다. 그렇다면 승진자의 경우에는 연봉을 다시 산정하여야 할 것인데, 기본연봉은 봉급과 정근수당, 명절휴가비, 연구수당, 직급보조비, 정근수당가산금으로 구성되므로(제6조 제1호), 연구직이 승진할 경우 직급에 따라 상향되는 직급보조비와 연구수당 외에 경력에 따라 봉급도 재산정하여 상향 조정함이 상당하다. 만일 이 사건 연봉지침 제9조의 문언에도 불구하고 경력에 따른 기본연봉 상향 조정이 이루어지지 않는다면 피고 소속 근로자들의 기본연봉에 반영되는 처우개선비와 성과조정액이 공무원 보수규정에서 정한 호봉 상승분을 따라가지 못하는 결과 오랜 기간 피고 소속으로 근무하여 온 근로자의 연봉보다 동일한 경력을 가진 신입 근로자가 받게 되는 연봉이 오히려 더 높아지게 되는 불합리가 발생할 수밖에 없다. 기본연봉이 생계비 보조측면의 성격으로 능력의 차이 없이 개인의 직종․직급․경력에 따라 동일하게 지급되는 급여인 점(제5조 제1호), 이 사건 운영지침이 급여체계 개선을 통한 연구성과 제고와 경쟁력 강화를 목적으로 하는 점(제1조)까지 고려하면 더욱이 이 사건 연봉지침 제9조에 따라 경력에 맞는 기본연봉의 상향 조정이 필요하다. 그리고 문언에 따른 기본연봉의 상향 조정이 이루어진다고 하더라도 기본연봉이 새로이 재산정되는 것일 뿐이어서 승진자가 경력에 맞는 호봉상승분을 지급받게 되는 것 외에 전년도 기본연봉대비 임금상승율을 의미하는 처우개선비나 기존의 호봉상승분에 준하는 성과조정액을 이중으로 수급하는 문제가 발생하지도 아니한다. 특히 피고는 관리직의 경우에는 직급 뿐만 아니라 근속년수에 따라 봉급을 재산정해온 것으로 보이는데, 이 사건 운영지침이 피고에 소속된 모든 직원에게 적용되는 점(제3조)에 비추어보면, 관리직과 달리 연구직의 경우에만 특별히 봉급의 재산정을 하지 아니할 합리적인 이유가 없다.
이에 대해 피고는 연봉제에 있어서는 승진에 따른 호봉의 재획정이 존재할 수 없으므로 이 사건 운영지침 제9조는 원고들에게 적용되지 않는다고 주장하나, 원고들의 보수체계가 호봉제와 연봉제 중 어느 것에 속하느냐에 관계 없이 이 사건에서는 근로기준법 제97조에 따라 취업규칙에서 정한 기준을 적용하여야 하므로 취업규칙이 어떻게 정하고 있는지의 해석만이 문제될 뿐이고 지방공무원 보수규정 등에서 어떻게 정하고 있는지는 중요하지 않다. 더욱이 원고들의 연봉제는 순수한 의미의 연봉제가 아니라 기존의 호봉상승분에 준하는 성과조정액을 반영하도록 규정되어 있고 성과연봉이나 연봉외 급여가 별도로 지급되는 혼합형 연봉제로 보이는 점을 고려하면, 보수체계가 연봉제라는 점에만 과도하게 착안하여 취업규칙의 문언과 달리 경력에 따른 봉급의 상향 조정이 배제된다고 해석할 것은 아니다.
또한 피고는 연구직의 경우에는 직급승진이 아니라 직위승진의 경우에 불과하다고 주장하기도 하나 갑 제14, 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 피고의 인사관리규정은 제19조는 직급승진과 직위승진을 구분하지 않고, 연구직에 대하여도 ‘책임연구원-연구위원-선임연구위원’의 승진 체계를 규정하고 있으므로 피고의 주장은 독자적 주장에 불과하여 받아들이지 아니한다.
구체적인 미지급 임금의 산정
앞서 살펴본 바와 같이 피고는 취업규칙에 해당하는 이 사건 운영지침에 따라 원고들에게 처우개선비와 성과조정액을 반영한 기본연봉을, 승진자의 경우에는 직급과 경력에 맞도록 상향 조정된 기본연봉을 지급할 의무가 있으나, 원고들이 근로계약에 따라 지급받은 금액이 이 사건 운영지침에 따라 산정된 금액에 미치지 못할 경우에는 근로기준법 제97조에 따라 그 부분에 관하여는 근로계약이 무효로 되고, 취업규칙에 정한 기준에 따라야 하므로, 피고는 원고들에게 이 사건 운영지침에 따라 정당하게 산정한 급여액과 실제로 지급받은 급여액 사이의 차액을 지급할 의무가 있다. 이에 따라 피고가 원고들이 구하는 2020. 3.부터 2022. 12.까지 원고들에게 정당하게 지급하여야 할 급여액을 계산하여 보면 별지 2. 청구금액 산정표의 기재와 같다.
그러므로 피고는 원고들에게 별지 1. 원고별 청구금액 산정표의 ‘주위적 청구금액’란 기재 각 임금 및 위 각 돈에 대하여 그 최종 지급기일 다음 날인 2022. 12. 21.부터 이 사건 2024. 1. 16.자 청구취지 및 청구원인 변경신청서가 피고에게 송달된 2024. 1. 16.까지는 근로기준법이 정한 법정이율의 범위 내에서 원고들이 구하는 연 5%의, 그다음 날부터 다 갚는 날까지는 근로기준법이 정한 범정이율의 범위 내에서 원고들이 구하는 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.
소멸시효 항변에 대한 판단
원고들은 임의의 시점인 2016년의 연봉을 기준으로 하여 이 사건 운영지침에 따라 2017년부터 원고들이 정당하게 지급받을 수 있었던 연봉금액을 산정한 후 그 중에서 이 사건 소 제기일로부터 3년의 소멸시효가 경과하지 아니한 2020. 3.부터 2022. 12.까지의 미지급 임금에 대하여만 피고에게 지급을 구하고 있다. 따라서 원고들이 피고에게 지급을 구하는 임금은 모두 그 지급기일(매달 20일)이 이 사건 소 제기일로부터 역산하여 3년이 경과하지 않은 2020. 3. 이후 발생한 임금일 뿐이어서 소멸시효가 완성되었다고 볼 수 없고, 이를 산정하는 과정에서 2017년부터 2019년까지의 미지급임금이 반영되었다고 하더라도 원고들이 피고에게 그 지급을 청구하는 것이 아닌 이상 피고의 항변은 이유 없다.
결론
그렇다면 원고들의 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판사 김진선(재판장) 송인석 김다슬
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.26.