주문
피고(반소원고)는 원고(반소피고)에게 33,126,415원 및 이에 대하여 2019. 8. 15.부터 2021. 6. 29.까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.
피고(반소원고)의 반소청구를 기각한다.
소송비용은 본소와 반소를 합하여 피고(반소원고)가 부담한다.
제1항은 가집행할 수 있다.
이유
기초사실
피고(반소원고, 이하 ‘피고’라고만 한다)는 대전 서구 C 지상 건물 2층에서 ‘D병원’을 운영하는 의료재단이고, 원고(반소피고, 이하 ‘원고’라고만 한다)는 2016. 7. 25.부터 2019. 7. 31.까지 위 병원에서 근무한 의사이다.
원고와 피고는 2016. 6.경 급여를 ‘월 NET 1,000만 원’[법정수당 및 회사 임의수당(직책, 면허수당 등) 포함, 특별수당, 장려금은 별도 지급], 계약기간을 2016. 7. 25.부터 2017. 7. 24.까지로 정하여 근로계약을 체결하였고, 원고는 그 무렵부터 위 병원에서 위내시경 담당의사로 근무하였다. 이후 원고와 피고는 계약기간을 갱신하면서 근로관계를 유지하였고, 원고의 근로시간이나 업무량이 변동될 때마다 급여를 일부 조정하였다.
원고는 2019. 6.경부터 위내시경 외에 일부 대장내시경까지 담당하였고, 그에 따라 2019. 6. 시술한 대장내시경에 대하여 건당 수당을 3만 원으로 계산하여 특별근무수당 141만 원을 지급받았다. 원고는 2019. 7.에도 37건의 대장내시경을 시술하였다.
원고는 2019. 7. 31. 위 병원을 퇴직하였는데, 그럼에도 피고가 2019. 7. 대장내 시경에 대한 특별근무수당과 퇴직금을 지급하지 않자 피고의 대표자 E을 대전지방고용노동청에 진정하였다. 이후 E은 근로기준법위반 등의 혐의로 약식 기소되었고, 법원은 2020. 5. 15. E에 대하여 ‘원고에게 2019. 7.분 특별근무수당 111만 원과 퇴직금 32,338,870원을 지급기일 연장에 관한 당사자 간의 합의 없이 퇴직일로부터 14일 이내에 지급하지 아니하였다’는 범죄사실을 인정하여 벌금 500만 원의 약식명령(대전지방법원 2020고약2566호)이 발령하였으며, E이 정식재판을 청구하지 않음에 따라 위 약식명령은 그대로 확정되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
원고의 본소청구에 관한 판단
특별근무수당 청구
위 인정사실에 의하면, 피고는 2019. 6.경부터 원고와 사이에 원고가 시술하는 대장내시경에 대하여 건당 3만 원의 특별근무수당을 지급하기로 약정한 것으로 보이므로, 피고는 원고에게 대장내시경 시술에 따른 특별근무수당 111만 원(= 37건 × 3만 원)을 지급할 의무가 있다.
퇴직금 청구
위 인정사실에 의하면, 피고는 원고에게 퇴직금을 지급할 의무가 있다.
나아가 피고가 지급하여야 할 퇴직금의 액수에 관하여 보건대, 갑 제3호증의 기재에 의하면, 원고의 퇴직 전 3개월 동안의 임금이 2019. 5. 1,000만 원, 2019. 6. 1,141만 원, 2019. 7. 1,111만 원(= 기지급 임금 1,000만 원+미지급 임금 111만 원)인 사실을 인정할 수 있고, 원고의 근무기간이 2016. 7. 25.부터 2019. 7. 31.까지 1,102일인 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 피고가 지급하여야 퇴직금은 32,016,415원[={3,252만 원 ÷(31+30+31)일}×30일×(1,102일÷365일), 원 미만 반올림]이 된다.
따라서 피고는 원고에게 퇴직금 32,016,415원을 지급할 의무가 있다.
소결
따라서 피고는 원고에게 미지급 임금 1,110,000원과 퇴직금 32,016,415원 합계 33,126,415원 및 이에 대하여 피고의 퇴직일로부터 14일이 경과한 다음날인 2019. 8. 15일부터 이 사건 소장부본 송달일인 2021. 6. 29.까지는 민법이 정한 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.
피고의 반소청구에 관한 판단
주장의 요지
2016년도부터 2019년도까지 연말정산 과정에서 원고에 대하여 합계 30,290,850원의 소득세 추가 납부액이 발생하였음에도 원고가 이를 납부하지 않아 피고가 이를 대납하였는바, 원고는 피고에게 부당이득으로 위 30,290,850원을 반환할 의무가 있다.
판단
원고와 피고가 근로계약을 통하여 원고는 근로소득세와 4대 보험료의 액수와 무관하게 월 1,000만 원의 임금을 보장받고 근로자인 원고가 부담하여야 할 근로소득세와 4대 보험료는 그 액수와 무관하게 사용자인 피고가 전액 부담하기로 하는 내용의 ‘네트계약’을 체결한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 이와 같은 네트계약의 경우 사용자가 매달 납부하는 원천징수액은 근로자의 임금에서 납부된 것이 아니고 그 환급금 또는 추징금은 모두 사용자의 회계처리상 과다납부 또는 과소납부로 인한 것으로 사용자가 이를 지급받거나 부담하기로 한 약정이 있다고 보아야 할 것이므로, 피고의 위 주장은 받아들이지 않는다.
결론
그렇다면, 원고의 본소청구는 이유 있으므로 이를 인용하고 피고의 반소청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판사 김영호
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.26.