서울고등법원 2026. 7. 8. 선고 2024누63177 판결

당사자들의 지위

원고는 1993. 3. 16. 설립된 학교법인이고, 원고승계참가인은 2024. 12. 12. 설립된 학교법인이다. 원고는 설립 이래 B대학교 및 C대학교를 설치 · 경영해 왔는데, 원고승계참가인의 설립 이후 원고승계참가인이 원고로부터 C대학교의 설치 · 경영권을 승계하였다.

피고 재단은 한국연구재단법에 따라 설치된 법인이다.

대학 재정지원사업의 시행과 수혜제한 조치의 기준 등

교육부장관은 고등교육법, 학술진흥법, 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률, 교육기본법 등에 따라 대학 재정지원사업을 효율적으로 수행하기 위해 필요한 세부사항을 정한 '대학 재정지원사업 관리운영에 관한 규정(2021. 2. 1. 교육부훈령 제366호)'을 제정하였다(위와 같이 제정된 후 2021. 7. 5. 교육부훈령 제381호로 개정된 '대학 재정지원사업 관리운영에 관한 규정'을 이하 '이 사건 관리규정'이라 한다).

교육부장관은 이 사건 관리규정 제6조에 따라 '대학 혁신지원사업'(이하 '이 사건 제1사업'이라 한다), '전문대학 혁신지원사업'(이하 '이 사건 제2사업'이라 한다), '사회맞춤형 산학협력 선도전문대학(LINC+) 육성사업'(이하 '이 사건 제3사업'이라 하고, 이 사건 제1, 2사업과 통칭하여 '이 사건 각 사업'이라 한다)의 관리 · 운영 등 업무에 관하여 피고 재단을 전문기관으로 지정하였다.

교육부장관은 2020. 3.경 대학 재정지원사업에 대한 기본 절차를 제시하고 사업을 공정 · 투명하게 운영 · 관리하기 위하여 '재정지원사업 공정성 · 투명성 제고를 위한 공동 운영 · 관리 매뉴얼'을 제정하였다[위와 같이 제정된 이후 2021. 1. 1. 개정된 '재정지원사업 공정성 · 투명성 제고를 위한 공동 운영 · 관리 매뉴얼(갑 제9호증<3>)'을 이하 '이 사건 매뉴얼'이라 한다]. 이 사건 매뉴얼은 대학 재정지원사업의 주체별 역할을 아래와 같은 그림으로 설명하고 있다.

이 사건 매뉴얼에 첨부된 '대학 재정지원사업 수혜제한 기준'(갑 제9호증 29면<4> 이하, 이하 '이 사건 수혜제한 기준'이라 한다)은, 부정 · 비리 대학 재정지원사업 수혜제한을 위한 기본절차, 제한기간, 부정 · 비리 정도의 판단 방법, 수혜제한 정도 등에 관한 기준을 마련하고 있다. 이 사건 수혜제한 기준은 수혜제한 조치의 기본절차에 관하여 아래 그림과 같이 (a) 교육부가 심의위원회를 구성하여 대학의 부정 · 비리에 대해이 사건 매뉴얼상 수혜제한 대상인지 여부와 부정 · 비리의 정도를 결정하고, (b) 피고 재단과 같은 전문기관(위탁기관)이 검토대상인 부정 · 비리 대학의 전체 명단 및 내용을 사업관리위원회 심의 안건으로 상정하며, c) 사업관리위원회가 심의를 통해 부정 ·비리 대학에 대한 수혜제한을 결정한 다음, (d) 교육부 및 전문기관(위탁기관)이 이에 따른 수혜제한 조치를 실시하도록 정하고 있다. 또한, 이 사건 수혜제한 기준은 부정 · 비리 대상을 감사원, 교육부 등에서 시행한 감사에서 부정 · 비리로 처분한 사항, 행정처분위원회에 의한 행정처분 및 형사법원에 의한 판결로 정하고 있다. 그중 1 감사처분의 경우 전 · 현직 임원, 총장 등 법인 · 대학의 주요 보직자에 대한 중징계 이상의 신분상 조치 및 별도 조치를 중심으로 감사처분의 대상 및 정도에 따라 대학별 부정 · 비리 정도를 판단하여 수혜제한 수준을 결정한다. 2 형사판결의 경우 대학을 대표하는 인사(감사처분 대상자와 동일)가 부정 · 비리혐의로 기소되어(다만, 사회적 파장이 큰 중대한 부정 · 비리의 경우 수사 개시 이후부터 적용 가능) 대학 내외에 부정적 영향이 큰 업무상 배임 · 횡령, 직권남용, 뇌물수수 · 공여 등의 위법행위로 대학 운영 관련 부정 · 비리 혐의가 상당히 의심되는 때에, 형사판결 확정 전에는 검찰 기소 및 미확정 형사판결 등에 의해 인지된 부정 · 비리 혐의에 따라 판결 확정 시 삭감 가능한 최대 사업비(대학 단위 40%, 사업단 단위 15%)에 대해 집행 · 지급정지를 할 수 있고, 형사판결 확정 후에는 대상자, 양형 수준에 따라 부정 · 비리 정도를 판단한다. 감사처분 및 행정처분에 따른 부정 · 비리 정도는 이 사건 수혜제한 기준에 명시된 아래 표에 따라 '중대', '상', '중', '하'로 구분하여 결정한다. 부정 · 비리 정도에 따른 수혜제한 수준은 이 사건 수혜제한 기준에 명시된 아래 표가 정한 대로 재정지원 대상 대학이 신규선정대상인지 또는 계속지원 대상인지에 따라 결정한다.

교육부장관은 2019년부터 2021년까지 매년 이 사건 각 사업의 기본계획을 수립 · 공고하여 왔는데, 이 사건 제1사업에 관하여는 연도별 '대학혁신지원사업 기본계획'(갑 제8호증, 을 제2호증, 이하 '이 사건 제1계획'이라 한다)을, 이 사건 제2사업에 관하여는 연도별 '전문대학 혁신지원사업 기본계획'(갑 제24호증, 2024누63184 사건의 을 제2호증, 이하 '이 사건 제2계획'이라 한다)을, 이 사건 제3사업에 관하여는 연도별'사회맞춤형 산학협력 선도전문대학(LINC+) 육성사업 추진계획(사회맞춤형학과 중점형)'(을나 제13호증, 2024누63191 사건의 을 제2호증, 이하 '이 사건 제3계획'이라 하고, 이 사건 제1, 2계획과 통칭하여 '이 사건 각 계획'이라 한다)을 각 수립 · 공고하였다. 이 사건 각 계획에는 해당 사업의 추진 목표와 체계, 사업비의 규모와 지급 방식, 평가 · 관리 절차 및 부정 · 비리 발생 시 이 사건 매뉴얼 및 이 사건 수혜제한 기준에 따라 수혜제한 조치를 할 수 있다는 내용 등이 포함되어 있다.

한편 원고와 피고 재단은 이 사건 관리규정 제18조에 따라 2019년부터 2021년까지 매년 이 사건 각 사업에 관하여 피고 재단 이사장이 원고 총장에게 정부 예산의 범위 내에서 사업비 지급의 재정지원을 하는 내용의 협약을 체결하였는데, 이 사건 제1 사업에 관하여는 연도별 '대학혁신지원사업 협약'(을 제3호증, 이하 '이 사건 제1협약'이라 한다)을, 이 사건 제2사업에 관하여는 연도별 '전문대학혁신지원사업 협약(2024누63184 사건의 을 제3호증, 이하 '이 사건 제2협약'이라 한다)을, 이 사건 제3사업에 관하여는 연도별 '사회맞춤형 산학협력 선도전문대학(LINC+) 육성사업 협약(2024누63191 사건의 을 제3호증, 이하 '이 사건 제3협약'이라 하고, 이 사건 제1, 2협약과 통칭하여'이 사건 각 협약'이라 한다)을 각 체결하였다. 이 사건 각 협약(2021년)의 주요 내용은 아래와 같다.

원고 등에 대한 종합감사 결과와 수혜제한에 관한 이 사건 각 통지

교육부장관의 종합감사 교육부장관은 2019. 8. 12.부터 2020. 2. 17.까지 원고와 B대학교 및 C대학교에 대한 종합감사(이하 '이 사건 종합감사'라 한다)를 실시한 뒤, 2020. 4. 10. 원고에게 종합감사 결과 처분을 통보하였다(갑 제2호증, 을나 제20호증). 이 사건 종합감사 결과 지적 사항은 모두 55건이고, 그중 신분상 · 행정상 · 재정상 조치 요구가 이루어진 지적사항은 41건이다. 그중 지적사항 '연번 16'에 관하여는 아래와 같은 처분사유로 B대학교 총장 D 등에 대한 중징계(파면) 요구 등 신분상 · 행정상 조치요구가 통보되었다(이하 지적사항 '연번 16' 관련 신분상 · 행정상 조치요구 통보를 '이 사건 감사처분'이라 한다).

임원취임승인 취소 처분 교육부장관은 2021. 1. 12. 제1처분사유를 이유로 원고에 대하여 원고의 전 이사장N과 전 이사인 D에 대한 임원취임승인을 취소한다고 통보하였다(이하 '이 사건 승인취소처분'이라 한다).

이 사건 감사처분 및 승인취소처분에 대한 행정 · 형사사건의 경과

원고는 2020. 6. 8. 중앙행정심판위원회에 이 사건 감사처분의 취소를 구하는 행정심판을 청구한 후, 2021. 3. 31. 이 사건 감사처분에 대한 집행정지를 신청하였고,2021. 4. 6. 행정심판 청구사건의 재결 시까지 이 사건 감사처분의 집행을 정지하는 내용의 집행정지결정이 내려졌으나, 이후 위 행정심판청구는 2022. 3. 8. 기각되었다. 이에 원고는 2022. 5. 6. 서울행정법원에 이 사건 감사처분의 취소를 구하는 소를 제기하면서 2022. 5. 18. 집행정지를 신청하였고, 위 법원은 2022. 6. 3. 본안사건 판결 선고일부터 30일이 되는 날까지 그 효력을 정지하는 집행정지결정을 하였으며, 2023. 10.12. 이 사건 감사처분을 취소하는 청구인용 판결을 선고하여, 그 판결이 2023. 11. 3. 확정되었다(2022구합65887호, 이하 '관련 행정판결'이라 한다).

원고, N, D은 이 사건 승인취소처분에 불복하여 2021. 2. 26. 중앙행정심판위원회에 행정심판을 청구한 후, 2021. 3. 24. 이 사건 승인취소처분에 대한 집행정지를 신청하였고, 2021. 4. 6. 행정심판 청구사건의 재결 시까지 이 사건 승인취소처분의 집행을 정지하는 내용의 집행정지결정이 내려졌다. 중앙행정심판위원회는 2022. 5. 3. 원고의 위 행정심판청구는 원고가 이 사건 승인취소처분의 상대방이 아니어서 청구인 적격이 없다는 이유로 각하하고, N, D의 위 행정심판청구는 인용하여 이 사건 승인취소처분을 취소하는 재결을 하였다(중앙행정심판위원회 O 재결, 이하 '관련 행정재결'이라 하고, 관련 행정판결과 통틀어 '관련 행정사건'이라 한다).

한편 교육부장관은 B대학교 전 총장 D, 학사 부총장 P, 원고의 인사관리실장 J을 제2처분사유와 같이 '교비회계에 속하는 수입을 다른 회계로 전출함과 동시에 업무상 보관 중인 교비를 횡령하였다'는 혐의로 대전지방검찰청 천안지청에 고발하였다. 그러나 위 천안지청 검사는 2020. 7. 21. '책임시수 인정은 기본적으로 헌법이 보장하는 대학의 자율권에 속하고, 교육부장관의 주장은 책임시수에 미달할 경우 교원의 급여를 삭감하여야 한다는 것으로서 근로기준법에 비추어 적절한 주장이라고 보기 어렵다'는 등의 이유로 업무상횡령 및 사립학교법위반 혐의에 대하여 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분을 하였다. 이에 대해 교육부장관이 항고하여 재기수사가 이루어졌으나, 위 천안지청 검사는 2022. 9. 6. 'D, P, J이 제2처분사유와 같이 교비회계를 전용한 사실을 확인할 수 없다'는 등의 이유로 업무상배임 및 사립학교법위반 혐의에 대하여 재차 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분을 하였다(이하 '관련 형사사건'이라 한다).

이 사건 각 통지

피고 재단의 사업관리위원회는 2020. 11. 12. '대학혁신지원사업 부정 · 비리 점검 및 제재(안)'을 심의하고, 이 사건 종합감사 결과 통보된 지적사항 '연번 39'(전기공사 등 미분리 발주에 따른 B대학교 보직자에 대한 고발)에 관해 부정 · 비리 정도 '하'를 적용하여 이 사건 제1사업 2020년도 사업비의 5% 감액을 의결하였다(을나 제22호증). 피고 재단은 위 의결에 따라 2020. 11. 18. B대학교 총장에게 이 사건 제1사업2020년도 사업비 5,635,000,000원의 5%인 281,800,000원을 감액한다는 통지를 하였다 (을 제9호증, 이하 '제1차 삭감'이라 한다).

피고 재단의 사업관리위원회(이 사건 제1사업 제17차)는 2021. 9. 10. 이 사건 감사처분 및 승인취소처분이 이 사건 수혜제한 기준의 '임원에 대한 임원취임승인취소와 총장에 대한 중징계(파면, 해임) 요구가 모두 있는 경우'에 해당함을 전제로 이 사건 제1사업에 대한 수혜제한 수준을 '중대(40% 감액)'로 의결하였다(을 제30호증). 피고 재단은 2021. 9. 15. B대학교 총장에게 '대학혁신지원사업 사업비 감액 알림' 공문을 발송하여, 부정 · 비리 정도를 '중대'로, 수혜제한 수준을 '40%'로 적용하여 이 사건 제1 사업 2020년 사업비의 40% 상당액을 2021년 사업비에서 삭감하는 방식으로 감액하되, 제1차 삭감액 281,800,000원을 제외한 나머지 1,972,200,000원[= 2,254,000,000원(=2020년 협약액 5,635,000,000원 × 0.4) - 281,800,000원]을 감액한다는 통지를 하였다 (갑 제10호증, 이하 '이 사건 제1통지'라 한다). 이 사건 제1통지서에는 '상기 조치에 이의가 있는 경우 2021. 9. 24.까지 공문으로 제출해 달라'는 문구가 기재되어 있었다. B대학교 총장은 피고 재단에 이 사건 제1통지에 대해 2021. 9. 17. 피고 재단에 '이 사건 감사처분 및 승인취소처분을 이유로 사업비 40%를 삭감한다는 조치를 통지받았는데, 위 각 처분에 대하여는 중앙행정심판위원회의 집행정지결정이 내려진 상태이며, 사업비 삭감으로 참여 학생들에게 중대한 불이익이 발생하므로 사업비 삭감 조치를 완화하거나 전액 지원을 요청한다'는 내용의 '대학혁신지원 사업비 감액처분에 따른 이의신청서'를 제출하였으나, 피고 재단은 이의제기 심사위원회의 심의를 거쳐 2021. 10. 8. B대학교 총장에게 위 이의신청을 불인정한다는 통보를 하였다(갑 제11호증).

피고 재단의 사업관리위원회(이 사건 제2사업 제12차)는 2021. 8. 30. 이 사건 승인취소처분이 가장 중한 부정 · 비리에 해당함을 전제로 이 사건 제2사업에 대한 수혜제한 수준을 '상(30% 감액)'으로 의결하였다(을 제31호증). 피고 재단은 2021. 9. 2.C대학교 총장에게 'C대 혁신지원사업 2021년 사업비 수혜제한 안내' 공문을 발송하여 이 사건 승인취소처분에 따라 이 사건 제2사업 2020년 사업비의 30%를 2021년 사업비에서 삭감하는 방식으로 감액한다고 안내하면서, '의견제출서' 양식을 첨부하여 '2021. 9. 13. 16:00까지 위 의견제출서 서식으로 작성해 전자공문을 제출하는 방법으로 이의신청을 할 수 있다'고 안내하였다(갑 제25호증). 이에 대해 C대학교 총장이 피고 재단에 '이 사건 승인취소처분을 이유로 사업비 30%를 삭감한다는 조치를 통지받았는데, 위 처분에 대하여는 중앙행정심판위원회의 집행정지결정이 내려진 상태이며, 사업비 삭감으로 참여 학생들에게 중대한 불이익이 발생하므로 사업비 삭감 조치를 완화하거나 전액 지원을 요청한다'는 내용의 '전문대 혁신지원 사업비 삭감처분에 따른 이의신청서'를 제출하였으나, 피고 재단은 이의제기 총괄심의위원회 심의를 거쳐 2021. 10. 8. C대학교 총장에게 위 이의신청을 기각한다는 통보를 하였다(갑 제26, 27호증). 피고 재단은 2021. 10. 22. C대학교 총장에게 '2021년 전문대학 혁신지원사업 1유형사업비 확정 안내' 공문을 발송하여, 이 사건 제2사업의 2020년 사업비에 제재유형'상', 삭감비율 '30%'를 적용한 1,484,000,000원(= 2020년도 사업비 4,947,000,000원 × 0.3, 1,000,000원 미만 버림)에 2020년 추가배분액 감액분 76,000,000원을 더한 1,560,000,000원을 2021년 사업비에서 삭감하는 방법으로 감액한다는 통지를 하였다 (갑 제28호증, 이하 '이 사건 제2통지'라 한다).

피고 재단의 사업관리위원회(이 사건 제3사업 제18, 19차)는 2021. 5. 11. 및 2021. 8. 18. 이 사건 승인취소처분이 가장 중한 부정 · 비리에 해당함을 전제로 이 사건 제3사업에 대한 수혜제한 수준을 '상(30% 감액)'으로 의결하였다(을 제36, 37호증). 피고 재단은 2021. 9. 2. C대학교 총장에게 '2021년 전문대 LINC+ 육성사업 사업비 및 수혜제한 안내' 공문을 발송하여 이 사건 승인취소처분에 따라 이 사건 제3사업 2021년 사업비의 30%를 감액한다고 안내하면서, '의견제출서' 양식을 첨부하여 '2021. 9.10. 16:00까지 위 의견제출서 서식으로 작성해 전자공문을 제출하는 방법으로 이의신청을 할 수 있다'고 안내하였다(갑 제30호증). 이에 대해 C대학교 총장이 피고 재단에 '이 사건 승인취소처분을 이유로 사업비 30%를 삭감한다는 조치를 통지받았는데, 위 처분에 대하여는 중앙행정심판위원회의 집행정지결정이 내려진 상태이며, 사업비 삭감으로 참여 학생들에게 중대한 불이익이 발생하므로 사업비 삭감 조치를 완화하거나 전액 지원을 요청한다'는 내용의 'LINC+ 육성사업 사업비 삭감처분에 따른 이의신청서'를 제출하였으나, 피고 재단은 이의제기 총괄심의위원회의 심의를 거쳐 2021. 10. 8. 위 이의신청을 기각한다는 통보를 하였다(갑 제27, 31호증). 피고 재단은 2021. 11. 24. C대학교 총장에게 '2021년도 전문대 LINC+ 육성사업(사회맞춤형학과 중점형) 사업비 확정 안내' 공문을 발송하여, 이 사건 제3사업의 2021년 사업비에 제재수준 '상', 삭감비율 '30%'를 적용한 598,272,000원(= 2021년도 사업비 1,994,240,000원 × 0.3)을 감액한다는 통지를 하였다(갑 제32호증, 이하 '이 사건 제3통지'라 하고, 이 사건 제1, 2통지와 통칭하여 '이 사건 각 통지'라 한다).

원고승계참가인의 승계참가 신청 원고승계참가인은 2024. 12. 6. 교육부장관으로부터 사립학교법 제10조에 따라 설립허가를 받아 2024. 12. 12. 설립되었는데, 학교법인 설립허가서(갑나 제1호증)의 '2. 허가조건 바.항'은 '법인설립 허가 당시 원고의 C대학교 관련 채권, 채무는 이 허가서에 의한 원고승계참가인의 C대학교에서 승계함'이라고 정하고 있다. 원고승계참가인은 2025. 3. 28. 자신이 위 설립허가서에 의해 원고로부터 피고 재단 또는 피고 대한민국에 대한 이 사건 제2, 3사업 관련 사업비 지급청구권을 양수하였다고 주장하면서 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제81조에 따라 승계참가신청을 하였다. 원고는 2025. 3. 28.자 청구취지 변경신청서를 통하여 피고 재단 및 피고 대한민국에 위 각 사업비 지급청구권의 양도를 통지하였고, 위 통지가 2025. 6. 10. 피고 재단에, 2025. 3. 31. 피고 대한민국에 각 송달되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 11, 24 내지 28, 30 내지 32, 34 내지 37,50호증, 갑나 제1, 2호증, 을 제2, 3, 9, 14, 19, 28 내지 31, 36, 37호증, 을나 제1 내지 4, 13, 14, 20 내지 24호증, 2024누63184 사건의 을 제2, 3, 7호증, 2024누63191 사건의 을 제2, 3, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 3. 관계 법령 등 [별지 2] 기재와 같다.

피고 재단의 본안 전 항변에 관한 판단

본안 전 항변의 요지 이 사건 각 통지는 원고와 피고 재단 사이에 체결된 이 사건 각 협약 또는 피고 재단의 내부 기준에 근거한 조치일 뿐 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하지 않는다.

판단

관련 법리 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라 함은 원칙적으로 행정청의 공법상 행위로서 특정 사항에 대하여 법규에 의한 권리의 설정 또는 의무의 부담을 명하거나 기타 법률상 효과를 발생하게 하는 등으로 일반 국민의 권리의무에 직접 영향을 미치는 행위를 가리키는 것이고, 어떠한 처분의 근거가 행정규칙에 규정되어 있다고 하더라도, 그 처분이 상대방에게 권리 설정 또는 의무 부담을 명하거나 기타 법적인 효과를 발생하게 하는 등으로 상대방의 권리의무에 직접 영향을 미치는 행위라면, 이 경우에도 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당한다고 보아야 한다(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두3532 판결, 대법원 2004. 11. 26. 선고 2003두10251, 10268 판결, 대법원 2012. 9.27. 선고 2010두3541 판결 등 참조). 행정청의 어떤 행위가 항고소송의 대상이 될 수 있는지의 문제는 추상적 · 일반적으로 결정할 수 없고, 구체적인 경우 행정처분은 행정청이 공권력의 주체로서 행하는 구체적 사실에 관한 법집행으로서 국민의 권리의무에 직접적으로 영향을 미치는 행위라는 점을 염두에 두고, 관련 법령의 내용과 취지, 그 행위의 주체 · 내용 · 형식 · 절차, 그 행위와 상대방 등 이해관계인이 입는 불이익과의 실질적 견련성, 그리고 법치행정의 원리와 당해 행위에 관련한 행정청 및 이해관계인의 태도 등을 참작하여 개별적으로 결정하여야 한다(대법원 2010. 11. 18. 선고 2008두167 전원합의체 판결 참조). 행정청의 행위가 '처분'에 해당하는지가 불분명한 경우에는 그에 대한 불복방법 선택에 중대한 이해관계를 가지는 상대방의 인식가능성과 예측가능성을 중요하게 고려하여 규범적으로 판단하여야 한다(대법원 2018. 10. 25. 선고 2016두33537 판결, 대법원 2022. 3. 17. 선고 2021두53894 판결 등 참조).

구체적 판단 앞서 인정한 사실관계, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정 · 추론할 수 있는 다음 사실 내지 사정을 종합하면, 이 사건 각 통지는 항고소송의 대상인 행정처분에 해당한다고 봄이 타당하다. 피고 재단의 본안 전 항변은 이유 없다.

이 사건 관리규정은 제8조 제1항에서 '장관은 부정 · 비리 등이 확인된 대학에 대한 사업 지원 제한 여부와 그 수준 등을 심의하기 위한 심의위원회를 구성 · 운영할 수 있다'고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서 '심의위원회는 지원 제한 결정이 있는 경우, 즉시 개별 사업 담당 부서에 통보하여야 하며, 사업 담당 부서와 전문기관의 장은 제9조에 따른 사업관리위원회의 심의를 거쳐 사업별 지원 제한 여부 및 수준을 최종 확정하여야 한다'고 규정하고 있으며, 제9조 제4항에서 '사업관리위원회는 사업 관리 · 운영에 관한 주요 사항'(제1호), '평가 또는 제재 등에 관한 주요 사항'(제2호), '그 밖에 사업 관리를 위하여 장관 및 전문기관의 장이 필요하다고 인정하는 사항'(제3호)을 심의 · 조정하며, 세부 사항은 사업별로 달리 정할 수 있다'고 규정하고 있다. 또한 이 사건 관리규정은 제43조 제1항에서 '전문기관의 장은 사업과 관련하여 사업 추진실적 결과가 극히 불량하거나, 사업목적 외 예산 사용, 횡령, 대학정보공시 지표값 오류 등 대학의 부정 · 비리가 확인된 경우 제20조에 따른 협약해지, 사업비 삭감 및 환수, 제17조, 제26조부터 제28조에 따른 평가 시 반영 등의 조치를 할 수 있다'고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 '장관 또는 전문기관의 장은 사업과 직접적 관련이 없더라도 대학의 입시 · 학사비리, 총장, 이사장 및 대학의 주요 보직자가 연루된 부정 · 비리 사안의 경우 제8조의 심의위원회의 심의를 거쳐 사업비 삭감 및 환수, 제17조, 제26조부터 제28조에 따른 평가 시 반영 등의 조치를 할 수 있다'고 규정하고 있으며, 같은 조 제5항에서 '대학의 장은 제1항, 제2항 및 제4항에 따른 조치에 이의가 있는 경우 제20조 제3항의 규정을 준용하여 이의제기할 수 있다'고 규정하고 있다.

이 사건 관리규정의 위 각 규정, 부정 · 비리 정도와 수혜제한 수준을 구체적으로 정한 이 사건 수혜제한 기준 등에 의하면, 감사처분, 행정처분, 형사판결 등에 의해 부정 · 비리 심의대상으로 확인된 경우, 심의위원회는 부정 · 비리 대학에 대한 수혜제한 대상 여부 및 부정 · 비리 정도(중대 · 상 · 중 · 하)를 심의 · 결정하고, 사업관리위원회는 심의위원회의 결정에 근거하여 부정 · 비리 대학에 대해 부정 · 비리 정도에 따른 수혜제한 수준을 결정하며, 전문기관의 장은 사업별 수혜제한 여부 및 수준을 최종 확정하고, 교육부장관 또는 전문기관의 장은 수혜제한 조치를 실시한다. 전문기관의 장이 이 사건 관리규정 및 이 사건 수혜제한 기준을 근거로 부정 · 비리 대학에 대해 수혜제한 조치를 통지하면 상대방 대학은 특별한 사정이 없는 한 사업비의 삭감이라는 법률상 불이익을 받게 되고, 그로 인해 예정된 재정지원사업을 계속 수행하지 못하거나, 대학이 삭감된 사업비 상당액을 스스로 부담하여 이를 수행해야 하는 등 권리의무 내지 법적 지위에 직접 영향이 미치게 된다.

그런데 피고 재단은<5> B대학교 총장과 C대학교 총장에게 공문 형식으로 이 사건 각 통지를 하면서 근거규정으로 이 사건 관리규정 제42조<6>, 이 사건 각 계획, 이 사건 매뉴얼, 사업관리위원회 결과<7> 등을 기재하고, '교육부 대학 재정지원사업 수혜제한 심의위원회 심의결과에 따라 사업관리위원회가 부정 · 비리 제재 여부 및 유형을 심의 ·의결하였다'고 절차 및 경위를 설명함과 아울러 사업비 감액조치의 사유 및 금액 등을 적시하면서, 수혜제한 조치에 이의가 있는 경우 일정한 기한 내에 공문으로 이의신청을 할 것을 안내하였다[이 사건 제2, 3통지의 경우에는 사업관리위원회의 수혜제한 의결 결과를 통지하는 단계에서 '부정 · 비리 제재 여부 및 유형은 교육부 총괄심의위원회 의결사항으로 이의신청 불가. 동 사업관리위원회에서 심의 · 의결한 부정 · 비리 정도에 따른 제한 수준에 한해 이의신청 가능'이라는 내용으로 이의신청이 가능한 범위를 구체적으로 명시하면서 '의견제출서' 양식(이 양식에는 '행정절차법 제27조 제1항(제31조 제3항)<8>에 따라 위와 같이 의견을 제출합니다'라는 문구가 인쇄되어 있다)까지 첨부하여 이의신청 절차를 안내하였다]. 이에 B대학교 총장과 C대학교 총장이 이 사건 각 통지에 대해(이 사건 제2, 3통지의 경우에는 사업관리위원회 수혜제한 의결 결과통지에 대해) '사업비 감액(삭감)처분'이라는 이름을 붙여 이의신청을 하였으나, 피고 재단은 이의제기 심사위원회 등의 심사를 거쳐 재차 피고 재단 명의의 공문 형식으로 이의신청을 불인정 또는 기각한다는 결정을 통보하였다. 한편 이 사건 제1통지의 경우에는 이 사건 관리규정, 이 사건 각 계획, 이 사건 매뉴얼뿐만 아니라 이 사건 각 협약 제4조, 제11조도 근거규정으로 기재되어 있기는 하나, 위와 같은 이 사건 각 통지의 형식, 피고 재단의 불복방법 안내 및 B대학교 총장, C대학교 총장이 작성 · 제출한 이의신청서의 내용, 이 사건 각 통지에 대한 이의신청 처리 경과 등에 비추어, 상대방인 원고 측은 이 사건 각 통지를 항고소송의 대상인 처분으로 인식하고, 이 사건 감사처분 및 승인취소처분에 대해 집행정지결정이 있었다는 등의 이유로 이의신청을 한 것으로 보인다.

다만 대학 재정지원사업의 근거 법령인 고등교육법, 학술진흥법, 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률, 교육기본법 등은 전문기관인 피고 재단에 수혜제한 조치인 이 사건 각 통지를 할 권한을 부여하는 명시적인 규정을 두고 있지 않다. 피고 재단은 행정규칙인 이 사건 관리규정 제43조 제2항과 이 사건 매뉴얼(이 사건 수혜제한 기준) 등을 근거로 이 사건 각 통지를 한 것인데, 행정기관이 소속 공무원이나 하급 행정기관에 대해 세부적인 업무처리절차나 법령의 해석 · 적용 기준을 정해 주는 행정규칙은 상위법령의 구체적인 위임이 있지 않는 한 그 조직 내부에서만 효력을 가질 뿐 대외적으로 국민이나 법원을 구속하는 효력이 없다. 한편 대학 재정지원사업의 근거 법령이 교육부장관에게 피고 재단 이사장의 사업비 삭감 및 환수 권한을 인정하는 내용으로 행정규칙을 제정하도록 위임하였다고 볼 근거도 찾을 수 없다<9>. 그렇다면 이 사건 관리규정 제43조 제2항은 교육부장관이 상위 법령의 구체적, 명시적 위임 없이 정한 대외적 구속력 없는 행정규칙에 해당하며, 따라서 피고 재단이 이 사건 감사처분및 승인취소처분을 이유로 B대학교 총장 및 C대학교 총장에게 사업비를 삭감하는 이 사건 각 통지를 할 권한은 법령상 없다고 볼 것이다. 그러나 행정청이 상위 법령의 근거 없이 행정규칙에 근거하여 위탁받은 범위를 초과해 불이익한 조치를 하는 경우에도그 조치가 법적인 효과를 발생하게 하는 등으로 상대방의 권리의무에 직접 영향을 미치는 행위는 행정처분에 해당하고, 어떠한 처분에 법령상 근거가 있는지는 본안에서 해당 행정처분이 적법한가를 판단하는 단계에서 고려할 요소이지, 소송요건 심사단계에서 고려할 요소가 아니므로(대법원 2016. 8. 30. 선고 2015두60617 판결 등 참조), 설령 피고 재단이 행정규칙인 이 사건 관리규정 제43조 제2항과 이 사건 매뉴얼(이 사건 수혜제한 기준) 등을 근거로 교육부장관으로부터 민간위탁을 받은 범위를 초과하여 이 사건 각 통지를 하였다고 하더라도, 이 사건 각 통지는 원고와 B대학교 및 C대학교에 사업비의 삭감, 재정지원사업의 수행 제한이라는 법률상 불이익이 발생하게 하는 구체적 사실에 관한 법집행에 해당하므로, 항고소송의 대상인 행정처분에 해당한다고 봄이 타당하다.

본안에 관한 판단

당사자들 주장의 요지

원고 및 원고승계참가인

피고 재단에 대한 청구 주위적으로, 이 사건 감사처분 및 승인취소처분에 대한 집행정지결정으로 위 각 처분의 효력이 정지된 상태였을 뿐 아니라, 이 사건

본안에 관한 판단

당사자들 주장의 요지

원고 및 원고승계참가인

피고 재단에 대한 청구 주위적으로, 이 사건 감사처분 및 승인취소처분에 대한 집행정지결정으로 위 각 처분의 효력이 정지된 상태였을 뿐 아니라, 이 사건 감사처분은 관련 행정판결의 확정으로, 이 사건 승인취소처분은 관련 행정재결로 각 처분 시에 소급하여 효력을 잃었으므로, 위 각 처분을 전제로 한 이 사건 각 통지는 처분사유가 존재하지 않아 위법하다. 설령 이 사건 각 통지의 처분사유가 존재한다고 보더라도, 이 사건 각 통지를 통해 피고 재단이 달성하고자 하는 공익에 비하여 침해되는 원고 또는 B대학교, C대학교의 이익이 지나치게 크므로, 이 사건 각 통지는 재량권을 일탈 · 남용한 것으로서 위법하다. 예비적으로, 이 사건 각 통지가 행정처분으로 인정되지 않는 경우를 대비하여, 피고 재단은, 원고에게 이 사건 제1사업 관련 미지급 사업비 2,254,000,000원, 원고승계참가인에게 이 사건 제2, 3사업 관련 미지급 사업비 합계 2,158,272,000원(= 이 사건 제2사업 관련 미지급 사업비 1,560,000,000원 + 이 사건 제3사업 관련 미지급 사업비598,272,000원) 및 위 각 돈에 대한 지연손해금을 각 지급할 의무가 있다.

피고 대한민국에 대한 청구 주위적으로, 이 사건 각 협약 제4조에 따라 피고 재단이 매년 책정 · 통보한 사업비는 그 액수가 사전에 이미 확정된 것임에도, 피고 대한민국은 이 사건 각 통지에 따른 사업비 감액분 상당의 사업비를 지급하지 않았는데, 이 사건 각 통지의 원인이 된 이 사건 감사처분 및 승인취소처분이 관련 행정사건에서 모두 취소되었으므로, 피고 대한민국은 이 사건 각 협약에 따라 원고에게 이 사건 제1사업 관련 미지급 사업비 2,254,000,000원, 원고승계참가인에게 이 사건 제2, 3사업 관련 미지급 사업비 합계 2,158,272,000원 및 위 각 돈에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다. 예비적으로, 이 사건 각 통지의 원인이 된 이 사건 감사처분 및 승인취소처분이 관련 행정사건에서 모두 취소되었음에도 피고 대한민국은 법률상 원인 없이 이 사건 각 사업의 사업비를 감액하여 보유하고 있고, 이로 인하여 원고 및 원고승계참가인은 같은 금액 상당의 손해를 입었으므로, 피고 대한민국은 원고에게 공법상 부당이득반환으로 이 사건 제1사업 관련 미지급 사업비 상당인 2,254,000,000원을, 원고승계참가인에게 이 사건 제2, 3사업 관련 미지급 사업비 합계액 상당인 2,158,272,000원 및 위 각 돈에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

피고들

피고 재단 이 사건 감사처분 및 승인취소처분에서 인정된 제1, 2처분사유의 부정 · 비리 정도는 이 사건 수혜제한 기준의 중 '중대(40%)' 또는 '상(30%)'에 해당하므로 이 사건 각 통지는 처분사유가 존재한다. 설령 이 사건 감사처분 및 승인취소처분이 그 효력을 잃어 이 사건 종합감사 결과 통보된 지적사항'연번 16'이 인정되지 않는다고 하더라도, 다른 지적사항인 '연번 6, 21, 29, 39' 등을 원인으로도 중징계 조치 요구 등이 이루어진 바 있었으므로 이 사건 각 통지는 여전히 적법하다. 나아가 이 사건 각 통지가 위법하다고 보더라도, 이 사건 각 통지에 따라 삭감된 사업비는 이미 이 사건 각 사업의 다른 참여대학들에 재분배되어 집행이 완료되었고, 그에 따라 수십 개 참여대학들과 수십만 명의 학생들의 법률관계가 형성 · 확정되어, 만약 이 사건 각 통지가 취소될 경우에는 이 사건 각 사업과 관련된 사업비의 수혜자들과 이해관계인들에게 중대한 혼란과 불이익이 초래될 것이어서, 이 사건 각 통지를 취소하는 것은 현저히 공공복리에 적합하지 않으므로 행정소송법 제28조 제1항에 따라 사정판결로서 원고와 원고승계참가인의 이 사건 각 통지 취소청구를 기각해야 한다.

피고 대한민국 이 사건 각 협약에 따른 사업비 지급의무의 귀속주체는 피고 대한민국이 아니라 피고 재단이므로, 피고 대한민국은 원고와 원고승계참가인에게 이 사건 각 협약에 따른 사업비 지급의무를 부담하지 않는다. 또한 이 사건 각 사업에 관한 사업비는 삭감된 금액으로 최종 확정되어 그 확정된 금액이 이미 지급된 것이므로 미지급 사업비가 존재하지도 않는다. 한편 이 사건 각 사업의 사업기간이 2022. 2. 28.자로 모두 종료되어 이 사건 각 사업 관련 권리의무관계는 모두 소멸하였다. 피고 재단의 이 사건 각 사업에 관한 사업비 삭감은 이 사건 관리규정 및 이 사건 각 협약에 따라 이루어진 것으로서 법률상 원인이 존재하고, 원고에 대한 사업비 삭감분은 다른 참여대학들에 재배분되었을 뿐 국고에 귀속되지 않아 피고 대한민국에 실질적 이익이 귀속되지 않았으며, 원고에게는 삭감된 사업비의 지급을 구할 구체적이고 확정적인 권리가 없어 현실적인 손해가 발생하지도 않았으므로, 피고 대한민국은 원고와 원고승계참가인에 대해 삭감된 사업비 상당액의 부당이득반환의무가 없다.

원고 및 원고승계참가인의 피고 재단에 대한 청구에 관한 판단

처분에 대하여 더 이상 그 효력을 다툴 수 없는 불가쟁력이 발생하기 전에 그 취소를 구하는 행정소송이 제기되고, 그 효력을 정지하는 집행정지결정까지 되었다면, 그 처분은 아직 확정되지 않았을 뿐만 아니라, 그 집행정지기간 중에는 처분이 없었던 원래의 상태와 같은 상태가 되고(대법원 2007. 3. 29. 선고 2006두17543 판결 참조), 이러한 법률효과는 행정심판위원회가 행정심판법 제30조에 따라 한 집행정지결정의 경우에도 마찬가지라 할 것이다.

앞서 인정한 것처럼 제1, 2처분사유로 이 사건 감사처분이, 제1처분사유로 이 사건 승인취소처분이 이루어졌고, 피고 재단은 이 사건 감사처분 및 승인취소처분이 있음을 이유로 이 사건 각 사업의 사업비를 감액하는 이 사건 각 통지를 하였다<10>. 다) 그런데 이 사건 감사처분은 2021. 4. 6.자 집행정지결정으로 2022. 3. 8.까지 처분의 집행이 정지된 상태였고, 이 사건 승인취소처분은 2021. 4. 6.자 집행정지결정으로 2022. 5. 3.까지 처분의 집행이 정지된 상태였으므로, 이 사건 제1통지일인 2021. 9.15., 이 사건 제2통지일인 2021. 10. 22., 이 사건 제3통지일인 2021. 11. 24. 당시 이 사건 감사처분 및 승인취소처분은 없었던 것과 같은 상태에 있었다. 따라서 피고 재단으로서는 이 사건 감사처분 및 승인취소처분에 대한 집행정지결정의 기속력<11>에 따라 위 각 처분이 유효함을 전제로 후속 행정처분인 이 사건 각 통지를 할 수 없다.

한편 이 사건 감사처분을 취소하는 관련 행정판결이 2023. 11. 3. 확정되었고, 이 사건 승인취소처분을 취소하는 재결이 2022. 5. 3. 이루어졌으므로, 이 사건 각 통지의 처분사유는 존재하지 않는 것이 되었다.

나아가 앞서 살펴본 것처럼 피고 재단이 이 사건 감사처분 및 승인취소처분을 이유로 B대학교 총장 및 C대학교 총장에게 사업비를 삭감하는 이 사건 각 통지를 할 권한은 법령상 없다.

결국 피고 재단이 이 사건 감사처분 및 승인취소처분이 유효함을 전제로 한 이 사건 각 통지는 위법하므로 취소되어야 한다<12>(피고 재단에 대한 주위적 청구를 받아들여 이 사건 각 통지를 취소하므로, 피고 재단에 대한 예비적 청구에 관하여는 나아가 판단하지 않는다).

한편 피고 재단은 사정판결이 선고되어야 한다고 주장하는데, 행정처분이 위법한 때에는 이를 취소함이 원칙이고, 그 위법한 처분을 취소 · 변경하는 것이 도리어 현저히 공공의 복리에 적합하지 않은 경우에 극히 예외적으로 위법한 행정처분의 취소를 허용하지 않는다는 사정판결을 할 수 있다. 그러므로 사정판결의 적용은 극히 엄격한 요건 아래 제한적으로 하여야 하고, 그 요건인 현저히 공공복리에 적합하지 아니한지 여부를 판단할 때에는 위법 · 부당한 행정처분을 취소 · 변경하여야 할 필요와 그 취소 · 변경으로 인하여 발생할 수 있는 공공복리에 반하는 사태 등을 비교 · 교량하여 그 적용 여부를 판단하여야 한다(대법원 1995. 6. 13. 선고 94누4660 판결, 대법원 2019.1. 31. 선고 2016두65718 판결 등 참조). 을 제30, 32, 38 내지 40호증, 을나 제26호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 각 통지에 따라 감액되어 B대학교와 C대학교에 지급되지 않은 사업비는 다른 참여대학들에 재배분된 사실을 인정할 수 있고, 해당 대학들은 사업계획을 조정하여 추가로 받은 사업비를 집행한 것으로 보인다. 이 사건 각 통지가 취소될 경우 원고와 피고 재단 사이에 이 사건 각 통지로 인해 감액된 사업비의 사후 정산 문제가 발생할 수 있을 것으로 보이기는 하나, 앞서 든 증거만으로는 이 사건 각 통지의 취소로 인해 다른 참여대학들이 이미 재배분받아 집행까지 완료한 추가 사업비를 피고 재단에 반환해야 할 의무가 바로 발생하거나, 참여 학생들이 재정지원사업을 통해 학업 혜택을 받은 것과 관련한 법률관계에 중대한 혼란이 초래되는 등 다른 참여대학들의 재정지원사업 운영이나 참여 학생들의 이해관계에 직접적인 영향이 있다고 바로 인정하기는 어렵다. 또한, 이 사건 각 통지가 취소될 경우 피고 재단의 주장처럼 B대학교와 C대학교에 감액된 사업비 상당액을 다시 그대로 지급할 것인지, 피고 대한민국의 회계상 어떠한 경로로 그 재원을 확보할 것인지, 다른 참여대학들에 지급된 추가 사업비를 다시 정산할 것인지등에 관한 논의가 필요할 것으로 보이나, 이는 피고 재단이 위법한 이 사건 각 통지를 함으로써 초래된 결과를 시정하는 과정에서 당연히 수반될 수밖에 없는 문제이므로, 그러한 사정을 들어 이 사건 각 통지의 취소가 대학 재정지원사업의 공정성 · 책임성및 국고 재정의 집행질서를 현저히 해치는 결과를 야기하는 등으로 현저히 공공복리에 적합하지 않는 것이라고 보기도 어렵다. 피고 재단의 위 주장은 이유 없다.

원고 및 원고승계참가인의 피고 대한민국에 대한 청구에 관한 판단 원고 및 원고승계참가인은 주위적 피고 재단에 대한 청구가 받아들여지지 않을 경우를 대비하여 예비적 피고 대한민국에 대한 청구를 하고 있는바, 피고 재단에 대한 주위적 청구를 모두 인용하는 이상 피고 대한민국에 대한 청구는 더 나아가 살필 필요없이 이유 없다.