주문
원고의 청구를 기각한다.
소송비용은 원고가 부담한다.
이유
기초사실
원고의 근무 경위
C대학의 학제가 2009년부터 4년제에서 6년제(이른바 '2+4년제')로 개편되면서, 기존과는 달리 대학 2년 과정을 수료(예정)한 다음 D(이하 'D'라 한다)에 합격하여야 C대학에 입학이 가능하게 되었다. 이에 D의 시행을 포함하여, C교육제도 및 운영에 관한 제반 연구를 목적으로 2010. 7. 1. 피고가 설립되었다. 이후 피고는 교육부로부터 D 시행 및 주관기관으로 지정되어 2010. 8.경 제1회 시험의 시행을 주관하였다.
한편 원고는 피고의 설립 당시 이사장이던 E의 부탁으로 2010. 7.경부터 D 지원자 자격검토 업무를 지원하였던 것을 계기로, 같은 해 10. 1. 피고와 근로계약을 체결한 다음 사무국장으로 근무하였다.
파면처분에 이르게 된 경위
교육부는 2012. 12. 16.부터 2일간 피고에 대한 현장점검(이하 '이 사건 현장점검'이라 한다)을 실시한 결과, 아래와 같은 내용의 '개선사항' 및 '시정사항'을 통보하였는데, 특히 그 과정에서 ① 피고의 이사장과 이사로 각각 재직중이던 E, F에 대해서는, '업무추진비성 예산을 용도 및 절차에 대한 확인 없이 임의로 사용한 다음 여러 계정으로 분산하여 회계처리를 하는 한편, G에 운영비 등 명목으로 3억 원을 지원하면서 이를 비용(지급수수료)으로 처리하여 비용을 과대계상 하였다'는 등의 사유를 들어 이들을 업무상횡령 등의 혐의로 검찰에 고발하였으며, ② 원고에 대해서는 '기본재산 관리 소홀 및 회계처리 부적정', '부동산 매입', '부가가치세 미납' 등을 이유로 중징계 조치를 취하여 줄 것을 피고 측에 요청하였다.
피고는 위와 같은 교육부의 요청에 따라 2014. 4. 2. 원고에 대해 징계의결을 요구하는 동시에 직위해제 처분을 하였고, 원고는 피고의 위 직위해제 처분에 대해 이의하면서 이 사건 현장점검 결과 중 본인의 업무와 관련된 부분에 대한 의견서를 제출하는 한편, 같은 해 4. 11. 개최된 피고의 이사회에도 출석하여 의견을 진술하였다. 그러나 피고는 해당 이사회에서, 원고의 '기본재산 관리 소홀 및 회계처리 부적정', '부동산 매입', '부가가치세 미납' 등 행위가 피고의 인사규정 제29조 제1항 제1호 및 제3호에 해당한다며 원고에 대한 파면을 의결한 다음(이하 '이 사건 해고'라 한다), 같은 날 원고에게 이와 같은 취지를 공문으로 통지하였다.
관련 규정
정관
제5조(회원자격 및 가입)
피고 회원의 자격은 전국 각 대학 C교육기관의 장 또는 그 장이 지명한 소속 전임교수 1인으로 한다.
제15조(이사장 및 이사의 직무)
이사장은 협의회를 대표하고 협의회의 업무를 총괄한다.
이사는 이사회에 출석하여 협의회의 업무에 관한 사항을 심의·의결하며, 이사회 또는 이사장으로부터 위임받은 사항을 처리한다.
제31조(사무국의 설치) 협의회의 사무를 처리하기 위해 사무국을 둔다.
제32조(사무국의 직제)
사무국에 사무국장 1명 및 필요한 직원을 둔다.
사무국장은 이사장의 지위를 받아 사무국을 총괄한다.
제34조(재산의 구분)
피고의 재산은 기본재산과 운영재산으로 구분한다.
다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산은 이를 기본재산으로 하고, 기본재산 이외의 일체의 재산은 운영재산으로 한다.
설립시 기본재산으로 출연한 재산
제37조(경비의 조달방법 등)
피고의 유지 및 운영에 필요한 경비는 회원의 회비, 기본재산의 과실, 사업수익, D 응시수수료, 국고보조금, 기타의 수입으로 조달한다.
D 응시수수료는 시험시행에 필요한 최소한의 금액으로 유지하여야 한다.
제40조(회계의 구분)
협의회의 회계는 목적사업회계와 수익사업회계로 구분한다.
제41조(회계원칙) 피고의 회계는 사업의 경영성과와 수지 상태를 정확하게 파악하기 위하여 모든 회계거래를 발생의 사실에 의하여 기업회계의 원칙에 따라 처리한다.
인사규정
제29조(징계사유)
이사장은 직원이 다음 각 호에 해당하는 때에는 이사회 의결을 거쳐 징계할 수 있다. 1. 정관 및 피고의 규정을 위반하였을 때
고의 또는 중대한 과실로 피고에 손해를 끼쳤을 때
제30조(징계의 종류와 효력) 징계의 종류는 견책, 감봉, 정직, 해임 및 파면으로 하며 그 효력은 다음과 같다.
(생략)
해임 : 그 직을 면한다.
파면 : 그 직을 즉시 면하며, 보수규정에서 정하는 바에 따라 퇴직금 지급에 제한을 둔다.
제31조(징계요구사유설명서 등의 교부)
직원을 징계처분 하고자 할 때에는 이사장은 인사 관련 이사회 개최 7일전까지 징계요구사유를 기재한 설명서를 교부하여야 한다.
징계처분을 한 경우에는 처분사유와 처분결과를 7일 이내에 해당 직원에게 서면으로 통지하여야 한다.
제32조(진술권 부여)
이사회에서 징계요구 사항을 심의할 때에는 징계혐의자가 이사회에 출석하여 서면 또는 구두로 의견을 진술할 기회를 충분히 주어야 한다. 다만, 2회 이상 서면으로 소환하여도 불응한 때에는 예외로 한다.
이사회는 필요하다고 인정한 때에는 관계인을 출석시켜 의견을 들을 수 있다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증(가지번호 있는 것은 이를 포함한다. 이하 같다), 을 제1, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
원고의 주장
원고는 피고로부터 직위해제 통보를 받고서 징계사유를 구체적으로 알려달라는 취지로 이의를 제기하였음에도, 피고는 별다른 설명 없이 이사회를 통해 원고에 대한 해고를 의결하였다. 뿐만 아니라 피고는 원고에게 징계처분의 결과를 통보하면서도 해당 통보서상에 원고의 어떠한 행위가 징계사유에 해당하는지를 구체적으로 기재하지 않았다. 따라서 이 사건 해고는 근로기준법 제27조를 위반하는 등 절차상 하자가 중대하여 무효이다.
한편으로 원고는 피고의 사무국장으로 근무하면서 2010. 9.경 이미 피고 명의의 법인계좌를 개설하여 예산을 별도로 관리하였고, 담당 세무사나 회계관리 프로그램 등을 이용하여 적정한 회계관리에 만전을 기하였으며, 피고의 부가가치세 납부 문제와 관련하여서도 세무 전문가들 및 교육부 담당자에 대한 수차에 걸친 자문 결과를 토대로 해당 세금을 납부하지 않았던 것이므로, 이 점에서 원고가 징계사유에 해당할 만한 어떠한 비위행위를 하였다고 볼 수 없다.
다만 D 응시료로 피고 명의의 부동산을 구입하는 등 일부 적절치 못한 행위가 있었던 것은 사실이나, 당시 피고의 업무집행은 이사장을 중심으로 한 이사회의 의결에 따라 이루어졌으며 원고가 이에 관여할 수 있는 여지는 거의 없었으므로, 해당 행위를 원고의 탓으로 돌려서는 안된다. 설령 원고에게 일부 책임이 인정된다 할지라도 원고가 피고 내에서 차지하는 위와 같은 위상을 고려할 때 원고에 대한 징계처분은 그 양정이 지나치게 과다하다 할 것이어서, 결국 어느모로 보나 이 사건 해고는 무효이다.
판단
징계절차의 하자 유무
앞서 본 사실과 갑 제2 내지 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 이 사건 해고의 경위, 즉 ① 교육부가 실시한 이 사건 현장점검의 결과를 피고가 수용하여 이 사건 해고에 이르게 되었던바, 이 사건 현장점검을 통하여 피고의 기본재산과 운영재산 혹은 수익사업회계와 목적사업회계 각각의 구분 관리는 물론, 회계의 지출 용도 등 회계처리 전반의 문제와 그와 관련한 원고의 책임소재가 구체적으로 지적되었으며(원고의 비위행위와 관련하여, 교육부가 작성한 이 사건 현장점검 결과 통보서에는 앞서 본 사항 외에도 첨부된 '점검결과 처분서'를 통해 '피고의 설립허가일인 2010. 6. 17.부터 같은 해 12. 24.까지 법인명의 통장이 아닌 개인명의 통장에서 예산을 관리·집행하였다'는 내용도 포함되었다), 그와 같은 취지를 기재한 서면이 원고에게 직접 교부된 점, ② 원고는 피고의 이사회에 직접 출석하여 이 사건 현장점검을 통해 지적된 자신의 비위행위에 대해 항목별로 의견을 제출하는 등 나름대로 소명의 기회를 가졌던 점, ③ 피고는 원고의 의견을 청취한 다음, 위와 같이 지적된 '기본재산 관리 소홀 및 회계처리 부적정' 등의 문제가 원고의 비위행위로 인정되고, 그것이 피고의 인사규정이 정한 징계사유에 해당한다는 취지의 징계처분 결과를 원고에게 서면으로 통지하기까지 한 점 등을 고려할 때, 피고는 이 사건 징계요구 내지 해고의 사유를 구체적으로 적시하여 원고에게 알렸던 것으로 보이고, 달리 피고의 위와 같은 징계절차 진행으로 인해 원고가 이 사건 해고의 실질적 사유가 되는 구체적 사실 내지 비위행위를 충분히 인식하지 못하였다거나, 그로써 원고로 하여금 해고에 적절히 대응할 수 없도록 하였다고는 평가하기 어렵다.
결국 이 사건 해고가 근로기준법 제27조 내지 피고의 인사규정 제31조 등을 위반하여 이루어졌다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
징계사유의 존재 여부
인정사실
다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제31 내지 36호증, 을 제9, 10, 14 내지 20호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있다.
피고는 제1회 D 시험을 실시한 직후인 2010. 9.경 및 12.경 법인 명의의 통장을 각각 개설한 바 있으나, 그와 함께 2010. 4. 20.자로 개설된 E 명의의 우리은행 계좌를 이용하여 같은 해 12.경까지 피고의 예산을 관리하기도 하였다. 또한 피고는 설립 당시 출연한 기본재산인 2억 원을 운영재산과 별도로 분리하지 않고 관리하던 중, 2011. 11. 28.에야 이를 별도로 개설된 계좌에 이체하여 관리하기 시작하였다.
피고는 이 사건 현장점검 당시까지도 D 응시수수료 수입과 기타 수입의 구분없이 회계를 운용하면서, D 응시수수료 수입을 D와는 무관한 다른 목적사업에 지출하는 등 회계를 부적절하게 관리하기도 하였다. 예컨대 피고는 2011. 12. 23. H으로부터 서울 서초구 I빌딩 801호, 802호를 대금 14억 원에 구입하면서 그 중 6억 원을 D 응시수수료로 지출하였으며(나머지는 금융기관 대출금 등으로 충당하였다), 한편으로 2012. 3. 22.과 같은 해 11. 19. 각 1억 5,000만 원씩을 G의 설립·운영비 등 명목으로 해당 기관에 지원하면서도, 이를 비용 처리하는 방식으로 회계를 조작하였다.
피고는 설립 이후부터 D 응시수수료에 대해 부가가치세를 납부하지 않았다. 그러던 중 서초세무서는 2013. 7. 1.자로 피고에게 2010년부터 2013년까지 3년간 발생한 부가가치세 약 15억 원을 납부할 것을 고지하였는데, 그 중 부가가치세 미납 등으로 인해 부가된 가산세 등의 합계는 약 3억 9,700만 원에 달하였다.
피고는 서초세무서의 위 과세처분을 취소하여 달라며 2013. 9. 11. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2014. 4. 3. '피고가 2010년경부터 D 응시수수료 명목으로 응시자 1인당 22만 원~27만 원의 수수료를 받아 매년 12.2%~34.1%의 영업 이익을 얻은 후, 해당 수수료를 법인세 수입금액에는 산입하면서도 부가가치세 과세표준에는 산입하지 않은 채 신고를 하였다'는 사실 등에 기초하여, 'D 응시수수료와 관련하여 피고가 제공한 용역을 부가가치세 면제대상, 즉 공익단체가 고유목적사업을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 용역 등으로 보기 어렵다'는 이유로 피고의 청구를 기각하였다.
그런데 원고는, 피고가 D를 시행하며 응시수수료를 취득하는 행위가 일종의 수익사업으로서 부가가치세 과세대상에 해당하는지 여부에 관하여 2010. 11.경 J 세무사에게, 같은 해 12.경에는 K 세무사에게 각각 자문을 구한 바 있었다. ① 이에 대해 J 세무사는 '법학전문대학원 등이 실시하는 법학적성시험의 경우 부가가치세 면제대상으로 처리되어, 피고가 실시하는 D에 대해서도 1차로 국세청에 질의를 하였으나 회신 내용이 불명확하여 기획재정부 세제실에 2차로 질의를 한 상태이다. 기획재정부 세제실에서 명확한 회신이 올 때까지 면세로 처리하고 회신여부에 따라 다시 판단하는 것이 바람직하다'는 취지로, ② K 세무사의 경우 '피고가 주관하는 D가 교육을 목적으로 하는 사업인지 여부 및 응시수수료가 실비에 해당하는지가 쟁점사항이 될 것으로 보이며, 위 응시수수료가 실비 정도에 불과하다는 것을 입증한다면 부가가치세가 면제될 것으로 생각된다'는 취지로 답변하였다. 원고는 이와 같은 자문 결과를 피고의 이사장에게 보고하기도 하였다.
한편 교육부 담당 공무원인 L은 원고의 요청에 따라 2013. 5.경 교육부가 서울지방국세청 앞으로 발송한 공문을 원고에게 전하였는데, 해당 공문은 '피고의 공공적 성격은 물론, D 시험에 대해 부가가치세가 부과되면 결국 응시수수료의 인상으로 이어질 수 밖에 없어 부정적 여론이 예상되는 점을 감안하여, 피고에게 부과될 예정인 부가가치세가 면제될 수 있도록 협조하여 달라'는 취지의 내용을 담고 있었다.
개별적 판단
이 사건 해고사유의 존부를 살피기에 앞서 보건대, 피고는 을 제2 내지 5, 7호증의 각 기재를 근거로 '원고가, 피고의 사무국 전용 법인카드로 휴일을 이용해 업무와 무관한 용도에 사적으로 지출하였을 뿐만 아니라, 다른 직원들과 비교하여 본인의 연봉을 과도하게 인상함으로써 피고에 손해를 끼쳤다'며 이러한 점 또한 이 사건 해고의 주된 사유로 주장한 바 있다. 그러나 해당 징계사유는 이 사건 해고 당시 피고가 구체적으로 명시하지 않아 원고에 대한 적법한 해고 사유가 될 수 없으므로, 이 부분 징계사유의 존부에 대해서는 별도로 판단하지 않기로 한다.
재산 및 회계관리의 적절성('기본재산 관리 소홀 및 회계처리 부적정', '부동산 매입' 징계사유 관련)
위 인정사실에 의하면, 피고의 설립 초기인 2010년까지만 하더라도 이사장이던 E 명의의 개인 계좌를 통해 피고의 예산이 관리·집행된 적이 있을 뿐만 아니라, 설립 후 상당 기간에 걸쳐 피고의 개인재산과 기타 운영재산이 혼용되어 온 것은 물론, 수입회계 또한 명확히 구분되어 관리가 이루어지지 못하였으며, 나아가 그 사용용도가 제한된 D 응시수수료를 피고 명의의 부동산 취득 비용에 충당하는 등, 피고의 기본재산이나 회계처리가 부적절하게 이루어졌음을 알 수 있다.
물론 피고의 정관은 기본재산이나 회계처리와 관련한 기본적인 사항의 결정권한을 원칙적으로 이사장을 포함한 피고의 이사회에 부여하고 있으나, 결국 피고 차원에서 결정된 의사나 방침에 대한 구체적인 집행 권한은 사무국의 책임자인 원고가 행사한 것이라 할 것이다. 따라서 비록 원고가 정관의 규정상 이사장의 지위를 받아 집행 업무를 총괄하게 되어 있더라도, 위와 같은 사정은 피고의 회계처리 등이 부적절하게 이루어진 것에 대한 책임을 원고가 면할 수 있는 근거가 전혀 되지 못한다.
한편 이 사건 현장점검 결과, 임의로 피고의 업무추진비성 예산을 사용한 후 여러 계정으로 분산하여 회계처리하거나, 외부 기관에 지원한 비용을 지급수수료 등으로 처리하여 비용을 과대계상하였다는 이유로 피고의 당시 이사장인 E 등이 검찰에 고발되었음은 앞서 본 바와 같은데, 여기에다가 갑 제2호증의 기재를 통해 알 수 있는 이 사건 현장점검의 기타 결과 및 을 제2, 7, 12호증의 각 기재까지를 더하여 보면, 피고의 회계업무를 총괄하였던 원고가 당시 이사장 등의 부적절한 예산사용 등과 관련하여 회계처리 과정에서 일부 회계증빙자료 또한 제대로 보관·관리하지 않은 사실을 추인할 수 있다.
따라서 위 징계사유는 인정된다.
부가가치세 미납 결과에 있어서의 귀책성('부가가치세 미납' 징계사유 관련)
당시 원고가 D 응시수수료에 대한 부가가치세 납부 문제와 관련하여 담당 세무사 등으로부터의 자문을 거친 바 있음은 앞서 보았다. 그러나 원고의 자문에 응한 세무사들은 D 응시수수료에 대해 부가가치세를 납부할 필요가 없다는 식의 확정적이고 단정적인 답변을 한 것이 아니라, 앞서 본 바와 같이 '관련 정부 부처로부터 명확한 회신을 기다려 그에 따라 다시 판단해야 한다'거나 'D 응시수수료가 실비 정도의 수준에 해당하는지가 쟁점이 된다'는 정도의 유보적이고 신중한 입장을 표명한 것에 그쳤음을 알 수 있다(원고가 교육부로부터도 자문을 얻었다며 그 근거로 제출한 교육부 작성의 공문은, 관할 국세청이 피고에 부가가치세를 부과할 예정임을 전제로, 해당 국세청장으로 하여금 D 응시수수료 인상 등으로 인한 부정적 여론 등 부가가치세 부과에 따라 예상되는 부작용을 감안하여 정책적인 판단을 내려줄 것을 요청하는 취지에 불과하다. 한편 원고는 이 사건 변론종결일 이후 '교육부로부터 동일한 취지의 회신을 받았다'며 참고자료를 제출한 바 있으나, 해당 자료 또한 교육부 전체의 입장이 아닌 소속 법무관의 개인적인 의견을 기재한 서면에 불과하다). 결국 해당 세무사들의 답변을 통해서도, D 응시수수료가 부가가치세 부과 대상이 되는지 여부에 대해서는 '다툼의 여지가 있다'는 정도만을 확인할 수 있었던 것으로 보인다(예컨대 갑 제33, 34호증의 각 기재에 의하면, K 세무사가 원고에게 정리하여 준 관련 유권해석 중에는 '한국생산성본부가 정보통신부 장관으로부터 시험실시 기관으로 지정되어 자격검정시험을 수행하는 경우 시험응시자로부터 받는 검정수수료는 부가가치세 과세대상'이라는 취지의 내용도 포함되어 있음을 알 수 있다). 그렇다면 회계업무를 포함한 피고의 사무를 총괄하는 지위에 있던 원고로서는 제3의 전문가 내지 기관을 통해 보다 구체적인 자문을 거치거나, 적어도 해당 세무사를 통해 이미 지적받은 바대로 D 응시수수료를 실비 수준에 근접토록 하는 등 부가가치세 미납과 관련한 분쟁 발생 가능성을 최소화할 수 있는 조치를 적극적으로 검토하였어야 마땅하다.
그럼에도 원고가 위와 같은 조치를 게을리한 결과, 피고는 오히려 D 응시수수료를 통해 매년 최대 34% 가량에 이르는 영업이익을 취득하면서, 그와 같이 취득한 이익을 법인 명의의 부동산 취득 비용으로 전용하였고, 결국 관할 세무서로부터 거액의 부가가치세와 함께 가산세 납부를 고지받기에 이르렀던바, 원고가 부가가치세 미납과 관련한 이와 같은 책임에서 결코 자유롭다고 볼 수는 없다.
따라서 위 징계사유도 인정된다.
소결
이상과 같은 사정에 의하면, 원고는 정관 제34, 37, 40, 41조 등을 위반하여 피고의 재산과 회계를 부적절하게 운용하였고, 고의 또는 중대한 과실로 피고에 손해를 끼쳤다고 평가되므로, 피고의 인사규정 제29조 제1항 제1호, 제3호가 정하는 징계사유가 존재한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
징계양정의 적정성
사용자가 인사규정 등에 따라 징계처분 중 중징계에 해당하는 해고처분을 유효하게 행하기 위해서는 사회통념상 고용관계를 계속할 수 없을 정도로 근로자에게 책임 있는 사유가 인정되는 경우이어야 한다. 사회통념상 당해 근로자와의 고용관계를 계속할 수 없을 정도인지의 여부는 당해 사용자의 사업 목적과 성격, 사업장의 여건, 당해 근로자의 지위 및 담당직무의 내용, 비위행위의 동기와 경위, 과거의 근무태도 등 여러 사정을 종합적으로 검토하여 판단하여야 한다(대법원 2009. 4. 9. 선고 2008두22211 판결 등 참조).
앞서 본 원고에 대한 징계사유의 구체적 내용, 이 사건 해고에 이른 경위와 함께 원고의 비위행위로 초래된 결과, 즉 부적절하게 지출된 예산의 환수조치 및 부가가 치세 미납으로 인해 부과된 상당한 액수의 가산세 등을 위 법리에 비추어 보면, 원고와 피고의 고용관계상 신뢰는 돌이킬 수 없을 정도로 이미 훼손되었다고 보인다. 이에 더하여 특히 원고의 주장과는 달리, ① 원고는 사무국장으로 내부의 업무집행을 총괄하여 왔던 점, ② 피고의 회원 및 이사회는 대부분 C대학의 전임교수들로 구성되어 있었던 데다가 당시 피고는 설립 초기로서 외부의 감사나 지원기관도 활성화되지 않았던 것으로 보이는 탓에, 원고에 대한 업무 의존도가 적지 않았을 것으로 평가되는 점까지를 감안하여 보면, 원고에 대한 이 사건 해고가 징계권 행사의 한계를 일탈·남용하여 행하여진 것으로 보기 어렵다.
따라서 이 사건 해고의 징계양정이 지나치게 무겁다고 할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
결론
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
판사 마용주(재판장) 김나나 성준규
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.27.