주문
원고의 항소를 기각한다.
항소비용은 원고가 부담한다.
이유
청구원인에 대한 판단
인정사실
원고는 C(이하 'C'이라 한다)의 주주로서 그 발행주식 250,000주 중 83,390주(33.36%)를 보유하고 있었고, 주식회사 D(이하 'D'이라 한다)가 103,610주(41.44%), 주식회사 E(이하 'E'이라 한다)이 63,000주(25.20%)를 각 보유하고 있었다(이하 원고, D, E을 통칭하여 '원고 등'이라 한다).
원고 등은 2007. 6. 7. 피고와 C의 발행주식 250,000주 전부를 총 1,268,000,000원에 양도하되, C의 설립 후 발생한 법인세 및 관련 세금 중 그 원인이 주식양도계약일 이전에 발생한 부분은 원고 등이, 그 이후에 발생한 부분은 피고가 각 부담하기로 하는 주식양도계약(이하 '이 사건 주식양도계약'이라 한다)을 체결하였고, 피고는 위 주식 양도대금으로 원고 등에게 2007. 6. 14. 980,000,000원, 2008. 6. 30. 150,000,000원을 각 지급하는 등 합계 1,268,000,000원을 모두 지급하였다.
피고는 위와 같이 C의 주식 전부를 양수한 후 2007. 7. 2. C을 흡수합병하였다.
성남세무서장은 이 사건 주식양도계약 이후인 2007. 10. 15. 피고에게 C에 대한 2006년 귀속분 근로소득세 연말정산 환급금으로 6,524,490원(이하 '이 사건 근로소득세 환급금'이라 한다) 및 2005년 귀속분 법인세 경정결정에 따른 환급금으로 45,212,520원(이하 '이 사건 법인세 환급금'이라 한다)을 각 지급하였고, 성남시 중원구 청장은 2007. 10. 26. 피고에게 주민세 환급금으로 4,617,390원(이하 '이 사건 주민세 환급금'이라 한다)을 지급하였다.
피고는 2008.경 원고 등이 C의 주식 양도에 따른 각종 정산금의 지급을 요구하자, 2008. 8. 14. D에 자신의 입장을 담은 정산내역서를 송부하였는데, 그 정산내역서에는 위 주민세 환급금 353,090원을 국세환급금으로 지칭하여 피고가 원고 등에게 이를 지급할 의무가 있음을 인정하는 내용이 담겨 있다.
한편 성남세무서장은 2007. 10. 16. 피고에게 C의 부가가치세 경정청구에 따른 부가가치세 환급금 353,090원도 송금하였는데, 이에 관하여는 원고 등이 피고를 상대로 이 법원 2009가합118872호로 제기한 소송의 파기환송심(서울고등법원 2013나40072호)에서 2013. 10. 17. 피고에 대하여 원고 등에게 위 353,090원 등을 반환할 것을 명하는 판결이 선고되었고, 위 판결은 그 무렵 그대로 확정되었다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1, 갑 2호증, 갑 3호증의 1, 2, 갑 6, 11호증의 각 2, 을 1호증, 을 3호증의 1 내지 3, 을 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
판단
위 인정사실에 의하면, 이 사건 각 환급금은 그 귀속연도가 이 사건 주식양도계약일 전으로서 그 원인이 이 사건 주식양도계약일 이전에 발생한 것이므로 이 사건 주식양도계약에 따라 원고 등이 부담하여야 하는 세금에 관한 것인데, 원고 등이 C을 운영하면서 이 사건 주식양도계약일 이전에 납부하였던 세액이 실제 납세의무를 초과한다는 사실이 뒤늦게 확인되어 그 초과분이 이 사건 주식양도계약 이후에 환급되면서 피고에게 교부된 것이므로, 이 사건 각 환급금은 원고 등에게 귀속되어야 한다.
따라서 피고는 특별한 사정이 없는 한 원고에게 이 사건 각 환급금 합계 56,354,400원(=6,524,490원+45,212,520원+4,617,390원) 중 원고가 피고에게 C의 주식을 양도한 지분비율 33.36% 상당인 18,799,827원(=56,354,400원×33.36%, 원 미만 버림)의 범위 내에서 원고가 구하는 18,798,000원 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.
피고의 주장에 대한 판단
변제항변에 대한 판단
당사자의 주장
피고는, 이 사건 각 환급금 중 이 사건 법인세 환급금과 주민세 환급금은 환급 즉시 이미 원고에게 반환하였고, 이 사건 근로소득세 환급금도 C의 당시 근로자들에게 모두 정산, 지급해 주었으므로, 피고의 원고에 대한 이 사건 각 환급금 반환채무는 전부 변제로 소멸하였다고 주장한다.
이에 대하여 원고는, 이 사건 법인세 환급금과 이 사건 주민세 환급금은 원고가 C 또는 피고의 비상주감리원으로 근무한 것에 대한 대가인 임금으로 지급받은 것일 뿐, C의 주주의 지위에서 국세환급금을 반환받은 것은 아니고, 이 사건 근로소득세 환급금도 원고 등이 이 사건 주식양도계약을 앞두고 미리 소속 근로자들에게 해당 부분을 정산하여 환급해 주었으므로, 피고가 그 후 위 근로자들에게 이 부분 환급금을 지급하였더라도 원고 등에게는 대항할 수 없다고 다툰다.
판단
먼저 이 사건 법인세 환급금과 주민세 환급금에 관하여 본다.
을 1호증, 을 3호증의 1 내지 3, 을 4 내지 7, 11호증, 갑 9, 11호증의 각 1, 2, 갑 12 내지 14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.
피고는 2007. 10. 15. 이 사건 법인세 환급금 45,212,520원을 환급받은 후 바로 그 다음날인 2007. 10. 16. 원고에게 그 전액인 45,212,520원을 송금하였고, 2007. 10. 26. 이 사건 주민세 환급금 4,617,390원을 환급받은 후에도 3일 뒤인 2007. 10. 29. 원고에게 그 전액인 4,617,390원을 송금하였다.
한편, 원고는 자신이 2007. 6.경부터 2010. 1. 25.경까지 피고 또는 C의 비상주감리원으로 근무하였다고 주장하면서 피고를 상대로 이 법원 2009가합114306호로 임금 246,400,000원(다만, 그 항소심에서 이 부분 청구금액을 184,800,000원으로 감축하였다) 등의 지급을 구하는 소를 제기하였는데, 위 법원은 '원고와 피고 간에 비상주감리원에 관한 근로계약이 체결되었다고 보기 어렵다'는 이유로 원고의 임금청구는 기각하고 2007년 귀속분 근로소득세의 연말정산 환급금 2,913,490원에 대한 청구만 인용하였다.
원고는 위 판결에 불복하여 항소한 후 그 항소심(서울고등법원 2010나75848호)에서 '피고가 원고에게 2007. 10. 16. 지급한 위 45,212,520원은 원고가 비상주감리원으로서 2007. 6.경부터 2007. 12.경까지 근무한 데에 대한 7개월분 임금으로 지급된 것이므로 이미 원고와 피고 간에 비상주감리원에 대한 근로계약이 존재하였다'고 주장하였고, 피고는 위 돈은 이 사건 법인세 환급금으로 반환한 것이라고 반박하였는데, 위 항소심 법원은 2011. 10. 19. '피고는 원고에게 5,000,000원을 지급하고, 피고는 2007. 10. 16. 원고에게 송금한 45,212,520원의 반환청구를 하지 아니한다'는 내용으로 조정을 갈음하는 결정을 하였고, 위 결정은 그 무렵 그대로 확정되었다.
위 인정사실로부터 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 앞서 본 바와 같이 이 사건 주식양도계약에 의하면 이 사건 각 환급금은 피고가 원고 등에게 반환할 성질의 것이었던 점, ② 실제로 피고는 성남세무서장 등으로부터 이 사건 법인세 환급금과 주민세 환급금을 지급받은 후 곧바로 그 전액을 원고에게 지급한 점, ③ 피고는 2008. 8. 14. D에 송부한 정산내역서에서 국세환급금에 대한 반환의무를 인정하면서도 아직 원고 등에게 반환하지 않은 주민세 환급금 353,090원만 언급하였을 뿐, 그보다 훨씬 큰 액수인 이 사건 법인세 환급금과 주민세 환급금은 언급하지 않았는데, 이는 위 각 환급금을 이미 원고에게 반환하였음을 전제로 한 것으로 보이는 점, ④ 원고가 피고를 상대로 임금 등을 청구한 위 소송의 1심에서 원고가 주장하는 임금 채권의 전제가 되는 근로계약의 존재가 인정되지 않았고, 그 항소심에서도 원고는 184,800,000원을 임금으로 청구하였음에도 불과 5,000,000원만 지급하는 것으로 조정을 갈음하는 결정이 내려져 임금 청구에 관한 원고의 주장이 수용된 것으로는 보이지 않는 점, ⑤ 위 항소심에서 원고가 한 주장은 2007. 10. 16. 피고로부터 지급받은 위 45,212,520원이 그 이후인 2007. 12.경까지의 임금에 대한 것이라는 취지여서 선뜻 납득하기 어려운 점, ⑥ 위 조정을 갈음하는 결정에 '피고는 원고에게 위 45,212,520원의 반환을 청구하지 않는다'는 내용이 있으나, 이는 그 문언 그대로 피고가 위 돈의 반환을 청구하지 않는다는 의미일 뿐, 그 어디에도 위 돈을 원고가 주장하는 임금채권의 변제에 충당한다거나 이를 임금으로 지급한 것으로 간주한다는 내용은 전혀 없고, 실제로 당시 피고는 이 사건 주식양도계약에 따라 이 사건 법인세 환급금을 반환한 것이라는 입장이었으므로 그 부분에 대하여 이의를 제기하거나 원고에게 다시 그 반환을 구할 이유가 없었던 점 등에 비추어 보면, 피고가 원고에게 2007. 10. 16. 45,212,520원, 2007. 10. 29. 4,617,390원을 각 지급한 것은 이 사건 법인세 환급금과 주민세 환급금에 대하여 이 사건 주식양도계약에 따른 반환채무를 변제한 것으로 봄이 상당하므로, 피고의 이 부분 주장은 이유 있다.
다음으로 이 사건 근로소득세 환급금에 관하여 본다.
앞서 본 바와 같이 이 사건 근로소득세 환급금은 피고가 인수한 C 소속 근로자들에 대한 2006년도 근로소득세액의 연말정산 환급금이다.
이러한 근로소득세액의 연말정산에 의한 환급금은 당해 연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세가 당해 종합소득산출세액에서 소득세법 소정의 세액공제를 한 금액을 초과하는 경우 그 초과액을 당해 근로소득자에게 소득세법 시행령이 정하는 바에 따라 환급하는 것으로서, 근로기준법 제36조에서 정한 '근로자가 사망 또는 퇴직한 경우에 사용자가 그 지급사유가 발생한 때부터 14일 이내에 지급하여야 할 임금, 보상금, 그 밖에 일체의 금품'에 해당하므로(대법원 2011. 5. 26. 선고 2009도2357 판결 참조), C을 흡수합병한 피고는 근로기준법에 따라 이 사건 근로소득세 환급금을 C의 해당 근로자들에게 지급할 의무가 있고, 피고의 위와 같은 의무는 이를 위반할 경우 형사책임이 따르는 법령상의 의무일 뿐만 아니라 앞서 본 바와 같이 이 사건 근로소득세 환급금은 종국적으로 당해 연도에 근로소득세를 원천징수당한 C의 근로자들에게 귀속되어야 할 임금이므로, 피고는 이 사건 근로소득세 환급금을 그 귀속주체인 C의 해당 근로자들에게 직접 지급함으로써 원고 등에게 대항할 수 있다고 봄이 상당하다.
그런데 을 10호증의 1 내지 5호증, 갑 17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 성남세무서장으로부터 이 사건 근로소득세 환급금으로 6,524,490원을 지급받은 후, 2008. 1. 28. C의 근로자이던 F에게 2006년도 연말정산 환급금으로 1,330,950원, 2009. 12. 16. 같은 근로자이던 G에게 같은 명목으로 32,340원, 2010. 2. 5. 같은 근로자이던 H 등 29명에게 같은 명목으로 합계 4,625,540원을 각 지급한 사실을 인정할 수 있고, 한편 갑 18호증의 1 내지 3의 각 기재만으로는 원고 등이 이 사건 주식양도계약 전에 미리 C의 근로자들에 대하여 2006년도 근로소득세 연말정산 환급금을 정산하여 이미 지급하였다고 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고의 원고 등에 대한 이 사건 근로소득세 환급금의 반환채무는 위와 같이 피고가 C의 해당 근로자들에게 직접 지급한 5,988,830원(=1,330,950원+32,340원+4,625,540원)의 범위 내에서 소멸하였다고 할 것이다(피고는 이 사건 근로소득세 환급금 전액을 근로자들에게 지급하였다는 취지로 주장하나, 피고가 위 금원을 초과하여 지급하였음을 인정할 아무런 증거가 없다).
따라서 피고의 이 부분 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있다.
결국, 피고가 원고 등에게 반환할 국세 환급금은 이 사건 근로소득세 환급금 잔액 535,660원(=6,524,490원-5,988,830원)만 남게 된다.
소멸시효항변에 대한 판단
당사자의 주장
피고는, 이 사건 근로소득세 환급금이 피고에게 지급된 것은 2007. 10. 15.이므로 그때부터 원고의 피고에 대한 위 환급금 반환채권의 소멸시효가 진행되고, 원고는 그로부터 상사소멸시효기간인 5년이 경과한 이후에 이 사건 소를 제기하였으므로, 원고의 위 채권은 이미 시효로 소멸하였다고 주장한다.
이에 대하여 원고는, 자신은 피고가 성남세무서장으로부터 이 사건 근로소득세 환급금을 지급받은 사실을 전혀 알지 못하고 있던 중 원고 등이 피고를 상대로 제기한 이 법원 2009가합118872호 사건에서 2010. 8. 10. 그 환급계좌에 대한 국민은행의 사실조회회신을 받아 보고 비로소 피고가 이 사건 근로소득세 환급금을 지급받은 사실을 알게 되었으므로, 그때부터 그 반환채권의 소멸시효가 진행된다고 할 것인데, 그로부터 5년이 지나기 전에 이 사건 소를 제기하였으므로, 이로써 이 사건 반환채권의 소멸시효는 중단되었다고 주장한다.
판단
소멸시효는 객관적으로 권리가 발생하여 그 권리를 행사할 수 있는 때로부터 진행하고 그 권리를 행사할 수 없는 기간 동안에는 진행하지 않는데, 여기서 '권리를 행사할 수 없는 기간'이라 함은 그 권리행사에 법률상의 장애사유, 예컨대 이행기의 미도래, 정지조건의 미성취 등의 사유가 있는 기간을 말하는 것으로서 단지 권리자의 개인적 사정이나 법률지식의 부족, 권리존재의 부지 또는 채무자의 부재 등 사실상의 장애로 권리의 존재나 그 행사가능성을 알지 못하였고 또 알지 못함에 과실이 없다는 사유는 법률상 장애사유에 해당하지 않으므로 그러한 사유로 권리를 행사하지 못하였다 하더라도 시효진행에 아무런 방해가 되지 않는다(대법원 2005. 4. 28. 선고 2005다3113 판결, 대법원 2011. 12. 27. 선고 2011다86935 판결 등 참조).
이 사건에서 앞서 본 바와 같이 피고는 2007. 10. 16. 성남세무서장으로부터 이 사건 근로소득세 환급금을 지급받았고, 그때부터 원고는 상행위에 해당하는 이 사건 주식양도계약에 따라 피고에 대하여 그 반환을 구할 수 있으므로, 원고의 이러한 채권은 2007. 10. 16.부터 5년의 상사소멸시효가 진행한다고 할 것이고, 설령 원고로서는 그동안 피고가 이 사건 근로소득세 환급금을 지급받은 사실을 알지 못하여 피고에게 그 반환을 구할 수 없었다고 하더라도 그러한 사정은 위와 같은 소멸시효의 진행에 아무런 방해가 되지 못한다.
더구나 근로소득세액의 연말정산에 의한 환급은 소득세법에 따라 매년 이루어지는 것이므로 원고로서도 이 사건 주식양도계약 당시 아직 이를 환급받지 않았다면 그 후 가까운 시일 내에 피고에게 환급되리라는 것을 쉽게 예상할 수 있었을 것이고(실제로 원고는 이 사건 주식양도계약 전에 미리 해당 근로자들에게 연말정산 환급금을 정산, 지급하였다고 주장하였다), 앞서 본 바와 같이 피고는 원고 등과 이 사건 주식양도계약 후 각종 내역을 정산하는 과정에서 국세환급금을 반환 대상으로 언급한 적도 있으므로, 원고가 이 사건 근로소득세 환급금에 대한 반환채권이 발생한 사실을 객관적으로 알기 어려운 상황에 있었고 나아가 과실 없이 이를 알지 못하였다고 볼 수는 없고, 피고가 원고 등에게 이 사건 근로소득세 환급금을 지급받은 사실을 알리지 않았다고 하더라도 이는 곧 해당 근로자들에게 지급, 귀속되어야 할 성질의 금원인 점에 비추어 그것만으로 피고의 시효 주장이 신의성실의 원칙에 반하여 권리남용에 해당한다고 할 수도 없다.
그런데 원고는 그로부터 5년의 상사소멸시효기간이 경과한 이후인 2014. 9. 11. 비로소 이 사건 소를 제기하였으므로, 원고의 이 사건 근로소득세 환급금에 대한 반환채권은 이미 시효로 소멸하였다고 할 것이어서 피고의 위 주장은 이유 있다.
결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판사 이대연(재판장) 이창경 류호중
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.27.