주문
원고의 항소를 기각한다.
항소비용은 원고가 부담한다.
이유
제1심 판결의 인용
이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 다음과 같은 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결과 같으므로, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
추가판단
원고의 주장
현행 사업비요령에서 외부 인건비의 지급기준으로 4대 보험 직장 가입자일 것을 요건으로 규정한 것은 아직 직장을 갖지 않은 외부 연구원의 연구개발 참여를 막는 것으로서 헌법상 직업선택의 자유를 침해하고, 또한 외부 연구원이 연구개발에 참여하여 정당한 근로를 제공하였음에도 4대 보험 직장 가입자가 아니라는 이유로 인건비를 지급하지 않는 결과를 초래하여 근로기준법에 위반되며, 위와 같은 지급기준으로 인해 4대 보험 가입 여부에 관한 형식적 심사가 중시되고, 연구개발 참여 여부에 관한 실질적인 심사가 형해화되므로, 부당하다.
외부 인건비 지급기준은 이 사건 협약의 중요사항이므로 협약서에 지급기준의 구체적인 내용이 명시되어야 하고, 그 기준이 개정된 경우에는 원고에게 변경내용을 구체적으로 고지하여야 함에도, 이 사건 협약서에 사업비요령의 별표, 부칙 등 외부인건비 지급기준의 구체적인 내용이 명시되어 있지 아니하고, 사업비요령이 개정된 후에도 피고가 원고에게 구체적인 변경내용을 고지하지 아니하였으며, 원고에 대한 사업비 불인정금액을 산정하는 데에도 어려움이 있어 여러 차례 그 불인정금액이 변경된 점에 비추어 보면, 원고의 입장에서는 외부 인건비 지급기준의 내용을 정확히 파악하는 것이 더욱 어려우므로, 2차년도의 외부 인건비에 관하여 현행 사업비요령을 엄격하게 적용하는 것은 부당하다. 3) 이 사건 협약에 의하면, 피고는 사업비 관리에 대한 평가 및 정산에 관하여 권한과 책임을 갖는다고 규정되어 있는데, 피고는 2015. 10. 8. 현장실태조사를 시행하면서 원고가 4대 보험에 가입되지 않은 외부 연구원에게 인건비를 집행하는 것에 관하여 아무런 지적을 하지 아니하였고, 그로 인하여 원고가 외부 인건비 지급기준을 준수할 기회를 상실하였으므로, 피고의 부실한 현장실태조사로 인한 손해를 원고에게 부담하게 하는 것은 부당하고, 이를 피고가 감수하여야 한다.
2차년도의 외부 연구원 중 F, G, J, K은 1차년도에 이 사건 협약의 사업비로 외부 인건비를 지급받았음에도, 2차년도에 이르러 이들이 4대 보험에 가입하지 않았다는 이유로 외부 인건비를 지급받지 못하게 하는 것은 불합리하고 형평의 원칙에 위배된다.
판단
외부 인건비 지급기준의 헌법, 법률 위반 여부
외부 연구원의 연구개발 참여 및 그에 관한 보수 지급의무는 원칙적으로 원고와 연구원 사이의 개별적인 위임계약 등의 내용에 따라 정하여지고, 사업비요령에 규정된 외부 인건비 지급기준이 직접적으로 그 위임계약 등의 효력에 영향을 미친다고 보기 어려우므로, 현행 사업비요령의 인건비 지급기준으로 인해 직장이 없거나 4대 보험에 가입되지 않은 외부 연구원의 연구개발 참여 자체가 저해된다거나 연구개발 참여자에 대한 원고의 보수 지급의무가 소멸된다고 보기 어렵다. 그러므로 위 지급기준이 헌법상 직업선택의 자유를 침해한다거나 근로기준법에 위반되는 것이라고 보기 어렵다.
그리고 현행 사업비요령의 외부 인건비 지급기준을 통해 외부 연구원의 4대 보험 가입 여부가 중점적으로 심사되고, 연구개발사업 참여 여부는 부수적으로 심사되거나 실질적인 심사가 거의 이루어지지 못한다고 하더라도, 외부 연구원의 업무내용은 그 연구원이 타 기관에 소속되어 있다는 사실 자체로서 통제될 수 있는 부분이므로, 위와 같은 지급기준이 정부보조금의 사용에 관한 측면에서 헌법이나 산업기술혁신 촉진법 등 법률에 위반된다고 보기도 어렵다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
피고의 고지의무의 범위
갑 제1호증의 기재에 의하면, 원고는 이 사건 협약에 의하여 사업비요령 등 제반 지침과 규정을 준수할 의무를 부담하고(제3조 제1항), 사업비의 적정한 집행 관리에 관하여 권한과 책임을 가지며(제4조 제3항 나호), 사업비요령에 따라 기술개발사업비를 선량한 관리자의 주의의무를 다하여 사용 및 관리하여야 하고(제5조 제4항), 사업비의 신청, 지급, 관리 및 사용에 관하여 사업비요령 등 각종 지침과 규정에 정한 바에 따르기로 약정(제5조 제5항)한 사실이 인정되므로, 원고는 산업통상자원부장관이 고시한 사업비요령의 내용을 적극적으로 파악하여 준수할 책임을 부담한다고 할 것이다. 그와 달리 사업비요령의 적용을 위한 전제조건으로서 이 사건 협약에 그 규정내용이 구체적으로 명시되어야만 한다거나 개정 사업비요령의 변경사항에 관하여 을 제1호증의 내용보다 더 구체적으로 피고가 원고에게 고지할 의무를 부담한다고 보기는 어렵다.
그리고 갑 제7호증의 1 내지 5의 각 기재에 의하면, 회계법인에 의한 회계감사 과정에서 외부 연구원의 4대 보험 가입 여부가 쟁점으로 되지 않았다가 피고의 사업비 사용실적보고서 검토결과에서 비로소 4대 보험 미가입자에 대한 인건비 지급이 문제된사실이 인정되기는 하지만, 회계법인에 의한 회계감사는 회계장부와 증빙서류를 대조하여 실제 지출 여부를 확인하는 절차인 것으로 보이고, 사업비 지출로서의 적격 여부를 규범적으로 심사하는 절차라고 보기는 어려우므로, 위 인정사실만으로 원고에게 사업비요령의 준수에 관한 기대가능성이 없다고 보기 어렵다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
피고의 현장실태조사 관련
갑 제6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 2015. 10. 8. 이 사건 협약의 주관연구기관인 C의 연구소에서 현장실태조사를 실시하였고, 그 조사대상에 사업비 집행 관련 회계장부와 증빙서류가 포함되어 있으며, 위 조사과정에서 4대 보험미가입자에 대한 외부 인건비 지급이 지적되지 않은 사실이 인정되기는 하나, 한편, 같은 증거에 의하면, 위 실태조사는 기술개발 과제에 대한 중간보고서의 제출 후에 이루어진 평가절차로서 조사과정은 수행실적 발표, 현장확인, 질의응답 등의 순서로 3시간에 걸쳐 진행된 사실이 인정된다. 위 인정사실을 종합하여 보면, 위 현장실태조사는 이 사건 협약 제4조 제1항 나호에 규정된 과제 평가절차로서 이루어진 것으로 보이고, 같은 항 다호의 사업비 사용실적 보고에 대한 평가절차로서 이루어진 것으로 보기는 어려우므로, 피고가 위 조사과정에서 외부 인건비 지급에 관한 사업비요령의 준수 여부를 확인할 의무를 부담한다고 보기는 어렵다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
1차년도 참여 연구원 관련
2차년도의 외부 연구원 중 F, G, J, K은 1차년도의 연구개발에도 참여하였고, 1차년도에 위 연구원들에게 지급된 외부 인건비가 사업비로 인정된 사실에 대하여는 피고도 명백히 다투지 않고 있다. 그러나 현행 사업비요령의 외부 인건비 지급기준이 헌법이나 법률에 위반되지 아니함은 앞서 본 바와 같고, 위 지급기준에서 4대 보험 가입을 명시적인 요건으로 규정하고 있는 이상 위 연구원들이 실제로 2차년도의 연구개발에 참여하였다는 사실만으로 위 지급기준이 충족되었다고 해석할 수는 없으며, 2차년도부터 위 지급기준이 적용됨으로 인하여 4대 보험에 가입되지 않은 위 연구원들에 대한 인건비가 사업비로 인정되지 않는다고 하더라도, 이는 사업비요령의 내용을 확인하고 준수할 의무를 부담하는 원고가 감수하여야 하는 결과일 뿐이고, 위 연구원들에 대한 인건비를 사업비로 인정하지 않는 것이 불합리하다거나 형평의 원칙에 위배된다고 보기 어렵다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판사 이근수(재판장) 정지선 한재상
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.26.