주문
원고의 청구를 기각한다.
소송비용은 원고가 부담한다.
이유
처분의 경위
원고는 에너지절약전문기업, 소형열병합발전설비 설계 및 시공업 등을 영위하는 회사이다.
피고 및 피고의 산하기관인 B기관(이하 '전문기관'이라 한다)은 2014. 7. 15. 'C'을 공고하였다(이하 '이 사건 공고'라 한다).
원고는 2014. 9. 15. 주식회사 D(이하 'D'라 한다)과 사이에 'E과제'(이하 '이 사건 과제'라 한다) 수행과 관련하여 아래와 같이 합의하였다(이하 '이 사건 합의'라 한다).
원고는 이 사건 공고에 지원하여 이 사건 과제에 관하여 아래와 같은 연구개발 협약을 체결하였다(이하 '이 사건 협약'이라 한다).
G공사는 2015. 8. 25. 원고의 대표자인 사내이사 H 및 F에게 면담을 요청하여 F이 연구책임자로서 과제수행 능력이 부족하고, 제작설비가 미비하다는 이유로 대책마련을 요구하였고, 이후 원고는 중간점검위원 보완대비표 검토결과 피고 측으로부터 재차 부정적 평가를 받는 등 문제가 개선되지 않자 F의 과제 수행을 중단시키고 2015. 10. 1. F을 퇴직 처리하였다.
원고는 2015. 12. 9. G공사에 2차년도 과제수행은 주관연구책임자를 I으로 교체하여 수행하겠다는 의견을 제시하였고, G공사는 2015. 12. 11. 이를 승인하였다.
F은 2016. 2. 1. 서울지방고용노동청 서울관악지청에 원고로부터 체불임금을 지급받지 못하였다는 내용의 진정을 제기하였고, 서울지방고용노동청 서울관악지청은 조사결과 'F은 이 사건 과제 수행업무를 총괄하며 자신의 판단과 재량권에 따라 독립적으로 과제를 처리할 권한이 부여된 점, 동 연구개발 과제 수행 업무와는 별도로 D라는 사업장의 사업주로서 원고 회사에 출퇴근하거나 원고로부터 근태관리를 받은 사실이 없다는 점 등 다수 부분에서 근로자성이 부인된다'고 판단하여 행정종결처분을 하고 2016. 4. 14. 원고에게 이를 통보하였다.
서울지방고용노동청 서울관악지청은 2016. 4. 21. 전문기관에 위 진정사건과 관련하여 'F은 원고 소속 직원이 아니라고 판단되어 운영규정 위반 사실이 의심된다'고 통보하였다.
이에 따라 전문기관이 2016. 7. 13. 원고에 대한 현장실태조사를 실시한 결과 'F은 원고 소속 근로자에 해당하지 않고, 이 사건 과제 수행은 시제품설치 및 시스템 구축 지연으로 시운전을 통한 실험 데이터 획득이 불가한 상황으로, 냉난방 실험 데이터 확보에 필요한 소요기간(냉방 60일, 난방 60일)을 고려하여 4개월 이상 과제수행기간의 연장이 필요하다'고 판단하였다.
위 조사에 참여한 공인노무사 J은 2016. 7. 14. 전문기관에 'F은 이 사건 과제를 수행함에 있어서 D 사무실에 상주하면서 동 과제의 설계 및 개발업무를 독자적으로 수행한 점, 자신이 충북 진천에 보일러 공장을 임대하여 시제품을 제작한 점, D 소속 근로자들로 하여금 이 사건 과제를 수행하게 한 점, 업무수행과 관련하여 원고의 대표이사나 관리자 등으로부터 업무지시나 지휘감독을 받지 아니하고 독자적으로 수행한 점, 원고 회사에 업무수행을 위하여 출근한 사실이 없고 단지 자금정산을 위해 월 1~2회 방문한 것이 전부인 점, 원고 대표자 H도 위 현장조사에서 F이 근로자신분이 아님을 인정한 점, 그 밖에 이 사건 합의 내용 등을 참작하면 원고와 F은 고용관계가 아니라 이 사건 과제 수행을 위한 동업관계 내지 협력관계에 있었다고 판단된다'는 취지의 의견을 제시하였다.
피고는 제재조치평가단의 심의를 거쳐 2017. 4. 25. 원고에게 이 사건 과제에 관하여 소속 직원이 아닌 F을 주관연구책임자로 지정하여 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 연구개발을 수행하였다는 이유로 과학기술기본법 제11조의2, 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제27조, 운영규정 제51조 등에 의하여 2017. 4. 28.부터 2020. 4. 27.까지 참여제한 3년 및 환수금 407,206,650원의 처분을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다)
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 6, 7호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
이 사건 처분의 적법 여부
원고의 주장
F은 원고 소속인 특수형태 근로자에 해당하고 가사 근로자에 해당하지 않더라도 소속 직원으로서의 지위는 인정되므로 이 사건 처분사유는 인정되지 않는다.
운영규정은 주관연구책임자가 주관연구기관 소속 직원일 것을 규정하고 있으나 이는 법령의 위임 또는 근거가 없으므로 이 사건 처분은 법령의 위임 없이 처분요건을 부가한 것으로서 위법하다.
원고는 F을 통하여 이 사건 과제에 관한 연구를 실제로 수행한 점, 이후 원고는 F을 해고하고 주관연구책임자를 I으로 교체하여 이 사건 과제 수행을 대부분 완성한 점, 그럼에도 피고는 관련법령이 규정하고 있는 최고한도의 제재 및 환수처분을 한 점 등에 비추어 보면 이 사건 처분은 재량권을 일탈·남용하였거나 비례의 원칙 및 평등의 원칙을 위반한 것으로서 위법하다.
관계 법령
별지 관계 법령 기재와 같다.
인정사실
F은 2014. 6. 1. 원고를 사업장으로 국민건강보험, 국민연금, 고용보험, 산재보험 가입자자격을 취득하였다가 2015. 10. 1. 각 그 자격을 상실하였다.
이 사건 공고에 따르면, 주관연구기관은 공동연구기관, 위탁연구기관을 둘 수 있으나 연구과제의 효율성 및 연구비 집행의 투명성을 고려하여 기관 참여 이외의 연구원은 배제(주관/공동/위탁 등 연구기관에 타 기관의 연구원은 참여 불가)되고, 국가연구개발사업 연구개발과제를 3개 이상 수행하는 연구책임자(주관, 협동) 및 5개 이상 수행하고 있는 참여연구원(연구책임자 포함)의 참여는 제한되며, 참여연구진 구성시 연구집중도와 연구성과 달성가능성 제고 및 연구수행 효율성 확보를 위하여 주관 및 공동연구책임자는 참여율 20% 이상을 확보하여야 한다. 기타 정하지 않은 사항은 운영규정 및 국토교통기술 연구개발사업 관리지침 등에 의한다.
원고는 주식회사 K를 통하여 2016. 7. 13. 태양열 하이브리드 소형흡수식 냉난방시스템을 L영업소에 설치하였다.
서울지방고용노동청 서울관악지청은 2016. 10. 27. F에게, F이 2016. 7. 6. 원고를 상대로 제기한 임금체불 진정사건에 대하여 '연구개발 과제의 내용과 수행방법 결정 등 과제수행에 관한 총괄권한이 F에게 있고 F은 원고로부터 구체적 업무지시를 받지 않고 중간내용과 결과를 원고에게 보고하는 방식으로 업무를 수행하였던 점, 근무 장소가 F의 사업장으로 출퇴근시간이나 근무 장소의 구속을 받은 사실이 없는 점, 업무수행에 있어 자신의 사업장 비품을 사용한 점, 연구과제 수행과 별개로 사업장을 운영하고 있었던 점, 과제수행에 문제가 발생할 경우 F과 원고 모두에게 향후 과제참여 제한 등의 불이익이 있는 점, 연구과제 수행에 대한 급여가 연구개발협약서에 명시되어 있으나 명시된 금액의 급여를 정기적, 고정적으로 지급받은 사실이 없는 점, 원고 사업장의 취업규칙 적용을 받은 사실이 없는 점, 주관연구책임자 업무를 수행 전 원고와 사업주 대 사업주로 과제연구 관련 업무협력 합의서를 작성한 점' 등을 근거로 근로기준법상 근로자로 인정하기 어렵다는 이유로 위 진정사건을 '법적용 제외'로 종결처리하였다고 통보하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 4, 8, 9호증, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
판단
처분사유의 인정 여부
과학기술기본법에 따른 국가연구개발사업의 기획·관리·평가 및 활용 등에 필요한 사항을 규정하기 위한 구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(2014. 11. 19. 대통령령 제25751호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 공동관리규정'이라 한다) 제2조, 제9조, 제12조, 제12조의2, 제15조 및 국토교통부소관 연구개발사업을 효율적으로 관리·운영하기 위하여 필요한 세부 사항을 정함을 목적으로 하는 구 국토교통부소관 연구개발사업 운영규정(2014. 12. 2. 국토교통부훈령 제459호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 운영규정'이라 한다) 제2조, 제14조 등에 의하면, 주관연구기관은 국가연구개발사업의 연구개발과제를 주관하여 수행하는 기관으로서 연구개발과제가 선정된 경우 중앙행정기관의 장과 협약을 체결하고, 연구개발비를 지급받아 그 사용을 관리하며, 연구개발이 종료되었을 때에는 연구개발 최종보고서·요약서 및 주관연구기관의 자체평가 의견서 등을 중앙행정기관의 장에게 제출하여야 한다. 주관연구기관의 장은 해당기관 소속의 직원 중 해당분야에 대한 연구경험과 연구능력을 갖춘 사람을 주관연구책임자로 지정하여야 하고, 주관연구책임자는 연구개발계획서의 작성, 연구개발과제 내용과 수행방법 결정, 참여연구원의 선정, 연구개발비의 사용·관리, 협동연구기관, 공동연구기관 및 위탁연구기관에서 수행하는 연구개발결과물을 포함한 연구개발 결과의 보고 등 연구개발과제 수행에 필요한 사항을 총괄하며, 연구개발비는 주관연구기관의 장이 직접 집행하되 인건비를 제외한 직접비는 연구개발과제를 총괄하는 책임자인 주관연구책임자의 발의를 거쳐 주관연구기관의 장이 집행하여야 한다.
주관연구기관은 협약으로 정하는 바에 따라 '협동연구기관'을 지정하여 주관연구기관과 협동으로 연구개발과제의 세부과제를 주관하여 수행하게 하거나, '공동연구기관'으로 하여금 연구개발과제를 주관연구기관과 분담 또는 세부과제를 협동연구기관과 분담하여 공동으로 추진하게 할 수 있고, '위탁연구기관'에 연구개발과제의 일부 또는 세부과제의 일부를 위탁하여 수행하게 할 수 있으나, 이러한 각 협동, 분담 또는 위탁에 의한 연구는 연구개발과제 업무의 일부에 대하여만 가능한 것으로 규정되어 있으므로 그 업무 전체를 타 기관에 위탁하는 것은 주관연구기관 및 주관연구책임자의 세부적인 권한 및 의무를 규정하고 연구개발과제 수행에 주도적인 역할을 담당하도록 규정하고 있는 구 공동관리규정 및 구 운영규정의 취지에 정면으로 반하므로 허용되지 않는다고 해석된다.
일반적으로 '직원'이라고 함은 '일정한 직장에 소속되어 직무를 맡아보는 사람'을 의미하는데, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, F은 D를 운영하는 사람으로서 원고와 사이에 D가 이 사건 과제 진행에 관련된 모든 권한을 가지고 과제를 수행하기로 하는 내용의 이 사건 합의를 체결한 점, F은 원고 회사에 출근하지 아니한 채 자신의 사무실에서 D 직원들에게 이 사건 과제 업무를 수행하게 하였고 그 과정에서 원고의 대표이사나 관리자 등으로부터 업무지시, 지휘감독을 받지 않은 점, 그 밖에 원고 회사의 취업규칙을 적용받거나 정기적, 고정적으로 급여를 지급받지 않은 점 등에 비추어 보면, F이 형식적으로 원고의 본부장 지위에 있었고 원고가 F의 4대 보험료를 납부하였다 하더라도 이는 원고의 소속 직원인 것처럼 가장하기 위한 외관을 조성한 것에 불과하고 F이 사회통념상 원고 회사에 소속되어 직무를 담당하는 사람이라고 보기는 어려우므로 원고의 직원에 해당한다고 할 수 없다.
또한 구 운영규정 제14조 제2항은 해당기관 소속의 직원 중 주관연구책임자를 지정하도록 규정하고 있고, 이 사건 협약 제18조는 주관연구기관과 주관연구책임자는 이 사건 과제를 수행함에 있어 구 운영규정을 성실히 준수하고 이 사건 협약에 포함되지 않은 내용은 운영규정을 준용하며, 이 사건 공고에는 연구과제의 효율성 및 연구비 집행의 투명성을 고려하여 기관 참여 이외의 연구원은 배제한다고 규정되어 있어 원고는 소속 직원이 아닌 F을 주관연구책임자로 지정할 수 없다는 점을 잘 알 수 있었음에도, 원고는 F을 이 사건 과제의 주관연구책임자로 지정함으로써 F이 운영하는 D로 하여금 이 사건 과제 수행을 사실상 하도급받아 수행하게 하거나 D에게 주관연구기관의 명의만을 빌려 주어 과제수행자로 선정된 것이라고 봄이 상당하다. 이러한 행위는 구 공동관리규정 및 구 운영규정의 취지에 정면으로 반하여 해당 연구과제 수행의 효율성 및 연구비 집행의 투명성을 저해할 우려가 있는 행위로서 '거짓이나 그 밖에 부정한 방법으로 연구개발을 수행한 경우'에 해당한다. 따라서 이 사건 처분사유는 인정된다.
법령의 위임 없이 처분요건을 추가하여 위법한지 여부
이 사건 처분의 직접 처분사유는 구 과학기술기본법(2014. 12. 30. 법률 제12869호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조의2 제1항 제7호가 국가연구개발사업 참여제한 및 사업비 환수처분의 요건으로 규정하고 있는 '거짓이나 부정한 방법으로 연구개발을 수행한 경우'에 해당한다는 것이고, 원고로서는 이 사건 협약 및 구 운영규정에 따라 소속 직원 중에서 주관연구책임자를 지정하여야 하는 의무를 부담하나 이를 위반하더라도 곧바로 '거짓 또는 부정한 방법으로 연구개발을 수행한 경우'에 해당하는 것은 아니고 그 해당 여부는 앞서 본 바와 같이 협약 체결의 경위, 실제 연구수행의 과정 및 결과 등 제반사정을 종합하여 판단하여야 할 것이므로 그 자체로 독자적인 처분요건이 된다고 할 수 없다. 다만 소속 직원이 아닌 사람을 주관연구책임자로 지정하였다는 것은 원고가 거짓이나 부정한 방법으로 이 사건 과제를 수행하였는지 여부를 판단하기 위한 하나의 근거가 될 뿐이므로 이와 다른 전제에서 피고가 법령의 위임 없이 처분요건을 추가하였다고 할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
재량권 일탈·남용 여부
위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고는 이 사건 과제의 수행업무 전체를 F 및 D에 위탁함으로서 연구과제 수행의 효율성 및 연구비 집행의 투명성을 확보하기 위한 구 과학기술기본법 및 구 공동관리규정 등의 규정 목적을 잠탈한 점, ② F의 이 사건 과제 수행 실적은 저조하였고 이로 인하여 시제품설치 및 시스템 구축이 지연되어 4개월 이상 과제수행이 지체됨에 따라 G공사는 상당한 손해를 입은 것으로 보이는 점, ③ 이 사건 처분은 구 공동관리규정 제27조 제1항 제7호가 정한 3년 이내의 참여제한기간 및 같은 조 제10항 별표 5가 정한 출연금 전액 4억 8,000만 원(정부출연금 기준) 이내의 환수기준에 부합하는 점, ④ 이 사건 처분은 구 과학기술기본법 제11조의2에 따라 피고 소관 국가연구개발사업에 대한 참여 제한에 국한되고 원고는 제한 기간이 경과하면 재차 요건을 구비하여 해당 국가연구개발사업에 참여할 수 있는 점, ⑤ 이 사건 처분을 통하여 달성할 수 있는 국가연구개발사업의 투명성, 공정성, 효율성 확보 및 다른 연구개발 참여자들의 정당한 이익 보호 등 공익이 적지 아니한 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 처분이 재량권을 일탈·남용한 처분으로서 위법하다 할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.
소결론
따라서 이 사건 처분에는 원고가 주장하는 위법사유가 존재하지 아니하므로 이 사건 처분은 적법하다.
결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판사 김용철(재판장) 김남균 강민기
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.25.