서울행정법원판결

서울행정법원 2021. 9. 10. 선고 2020구합73846 판결

주문

1.

피고가 2020. 7. 6. 원고들에게, C의 출장신청 및 초과근무신청을 승인하고 미지급된 근무지내 출장비에 해당하는 금원을 지급할 것을 요구한 처분을 취소한다.

2.

소송비용은 피고가 부담한다.

이유

1.

처분의 경위

가.

원고 A연구소(이하 ‘원고 연구소’)는 국가인적자원 육성을 위한 A연구를 목적으로 정부출연연구기관 등의 설립ㆍ운영 및 육성에 관한 법률에 따라 설립된 정부출연연구기관이고, 원고 B는 2017. 12. 8.부터 2021. 1. 18.까지 원고 연구소의 소장으로 근무하였다.

나.

C은 2012. 7. 2. 원고 연구소에 계약직 운전원으로 입사하여 차량운전업무를 수행하여 왔고, 2014. 7. 2. 무기계약직 운전원으로 전환되었다.

다.

C은 2017. 7. 19. 원고 연구소의 전 소장 D의 관용차 사적 이용, 직원 사적 이용 및 남편 명의 회사에 원고 연구소를 자문기관으로 사적 등재한 의혹을 피고에게 신고하였다(이하 ‘이 사건 신고’). 피고는 2017. 7. 19. 이 사건 신고의 내용을 국무조정실로 이첩하였고, 국무조정실은 2017. 10.경 D에 대하여 감봉 1월의 징계를 결정하였다.

라.

한편, D는 2017. 9. 1. C의 보직을 기관장 업무용 차량 운전원에서 기관 업무용 차량 운전원으로 변경하였고, 원고 B는 원고 연구소의 소장으로 취임한 후 2018. 1. 30. C의 보직을 다시 종전대로 변경하였다.

마.

C은 2019. 2. 14. 원고 B가 C의 업무를 기관장 업무용 차량 운전원에서 기관 업무용 차량 운전원으로 전환하였고, 기관장 업무용 차량 운전 대리기사 비용을 기관수용비로 지출하였다는 의혹을 피고에게 신고하였고(이하 ‘2차 신고’), 2019. 3. 13. 업무 배제, 휴가 반려, 시간외수당 미지급, 근무평가 최하위 등급 부여의 불이익조치를 받았다고 주장하면서 피고에게 신분보장조치를 요구하였다.

바.

피고는 2019. 5. 29. 2차 신고 내용을 국무조정실로 이첩하였고, 국무조정실은 위 신고내용에 대해 조사한 다음 ‘업무 전환은 기관장의 인사권에 해당하고, 기관장 업무용 차량 운전 대리기사 비용을 수용비로 지출한 것은 예산집행지침에 근거한 기관장 재량사항에 해당되므로 이를 부패행위에 해당한다고 볼 수 없다’고 통보하였다. 피고는 C에게 2019. 6. 26 위 마항 신분보장조치 요구에 대해 ‘불이익조치가 존재하지 않고, 시간외수당 미지급은 관련 민사소송 진행 중이므로 판단할 수 없다’는 이유로 종결통보를 하였고, 2019. 6. 27. 2차 신고에 대한 위 국무조정실 조사결과를 통지하였다.

사.

한편, C은 ① 2019. 11. 28. ‘기관장 차량 운전원으로서 근무지내 출장신청 결재완료 건에 대하여 2019. 5. 22.부터 2019. 5. 30.까지 4건의 출장수행 후 출장비 를 지 급받지 못하였고, 2019. 6. 5.부터 2019. 9. 24.까지 12건의 근무지내 출장신청을 하였으나 결재 반려라는 불이익조치를 받았다’는 이유로 피고에게 신분보장조치 요구를 하였고, ② 2020. 3. 23. ‘2020. 1. 20. 직속팀장인 전 E으로부터, C이 2020. 1. 6.부터 2020. 1. 17.까지 한 13건의 초과근무 신청을 일괄 반려당하는 불이익조치를 받았다‘는 이유로 피고에게 신분보장조치 요구를 하였다.

아.

피고는 2020. 7. 6. 원고들에 대하여, C의 D에 대한 이 사건 신고는 구 부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률(2019. 4. 16. 법률 제16324호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 부패방지권익위법‘)에서 정한 ’부패행위‘ 신고에 해당하고, C의 근무지내 출장신청 및 초과근무신청의 결재를 반려하고 근무지내 출장비를 미지급한 것(이하 ’이 사건 조치‘)은 구 부패방지권익위법에서 정한 불이익조치에 해당하며, 이 사건 신고와 이 사건 조치 사이에는 인과관계가 인정되므로, C의 위 근무지내 출장신청 및 초과근무신청을 승인하고, 미지급된 근무지내 출장비를 지급할 것을 요구하는 신분보장조치 요구 결정을 하였다(이하 ‘이 사건 결정’).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 8 내지 13호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제7, 10, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2.

이 사건 결정의 적법 여부

가.

당사자들의 주장

1)

원고들의 주장

가)

구 부패방지권익위법 제62조 제7항에 의하면, ‘소속기관의 장’에게 신분보장조치 요구결정을 하도록 하고 있음에도 피고가 소속기관인 원고 연구소와 당시 소장인 원고 B 개인을 상대로 신분보장조치 요구결정을 한 것은 위법하다.

나)

구 부패방지권익위법에서는 불이익조치에 대한 별도의 정의 규정을 두고 있지 않다가, 2019. 4. 16. 개정된 부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률(이하 ‘부패방지권익위법’) 제2조 제7호에서 불이익조치의 구체적인 유형을 규정하였는바, 이는 부패행위 신고에 대한 불이익조치의 범위를 명확히 규정하기 위하여 개정된 것이므로, 구 부패방지권익위법 상의 불이익조치에 해당되는지 여부도 위 개정규정의 내용을 고려하여 판단하여야 하는데, 이 사건 조치는 부패방지권익위법 제2조 제7호 각 목에서 열거하고 있는 불이익조치의 유형에 해당하지 않으므로, 이 사건 조치는 구 부패방지권익위법에서 정한 불이익조치라고 볼 수 없다.

다)

C이 원고 B에 대하여 한 2차 신고는 구 부패방지권익위법상 부패행위 신고에 해당하지 않고, 원고 B는 C이 전 소장 D에 대해 이 사건 신고를 하였다는 이유로 어떠한 불이익을 준 적이 없으며, 불이익을 줄 이유도 없으므로, 이 사건 조치와 이 사건 신고 사이에 인과관계가 없다. 이 사건 조치를 한 이유는 ① 기관장 업무용 차량 운전 업무를 담당하고 있던 C이 예정된 근무장소인 원고 B의 주소지 등으로 이동한 것을 ‘출장’이라고 볼 수 없고, ② C과 포괄임금약정을 체결하였으므로 연장근무수당을 지급할 필요가 없다는 취지의 서울지방노동위원회의 진정 회신을 받았기 때문에 초과근무 승인 요건에 해당되지 않는다고 보아 한 것일 뿐이다.

2)

피고의 주장

가)

원고 연구소는 이 사건 결정에 따른 법률효과의 귀속주체이고, 원고 B는 이 사건 결정 당시 원고 연구소의 기관장으로서 이 사건 결정을 이행할 수 있는 지위에 있는 자, 즉 이 사건 조치에 대하여 원상회복 등 신분보장조치를 이행할 권한과 책임이 있는 자에 해당하므로, 이 사건 결정의 적법한 상대방이 된다. 원고들의 주장대로라면 소속기관에서 피고의 신분보장조치 요구결정의 이행을 면하고자 소속기관의 장을 공석으로 둘 수 있는데, 그러한 경우에는 피고가 신분보장조치 요구결정을 불이행한 소속기관의 장에 대해 형사고발 등 어떠한 제재조치도 하지 못하게 되므로, 그 실효성을 확보하고자 원고 B와 원고 연구소를 상대로 이 사건 결정을 한 것이다.

나)

이 사건 조치는 구 부패방지권익위법 제62조의 ‘근무조건상의 차별’에 해당하여 불이익조치에 해당한다.

다)

구 부패방지권익위법 제63조에 의하면 이 사건 신고 뒤에 이루어진 이 사건 조치는 이 사건 신고와 관련한 불이익으로 추정된다. C의 원고 B에 대한 2차 신고 역시 허위신고가 아니라면 위 법의 신분보장조치 요구결정의 전제가 되는 부패행위 신고에 해당될 수 있고, 위 신고에 대한 조사 결과 부패행위가 아니어서 종결되었다는 이유만으로는 이 사건 조치와 C의 신고 사이에 추정되는 인과관계가 번복되지 않는다.

나.

관계 법령

별지 기재와 같다.

다.

판단

1)

처분의 상대방 지정의 위법 여부

가)

구 부패방지권익위법 제62조 제1항은 누구든지 이 법에 따른 신고나 이와 관련한 진술 그 밖에 자료 제출 등을 한 이유로 소속기관․단체․기업 등으로부터 징계조치 등 어떠한 신분상 불이익이나 근무조건상의 차별을 받지 아니한다고 규정하고, 제2항은 누구든지 신고를 한 이유로 신분상 불이익이나 근무조건상의 차별을 당하였거나 당할 것으로 예상되는 때에는 국민권익위원회에 해당 불이익처분의 원상회복․전직․징계의 보류 등 신분보장조치와 그 밖에 필요한 조치를 요구할 수 있다고 규정하고 있다. 같은 조 제4항은 제2항 또는 제3항에 따른 요구가 있는 경우 국민권익위원회는 조사에 착수하도록 규정하고, 제7항은 국민권익위원회는 조사결과 요구된 내용이 타당하다고 인정한 때에는 요구자의 소속기관의 장, 관계 기관의 장 또는 요구자가 소속한 단체․기업 등의 장(이하 ‘소속기관 등의 장’)에게 적절한 조치를 요구할 수 있으며(이하 ‘조치요구’), 이 경우 국민권익위원회로부터 요구를 받은 소속기관 등의 장은 정당한 사유가 없는 한 이에 따라야 한다고 규정하고 있다. 또한 구 부패방지권익위법 제91조 제1항 제3호는 정당한 사유 없이 국민권익위원회의 조치요구를 이행하지 않은 자를 1천만 원 이하의 과태료에 처하고, 제90조 제1항은 제62조 제1항에 따른 신분상 불이익이나 근무조건상의 차별을 한 자가 국민권익위원회의 조치요구를 이행하지 않은 때에는 1년 이하의 징역 또는 1천만 원 이하의 벌금에 처하도록 하고 있다.

나)

위와 같은 규정의 내용을 살펴보면, 피고의 조치요구의 상대방으로서 조치요구에 따라야 할 의무의 주체는 ‘소속기관 등의 장’임이 분명하므로, 피고는 ‘소속기관 등의 장’에 해당하는 ‘A연구소장’에 대하여 조치요구를 해야 하는 것이고, 원고 B 개인이나 소속기관인 원고 연구소를 상대방으로 하여 조치요구를 할 수는 없다. 이는 이 사건 결정과 같은 피고의 조치요구 이후 소속기관의 장의 직책을 담당하는 사람이 원고 B에서 다른 사람으로 바뀌더라도 피고의 조치요구의 효력이 소멸된다고 할 수 없고, 바뀐 소속기관의 장도 조치요구 불이행시 그에 대한 제재를 받을 수 있으며, 불이익조치 및 그에 대한 원상회복도 소속기관의 장의 지위에서 하는 것인 점에 비추어 보더라도 그러하다.

그런데 앞서 본 바와 같이 피고는 이 사건 결정을 하면서 그 상대방을 원고 연구소 및 원고 B 개인[피고는 이 사건 결정의 상대방인 “B(A연구소장)”의 의미가 당시 소장의 지위에 있었던 B 개인에 대하여 한 것이라고 밝히고 있다]으로 지정하였으므로, 이 사건 결정은 구 부패방지권익위법 제62조 제7항에서 정한 조치요구의 상대방이 아닌 자에 대한 결정이므로 위법하다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 있다.

2)

불이익조치와 인과관계 인정 여부

가)

구 부패방지권익위법 제62조 제1항은 이 법에 따른 부패행위 신고를 한 이유로 ‘신분상 불이익이나 근무조건상의 차별’을 당하였거나 당할 것으로 예상되는 때에는 피고에게 조치요구를 할 수 있다고 규정하고 있다. 이 사건 조치는 C의 출장신청 및 초과근무신청 결재를 반려하고 출장비를 미지급한 것으로 그러한 조치 자체는 합리적인 이유가 없다면 근로조건과 관련한 차별에 해당될 수 있다.

한편 구 부패방지권익위법 제63조는 ‘신고자가 이 법에 의하여 신고한 뒤 제62조 제2항 등에 따라 피고에게 원상회복 등을 요구하는 경우 해당 신고와 관련하여 불이익을 당한 것으로 추정한다’고 규정하고 있다. 위와 같은 추정이 번복되기 위해서는 해당 신고가 없었어도 그와 같은 불이익조치를 했을 만한 다른 사유가 있어 해당 신고가 불이익조치에 아무런 영향을 미치지 아니하였음이 증명되어야 한다.

나)

앞서 든 증거들과 갑 제4, 5, 7, 16 내지 18호증, 을 제1 내지 6, 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1)

C의 근로계약 내용 등

(가)

2016. 11. 1.자 근로계약서의 내용은 아래와 같다.

(나)

2018년도 연봉계약서의 내용은 아래와 같다.

(다)

원고 연구소의 복무규정, 보수규정, 보수․수당지급규칙의 내용 중 관련된 부분은 아래와 같다.

(라)

한편 원고 연구소는 연봉계약서, 보수규정 등에 따라 C에게 매월 기본연봉, 성과연봉, 중식보조비, 교통보조비 등을 지급하여 왔다.

(2)

C의 출장신청 내역 및 처리결과

(가)

C은 ① 2018. 11. 7. 및 2018. 11. 8. 대여차량으로 국제세미나 초청인사의 운전을 수행하고, ② 2018. 11. 12. 해외강연자의 차량 렌트비를 지불하기 위해 대중교통을 이용하여 F에 다녀오고, ③ 2019. 2. 1. 기관차량을 운전하여 G과 함께 H 상암사옥 미팅을 다녀온 다음 각 근거리 출장신청을 하였는데, 이에 대한 출장비는 모두 지급되었다.

(나)

C이 신청한 ① 2019. 9. 6. 강원도 원주시 건강보험공단으로 기관장을 수행한 국내 출장비, ② 2019. 9. 17. 및 2019. 9. 18. 세종시 국토연구원, 연구지원동으로 기관장을 수행한 국내 출장비는 모두 지급되었다.

(다)

한편, C은 2019. 5. 22.부터 아래와 같이 총 17회의 근무지내 출장을 신청하였고, 이 중 ① 2019. 9. 23. 자료제출을 위해 국회의원회관에 다녀온 부분에 대해서만 출장비는 지급되었으나, ② 나머지 부분, 즉 출장지가 원고 B의 자택 또는 오전 일정 장소, 인천국제공항 단기주차장이라고 기재되어 있는 부분에 대해서는 C이 담당하고 있는 기관장 출근 및 외부 일정 참석, 해외 출장을 위한 운전수행 업무를 그 일정에 맞추어 이행하지 않고 원고 연구소에 출근하였다가 예정된 근무장소로 이동한 것이므로 출장에 해당하지 않는다는 이유로 출장비가 지급되지 않았다.

(3)

C의 시간외수당 신청 및 관련 분쟁

(가)

C은 2018. 2. 1. 서울지방고용노동청에 전 소장 D를 상대로 연장근로수당 추가지급을 요구하는 진정을 제기하였는데, 서울지방고용노동청은 2018. 8. 21. 원고 연구소에 ‘C의 임원 수행기사로서의 업무내용을 볼 때 대기시간이 많고 간헐적으로 근로가 이루어질 수밖에 없어 실제 근로시간을 측정하기 어려운 측면이 있으므로 당사자 사이에 포괄임금계약이 성립된 것으로 판단되고, C의 연장근로에 대한 수당은 이미 임금에 모두 포함되어 있다고 할 것이므로 법 위반 사항을 확인할 수 없다’는 내용의 사건처리결과를 회신하였다.

(나)

위 서울지방고용노동청의 회신 후 2018. 10. 2.부터 C에게 시간외수당이 지급되지 않았다. C은 2019. 6. 11. 원고 연구소를 상대로 ‘2016년부터 2018년 사이의 연장․휴일․야간근로수당 미지급분’ 임금의 지급을 구하는 소를 제기하였고, 원고연구소는 C과 사이에 포괄임금약정을 체결하였다고 주장하였으나, 1심 법원은 원고 연구소의 위 주장을 배척하고, C이 작성한 차량운행일지에 기초하여 인정되는 추가 근로시간에 관하여 발생하는 수당을 지급하라는 내용으로 2020. 5. 26. 원고(C) 승소판결을 하였다(서울중앙지방법원 2019가단5131155호).

(다)

C은 2020. 1. 2. 원고 B를 상대로 2019. 2.경부터 2019. 12.경까지의 연장수당 지급을 요구하는 진정을 제기하였고, 서울지방고용노동청은 2020. 6. 18. 원고 B에게 위 연장수당 미지급이 근로기준법 위반에 해당하므로 위반사항을 시정하라고 지시하였다.

(라)

한편 C은 위 민사소송과 진정사건이 진행 중이던 2020. 1. 6.부터 2020. 1. 17.까지 아래와 같은 내용으로 초과근무신청을 하였으나 반려되었다.

다)

위 인정사실로부터 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 조치가 이루어진 별도의 뚜렷한 사유가 있어 이 사건 신고가 이 사건 조치에 영향을 미치지 않았다고 봄이 타당하므로, 이 사건 신고와 이 사건 조치 사이의 불이익 추정도 번복되었다고 볼 수 있다. 따라서 이 사건 조치가 이 사건 신고로 인한 불이익조치에 해당함을 전제로 한 피고의 이 사건 결정은 위법하여 취소되어야 하고, 이를 지적하는 원고들의 주장은 이유 있다.

(1)

이 사건 신고 이후 C이 신청한 근무지내 출장신고가 모두 반려된 것이 아니라, 신청한 내용에 따라 ① 기관장의 출퇴근 및 연구소 외부 일정 등의 운전 수행 업무를 담당한 C이 통상의 근무장소(기관장 자택 등)로 이동한 경우는 출장이라고 볼 수 없다는 이유로 그 이동비용이 지급되지 않거나 신고가 반려된 것이고, ② 그 외에 통상의 근무장소가 아닌 곳으로 업무를 위해 이동한 경우에는 적법한 출장이라고 인정되어 신청한 비용 등이 모두 지급되었다. 통상 출장이란 사업주의 포괄적 또는 개별적인 명령에 의하여 특정한 용무를 수행하기 위하여 통상의 근무지를 떠나 용무지에 가서 용무를 마치고 돌아올 때까지의 일련의 과정을 말하는 것이므로, 위와 같은 기준에 따라 C의 출장비 지급여부를 결정한 것이 합리적인 이유가 없는 불이익한 조치에 해당한다고 보이지 않는다.

(2)

이 사건 신고 이후 C의 초과근무신청이 계속하여 반려된 것이 아니라, C이 제기한 유사한 내용의 연장근로수당 미지급 진정사건에 대한 서울지방고용노동청의 2018. 8. 21.자 진정결과회신을 받고 그에 대한 지급의무가 없다고 보아 2018. 10. 2.부터 C의 초과근무신청이 승인되지 않은 것이다. 이후 원고 연구소는 C이 제기한 민사소송과 다른 진정사건에서 결과적으로 C에게 연장근로수당을 지급할 의무가 있다는 판단을 받기는 하였지만, 그와 같은 판단을 받기 전에 서울지방고용노동청의 종전 회신내용을 받고 관련 민사소송 등에서 포괄임금약정이 체결되었다고 다투면서 C의 초과근무신청을 반려한 것이므로, C의 초과근무신청이 받아들여지지 아니할 만한 사유가 있었다고 봄이 상당하다.

(3)

피고가 이 사건 결정을 할 때는 C이 2017. 7. 19. 전 소장 D를 상대로 한 이 사건 신고만이 그 전제가 되는 부패행위 신고라고 보았다. 그런데 피고는 이 소송에 이르러 C이 2019. 2. 14. 원고 B를 상대로 2차 신고도 그 원인이 되는 부패행위 신고로 보아야 하고, 2차 신고와 이 사건 조치 사이에 인과관계가 인정된다고 주장하나, 앞서 본 2차 신고의 내용 및 그에 관한 피고의 종전 조사결과 등에 비추어 보면 위 주장은 받아들이기 어렵다. 설사 피고의 주장처럼 2차 신고도 이 사건 결정의 전제가 된 부패행위 신고라고 보아야 한다고 하더라도, 위에서 살펴 본 이 사건 조치의 경위 및 사유 등에 비추어 볼 때 양자 사이의 불이익 추정은 마찬가지 이유로 번복된다고 봄이 타당하다.

3.

결론

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판사 한원교(재판장) 김나경 김용환

출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.25.