주문
원고의 청구를 기각한다.
소송비용은 원고가 부담한다.
이유
처분의 경위
원고는 토지건물 매매 및 임대업을 영위하는 법인이다. 2016년부터 2019년까지 원고의 주주이자 공동대표이사인 B, C, D, E(이하 '이 사건 주주임원들'이라 한다)에게 각 389,794,640원의 상여금을 지급하고 이를 법인의 손금에 산입하여 각 사업연도별 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.
피고는 2021. 3. 17.부터 2021. 4. 5.까지 원고에 대한 법인통합조사를 실시하여 2016 사업연도부터 2019 사업연도까지 이 사건 주주임원들에게 상여금으로 지급한 금액 중 직원의 상여금 지급률을 초과한 상여금 1,065,803,612원(이하 '이 사건 상여금'이라 한다)을 상여금지급규정이나 구체적인 산정근거 없이 과다하게 지급한 임원상여금으로 보아 2021. 7. 1. 원고에게 법인세 2016 사업연도 2,981,000원, 2017 사업연도 156,209,040원, 2018 사업연도 69,275,310원, 2019 사업연도 6,743,480원을 경정·고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).
원고는 이에 불복하여 2021. 9. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2022. 2. 16. 기각결정을 받았고, 2022. 2. 18. 위 결정문을 송달받았다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
처분의 적법 여부
원고의 주장 요지
원고가 이 사건 주주임원들에게 지급한 상여금은 업무실적과 관련 없이 정기적으로 지급하였으므로 통상임금의 성격을 가지고 있어서 법인세법 시행령 제43조 제2항에서 의미하는 상여금에 해당하지 않는다. 또한 해당 규정은 주주임원이 단독으로 상여금 지급을 결정하지 않고 주주총회 또는 이사회 등에서 결의된 내용에 따라 지급하라는 취지이므로 이 사건 상여금이 주주총회의 결의 내용에 따라 지급된 이상 위 시행령에 따라 손금에 산입될 수 없는 돈이라고 할 수 없다.
관계 법령
별지 기재와 같다.
인정사실
원고의 조직배치표상 이 사건 주주임원들 외의 직원은 아래와 같이 부서별로 각 1명씩 총 6명으로 확인된다.
이 사건 주주임원들에게 지급한 급여, 상여금 지급내역은 아래 [표 1]과 같고, 원고 직원들에게 지급한 급여와 상여금 지급내역은 아래 [표 2]와 같다.
<1>
원고의 연도별 영업이익률, 총급여의 매출액 대비 비율, 관내 동종업종과의 비율<2>분석 결과는 아래 [표 3]와 같다.
이 사건과 관련한 원고의 정관, 임원상여금 지급규정 등은 아래와 같다.
원고의 임원급여와 관련된 이 사건 주주임원들의 진술은 아래와 같다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7 내지 10호증, 을 제2, 3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
판단
관련 법리
법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항, 제20조 제1호, 제26조 제1호, 법인세법 시행령 제43조 제1항의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조, 법인세법 시행령 제43조의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적·계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 등 참조).<3>
구체적 판단
법인세법 제19조, 제26조에 따른 법인세법 시행령 제43조 제2항은 정관, 주주총회 또는 사원총회나 이사회 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 상여금에 한하여 이를 인건비에 해당하는 것으로 보아 손금으로 인정하고 있다.
앞에서 인정한 사실과 채택한 증거 및 갑 제11호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 앞서 본 관계 법령 및 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 별도의 상여금지급규정을 두고 있지 않으면서 이 사건 상여금을 지급하였고, 이 사건 상여금을 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라고 볼 만한 자료도 없으므로, 이 사건 상여금 중 원고의 일반 직원의 상여금 지급비율을 초과하는 부분을 손금으로 산입하지 않은 이 사건 처분이 부당하다고 할 수 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들이지 않는다.
원고는 정관 제36조에서 '이사의 보수는 주주총회의 결의로 이를 정한다'라고 규정하고, 이후 2005. 1. 10. 임시주주총회에서 임원상여금 지급규정을 제정하여 제4조에 '상여금의 산정 및 지급방법은 이사회에서 정한다'라고 규정하여 이사회에게 지급권한을 위임하였다. 이후 원고는 2005. 11. 28. 임시주주총회에서 임원의 연간 보수 총액한도를 포괄적으로 8억 원 이내로 지급할 것을 정하였으나, 임원들에게 상여금을 배분하는 구체적인 지급사유나 성과평가에 관한 기준 등에 대하여는 아무런 내용을 정하고 있지 않다. 더욱이 원고가 이 사건 상여금을 지급함에 있어 주주총회나 이사회 결의를 거쳤음을 인정할 자료도 없다.
앞서 본 인정사실에 의하면 이 사건 주주임원들의 총급여가 일반 직원 8명의 급여를 모두 합한 것보다도 4배 이상 많음을 알 수 있다. 또한 원고의 관내 같은 업종을 영위하는 업체들과 비교해 보아도 매출액 중 임원급여차지비율이 가장 높고, 이 사건 상여금의 손금산입으로 인하여 영업이익률 역시 같은 업종 평균 영업이익률보다 낮으며, 오히려 영업손실(2016년 9.49%, 2017년 -15.79%, 2018년 -27.54%, 2019년 -7.38%)까지 초래하고 있음을 알 수 있다. 이 사건 주주임원들의 직무수행으로 인한 사업적 성과와 수익 사이에 직접적 연관성을 확인할 수 있는 자료도 없고, 이 사건 주주임원들에게 위와 같이 고액의 이 사건 상여금을 지급할 만한 사유도 찾아보기 어렵다.
일반 직원들에 대한 상여금 지급내역을 살펴보면, 직원별 상여금 지급률이 연도별로 대략 일정하게 유지되고 있고, 관리부와 전기실 직원은 급여대비 약 29~31%, 기계실과 경비실 직원은 급여대비 약 2~6%로 부서별로 개별 직원들의 업무난이도나 기여도 등에 따라 차등 지급된 것으로 보인다. 이 사건 상여금 전부를 모두 손금불산입하지 않더라도, 앞서 본 사정에 비추어 볼 때 적어도 상여금 지급률이 가장 높은 관리부 내지 전기실 소속 직원 상여금 지급비율을 초과하는 이 사건 상여금은 손금을 산입하지 않는 것이 타당하고, 이러한 측면에서 원고 소속 일반 직원에게 지급한 상여금과 비교하여 초과하는 부분만을 손금에 산입하지 않은 이 사건 처분에 합리성이 결여되었다고 볼 수도 없다.
원고는 이 사건 상여금이 정기적으로 지급되었으므로 그 실질은 급여이고 손금에 산입되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 주식회사의 업무집행권을 가진 이사 등 임원은 회사로부터 일정한 사무처리의 위임을 받고 있는 것이므로 사용자의 지휘감독 아래 일정한 근로를 제공하고 소정의 임금을 지급받는 고용관계에 있는 것이 아니며, 따라서 일정한 보수를 받는 경우에도 이를 근로기준법상 소정의 임금이라 할 수 없다(대법원 2001. 2. 23. 선고 2000다61312 판결 등 참조). 이 사건 주주임원들은 업무집행기관인 이사에 해당하여 원고와 고용 관계에 있지 아니하므로 해당 임원들이 근로기준법이 정한 근로자에 해당함을 전제로 한 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.
이 사건 주주임원들은 그 지분을 합하여 원고의 100% 지분을 소유하고 있으므로, 앞으로도 해당 임원들에게 인건비가 과다하게 지급될 소지가 많다. 이 사건 주주임원들과 같이 지배주주 일가가 영향력을 행사하는 회사는 그 특성상 지배주주가 자의적으로 스스로 보수를 확대 계상함으로써 법인의 자금을 보수의 명목으로 손쉽게 유출하고 법인의 조세부담을 부당하게 감소시킬 가능성이 존재하여, 법인세법은 임원 등의 보수에 대하여 관련 규정을 마련하여 둔 것이므로, 공평과세와 조세정의의 실현을 위해 그러한 위험을 방지할 수 있도록 관련 규정은 엄격하게 지켜질 필요가 있다.
결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판사 이정희(재판장) 김수정 성재준
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.25.