서울행정법원 2026. 4. 3. 선고 2025구합54176 판결

원고는 전산소모품 제조업 및 도소매업 등을 목적으로 설립된 회사이다.

피고는 2020년경부터 B 사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다)을 주최해왔는데, 위 사업과 관련하여 재단법인 C은 보조금 관리에 관한 법률(이하 '보조금법'이라 한다)에 따라 피고로부터 보조금을 지급받는 1차 보조사업자로서 이 사건 사업을 주관해왔고, 사단법인 D는 2차 보조사업자이며, 원고는 위 D협회와 함께 이 사건 사업을 수행하는 간접보조사업자이다.

구체적으로 보면, 원고는 2020년도 이 사건 사업과 관련하여 'E'를 제작 유통하겠다는 등의 내용으로 사업계획서를 제출하여 간접보조사업자로 선정된 이후 2020.10. 22.경부터 2021. 1. 28.경까지 73,590,000원의 간접보조금을 교부받았고, 2021년도 이 사건 사업과 관련하여 2020년과 유사하게 디자인, 금형 제작 등을 통해 새로운 PC 케이스를 새롭게 개발한다는 등의 내용으로 사업계획서를 제출하여 간접보조사업자로 선정된 이후 2021. 7. 28.부터 2021. 11. 9.경까지 69,500,000원의 간접보조금을 교부받았다.

감사원은 2023년 9월경 피고에 대한 특정사안감사를 실시하였고, 그 과정에서 원고가 2020년도 이 사건 사업과 관련하여 당초 사업계획서와 다르게 사업을 수행하여 간접보조금을 다른 용도에 사용한 사실, 2021년도 이 사건 사업과 관련하여 이미수입하여 납품받은 제품을 새롭게 개발하는 것처럼 거짓으로 간접보조금을 신청하여 교부받은 사실 등을 확인하여 피고에게 시정요구 등을 하였고, 이에 피고는 사전통지절차 등을 거쳐 2024. 6. 14. 원고에 대하여 제재부가금 471,436,300원을 부과하고 5년 동안 보조사업의 수행 대상에서 배제하는 처분을 하였다(이하 '이 사건 당초처분'이라 한다).

또한 원고는 위와 같은 감사원 시정요구사항과 관련하여 2024. 6. 19. 서울서부지방법원에서 보조금법위반죄로 벌금 300만 원의 유죄판결을 받았고(서울서부지방법원 2024고단368호), 위 판결은 그 무렵 확정되었다.

한편 원고는 2025년 2월경 피고에게 이 사건 당초처분에 관하여 위 형사판결에 따른 벌금 300만 원을 이 사건 당초 처분에 따른 제재부가금액에서 공제해달라는 등의내용으로 의견서를 제출하였고, 피고는 원고의 의견을 일부 받아들여 2025. 2. 27. 제재부가금액을 468,436,300원(= 기존 제재부가금 471,436,300원 - 위 형사판결에 따른 벌금 3,000,000원)으로 정하여 다시 제재부가금 부과처분을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

원고는 2021년도 이 사건 사업에 관하여 거짓으로 간접보조금을 지급받지 않았고 이는 단순히 간접보조금의 용도 외 사용에 불과하며, 이 사건 처분은 정상적으로 집행된 간접보조금까지 포함하여 제재부가금을 산정하였으므로 위법하다.

또한 피고는 간접보조금 총액의 5배 이내에서 제재부가금 부과처분을 할 수 있는데, 위와 같이 원고가 2021년도 이 사건 사업에 관하여 지급받은 간접보조금을 용도외로 사용한 것에 불과함에도 최고한도를 적용하여 제재부가금을 산정하였다. 나아가 피고는 이 사건 처분사유가 원고의 경미한 부주의로 인한 것임에도 제재부가금을 감경하지 않았고, 이 사건 처분은 원고와 같은 영세기업에게 너무 가혹하므로 이 사건 처분에는 재량권을 일탈·남용한 위법이 있다.

피고의 본안전항변

관련 법리

과징금 부과처분에 있어 행정청이 납부의무자에 대하여 부과처분을 한 후 그 부과처분의 하자를 이유로 과징금의 액수를 감액하는 경우에 그 감액처분은 감액된 과징금 부분에 관하여만 법적 효과가 미치는 것으로서 당초 부과처분과 별개 독립의 과징금 부과처분이 아니라 그 실질은 당초 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 과징금의 일부취소라는 납부의무자에게 유리한 결과를 가져오는 처분이므로 당초 부과처분이 전부실효되는 것은 아니며, 그 감액처분으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우, 항고소송의 대상은 당초 부과처분 중 감액처분에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이고, 감액처분이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두3957 판결 등 참조).

행정청이 산업재해보상보험법에 의한 보험급여 수급자에 대하여 부당이득 징수결정을 한 후 그 징수결정의 하자를 이유로 징수금 액수를 감액하는 경우에 그 감액처분은 감액된 징수금 부분에 관하여만 법적 효과가 미치는 것으로서 당초 징수결정과 별개 독립의 징수금 결정처분이 아니라 그 실질은 당초 징수결정의 변경이고, 그에 의하여 징수금의 일부취소라는 징수의무자에게 유리한 결과를 가져오는 처분이므로 징수의무자에게는 그 취소를 구할 소의 이익이 없다. 이에 따라 감액처분으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투고자 하는 경우, 감액처분을 항고소송의 대상으로 할 수는 없고, 당초 징수결정 중 감액처분에 의하여 취소되지 않고 남은 부분을 항고소송의 대상으로 할 수 있을 뿐이며, 그 결과 제소기간의 준수 여부도 감액처분이 아닌 당초 처분을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 9. 27. 선고 2011두27247 판결 등 참조).

위와 같은 법리는 금전을 부과하는 처분인 이 사건 처분에 관하여도 동일하게 적용할 수 있다.

구체적 판단

위 법리를 기초로 하여 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분은 이 사건 당초처분 중 제재부가금 부과처분의 내용을 일부 감액하는 것으로서 일부 취소로서의 실질을 갖는 감액처분일 뿐 그로 인하여 원고에게 어떠한 불이익을 발생시키는 것이 아니다. 또한 원고는 이 사건 처분으로도 아직 취소되지 않고 남아있는 부분이 위법하다 다투고 있는 이상 이 사건 당초처분 중 감액처분에 의하여 취소되지 않고 남은 부분을 항고소송의 대상으로 삼아야 할 뿐이고, 감액처분에 불과한 이 사건 처분의 취소를 구할 소의 이익이 있다고 볼 수 없다. 따라서 이를 지적하는 피고의 본안전 항변은 이유 있다.

나아가 직권으로 보건대, 이 사건 소를 이 사건 당초처분 중 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분의 취소를 구하는 것으로 보더라도 이 사건 소는 원고가 이 사건 당초처분이 있음을 안 날로부터 90일이 지나 제기된 것으로서 제소기간을 준수하지 못하였다<1>. 한편 원고는 이 사건 당초처분에 관하여 보조금법 제37조<2>에 따라 이의제기를 하였고, 그에 따라 이 사건 처분이 이뤄졌으므로 이 사건 처분은 이 사건 당초처분을 변경한 새로운 처분으로서 제소기간 준수 여부도 이 사건 처분을 기준으로 판단해야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 당초처분은 2024. 6. 14. 이뤄졌고, 원고는 그로부터 30일이 도과되었음이 명백한 2025. 2. 18. 이 사건 당초처분에 관한 의견서를 제출하였을 뿐이다. 따라서 이를 보조금법 제37조에 따른 적법한 이의제기로 볼 수 없으므로 제소기간 준수 여부를 이 사건 처분을 기준으로 판단해야 한다고 볼 수도 없다.

따라서 이 사건 소는 소의 이익이 없고, 직권으로 보더라도 제소기간이 도과된 것으로서 부적법하다.

간접보조사업자 또는 보조금수령자는 보조금의 반환 명령 또는 삭감, 보조사업 또는 간접보조사업의 수행 배제, 보조금 또는 간접보조금의 수급 제한 및 제재부가금의 부과에 관한 중앙관서의 장의 처분에 이의가 있을 때에는 그 통지 또는 처분을 받은 날부터 30일 이내에 서면으로 그 중앙관서의 장에게 이의를 신청할수 있다.

중앙관서의 장은 제1항 및 제2항에 따른 이의신청을 받으면 그 신청을 받은 날부터 14일 이내에 관계자의 의견을 들은 후 필요한 조치를 하고 그 사실을 이의신청자에게 통지하여야 한다. 다만, 부득이한 사유로 14일 이내에 통지할 수 없는 경우에는 그 기간을 만료일 다음 날부터 기산하여 10일의 범위에서 한 차례 연장할 수 있다.

보조금 교부 결정의 내용에 관한 이의신청자가 제3항에 따른 통지를 받은 날부터 20일 이내에 수락의 의사표시를 하지 아니하였을 때에는 그 보조금의 교부 신청을 철회한 것으로 본다.