주문
원고의 청구를 기각한다.
소송비용은 원고가 부담한다.
이유
처분의 경위
원고는 2016. 12. 1. 주식회사 B(이하 ‘B’라고 한다)와, B가 원고에게 휴대폰 부품을 제조하는 업무를 도급하면서 그 제조에 필요한 사업장을 임대해 주는 내용의 도급계약(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다)을 체결하였다.
원고는 2016년 제2기와 2017년 제1기 과세기간 중 B에 공급가액 합계 3,927,578,690원의 세금계산서(이하 ‘쟁점매출세금계산서’라고 한다)를 발급하고, C 주식회사 등 인력공급업체(이하 ‘인력공급업체’라고만 한다)로부터 공급가액 합계 3,836,564,106원의 세금계산서(이하 ‘쟁점매입세금계산서’라고 한다)를 발급받아, 이를 각 과세기간의 부가가치세 신고․납부 시 과세표준에 포함하거나 매입세액으로 공제하였다.
피고는 2017. 9. 17.부터 2017. 11. 30.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후, ‘인력공급업체가 B에 직접 인력을 공급할 경우 파견근로자 보호 등에 관한 법률 제5조 제1항을 위반하게 되어 이를 회피하기 위해, 원고가 인력을 공급받아 용역을 수행하여 B에 공급하는 것과 같은 형식을 취하고자 외주가공계약을 한 것이나, 그 실질은 인력공급업체가 B에 직접 노무를 제공한 것으로 쟁점매출세금계산서와 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다’고 판단하였다.
이에 따라 피고는 2017. 12. 1. 원고에게 쟁점매출세금계산서상 공급가액을 과세표준에서 제외하고 쟁점매입세금계산서상 매입세액을 불공제하여 2016년 제2기분 부가가치세 19,457,360원, 2017년 제1기분 부가가치세 126,724,010원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
원고는 이의신청을 거쳐 2018. 7. 10. 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2019. 1. 7. 위 심판청구를 기각하였다.
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 4호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
원고의 주장 요지
원고는 인력공급업체로부터 인력을 공급받아 이 사건 도급계약에 따른 용역을 실제로 수행하였다. 이와 다른 전제에서 쟁점매출세금계산서와 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 판단하여 부가가치세를 경정한 이 사건 처분은 위법하다.
관계 법령
별지 기재와 같다.
이 사건 처분의 적법 여부
이 사건 쟁점
국세기본법 제14조 제2항은 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다”고 규정하고 있다.
또한 부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는데, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).
위 규정과 법리 등에 의할 때, 피고의 처분사유와 같이 실질은 인력공급업체가 B에 직접 노무를 제공하는 것임에도 원고가 인력을 공급받아 용역을 수행하여 B에 공급하는 형식을 취한 것이라면, 그 실질에 따라 과세한 이 사건 처분은 적법할 것이다. 따라서 이 사건 쟁점은 위 처분사유를 인정할 수 있는지 여부이다.
쟁점에 관한 판단
살피건대, 위 인정 사실, 갑 제2호증, 을 제2 내지 8호증의 각 기재, 증인 D의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고는 이 사건 도급계약을 체결하는 등의 방법으로 인력을 공급받아 용역을 수행하여 B에 공급하는 형식을 취하였으나, 그 실질은 인력공급업체가 B에 직접 노무를 제공하였다고 봄이 타당하다.
원고는 2016. 11. 10. B의 사업장을 본점 소재지로 하여 설립되었고, 그로부터 얼마 지나지 않은 2016. 12. 1. 이 사건 도급계약을 체결하면서 B로부터 이 사건 도급계약 수행(휴대폰 부품 제조)에 필요한 B의 사업장과 설비를 임차하였다.
B는 이 사건 도급계약 전에 인력공급업체로부터 인력을 공급받아 직접 휴대폰 부품 제조(이 사건 도급계약에 따라 원고가 수행하기로 한 업무)를 하다가, 원고와 이 사건 도급계약을 체결하였는데, 이 사건 도급계약 이후에도 기존의 인력공급업체에서 나온 근로자들이 휴대폰 부품을 제조하였다.
원고의 직원들이 직접 휴대폰 부품 제조를 하는 것이 아닌 데다가 그 휴대폰 부품 제조가 그리 어려운 업무도 아니므로, 원고가 자체적으로 그와 관련된 기술력이나 전문성을 갖출 필요는 없는 것으로 보인다. 이러한 상황에서 이 사건 도급계약에 따라 원고에게 부여된 업무는 사실상 인력공급업체에서 나온 근로자들을 지휘․감독하는 역할이라 할 것인데, 이를 B가 직접 수행하지 않고 원고에게 대가를 주고 도급하는 것이 파견근로자 보호 등에 관한 법률 제5조 제1항(근로자파견 대상업무), 제6조의2(고용의무)의 적용을 회피하고 그에 따른 책임을 원고에게 전가하는 것 외에 B에 어떠한 경제적인 이득이 있는지 의문이다.
게다가 이 사건 도급계약 이후 작성된 생산일지(모델, 목표수량, 생산수량 등이 기재되어 있음)에 의하면 B 소속 (정)직원이 생산라인의 조장 등 중요 직책에 배치되어 있고 그 직원의 서명도 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 도급계약 이후에도 B가 여전히 인력공급업체 근로자들에 대한 지휘․감독을 직접 하거나 상당 부분 관여한 것으로 보인다. 이는 이 사건 도급계약서 제8조 제2호(B는 발주자로서 주문 및 지시 등은 원고가 선임한 현장책임자에 대해서 행하고, 원고의 근로자에 대하여 직접 주문이나 지시를 하지 않는다)에도 명백히 반한다.
위와 같은 사정 외에도 인력공급업체가 원고에게 청구한 인건비청구서 상단에 B 직원의 이메일 주소가 기재되어 있는 점, 원고가 현장근로자에게 퇴직금 지급 시 B에 입사한 시점부터 소급하여 계산한 점, 이 사건 도급계약 이후 작성된 현장근로자의 입사지원서에 근무지가 B로 기재되어 있는 점 등 원고가 B와 분리된 독자적인 지위와 책임 하에 업무를 수행한 것인지 의심할 만한 정황이 다수 존재한다.
갑 제3호증의 기재에 의하면, 수원지방검찰청 안산지청 검사는 2018. 4. 25. 원고의 대표이사 E에 대하여 이 사건 도급계약이 허위라고 단정하기 어렵다는 등의 이유로 조세범처벌법위반 혐의에 관하여 불기소처분(증거불충분으로 혐의없음)을 하였다. 그러나 동일한 사실관계에 관한 확정된 형사판결이 관련 재판에서 유력한 증거자료가 되는 것과 달리, 검찰의 불기소처분에 대해서는 확정된 형사판결과 동일한 증거가치를 부여할 수는 없고 행정재판이 그 불기소처분사실이 구속되는 것도 아니다(대법원 1995. 12. 26. 선고 95다21884 판결 등 참조).
소결론
따라서 피고가 위 실질 내용에 따라 과세한 이 사건 처분은 적법하다.
결론
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
판사 김영학(재판장) 서전교 김선화
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.26.