주문
원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.
소송비용은 원고가 부담한다.
이유
처분의 경위
당사자의 지위
원고는 전자전기기계기구 및 관련기기와 그 부품의 판매, 임대, 설치공사, 서비스업 등을 목적으로 1998. 10. 27. 설립된 회사로, 각 지역의 협력사와 위탁계약을 체결하여 협력사로 하여금 B 주식회사 제품에 대한 A/S 등 서비스를 구매고객 등에게 제공하게 하고, 그에 대한 대가로 수수료를 각 협력사에게 지급하여 왔다<1>.
자문계약 수수료 관련 자금 지급
원고는 2013. 6. 26. 동래 지역 협력사 대표였던 C과 사이에, C이 원고에게 협력사 운영에 관한 자문을 제공하기로 하고, 계약기간은 2013. 6. 1.부터 2014. 5. 31.까지, 자문료는 81,000,000원으로 정한 자문계약을 체결하였고, 2013. 11.부터 2014. 5.까지 C에게 합계 81,000,000원을 지급하였다.
원고는 2014. 5. 2. 광명해운대 지역 협력사 대표였던 D과 사이에, D이 원고에게 협력사 운영에 관한 자문을 제공하기로 하고, 계약기간은 2014. 5. 1.부터 2014. 6. 30.까지, 자문료는 71,400,000원으로 정한 자문계약을 체결하였고, 2014. 5. 23. 및 2014. 6. 10. D에게 합계 71,400,000원을 지급하였다.
원고는 2014. 11. 25. D과 계약기간은 2014. 7. 1.부터 2015. 6. 30.까지, 자문료는 64,000,000원으로 정한 자문계약을 다시 체결하였고<2>, 2014. 12.부터 2015. 6.까지 D에게 합계 64,000,000원을 지급하였다.
목포, 순천 지역 협력사에 대한 위탁수수료 관련 자금 지급
원고는 2014. 3. 31. E 주식회사(이하 ‘E’라 한다)와 목포 지역에 관하여, F 주식회사와 순천 지역에 관하여 각 업무위탁계약을 체결하였다.
순천 지역 협력사인 F 주식회사는 2014. 6. 16.경 원고에게 2014. 6. 30.자로 업 무위탁계약 포기를 통보하였다가, 2014. 6. 27.경 신규 업체 선정이 안 되어 인수인계를 하지 못하여 7. 1.부터 위탁업무를 이행하되 향후 업체가 선정되어 고용승계 및 인수인계가 마무리되면 사업을 포기하겠다고 통보하였다.
원고는 2014. 7. 30. 목포 지역 협력사인 E의 대표자 G이 설립한 ‘H’라는 상호의 업체와 순천 지역에 관한 업무위탁계약을 체결하였다.
원고는 2014. 8.부터 2015. 7.까지 12회에 걸쳐 E에게 매월 12,300,000원씩 합계 147,600,000원을 지급하였다.
협력사 직원 사망위로금 관련 자금 지급
원고는 2013년경 천안 지역 협력사인 I 주식회사의 직원이 사망한 사건과 관련하여 사망위로금으로 430,000,000원을 지급하는 등 아래 표 기재와 같이 협력사 직원들의 사망위로금과 관련하여 금원을 지급하고<3>, 각 협력사로부터 위 각 돈을 공급가액에 포함하여 위탁수수료에 대한 세금계산서를 발급받았다.
법인세 등 부과처분 및 소득금액변동통지 등
피고 중부지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 실시하여 손금 부인 등에 따른 법인세 및 부가가치세 경정을 결정하였고, 피고 동수원세무서장은 위 세무조사 결과에 따라 2018. 10. 1. 별지 1 목록 기재와 같이 법인세 및 부가가치세 부과처분을 하였으며, 피고 중부지방국세청장은 같은 날 원고에게 별지 2 목록 기재와 같이 소득금액변동통지처분을 하였다(피고들의 위 각 처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).
이 사건 처분 중 원고가 다투는 부분의 구체적인 내용은 아래 표 기재와 같다<4>(이하 순번에 따라 ‘이 사건 제○ 지급금’이라 한다).
전심절차의 경유
원고는 2018. 12. 28. 조세심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2020. 10. 27. 위 청구를 기각하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
이 사건 처분의 적법 여부
원고의 주장
원고는 목적사업을 원활하게 영위하기 위하여 다음과 같이 자문계약 또는 위탁계약을 체결하고 그에 대한 대가를 지급하였으므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
이 사건 제1 지급금은 협력사 대표였던 C, D의 계약해지 의사에 따라 동래 지역과 광명해운대 지역의 위탁계약을 해지하면서 장기간 원고를 위해 고생한 기존 협력사들에 대하여 자문료 명목으로 위로금을 지급한 것으로, 사업상 필요한 통상적인 비용을 지출한 것이므로 손금으로 인정되어야 한다.
이 사건 제2 지급금과 관련하여, 순천 지역 협력사가 위탁계약 포기를 통보하였으나 후임 업체 선정이 원활하게 이루어지지 않자 원고는 목포 지역 협력자인 E에게 순천 지역까지 통합 운영해 줄 것을 요청하였고, 이에 따라 E의 대표자 G이 ‘H’라는 업체를 통하여 순천 지역까지 서비스를 제공하기로 하여 위탁계약을 체결하였으며, 위탁계약서에 첨부된 부속서에 위탁비를 추가 지급할 수 있는 근거도 마련하였다. 이와 같이 이 사건 제2 지급금은 순천 지역 협력사의 업무를 목포 지역 협력사가 인수하는 과정에서 발생하는 어려움과 서비스 업무의 공백 등을 해결하기 위하여 위탁계약에 대한 대가로 목포 지역 협력사에 지원한 금원으로, 이는 위탁계약에 따른 용역의 공급에 대한 대가로서 부가가치세법상 공급가액에 해당하므로 매입세액 공제가 인정되어야 하고, 법인세법상 손금으로 인정되어야 한다.
이 사건 제3 지급금은 협력사 소속 직원이 사망한 경우 협력사의 규모가 영세하여 합의금이나 장례식 비용 등을 지급하기 어렵고 업무 공백이 발생할 우려 등을 고려하여 협력사에게 위탁계약에 따라 추가 위탁수수료를 지급하여 해당 협력사를 지원한 것으로 부가가치세법상 공급가액에 해당하므로 이를 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 없다.
설령 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도, 공급가액을 부풀리는 등 허위의 기재를 한 세금계산서를 발급받은 경우 조세범 처벌법 제10조 제2항이, 재화 또는 용역을공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우 조세범 처벌법 제10조 제3항이 적용되는데 이 사건의 경우 원고는 관련 형사사건에서 조세범 처벌법 제10조 제2항을 적용받았고, 피고도 위 세금계산서의 공급가액을 부풀린 것으로 보고 있으므로, 세금계산서의 기재가 사실과 다른 경우에 해당하여 부가가치세법 제60조 제3항 제2호가 아니라 제60조 제2항 제5호가 적용되어 1%의 가산세가 부과되어야 하므로, 2%의 가산세를 부과한 처분은 위법하다.
또한 이 사건 제3 지급금은 원고가 협력사에게 위로금 재원을 지원할 목적으로 지급한 것이고, 협력사가 유가족에게 위로금을 지급한 것이므로 위 위로금을 원고가 지급한 것으로 의제하여 원고와 협력사 사이의 거래를 부인하고 유가족을 기타소득의 소득자로, 원고를 원천징수의무자로 보아 이루어진 소득금액변동통지처분은 위법하다.
관계 법령
별지 3 기재와 같다.
이 사건 제1 지급금에 관한 판단
법인세법 제19조 제2항은 원칙적으로 “손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”고 규정하고 있다. 여기에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적’인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 하는데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서를 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외된다(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 등 참조).
앞서 든 증거, 을 제1 내지 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 제1 지급금은 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이라고 볼 수 없으므로 손금으로 인정될 수 없고, 그에 따른 법인세 부과처분 및 C, D의 소득금액변동통지처분이 위법하다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
원고의 전무로 근무한 M에 대한 검찰 피의자신문조서 및 세무조사 문답서에 의하면, M은 실제로 C, D로부터 자문을 받은 사실이 없고, 동래 지역과 광명해운대 지역의 협력사가 폐업하면서 신규 업체로부터 권리금을 보전받지 못하게 되자, 원고가 위 협력사 대표들에게 권리금 및 해고예고수당을 보전해 주기 위하여 허위의 자문계약을 체결하였다고 진술하였다.
M 등 원고 소속 직원, 원고의 협력사 대표 및 B 주식회사의 임직원 등 32명에 대한 노동조합및노동관계조정법위반 등 형사판결(서울중앙지방법원 2019. 12. 17. 선고 2018고합557 등 판결, 서울고등법원 2020. 8. 10. 선고 2020노115 판결, 대법원 2021. 2. 4. 선고 2020도11559 판결, 이하 ‘관련 형사판결’이라 한다)에서 동래 지역과 광명해운대 지역 협력사의 폐업과 관련하여 원고의 노동조합 설립 차단 또는 노동조합 활동 위축을 위한 기획폐업행위가 인정되었고, 허위의 자문계약을 체결하고 C, D에게 권리금 또는 해고예고수당에 해당하는 금액을 보전해준 사실도 인정되었다(을 제5호증의 1 제101 내지 112쪽).
원고의 주장에 의하더라도 이 사건 제1 지급금은 자문료 명목으로 협력사에 위로금을 지급한 것이라고 하는데, 폐업한 협력사에 위로금 등을 지급한 다른 사례를 찾을 수 없는바 그러한 위로금이 통상적으로 지출하는 비용이라고 보기 어렵다.
원고는 관련 형사판결에서 이 사건 제1 지급금과 관련하여 원고 소속 임직원들과 C, D의 업무상횡령, 배임수재 및 배임증재 부분이 모두 무죄 판결을 받았으므로 위 돈이 사회질서를 위반하여 지출된 비용이 아니라고 주장한다.
그러나 위 형사판결에 의하면, C, D은 동래 지역 또는 광명해운대 지역 협력사의 1인 주주로서 위 협력사의 폐업과 관련하여 돈을 받았다고 하더라도 이는 부정한 청탁의 유무를 불문하고 ‘타인의 사무처리’를 전제로 하는 배임수재죄가 성립할 수 없고, 그들에게 돈을 지급한 M 등에 대하여도 배임증재죄가 성립할 수 없으며, 원고의 임직원들이 원고의 자금으로 C, D에게 돈을 지급한 것이 협력업체 기획폐업에 따른 권리금 또는 해고예고수당 등을 보전하기 위한 것이지 폐업에 협조하고 폐업 관여사실을 은폐해 주는 대가로 지급하는 등 부정한 목적으로 원고의 자금을 사용하였다고 단정하기 어려워 업무상횡령죄에서 요구되는 불법영득의사가 있다고 보기 어렵다는 취지일 뿐(을 제5호증의 2 제60 내지 68쪽), 이 사건 제1 지급금이 자문료 내지 위로금으로 적법하게 지급된 것으로 인정되었다고 볼 수는 없다.
이 사건 제2 지급금에 관한 판단
앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 제2 지급금은 순천 협력사 인수를 위한 권리금 지원을 목적으로 한 것으로 봄이 타당하고, 목포 협력사에 대한 용역계약의 대가라거나 순천 지역 서비스의 정상화를 위하여 지급된 대가라고 보기 어렵다. 그렇다면 이 사건 제2 지급금은 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이라고 볼 수 없으므로 손금으로 인정될 수 없고, 업무위탁계약에 따른 위탁수수료에 해당한다고 할 수 없어 매입세액 불공제에 따른 부가가치세 부과처분 역시 위법하다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
원고가 작성한 ‘순천센터를 통합 운영하는 목포 협력사 상생협력 지원안’(갑 제6호증의 8)에 의하면, 목포 협력사가 순천 협력사를 통합 운영함에 따라 초기 정착금을 지원하고 매월 12,300,000원을 위탁비에 반영하여 지급한다고 기재되어 있으나, 실제로 목포 지역 협력사가 순천 지역의 서비스 업무를 담당한 사실이 없고, 순천 지역 협력사가 업무를 중단한 후 목포 지역 협력사의 대표자 G이 설립한 개인사업체인 ‘H’가 순천 지역에 관한 업무위탁계약을 체결하고 서비스 업무를 수행하였다.
이 사건 제2 지급금은 기존 순천 지역 협력사 대표에 대한 권리금 보상에 사용된 것으로 보이는데, 순천 지역의 업무위탁계약을 체결한 ‘H’는 G의 개인사업체인바, 통상 협력사를 인수하려는 사람이 기존 협력사 사장에게 권리금을 지급하는 관행에 비추어 보면, 실질적으로 G에 대하여 순천 지역 협력사 인수를 위한 권리금을 지원한 것으로 보인다.
원고는 E와의 업무위탁계약서 부속서류(갑 제8호증)에 ‘위탁비 추가/공제 지급기준’으로 ‘기타 서비스 활동에 있어 별도 기준에 의해 단발성 시행 반영’이라는 내용이 기재되어 있어 위탁수수료를 추가로 지급할 수 있는 근거를 마련해두었다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 제2 지급금이 순천 협력사 인수를 위한 권리금 지원을 목적으로 하는 이상 이 사건 제2 지급금이 위탁계약에 따른 대가라고 볼 수는 없다.
관련 형사판결에서도 ‘이 부분은 원고가 목포 협력업체 사장인 G 개인이 순천 협력업체를 인수할 때 필요한 권리금을 지원한 것으로, 목포 협력업체에서 제공한 용역에 대한 대가로는 볼 수 없고, 수리용역에 대한 대가인 위탁수수료의 형식을 가장하여 지급한 것에 불과하여 해당 세금계산서에 거짓 기재가 있음이 분명하다‘고 보아 조세범처벌법위반죄를 인정하였다(을 제4호증의 3 제37쪽, 을 제5호증의 2 제37, 38쪽).
이 사건 제3 지급금에 관한 판단
부가가치세 가산세 부과처분에 대한 판단
앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 이 사건 제3 지급금에 관하여 다음과 같은 방식, 즉 ㉠ 원고는 가불금으로 회계처리한 사망위로금 상당 금액을 협력사에게 대여하고, ㉡ 협력사는 위 돈 중 협력사가 자체적으로 부담하기로 한 금액인 5,000만 원(주식회사 K의 경우 1,000만 원)을 제외한 나머지 금액을 위탁수수료에 포함시켜 세금계산서를 발급하며, ㉢ 원고는 위 세금계산서를 발급받아 협력사에게 위탁수수료를 지급하고, ㉣ 협력사로부터 사망위로금 상당 금액(위탁수수료 명목으로 지급한 금액과 협력사가 자체적으로 부담한 금액을 합한 금액)을 반환받아 대여금을 회수한 것으로 회계처리한 사실이 인정된다.
위 인정사실에다가 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 협력사 직원에 대한 사망위로금을 지급하면서 협력사에게 이를 대여하는 형식을 취하였으나, 협력사에게 위 금액에 대한 위탁수수료를 지급하는 외양만 만든 후 이를 다시 돌려받아 사실상 거래형태를 가장한 점, ② 원고가 협력사와 체결한 업무위탁계약은 B 제품에 대한 하자 보수 등 수리업무 위탁에 관한 것으로, 협력사 직원에 대한 사망위로금과 같이 용역업무와 관계없이 발생한 비용을 업무위탁계약에 따른 서비스 수수료로 보기 어려운 점, ③ 관련 형사판결에서 이 부분과 관련하여 사망위로금이 수리용역에 대한 대가라거나 그와 관련된 용역비라고 보기 어렵다고 판단하여 조세범처벌법위반죄를 인정한 점(을 제5호증의 2 제33 내지 37쪽) 등을 종합하면, 이 사건 제3 지급금을 위탁수수료에 포함하여 발급받은 세금계산서에 관하여 가산세(세금계산서미발급등)를 부과한 처분이 위법하다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.
가산세율에 대한 판단
구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제2항 제5호에 의하면 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1%를 가산세로 부과하고, 제60조 제3항 제2호에 의하면 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 그 공급가액의 2%를 가산세로 부과한다고 규정하고 있다.
원고는 사망위로금 상당 금액을 위탁수수료에 포함시켜 세금계산서를 발급받았으므로 이는 공급가액을 부풀린 경우에 해당하여 1%의 가산세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 사망위로금에 해당하는 공급가액은 어떠한 재화 또는 용역을 공급받으면서 그 공급가액을 부풀린 것이 아니라, 아무런 용역을 공급받은 사실이 없이 해당 위로금 금액을 기존 위탁수수료에 단순히 합산하여 세금계산서를 발급받은 것이므로 ’재화 또는 용역을 공급받지 아니하고‘ 세금계산서등을 발급받은 경우에 해당한다고 봄이 타당하다.
따라서 피고가 가산세를 부과하면서 그 부가가치세법 제60조 제3항 제2호에 따라 2%의 가산세율을 적용한 것은 적법하고, 원고에 대하여 관련 형사판결에서 ‘재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위’를 처벌하고 있는 조세범 처벌법 제10조 제3항이 아니라, ‘세금계산서를 발급받아야할 자가 통정하여 세금계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 세금계산서를 발급받은 행위’를 처벌하는 조세범 처벌법 제10조 제2항이 적용되었다고 하더라도 달리 볼 수 없다. 원고의 위 주장도 이유 없다.
소득금액변동통지처분에 대한 판단
앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 제3 지급금의 실지급자는 원고이고 실귀속자는 각 유가족이라고 할 것이므로, 위 돈은 원고가 협력사에게 지급한 것이 아니라 각 유가족에게 직접 지급한 것으로 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 제3 지급금을 실귀속자인 유가족의 기타소득으로 보아 한 소득금액변동통지처분은 적법하므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.
협력사 직원의 사망과 관련한 유족과의 합의 과정은 M 등 원고의 임직원이 주도적으로 진행하였고, 사망위로금도 원고가 가불 형태로 마련하여 유족에게 지급한 것으로 보이며, 이 과정에서 합의 여부, 위로금의 결정 등에 관하여 협력사가 관여하였다는 사정이 보이지 않는다.
원고는 유족과의 합의를 거쳐 위로금을 먼저 지급한 후, 앞서 본 바와 같이 해당 협력사의 위탁수수료에 해당 위로금을 포함시켜 지급한 다음 협력사로부터 이를 다시 돌려받는 방식으로 회계처리를 하였는데, 위와 같은 위로금 지급경위와 세금계산서 발급경위 및 위 돈의 최종 지급처가 유가족으로 예정되어 있었던 점 등에 비추어 보면, 위 위로금의 지급이 원고와 협력사 사이에 위로금에 해당하는 돈을 대여하거나 무상으로 지원하는 법률관계를 전제로 하였다고 보기 어렵다.
원고는 협력사와 유가족 사이의 합의가 이루어졌으므로 갑 제19호증의 합의서도 협력사의 명의로 작성되었다고 주장하나, 위 합의서는 협력사인 I 주식회사의 직원이었던 N의 사망사건과 관련하여 O노조 P지회와 I 주식회사 사이의 노동조합 활동과 관련된 합의서로서 협력사와 유가족 사이의 위로금 지급에 관한 합의서로 보기 어렵고, 원고가 제출한 영수증(갑 제13 내지 17호증)의 기재만으로 해당 위로금이 협력사로부터 유족에게 지급된 것이라고 보기도 어렵다.
관련 형사판결에서도 ‘유족 합의금의 지급 경위, 세금계산서 수수 경위와 금전 수수 관계 등에 비추어 유족 합의금은 원고가 유족에게 직접 지급한 것이고, 이 부분 세금계산서의 발급 및 수수는 원고의 회계 처리를 위하여 협력업체에 지급하는 위탁수수료로 가장한 것에 불과하다’고 판단하였다(을 제5호증의 2 제33 내지 37쪽).
결론
그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판사 엄상문(재판장) 이지연 유인한
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.26.