수원지방법원판결

수원지방법원 2025. 12. 18. 선고 2025구합61054 판결

주문

1.

피고가 2023. 10. 16. 원고에게 한 취득세 1,692,675,690원, 지방교육세 134,355,240원, 농어촌특별세 67,177,610원의 부과처분을 취소한다.

2.

소송비용은 피고가 부담한다.

이유

1.

기초 사실

가.

원고는 2021. 6. 21. B 주식회사(이하 'B'라 한다)로부터 의왕시 C 일대 'D 도시개발사업지구' 내 업무복합시설용지 1, 2블럭 토지 합계 40,246㎡를 매매를 원인으로 취득했다. 원고는 2021. 7. 8. 위와 같이 취득한 토지 중 노인복지시설용 토지 12,073.8㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)에 대하여 구 지방세특례제한법(2023. 12. 29. 법률 제19862호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제2호에 따라 취득세 등 100분의 25를 경감받았다.

나.

피고는 2023. 7. 17. 이 사건 토지에 대한 출장조사를 거쳐 원고가 이를 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 정당한 사유 없이 노인복지시설에 직접 사용하지 않았다

고 보고, 2023. 10. 16. 지방세특례제한법 제178조 제1항 제1호에 따라 경감한 취득세 1,692,675,690원, 지방교육세 134,355,240원, 농어촌특별세 67,177,610원 합계 1,894,208,540원(가산세 포함)을 부과 · 고지했다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

다.

원고는 이에 불복하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 11. 8. 이를 기각했다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 2, 을 제1, 2호증의 기재, 변론 전체의 취지

2.

이 사건 처분의 위법성에 관한 판단

가.

원고의 주장

원고는 이 사건 토지를 취득한 후 노인복지시설 용도로 사용하기 위해 서둘러 건축허가를 받고 안전관리계획서를 접수시키는 등 최대한 노력했으나, 대규모 공사를 하는데 필요한 행정절차,「중대재해 처벌 등에 관한 법률」 시행으로 인한 업무처리 지연등으로 시간이 걸려 유예기간을 도과하였다. 따라서 원고가 이 사건 토지를 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 노인복지시설 용도로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

[원고는 구 지방세특례제한법 제20조 제2호가 '노인복지시설을 설치 · 운영하기 위하여 취득하는 부동산'에 대해서 취득세를 감면한다고 하여 '설치'와 '운영'을 병렬적으로 규정하고 있는바, 구 지방세특례제한법 제178조 제1항 제1호에서 '해당 용도'로 직접 사용한다는 것은 '노인복지시설을 설치하는 용도'로 직접 사용한다는 뜻, 즉 착공한다는 뜻으로 새겨야 하므로, 취득일로부터 1년 내에 착공신고를 하면 감면된 취득세를 추징할 수 없다고도 주장한다. 그러나 뒤에서 살펴볼 바와 같이 원고는 취득일로부터 1년내에 착공신고를 하지 못하였으므로, 원고의 주장에 의하더라도 원고는 취득일로부터 1년 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 경우에 해당한다. 결국 '해당 용도'를 어떤 의미로 해석하더라도, 이 사건의 쟁점은 원고가 1년의 유예기간 내에 이 사건 토지를 노인복지시설 설치 · 운영을 위하여 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지 여부이다]

나.

관련 법령

별지 기재와 같다.

다.

판단

1)

구 지방세특례제한법 제178조 제1항 제1호에서 정한 '정당한 사유'란 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다. 그리고 정당한 사유가 있는지를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애 정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2017. 8.18. 선고 2017두42293 판결 참조).

2)

앞서 든 증거, 갑 제4호증의 2, 3, 갑 제6, 8, 9, 11, 14호증, 갑 제12호증의 1 내지 2, 갑 제13호증의 1, 2, 갑 제16호증의 1, 2, 갑 제17호증의 3, 을 제10호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래 사정을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 토지를 노인복지시설 용도로 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 그에 필수적인 행정절차 등에 시간이 소요되어 유예기간을 경과하였다고 보이므로, 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다.

가)

원고는 구 지방세특례제한법 제20조 제1항 제2호에서 정하는 노인복지시설을 설치 · 운영하기 위하여 이 사건 토지를 취득했고, 그 밖에 다른 목적을 찾기 어렵다. 입법자가 노인복지시설의 설치 · 운영자에게 취득세를 감면하는 조항을 둔 취지는 급속한 고령화로 빠르게 증가하는 복지수요에 대비하기 위하여 노인복지시설을 확충하고 그 안정적 운영을 도모하려는 데에 있으므로, 공익성이 충분히 인정된다[비록 이 사건 처분 이후의 사정이기는 하나, 원고는 이 사건 토지 등에 노인복지시설 등 용도의 건축물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 완공하여 2025. 10. 30. 사용승인을 받았고, 건축이 지연되었다는 것만으로 취득세 감면을 통해 달성하려는 노인복지시설 확충이라는 공익적 목적이 없어졌거나 감쇄되었다고 볼 수 없다].

나)

원고는 2021. 11. 20. B와 이 사건 토지 매매계약을 체결했고, 지급시한인'계약일로부터 7개월' 내에 잔금을 지급함으로써 2022. 6. 21. 이를 취득했다. 이 사건 토지의 잔금지급일은 용지공급공고에 따라서 미리 정해져 있었으므로, 원고로서는 이 사건 토지의 잔금지급일 및 취득일을 늦추는 방법으로 취득 전 건축허가 준비기간을 늘릴 수 없었을 것으로 보인다. 원고는 이 사건 토지 취득한 지 얼마 되지 않은 2021. 6. 28. 이 사건 건물에 관한 건축허가를 신청했다.

다)

원고는 전체 토지를 2개 단지로 나누어, 각각 18동, 19동의 건물을 건축하고 각 건물을 노인복지시설, 근린생활시설, 오피스텔 등으로 사용하기로 계획하였다. 이 사건 건물은 각 연면적 합계 124,764㎡, 178,095㎡에 이르는 대규모 건축물이므로 건축법령에 따른 경기도건축위원회 심의 대상이고, 경관법령에 따른 경기도 경관위원회의 심의 대상 및 도시교통정비 촉진법령에 따른 교통영향평가 심의 대상이며, 지하안전관리에 관한 특별법에 따른 지하안전평가 대상이다. 원고는 이 사건 토지 취득 전인 2021. 4. 8. 교통영향평가 심의를 신청하고, 2021. 5. 11. 지하안전영향평가를 신청하였으며, 이 사건 토지 취득 후 2개월이 지난 2021. 8. 19. 경기도 건축 · 경관심의위원회에 심의를 신청했다. 원고는 이 사건 토지 취득일로부터 약 7개월만인 2022. 1. 18. 경기도 건축 · 경관 공동위원회 심의 결과 조건부 의결 통지를 받았고, 해당 의결에 따라 설계를 변경하고 피고와의 협의를 거쳐 2022. 5. 23. 이 사건 건물에 관한 최종 건축허가를 받았다. 피고는 원고의 요청에 따라 2023. 8. 2. '원고는 토지매매 이후 건축허가및 착공신고까지 중도 지연 없이 현재까지 성실히 사업 진행을 지속적으로 추진해 왔고, 사업 규모 및 지방자치단체의 특성에 따라 건축허가 기간이 1년 이상 소요되는 현장이 많아지는 추세이다'라는 내용으로 사업추진 경위를 확인해주기도 하였는바, 이 사건 토지 취득일부터 이 사건 건물 건축허가를 받기까지의 기간이 원고의 게으름으로 통상적인 소요기간보다 지연되었다고 보기 어렵다.

라)

원고는 2022. 5. 23. 이 사건 건물에 관한 건축허가를 받은 후 2022. 8. 5. 착공신고를 하였다. 원고는 2022. 6. 20. 이 사건 건물 공사에 관한 안전관리계획서를 제출했고 2022. 7. 4. 국토안전관리원으로부터 조건부 적정 의견을 받았으며, 2022. 7.18. 안전관리계획서를 다시 제출하여 2022. 7. 25. 국토안전관리원으로부터 적정 의견을 받았는바, 건설기술 진흥법령에 따른 안전관리계획 승인 절차를 거치느라 착공이 다소 늦어진 것으로 보인다. 피고는 원고가 안전관리계획서를 미비하게 제출함으로써 기간이 지연된 것이라고 주장하나, ① 행정의 관할관청이 미흡한 사항을 지적하고 이를 보완하면서 절차가 진행되는 경우는 드물지 않은 점, ② 조건부 적정 의견이 있는 경우에도 안전관리계획 승인 대상이나(건설기술 진흥법 시행령 제98조 제5항), 원고는 이를 보완하여 다시 검토요청을 하고 최종적으로 적정 의견을 받은 점, ③ 원고가 보완하는데 걸린 기간이 지나치게 길다고 보이지 않는 점 등을 고려하면, 착공신고가 다소 늦어졌다는 사정만으로 원고가 이 사건 건물 건축을 위한 진지한 노력을 하지 않았다고 볼 수 없다.

마)

피고는 원고가 이 사건 건물의 규모 등에 비추어 건축하는데 장기간이 소요되리라는 점을 미리 알 수 있었으므로, 원고가 주장하는 사정은 정당한 사유가 될 수 없다고 주장한다. 그러나 큰 규모의 시설을 짓는데 걸리는 시간은 이를 설치 · 운영하려는 자가 마음대로 줄일 수 없는 사정인데도 단지 이를 알 수 있었다는 이유만으로그의 탓으로 돌려 감면된 취득세를 추징한다면 결국 대규모화를 억제하게 되고, 그 확충을 장려하려는 입법의 본래 취지에 어긋난다. 3. 결 론

원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다.

판사 김은구(재판장) 김은솔 박민지

출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.26.