주문
원고의 청구를 기각한다.
소송비용은 원고가 부담한다.
이유
인정사실
피고는 「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」 (이하 '자유무역지역법'이라 한다)에 따라 자유무역지역으로 지정된 부산 영도구 B 일원의 국유지에 대하여 관리권자인 해양수산부장관으로부터 관리권을 위탁받았다.
원고는 2017. 8. 31. 피고와 사이에 위 자유무역지역 내 건립된 피고 소유의 'C센터' 중 5층 사무실 175.11㎡(부지 133.76㎡)와 공동물류창고 1,930.48㎡(부지1,484.86㎡)를 도매법인 운영을 위한 용도로 원고가 피고로부터 사용 승낙 받아 선용품유통사업 등을 영위하는 내용의 시설물 사용협약(이하 '이 사건 사용협약'이라 한다)을 체결하였다.
원고와 피고는 이 사건 사용협약 제6조에서, ① '사용료(건물)는 사용기간 개시일로부터 부과하고 1차 연도 사용료 20,361,919원을 선납하며 2차 연도 이후의 사용료는 국유재산법 시행령 제29조의 규정에 의거하여 [(입찰로 결정된 첫해의 사용료) × (당해 연도의 재산가액) ÷ (입찰 당시의 재산가액)]으로 하고, ② 사용료(부지)는 피고가 별도로 공고하지 않는 한 자유무역지역법 제17조 제2항에 따라 해양수산부에서 공고하는 기준을 적용한다'고 약정하였다.
원고는 2023. 5.경부터 2023. 12.경까지 위 자유무역지역 내 위 공동물류창고 중 약 45%를 주식회사 D에게 무단 전대하였다.
피고는 2024. 8. 28. 원고가 위 기간 동안 자유무역지역의 당초 입주 목적대로 이행하지 못하였다는 이유로 기존 ㎡당 월 365원이던 위 공동물류창고의 부지(국유지) 사용료를 「항만 자유무역지역 임대료 공고」(이하 '이 사건 임대료 공고'라 한다)에 따라 ㎡당 연간 '공시지가×50/1,000'으로 산정하여(이하 '공시지가 산정방식'이라 한다)그 차액 114,539,329원을 원고에게 부과하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호가 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
관계법령
자유무역지역법
제17조(국유의 토지 또는 공장등의 임대 및 매각)
관리권자는 자유무역지역 및 예정지역에 있는 국가가 소유하는 토지 또는 공장등에 대하여 그 중앙관서의 장으로부터 관리전환을 받거나 기획재정부장관의 관리 · 처분에 관한 지정을 받아 대통령령으로 정하는 바에 따라 입주기업체등에 임대하거나 매각할 수 있다.
관리권자가 제1항에 따라 입주기업체등에 토지 또는 공장등을 임대하거나 매각하는 경우그 임대료 또는 매각가격은「국유재산법」 제32조제1항 · 제44조 및 제47조에도 불구하고 관리권자가 기획재정부장관과 협의하여 정한 후 공고하는 바에 따른다. 이 경우 필요하면 그 가격을 외화(외화)로 표시할 수 있다.
항만 자유무역지역 임대료 공고(해양수산부공고 제2022-1102호, 2022. 12. 16. 폐지제정)
□부지
□공통
부칙
(시행일) 이 공고는 2023년 1월 1일부터 시행한다.
(적용례) 이 공고의 구체적 적용례는 다음과 같다.
공시지가 임대료 적용기업
입주자격 상실기업, 사업추진 실적 평가결과 관리기관별 평가기준에 의한 적용대상 기업 등 - 「중대재해 처벌 등에 관한 법률」 제13조에 따라 공표된 입주기업체(공표일로부터 1년 동 안 적용)
원고의 주장 및 판단
원고의 주장
이 사건 임대료 공고는 피고에게만 효력이 미칠 뿐 원고에게 효력이 미치지 아니한다. 그리고 이 사건 임대료 공고의 부칙상 적용례에는 공시지가 산정방식을 입주자격상실기업에 적용하도록 하고 있는데, 원고가 외부업체에 무단 전대한 것만으로 입주자격을 상실하였다고 볼 수 없다.
이 사건 임대료 공고가 원고에게 미친다고 하더라도, 위 공고는 자유무역지역법이 자유무역지역 내 입주기업체에 국유지 등을 임대하는 경우 관리권자가 임대료를 정하도록 위임한 것에 불과하므로, 입주자격을 상실한 기업체에 적용할 임대료를 정한 이 사건 임대료 공고는 위임 범위를 벗어난 것으로서 무효이다.
판단
원고와 피고가 이 사건 사용협약 제6조 제2항에서 부지 사용료는 피고가 별도로 공고하지 않는 한 자유무역지역법 제17조 제2항에 따라 해양수산부에서 공고하는 기준인 이 사건 임대료 공고를 적용한다고 약정한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 임대료 공고는 피고에게 효력이 미친다고 할 것이다.
그리고 위에서 본 관계법령에 의하면, 이 사건 임대료 공고 중 공통사항에서 "입주기업체 중 당초 입주목적대로 이행하지 못하는 기업 등"에 공시지가 산정방식의 임대료가 적용된다고 규정하고 있는바, 부칙 제2조의 적용례상 "공시지가 임대료 적용기업"에 "입주자격 상실기업"이 기재되어 있다고 하더라도 그 뒤에 "등"이라고 기재되어있는 이상 이에 한정된다고 볼 수 없다. 따라서 공통사항에서 규정한 바와 같이 "입주기업체 중 당초 입주목적대로 이행하지 못하는 기업"에 해당한다면 공시지가 산정방식이 적용된다고 할 것이다.
앞서 인정한 사실에 의하면, 원고는 이 사건 사용협약에서 도매법인을 위한 용도로 사무실과 공동물류창고를 사용 승낙 받았으나 2023. 5.경부터 2023. 12.경까지 공동물류창고 중 약 45%를 외부업체에게 무단 전대하였는바, 이는 입주 목적대로 위 사용협약을 이행하지 아니한 것으로 봄이 타당하다.
이에 대하여 피고는 당초 '입주 목적'이 매우 불명확한 개념이고 무단 전대의 기간, 면적 등을 고려하지 않고 일괄적으로 추가 임대료를 부과하는 것은 부당하다고 주장하나, 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들에 의하면 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 원고와 피고가 이 사건 사용협약 제4조에서 시설용도를 '도매법인 운영을 위한 사무실 및 공동물류창고'로 약정한 점, 이 사건 사용협약 제11조에서는 원고가 피고의 승인 없이 사용시설물의 사용용도 변경 행위를 할 수 없다고 규정하고, 제21조 제1항 제4, 5호에서 원고가 사용시설물의 사용용도를 변경하거나 사용시설물을 제3자에게 대여하는 행위를 한 경우 피고는 위 협약을 해제 또는 해지할 수 있다고 규정하는 점, 그런데 원고가 무단 전대한 공동물류창고의 면적은 피고로부터 사용 승낙을 받은 면적의약 45%에 달하는 점, 피고는 원고가 무단 전대한 기간에 한정하여 공시지가 산정방식의 임대료를 적용한 점, 공동물류창고 자체는 무단 전대 부분을 구분할 수 있으나 그 부지는 무단 전대 부분을 구분하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 당초 '입주 목적'이불명확하다거나, 무단 전대의 기간, 면적 등을 고려하지 않고 일괄적으로 추가 임대료를 부과한다는 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.
또한 이 사건 임대료 공고 중 공통사항에서 "입주기업체 중 당초 입주목적대로 이행하지 못하는 기업 등"에 공시지가 산정방식의 임대료가 적용된다고 규정하고 있는바, 위 공고는 자유무역지역법이 자유무역지역 내 입주기업체에 국유지 등을 임대하는 경우 임대료를 정하도록 위임한 범위에 속하고 위임 한계를 벗어나 무효라고 볼 수 없다.
결론
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
판사 오영두
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.26.