주문
원고와 피고의 각 항소 및 이 법원에서 추가한 원고의 청구를 모두 기각한다.
항소제기 이후의 소송비용은 각자 부담한다.
이유
제1심판결의 인용
이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래 제2항에서 고쳐 쓰거나 추가하는 이외에는 제1심판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어, 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.
고쳐 쓰거나 추가하는 부분
제1심판결문 제4면 제3행의 "의결하였다."를 "의결하였다(이하 위와 같이 이 사건 파면처분에 관하여 실시된 일련의 재심과정을 '이 사건 재심절차'라 한다)."로 고쳐 쓴다.
제1심판결문 제6면 제2행과 제3행 사이에 아래와 같이 추가하고, 같은 면 제3행의 "2)"를 "3)"으로, 같은 면 제7행의 "3)"을 "4)"로 각 고쳐 쓴다.
『2) 사용자책임에 따른 손해배상 청구
위 1)항 청구와 선택적으로, 피고 징계위원회는 피고 대학 교수의 강요로 원고가 작성한 허위의 양심고백서에 기초하여 이 사건 파면처분을 행하였고, 피고 대학 사무처장 M 및 재심위원회는 이 사건 재심절차를 지연하였다. 위와 같은 행위들 모두 원고에 대한 불법행위를 구성하는데, 위 징계위원회 및 재심위원회 소속 직원과 피고 대학 사무처장 등은 고의·과실에 의한 위 불법행위를 통하여 원고의 5급 승진을 방해하였고, 이로 인하여 원고는 5급 승진 등을 전제로 수령할 수 있었던 급여 등 상당의 손해를 입었다. 피고는 이들을 실질적으로 지휘·감독한 자로서 사용자책임에 따른 손해배상으로 원고에게 위 손해배상금을 지급할 의무가 있다.』
제1심판결문 제7면 제1행부터 제2행까지의 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다. 『3) 피고는 관련 민사소송의 확정판결에 따라 원고에게 336,545,545원을 지급하였다. 위 판결에서 인정된 미지급 임금액 부분과 관련하여 원고는 추가적으로 근로소득으로 인한 소득세 및 지방세를 부담하였어야 하나, 피고가 이를 대신하여 납부하였다. 이로써 원고는 법률상 원인 없이 18,041,370원(= 피고 납부세액 21,564,250원 - 건강보험공제액으로 환급받은 3,522,880원)의 이익을 얻고, 이로 인하여 피고는 같은 금액 상당의 손해를 입었으므로, 피고의 원고에 대한 위 18,041,370원의 부당이득반환채권을 자동채권으로 하여 원고의 피고에 대한 미지급 임금 등 채권과 대등액에서 상계한다.
원고의 사용자책임에 따른 손해배상청구와 위자료 청구의 경우, 피고에게 불법행위책임을 물을 만한 피고 또는 피고 소속 직원 등의 고의·과실이 없다.』
제1심판결문 제7면 제7행의 "21호증"을 "21, 65, 66호증"으로 고쳐 쓴다.
제1심판결문 제7면 제10행의 "피고의 정관 제75조 및 직원인사규정 제9조 제3항은"을 "피고의 정관 제85조 제1항은"으로 고쳐 쓴다.
제1심판결문 제7면 제20행의 "부족하다)."를 아래와 같이 고쳐 쓴다.
『부족하다. 원고는 위와 같은 직원인사위원회의 승진평가는 피고 직원인사위원회 소속 직원들이 특정인에게 만점을 주고 경쟁자들에게 최하점수를 주는 방식으로 산정된 것으로 이를 근거로 원고의 승진가능성을 판단할 수 없다고 주장한다. 그러나 갑 제19, 20, 40, 41호증의 각 기재와 영상을 포함하여 원고 제출의 증거들만으로는 원고에 대한 인사평가가 부당하였다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정하기 족한 증거가 없다).』
제1심판결문 제12면 제15행의 "구제신청을 한 2012. 3. 28. 중단되었다가"를 "구제신청을 하고 2012. 11. 5. 중앙노동위원회를 상대로 하여 위 구제신청 기각결정의 취소를 구하는 행정소송의 소를 제기함으로써 중단되었다가"로 고쳐 쓴다.
제1심판결문 제12면 제18행과 제19행 사이에 아래와 같이 추가하고, 같은 면 제19행의 "라. 소결"을 "마. 소결론"으로 고쳐 쓴다.
『라. 피고의 상계 항변에 관한 판단
근로기준법 제43조 제1항 본문에 의하면, 임금은 통화로 직접 근로자에게 그 전액을 지급하여야 하므로 사용자가 근로자에 대하여 가지는 채권으로써 근로자의 임금채권과 상계를 하지 못하는 것이 원칙이다. 다만 계산의 착오 등으로 임금을 초과 지급한 경우에 근로자가 퇴직 후에 그 재직 중 받지 못한 임금이나 퇴직금을 청구하거나, 근로자가 비록 재직 중에 임금을 청구하더라도 위 초과 지급한 시기와 상계권 행사의 시기가 임금의 정산·조정의 실질을 잃지 아니할 만큼 근접하여 있고 나아가 사용자가 상계의 금액과 방법을 미리 예고하는 등으로 근로자의 경제생활의 안정을 해할 염려가 없는 때에는 사용자는 위 초과 지급한 임금의 반환청구권을 자동채권으로 하여 근로자의 임금채권이나 퇴직금채권과 상계할 수 있다. 따라서 근로자가 일정 기간 동안의 미지급 법정수당을 청구하는 경우에 사용자가 같은 기간 동안 법정수당의 초과 지급 부분이 있음을 이유로 상계나 그 충당을 주장하는 것도 허용된다(대법원 1995. 12. 21. 선고 94다26721 전원합의체 판결 등 참조).
이 사건에 관하여 보건대, 을 제22호증 등 피고 제출의 증거들만으로는 원고의 근로소득으로 인한 소득세 및 지방세로 21,564,250원을 대신 납부한 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 피고가 원고에 대하여 18,041,370원의 부당이득반환채권을 가진다고 인정하기에 족한 증거가 없다. 설령 피고가 원고에 대하여 그 주장과 같이 실제로 원고가 관련 민사소송 판결에 기하여 지급받은 미지급 임금액과 관련하여 소득세 및 지방세를 대신 납부하였다 하더라도, 이러한 피고 주장의 사정과 피고 제출의 증거들만으로는 앞서 본 법리에서 살펴본 바, 근로자의 임금채권과 상계가 허용되는 예외적인 사정이 존재한다고 보기 어렵다. 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.』
제1심판결문 제13면 제8행의 "4. 위자료 지급 청구에 관한 판단"을 "4. 사용자책임에 따른 임금 등 상당 손해배상청구 및 위자료 지급 청구에 관한 판단"으로 고쳐 쓰고, 제1심판결문 제14면 제5행부터 제20행까지의 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.
『나. 판단
위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 비록 이 사건 파면처분이 무효라고 판단되었다고 하더라도, 앞서 본 증거들에 갑 제6호증, 을 제2, 11, 12, 36, 37, 45, 50,54호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들, 즉 ① 원고는 E대학교 총장이었던 G에게 4,000,000원의 불법적인 금품을 제공한 사실로 기소유예 처분을 받은 점, ② 원고의 금품 제공은 피고의 정관, 단체협약, 인사규정에 따른 징계사유에 해당하는 것으로 보이고, 관련 행정소송에서는 이 사건 파면처분이 징계재량의 범위 내에서 이루어진 적법한 처분이라고 판단되었으며(관련 민사소송에서는 징계사유 및 징계재량권의 일탈·남용에 대한 판단 없이 이 사건 파면처분에 대한 재심절차에 피고의 단체협약 규정상 정하여진 재심의결기한을 도과한 절차적 하자가 존재함을 이유로 이 사건 파면처분을 무효로 보았다), 피고가 고용노동부, 사립학교연금공단, 의료보험공단에 원고와 관련한 허위의 공문을 발송하였다고 보기도 어려운 점, ③ 원고는 위 재심신청서에 '사법적 판단이 종료될 때까지 징계의결의 요구나 그 밖의 징계절차 진행을 멈추어야 한다'는 취지로 기재한 바도 있고, 이 사건 재심절차가 지연된 이유는 당초 원고에 대한 검찰 수사 결과가 나오지 않아 징계사유의 존부 및 그 양정을 확정할 수 없었기 때문이었으며, 원고에 대한 검찰 수사가 종료된 이후에 원고의 신청에 따른 부당해고 구제절차 등이 진행되고 있었고, 피고의 재단이사회 소속 F 이사장을 둘러싼 분쟁 등으로 인하여 '정상적인 이사회 구성 후 처리'하기로 결정하기도 한 점 등을 종합하면, 갑 제23, 31, 33, 65 내지 71호증 등 원고 제출의 증거들만으로는 피고가 원고에 대한 징계사유가 전혀 존재하지 않는데도 오로지 원고를 몰아내려는 의도 하에 허위의 양심고백서를 기초로 하여 고의로 명목상의 징계사유를 내세워 이 사건 파면처분을 하였다거나, 파면처분의 사유로 삼은 사실이 징계사유에 해당되지 아니함이 객관적으로 명백하고 또 조금만 주의를 기울였더라면 이와 같은 사정을 쉽게 알 수 있음에도 불구하고 이 사건 파면처분을 하였고, 나아가 M 및 재심위원회 위원 등 피고의 직원들이 이 사건 재심절차를 지연한 것에 그들에게 불법행위책임을 물을 만한 고의·과실이 있다고 보기에 부족하며, 달리 이를 인정하기에 족한 증거가 없다. 또한 원고의 사용자책임에 따른 임금 등 상당 손해배상청구와 관련하여 설령 피고 직원들의 고의 또는 과실에 의한 불법행위가 인정된다 하더라도, 원고의 5급 승진이 상당한 정도로 예측된다고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없음은 앞서 본 바와 같다.
따라서 원고의 사용자책임에 따른 손해배상청구와 위자료 지급 청구에 관한 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.』
결론
그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고와 피고의 각 항소를 모두 기각하고, 원고가 이 법원에서 추가한 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
판사 정경근(재판장) 박순영 민지현
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.25.