서울행정법원 2024. 11. 14. 선고 2020구합56827 판결

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

구 조세특례제한법 제119조 제3항, 제120조 제4항 제3호에서는 ‘법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 프로젝트금융투자회사가 2014년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다’고 정하고 있다. 한편 구 법인세법 제51조의2 제1항에서는 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 해당 사업연도의 소득금액에서 공제한다’고 규정하면서 각 호에서 자산유동화에 관한 법률에 따른 유동화전문회사(제1호), 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 투자회사, 투자목적회사, 투자유한회사, 투자합자회사 및 투자유한책임회사(제2호), 기업구조조정투자회사법에 따른 기업구조조정투자회사(제3호) 등과 함께 ‘제1호부터 제8호까지와 유사한 투자회사로서 다음 각 목의 요건을 갖춘 법인일 것’(제9호)을 열거하였으며, 위 제9호 각 목의 요건 중 이 사건과 관계된 것은 ‘가. 회사의 자산을 설비투자, 사회간접자본 시설투자, 자원개발, 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것’, ‘나. 본점 외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근하는 임원을 두지 아니할 것’, ‘아. 자본금 규모, 자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것‘이다. 그 밖의 관계 법령은 별지 2 기재와 같다.

앞서 든 증거 및 갑 제17 내지 19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있거나 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정에 비추어 보면, 원고는 구 법인세법 제51조의2 제1항 제9호 각 목의 요건을 갖춘 프로젝트금융투자회사에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 그와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이므로, 이 사건 처분은 취소되어야 한다. 이에 관한 원고의 주장은 이유 있다.

원고의 목적사업은 이 사건 부동산에 주거 및 업무복합건물을 신축 및 분양하여 그 수익을 주주에게 배분하는 것이고, 이 사건 부동산은 원고가 취득한 이래 현재까지 주거 및 업무복합건물의 신축 및 분양 사업에 사용되어 왔으며 이는 원고의 설립 목적에 부합한다.

한편 을 제1호증의 1 내지 3, 을 제9호증의 71, 을 제10호증의 7의 각 기재에 의하면, ① 원고가 원고의 94.1% 지분을 보유하는 주식회사 D(이하 ‘D’라 한다)를 사실상 지배․운영하는 E에게 2010. 10. 8.부터 2010. 11. 25.까지 합계 350억 원을 대여한 사실, ② 원고가 2010. 8. 18. D로부터 이 사건 사업과 관련한 자산 및 부채를 포괄적으로 양수하면서 D가 보유하던 F 주식회사(이하 ‘F’이라 한다)에 대한 250억 원의 대여금 채권을 인수하고 그에 대한 이자율을 감경한 사실, ③ 원고가 위 포괄양수 과정에서 D로부터 이전받는 자산이 부채보다 214억 원 상당 부족하였음에도 이를 장기간 회수하지 아니한 사실, ④ 강남세무서장은 원고가 보유하고 있는 E에 대한 대여금 350억 원, F에 대한 대여금 250억 원, D에 대한 미수금 214억 원 상당을 모두 특수관계인에 대한 업무무관가지급금으로 보아 그에 관한 인정이자를 각 익금산입하는 등의 법인세 부과처분을 하였고, 서울지방국세청장은 E의 대여금 인정이자 상당액을 임원에 대한 상여로 보아 소득처분을 한 후 소득금액변동통지를 한 사실, ⑤ 원고가 위 각 처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였으나 원고의 청구를 모두 기각하는 판결이 선고․확정된 사실(서울고등법원 2023. 10. 18. 선고 2023누31302 판결)을 각 인정할 수 있다.

그러나 설령 원고의 위 각 행위가 원고의 설립목적과 무관하거나 설립목적에 반하는 행위라 하더라도, 이는 법인세법상의 부당행위계산부인 여부 등이 문제되는 사항일 뿐이다. 오히려 구 조세특례제한법 제120조 제4항 제3호에서 프로젝트금융투자회사가 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 50% 감면하는 것이 회사의 자산을 사회간접자본시설투자 등 대규모사업에 운용하기 위하여 설립되는 투자회사의 창업 및 활성화 등을 유도하기 위한 취지임을 고려하면, 원고가 실제 설립 목적에 따라 이 사건 부동산에서 이 사건 사업을 진행하였고 그 사업의 내용이 구 조세특례제한법 제120조 제4항 제3호의 취지에 부합하는 이상, 위에서 인정한 사실만으로 원고가 구 법인세법 제51조의2 제1항 제9호 가목의 요건을 충족하지 못하였다고 단정할 수 없다.

갑 제1, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 본점 외의 영업소를 설치하지 아니한 사실, 원고의 정관에서 직원과 상근 임원을 두지 않는 대신 자산관리회사와 자산관리업무위탁계약을 체결하여 사업 수행에 필요한 업무를 위탁한다고 정한 사실(제4조, 제43조 제1항 내지 제4항, 제44조)을 각 인정할 수 있고, 이에 의하면 원고는 구 법인세법 제51조의2 제1항 제9호 나목에서 정한 ‘본점 외의 영업소를 설치하지 않을 것’과 ‘직원과 상근하는 임원을 두지 아니할 것’의 요건을 모두 충족하였다고 판단된다.

한편 서울지방국세청장이 E에 대한 대여금 인정이자 상당액을 원고의 임원에 대한 상여로 소득처분하였음은 앞서 본 바와 같다.

그러나 위 소득처분의 근거가 된 구 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령 제20조 제1항 제4호, 제106조 제1항 제1호 나목은 법인등기나 정관에 기재된 임원이 아니라고 하더라도 사실상 경영에 참여하여 경영전반의 의사결정과 집행에 적극적으로 참여하거나 회계와 업무에 관한 감독권을 행사하는 자를 임원에 포함시킴으로써 그에게 귀속된 소득에 대한 과세를 하려는 취지인 반면(대법원 2013. 6. 27. 선고 2013두4231 판결의 취지 등 참조), 구 조세특례제한법 제120조 제4항 제3호는 프로젝트금융투자회사가 명목회사로서 자산관리 및 운영사를 통해 사업을 수행하여 인구유발효과가 적다는 점을 고려하여 취득세 감면의 혜택을 부여하되 그 요건으로 임원의 ‘비상근’을 요구하는 것인바, 이처럼 위 각 법령의 규정상 요구되는 내용과 취지에 차이가 있다. 따라서 E이 법인세법상의 임원에 해당한다 하더라도 ‘상근’ 임원에 해당하여야 구 법인세법 제51조의2 제1항 제9호 나목 요건을 충족하지 못하였다고 볼 수 있는데, 피고가 제출한 증거만으로는 E이 날마다 일정한 시간에 출근하여 근로기준법 제50조의 기준인 1주 40시간에 상응할 정도의 근로를 상시 제공하였다고 인정하기 어렵다.

갑 제14호증의 1 내지 4의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 설립 이후부터 이 사건 부동산의 취득시까지 자본금이 계속 50억 원이었던 사실을 인정할 수 있고, 이에 의하면 원고는 구 법인세법 제51조의2 제1항 제9호 아목, 구 법인세법 시행령 제86조의2 제5항 제1호에서 정한 자본금 규모(50억 원 이상일 것)를 충족하였다고 할 것이다.

한편, 을 제1호증의 3의 기재에 의하면, 원고는 설립 당시인 2010년 말 기준 소득금액이 (-)15,222,000,000원으로 결손금이 발생한 사실을 인정할 수 있다. 그러나 ‘자본금’은 발행주식의 액면총액을 의미하는 것으로(상법 제451조 제1항) 기업회계기준상의 자본(자산총액에서 부채총액을 차감한 순자산)과 구별되는 개념이고, 구 법인세법 제51조의2 제1항 제9호 아목에서는 자본금 규모가 일정 금액 이상일 것만을 요구할 뿐 자본잠식 여부를 고려하지 않고 있으므로, 위에서 인정한 사실만으로 자본금 규모충족 여부를 달리 판단할 수는 없다.

이 사건 처분은 원고가 신고한 과세표준과 세액이 지방세관계법에 어긋남을 이유로 이를 경정하여 과세표준과 세액을 구체적으로 확정하는 ‘부과처분’에 해당한다(지방세기본법 제35조 제1항 제1호 단서 참조). 부동산의 취득에 관한 사항을 등기하려는 경우 취득세 신고․납부기한은 등기신청서를 등기관서에 접수하는 날까지인데(지방세법 제20조 제4항, 대법원 2020. 10. 15. 선고 201두47403 판결의 취지 참조), 피고는 취득세 납부기한인 이 사건 부동산에 관한 등기신청서 접수일 다음날인 2014. 10. 29.로부터 지방세기본법 제38조 제1항 제3호에 따른 5년의 부과제척기간(원고가 프로젝트금융투자회사 요건 불충족 사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 적극적인 행위를 하였다고 볼 수 없으므로, 사기 기타 부정한 행위에 관한 10년의 부과제척기간이 적용되지 아니한다)이 경과하였음이 명백한 2019. 12. 2. 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 부과제척기간이 도과하여 위법하다[피고는 원고의 부과제척기간 도과 주장이 실기한 공격방법에 해당하여 각하되어야 한다고 주장한다. 살피건대 원고가 2020. 3. 2. 이 사건 소를 제기한 다음 2021. 5. 27.자 준비서면에서 비로소 ‘부과제척기간 도과로 이 사건 처분이 위법하다’는 취지의 주장을 한 사실은 기록상 명백하나, 한편 피고가 2021. 10. 28. 관련사건(서울행정법원 2020구합74702)의 진행경과를 보고 추가증거를 제출할 필요성이 있다는 이유로 한 변론기일 변경(추후지정) 신청이 받아들여진 점 등에 비추어 보면 위와 같은 사정만으로는 부과제척기간 도과 주장이 실기한 공격방법에 해당한다고 볼 수 없다. 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다]. 이 부분 원고의 주장 역시 이유 있다.

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.

판사 김순열(재판장) 김웅수 손지연