주문
원고의 청구를 기각한다.
소송비용은 원고가 부담한다.
이유
기초사실
당사자들의 지위
피고는 건설, 교통기술연구개발사업의 기획, 관리, 평가 및 신기술 검사, 지정 등에 관한 업무를 수행함으로써 건설, 교통기술 발전, 육성에 기여함을 목적으로 설립된 공공기관의 운영에 관한 법률(이하 '공공기관운영법'이라고 한다) 제5조 제3항 제2호 나목의 위탁집행형 준정부기관이다.
원고는 2003. 6. 1. 피고의 기술평가본부 선임연구원으로 입사한 이래 2009. 12. 30.부터 2010. 1. 25.까지 총괄본부 경영지원실장(경영혁신실장 겸직), 2010. 12. 20.부터 2012. 1. 15.까지 총괄본부 경영관리실장, 2012. 1. 16.부터 2012. 5. 13.까지 총괄본부 경영정보실장으로 재직하는 등 현재까지 피고의 직원으로 근무하고 있다.
원고에 대한 징계의 경위
피고의 구 보수규정(2013. 4. 18. 개정되기 전의 것) 제3조 제8호는 퇴직금 산정의 기준이 되는 평균월보수를 정의함에 있어 '"평균월보수"라 함은 이를 산정할 사유가 발생한 날 이전 3개월간 지급된 임금총액(기본월봉 및 부가급여 중 연월차수당·자녀학비보조비를 제외한 금액의 이전 3개월분과 직전 1년간 지급된 성과연봉 및 연월차수당의 3/12에 해당하는 금액의 합계액)을 3등분한 금액을 말한다. 다만, 산출된 평균월보수가 기본월봉보다 적을 경우에는 기본월봉을 평균월보수로 한다.'고 규정하고 있었고, 구 취업규칙(2013. 8. 1. 전면개정되기 전의 것) 제35조 제2항은 '평균보수월액 산출을 위한 임금의 구성은 기본연봉과 경영평가인센티브를 포함한 성과연봉, 연가보상비 등으로 한다.'고 규정하고 있었다.
기획재정부 산하 공공기관운영위원회는 2009. 11. 16. 제10차 회의를 개최하여 2010년도 공기업·준정부기관 예산편성지침안을 심의·의결하였는데, 위 예산편성지침은 인건비, 경비 등의 과도한 지출을 억제하여 공공기관의 경영효율화를 도모함을 목적으로 하여 경영평가성과급 중 기존인건비 전환금에 해당하는 금액 이외의 금액은 퇴직금의 기준이 되는 평균임금에서 제외하도록 하고 있다(이하 '이 사건 예산편성지침'이라고 한다).
피고는 2009. 12. 21. 국토해양부로부터 기획재정부의 이 사건 예산편성지침을 시달 받았고, 2010. 12. 23. 및 2011. 11. 22.에도 국토해양부로부터 위 예산편성지침을 시달 받았는데, 기존 보수규정에 따라 경영평가성과급을 평균임금에 포함하여 퇴직금(중간정산 포함)을 산정·지급함으로써, 위 예산편성지침을 따를 경우에 비하여 2010년부터 2013년까지 퇴직자 총 18명에 대하여 15,259,335원, 2010년부터 2012년까지 중간정산 재직자 총 23명에 대하여 16,466,160원을 과다 지급하였다.
위와 같은 사실이 2013. 10. 28.경 국회의 국정감사에서 지적되자, 피고는 특별감사반을 구성하여 2014. 1. 6.부터 2014. 6. 20.까지 퇴직금·성과급 과다지급 및 경력·호봉 산정 오류 관련 사항 등에 관한 감사를 실시하였는데, 특별감사반은 2014. 6.경 피고에게 '경영혁신실장으로 경영지원실장을 겸직한 원고가 짧은 기간 동안 겸직함에 따라 퇴직금 산정방식 변경에 대한 구체적 업무파악을 하지 못하여 종전 규정을 그대로 둔 채 2010년도 호봉인상분만 반영하여 보수규정을 개정하였고, 이후 경영관리실장으로 보임된 원고가 2010. 12. 23. 및 2011. 11. 22.에도 국토해양부로부터 이 사건 예산편성지침을 통보받아 그 내용을 파악하고 있었음에도 불구하고 피고의 규정에 퇴직금 산정 관련 규정이 있을 때는 위 예산편성지침에 우선한다고 판단하여 상급자의 방침 결정 없이 보수규정 개정·적용 등 필요한 조치를 취하지 않은 채 퇴직금 산정기준인 평균임금에 경영평가성과급을 포함하여 퇴직금을 지급하였고, 이로 인하여 대내적으로는 과다 지급된 퇴직금을 충당하는 방안을 강구토록 하는 행정업무의 혼란과 조직 내 갈등 등을 유발하였으며, 대외적으로는 피고에 대한 국회 국정감사 시 지적받은 점을 감안하여 당시 담당자였던 원고에게 경징계 조치가 필요하다.'는 보고를 하였다.
그러자 피고는 2014. 7. 22. 특별감사결과에 따른 징계심의를 목적으로 인사위원회를 개최하여 '원고가 퇴직금 산정·지급과 관련된 정부지침을 상급자에게 구두 보고하였다고 하나 상급자는 보고받은 사실이 없다는 확인서를 제출하였으며, 설령 구두보고를 하였더라도 그 내용을 기관의 방침으로 정해야 의무를 다했다고 할 수 있으므로 방침을 정하지 않은 것은 그 직무를 회피 내지 해태한 것에 해당되고, 또한 정부지침보다 내부 규정이 법적으로 우선한다 할지라도 우리원은 공공기관으로서 정부지침을 준수해야 하므로 정부지침을 반영하여 내부규정을 개정해야 마땅한데 그러한 노력을 하지 않은 것은 직무해태에 해당된다.'는 이유로 피고의 포상 및 징계 규칙 제20조, 제21조, 별표1 '징계양정기준' 제1항(성실의무위반) 나목(직무태만 또는 회계질서 문란)에 의하여 3개월 감봉의 징계의결을 하였고, 2014. 7. 29. 원고에게 이를 통지하였으며(이하 '이 사건 징계'라고 한다), 원고의 징계재심청구를 받고 2014. 8. 4. 이유 없다고 판단하여 감봉 3개월 확정 의결을 하고서, 2014. 8. 8. 원고에게 이를 통지하였다.
피고는 이 사건 징계에 따라 2014. 8.부터 2014. 10.까지 3개월에 걸쳐 원고에 대하여 매달 기본월봉의 10분의 1인 654,251원씩 총 1,962,753원을 감봉하였다가, 2015. 3. 및 2015. 4.에 걸쳐 원고에게 근로기준법 제95조를 위반하여 과다 감봉한 1,428,020원을 반환하였다.
관련 규정
공공기관운영법
제40조(예산의 편성)
기관장은 제46조의 규정에 따른 경영목표와 제50조의 규정에 따른 경영지침에 따라 다음 회계연도의 예산안을 편성하고, 다음 회계연도 개시 전까지 그 공기업·준정부기관의 이사회에 제출하여야 한다.
제48조(경영실적 평가)
기획재정부장관은 제31조 제3항 및 제4항의 규정에 따른 계약의 이행에 관한 보고서, 제46조의 규정에 따른 경영목표와 경영실적보고서를 기초로 하여 공기업·준정부기관의 경영실적을 평가한다. (단서 생략)
제50조(경영지침)
기획재정부장관은 공기업·준정부기관의 운영에 관한 일상적 사항과 관련하여 운영위원회의 심의의결을 거쳐 다음 각 호의 사항에 관한 지침(이하 "경영지침"이라 한다)을 정하고, 이를 공기업·준정부기관 및 주무기관의 장에게 통보하여야 한다.
예산과 자금 운영에 관한 사항
그 밖에 공기업·준정부기관의 재무건전성 확보를 위하여 기획재정부장관이 필요하다고 인정하는 사항
제51조(공기업·준정부기관에 대한 감독)
기획재정부장관은 공기업의 경영지침 이행에 관한 사항을 감독한다.
주무기관의 장은 다음 각 호의 사항에 관하여 공기업·준정부기관을 감독한다.
준정부기관의 경영지침 이행에 관한 사항
제52조(감사원 감사)
감사원은 감사원법에 따라 공기업·준정부기관의 업무와 회계에 관하여 감사를 실시할 수 있다.
피고의 포상 및 징계규칙
[인정 근거] 일부 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증, 갑 제10호증의 1, 2, 갑 제11, 15호증, 을 제1, 3, 4, 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지
원고의 주장
피고의 내규인 구 보수규정과 구 취업규칙에는 퇴직금의 산정 기준이 되는 평균월보수액은 '기본연봉과 경영평가인센티브를 포함한 성과연봉, 연가보상비 등'으로 구성된다고 명시되어 있었고, 고용노동부 해석과 대법원 판례에 의하더라도 내부규정이 있을 경우 정부지침보다 우선하며, 오히려 취업규칙을 근로자에게 불리하게 변경하기 위해서는 근로기준법이 정한 절차를 따라야 하므로, 원고가 권고사항에 불과한 이 사건 예산편성지침에 따른 평균임금 산정 관련 변경내용을 적용하지 않았더라도 피고의 규정과 절차에 따른 것으로서 위법하다고 할 수 없다.
또한, 원고는 퇴직금 산정기준과 관련하여 노사협의회 안건 상정, 주간경영회의 업무 보고, 취업규칙 변경을 위한 전 직원 공지 등을 통하여 충분히 공유하였고, 취업규칙 개정에 대한 기관장 확인을 받은 후 고용노동부 안양지청에 신고하였음에도, 피고는 이를 무시하고 원고에게 징계조치를 하였다.
따라서 이 사건 징계는 징계사유 없이 이루어진 것으로 무효이다.
또 이 사건 예산편성지침이 처음 발표된 것은 원고가 해당업무를 담당하기 약 1년 전의 일인데 피고가 1년 이상 이 사건 예산편성지침을 상급자에 보고하거나 피고의 방침으로 삼는 등의 조치를 하지 않은 전임자와 이 사건 예산편성지침이 발표되었을 때 이를 결재한 상급자에 대하여는 아무런 징계조치를 하지 않았으면서 원고에 대하여만 이 사건 징계를 한 것은 앞서 본 피고의 비위행위자와 감독자에 대한 문책기준에 어긋나는바, 이 사건 징계는 형평성과 적정성을 위반하여 무효이다.
따라서 원고는 피고에 대하여 그 무효 확인을 구하고, 부당하게 감봉한 보수액 중 미반환금 534,733원(= 1,962,753 - 1,428,020)의 지급을 구한다.
판단
징계사유 유무
위 인정사실에 의하면 피고는 기획재정부장관이 운영위원회의 심의·의결을 거쳐 정한 경영지침을 이행하여야 할 준정부기관이므로, 원고는 2009. 12. 30.부터 2010. 1. 25.까지 피고의 총괄본부 경영지원실장, 2010. 12. 20.부터 2012. 1. 15.까지 피고의 총괄본부 경영관리실장, 2012. 1. 16.부터 2012. 5. 13.까지 피고의 총괄본부 경영정보실장으로 재직하면서 국토해양부로부터 통보받은 기획재정부의 이 사건 예산편성지침의 반영 및 정책 수립 등의 업무를 담당하는 자로서 이 사건 예산편성지침을 상급자에게 보고하고 위 지침에 따라 보수규정을 개정하는 등으로 기관 방침을 정할 직무상 의무가 있었다.
그런데 갑 제7, 8, 9호증의 각 기재에 의하면, 원고는 경영정보실장으로서 2012. 4. 30. 개최된 2012년도 제2차 노사협의회의 안건 상정 및 취업규칙 변경을 위한 전직원 공지 업무를 수행할 당시 노사협의회 안건에 '평균임금에 경영평가인센티브를 반영할 것인지 근로기준법과 보수규정이 상이하다는 이슈에 대하여 근로기준법과 보수규정이 상이하나 현 보수규정을 근로기준법에 맞게 개정할 경우 기 퇴직금 지급 전례와 맞지 않고 직원들의 반발이 예상되므로 보수규정 개정보다는 취업규칙에 통상임금의 구성항목을 명시하는 것이 타당하다'는 내용을 포함시켰고, 공지에 '평균보수월액 산출을 위한 임금의 구성은 기본연봉과 경영평가인센티브를 포함한 성과연봉, 연가보상비 등으로 한다.'는 내용을 포함시킨 사실을 인정할 수 있으나, 을 제1호증의 기재만으로는 원고가 이 사건 예산편성지침을 피고의 원장 및 총괄본부장(부원장) 등 상급자에게 보고하였다거나 이를 취업규칙 개정에 반영하도록 노사협의회에 안건으로 상정하는 등의 조치를 이행하였음을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.
오히려 을 제1, 2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 원고는 2014. 2. 27. 특별감사반과의 문답 당시 '2010. 12. 10.부터 2012. 5. 13.까지 경영관리실장과 경영정보실장으로 재직하면서 이 사건 예산편성지침을 국토해양부로부터 공문으로 받아 경영평가성과급(기존 인건비 전환금에 해당하는 금액 이외의 금액)을 퇴직금 산정의 기준이 되는 평균임금에서 제외하라는 내용을 확인하였음에도, 피고 보수규정에 이미 퇴직금산정관련 기준이 있고, 이 사건 예산편성지침과 상충되기는 하나 당시 노동부 해석 및 타 공공기관에 문의한 결과 내부규정에 퇴직금 산정관련 기준이 명확히 규정되어 있다면 정부지침보다 우선하므로 이를 피고 보수규정 개정에 반영할 필요가 없다고 판단하여 이를 반영하지 아니하였다.'고 진술한 사실, ② 원고는 당시 노동부 해석 및 타 공공기관에 문의한 결과를 문서로 보관하지 아니하고 구두 확인하는 데 그쳤고, 원고의 판단내용을 피고의 방침으로 결재 받은 적이 없는 사실, ③ 원고는 이 사건 예산편성지침이 반영되지 않은 채 보수규정을 개정하면서 그와 같은 내용을 피고 부원장과 원장에게 보고하였다고 진술하였으나, 당시 부원장이었던 C은 원고로부터 그러한 보고를 받은 적이 없다고 확인한 사실을 인정할 수 있다.
따라서 원고는 성실의무를 위반(직무태만)하였다고 할 것이고, 이는 정당한 징계사유에 해당한다.
징계재량권 남용 여부
근로자에게 징계사유가 있어 징계처분을 하는 경우 어떠한 처분을 할 것인가는 원칙적으로 징계권자의 재량에 맡겨져 있는 것이므로, 그 징계처분이 위법하다고 하기 위하여서는 징계처분이 사회통념상 현저하게 타당성을 잃어 징계권자에게 맡겨진 재량권을 남용한 것이라고 인정되는 경우에 한하고, 징계처분이 사회통념상 현저하게 타당성을 잃은 처분이라고 하려면 구체적인 사례에 따라 징계사유가 된 비위사실의 내용과 성질 및 징계에 의하여 달성하려는 목적과 그에 수반되는 제반 사정을 참작하여 객관적으로 명백히 부당하다고 인정되는 경우라야 한다(대법원 2012. 9. 27. 선고 2010다99279 판결 등 참조).
이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실에다가 을 제6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ① 원고가 3년 동안 매년 국토해양부로부터 이 사건 예산편성지침을 시달 받고도 이를 피고의 보수규정에 반영하지 아니한 점, ② 이러한 원고의 직무태만으로 인하여 피고가 기존의 보수규정에 따라 이 사건 예산편성지침에 따를 경우에 비하여 총 38명에 대하여 합계 29,796,980원을 과다지급한 점, ③ 피고는 원고에 대하여 피고의 포상 및 징계규칙상 비위도와 과실을 '비위의 도가 경하고 경과실인 경우'에 해당한다고 보아 감봉 3개월의 이 사건 징계를 한 점, ④ 피고는 퇴직금 산정기준 관련 업무의 실무자로 근무한 D에 대하여 퇴직금 산정기준 변경계획을 수립·시행함에 있어 그 변경내용의 적용일자를 2012. 12. 31. 이후로 정하여 시행하여 2013년 3명에 대하여 1,928,515원의 퇴직금이 과다 지급되었음을 이유로 경고 조치를 한 점, ⑤ 원고의 상급자로서 이 사건 예산편성지침의 보수규정 미반영과 관련된 E(전 원장), C(전 부원장)은 모두 퇴직하여 징계대상자가 될 수 없었던 점, ⑥ 원고는 이 사건 징계에 따라 1,962,753원을 감봉 받았다가 근로기준법에 따라 피고로부터 위 돈 중 1,428,020원을 지급받은 점 등 이 사건 변론에 나타난 제반 사정을 종합하면, 이 사건 징계처분이 형평성에 어긋난다거나 객관적으로 명백히 부당한 것으로서 사회통념상 현저하게 타당성을 잃어 징계권자에게 맡겨진 재량을 남용한 것이라고 보기 어렵다.
결론
그렇다면, 이 사건 징계는 무효라고 볼 수 없으므로, 그 무효를 전제로 하는 금전 청구에 대하여 더 나아가 살필 필요 없이, 원고의 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
판사 이일염(재판장) 권수아 주은아
각주1) 근로기준법 제95조(제재 규정의 제한)
각주2) 취업규칙에서 근로자에 대하여 감급의 제재를 정할 경우에 그 감액은 1회의 금액이 평균임금의 1일분의 2분의1을, 총액이 1 임금지급기의 임금총액의 10분의 1을 초과하지 못한다.
각주3) 1.의 나. 3)항의 과다지급 대상자 합 41명, 과다 지급 퇴직금 합 31,725,495원에서 원고와 무관한 아래 ④항의 3명, 1,928,515원을 공제한 인수와 금액임
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.27.