주문
피고는 원고에게 8,753,658원 및 이에 대하여 2025. 5. 21.부터 다 갚는 날까지 연 20%의 비율로 계산한 돈을 지급하라.
원고의 나머지 청구를 기각한다.
소송비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
제1항은 가집행할 수 있다.
이유
기초사실
원고는 치과의사로서 2022. 5. 16.부터 2024. 3. 31.까지 피고가 운영하는 인천 서구 C에 있는 D치과병원에서 보철원장으로 근무하였다.
원고는 2022. 5. 16. 피고와 사이에 아래와 같은 내용의 근로계약(이하 '이 사건 근로계약'이라 한다)을 체결하였다.
<1> 다. 중부지방고용노동청 인천북부지청(이하 '노동청'이라 한다)은 2025. 5. 8. 피고에게 연장근로수당 44,854,293원, 연차미사용수당 차액 69,234원, 퇴직금 48,879,466원을 지급하라는 시정지시를 하였고, 피고는 2025. 5. 20. 원고에게 퇴직금으로 42,924,240
원을 지급하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
당사자들의 주장
원고의 주장
원고의 근로시간은 월요일 9.5시간, 화, 수, 목요일 8.5시간, 토요일 5시간으로, 소정근로시간은 1주 37시간, 1일 8시간을 초과한 연장근로시간이 1주 3시간이다. 이 사건 근로계약상 월 급여는 기본급, 주휴수당, 연차수당 등을 포함하여 세후 15,000,000원인데, 위와 같은 포괄임금제는 근로기준법상 근로시간에 관한 규제를 위반하여 무효이이다. 피고는 원고에게 원고가 2022. 5.부터 2023. 12.까지 한 연장근로에 대하여 근로기준법 제56조에 따른 연장근로수당 42,353,927원, 연차휴가미사용수당 2,277,475원을 지급할 의무가 있다. 또한 피고는 2022. 9.경 성과 부진을 이유로 급여 중 4,000,000원을 삭감하였는데 이는 근로기준법 제43조 제1항, 20조에 위반한 것이므로 미지급 급여 4,000,000원을 지급할 의무가 있고, 추가로 지급하여야 할 각종 수당을 토대로 재산정한 퇴직금 50,820,883원을 지급할 의무가 있다. 그렇다면 피고는 원고에게 위 금원 합계 101,925,277원 및 이에 대하여 2024. 4. 15.부터 근로기준법에서 정한 연 20%의 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있고, 피고가 2024. 5. 20. 지급한 퇴직금 42,924,240원을 변제충당하여, 81,396,673원 및 이에 대하여 2025. 5. 21.부터 연 20%의 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.
피고의 주장
이 사건 근로계약상 월급여는 1일 8시간을 초과한 연장근로수당을 포함하여 정해진 것이고, 원고는 소정근로시간을 초과하여 연장근로를 한 사실이 없으므로 연장근로수당을 지급할 의무가 없다.
세전 급여가 아닌 세후 급여를 기준으로 통상임금이 산정되어야 하고 그에 따르면 미지급 연차휴가미사용수당은 없다.
피고가 삭감한 급여는 이 사건 근로계약 제4조 제3항에 따른 것으로서 임금을 상계한 것에 해당하지 않고 원고의 자유로운 의사에 의한 것이므로 근로기준법상 임금전액 지급 원칙에 위반되지 않는다.
피고는 노동청의 시정지시에 따른 퇴직금 48,879,466원에서 퇴직소득세 등을 원천징수한 42,855,006원을 지급하였으므로 미지급 퇴직금은 없다.
판단
연장근로수당
관련 법리
사용자가 근로계약을 체결할 때에는 근로자에 대하여 기본임금을 결정하고 이를 기초로 각종 수당을 가산하여 합산 지급하는 것이 원칙이다. 그러나 사용자와 근로자가 기본임금을 미리 정하지 아니한 채 법정수당까지 포함된 금액을 월급여액이나 일당 임금으로 정하거나 기본임금을 미리 정하면서도 법정 제 수당을 구분하지 아니한 채 일정액을 법정 제 수당으로 정하여 이를 근로시간 수에 관계없이 지급하기로 약정하는 내용의 이른바 포괄임금제에 의한 임금 지급계약 또는 단체협약을 한 경우 그것이 근로기준법이 정한 기준에 미치지 못하는 근로조건을 포함하는 등 근로자에게 불이익하지 않고 여러 사정에 비추어 정당하다고 인정될 때에는 유효하다(대법원 2022. 2. 11. 선고 2017다238004 판결).
구체적 판단
이 사건 근로계약에서 정해진 근로시간은 1주 40시간이고, 위 근로시간에는 1일 8시간을 초과하는 연장근로가 3시간 포함되어 있으며, 월 급여는 기본급, 주휴수당, 연차수당으로 구성된 세후 15,000,000원인 사실, 규정 근무시간에 시작된 진료에 대해서는 초과근무수당이 없고, 규정된 진료시간 외의 접수 환자에 대한 진료는 추가근무로 인정될 수 있으며, 진료시간이 1시간 이상을 초과할 경우 병원장의 지시에 의하여 별도 수당을 지급하도록 정해진 사실은 앞서 본 것과 같다. 그렇다면 이 사건 근로계약에서 정해진 근로시간에 포함된 1주 3시간의 연장근로에 대하여는 명시적으로 초과근무수당을 지급하지 않기로 되어 있으므로 포괄임금약정이 성립하였다. 앞서 든 증거및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음 사정들, 즉 이 사건 근로계약상 1주 3시간의 연장근로가 처음부터 예정되어 있었고, 원고는 위 근로시간에 대한 월 급여액에 동의한 점, 이 사건 근로계약에서 정해진 근로시간을 초과한 연장근로에 대하여는 연장근로수당(초과근무수당)을 지급하도록 되어 있는 점, 원고의 월 급여액이 최저임금을 훨씬 상회하는 점 등을 종합하면, 위 포괄임금약정이 근로기준법이 정한 기준에 미치지 못하는 근로조건을 포함하여 근로자에게 불이익하다고 보기 어렵다. 따라서 원고가 지급받은 월 급여에는 1주 3시간의 연장근로수당이 포함되어 있다고 보아야 하므로, 이를 구하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
연차휴가미사용수당
앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하면 이 사건 근로계약상 연차휴가미사용수당에 대하여 포괄임금약정이 성립하였다고 보기 어렵고, 원고의 미사용 연차휴가가 총 16일(2022년 5일, 2023년 11일)인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로 피고는 원고에게 미지급 연차용미사용수당을 지급할 의무가 있다.
원고의 월평균 소정근로시간 수는 212시간{= (연장근로를 제외한 1주 소정근로시간 37시간 + 1주 연장근로시간 3시간 × 1.5 + 주휴일 근로간주시간 37시간/5일)× 365일 / 12개월 / 7일}<2>이고, 원고가 받은 세금 공제 전 월 급여는 2023년23,505,890원, 2024년 23,508,050원이므로, 2023년도 시간당 통상임금은 110,876원(=23,505,890원 / 212시간), 2024년도 시간당 통상임금은 110,887원(= 23,508,050원 /212시간)이 된다. 따라서 원고의 연차휴가미사용수당은 13,128,613원(= 110,876원 ×37시간 / 5일 × 5일 + 110,887원 × 37시간 / 5일 × 11일)이고, 원고가 12,144,000원을 지급받았음을 자인하고 있으므로 미지급 연차휴가미사용수당은 984,613원(=13,128,613원 - 12,144,000원)이다.
이에 대하여 피고는 세후 급여를 기준으로 통상임금을 산정하여야 한다고 주장하나, 원고와 피고 사이의 이 사건 근로계약은 근로자가 부담하여야 할 제세공과금을 사용자가 대신 납부, 정산하고 근로자에게 제세공과금을 공제한 금액으로 약정한 급여를 지급하기로 하는 내용의 이른바 '네트(net)제 근로계약'에 해당한다고 보이고, 사용자인 피고가 이 사건 근로계약에 따라 근로자인 원고를 위하여 대납한 제세공과금 상당액은 사용자가 그 지급의무를 부담하는 것으로서 통상임금 산정의 기초가 되는 임금총액에 포함되어야 하므로 피고의 위 주장은 받아들이지 않는다.
미지급 임금
관련 법리
근로기준법 제20조는 "사용자는 근로계약 불이행에 대한 위약금 또는 손해배상
액을 예정하는 계약을 체결하지 못한다."라고 규정하고 있다. 근로자가 근로계약을 불이행한 경우 반대급부인 임금을 지급받지 못한 것에서 더 나아가 위약금이나 손해배상금을 지급하여야 한다면 근로자로서는 비록 불리한 근로계약을 체결하였다 하더라도 근로계약의 구속에서 쉽사리 벗어날 수 없을 것이므로, 위와 같은 위약금이나 손해배상액 예정의 약정을 금지함으로써 근로자가 퇴직의 자유를 제한받아 부당하게 근로의 계속을 강요당하는 것을 방지하고, 근로자의 직장선택의 자유를 보장하며 불리한 근로계약을 해지할 수 있도록 보호하려는 데에 위 규정의 취지가 있다(대법원 2022. 3. 11. 선고 2017다202272 판결 등 참조).
근로기준법 제42조 제1항 본문에서 "임금은 통화로 직접 근로자에게 그 전액을 지급하여야 한다."라고 규정하여 이른바 임금 전액지급의 원칙을 선언한 취지는 사용자가 일방적으로 임금을 공제하는 것을 금지하여 근로자에게 임금 전액을 확실하게 지급 받게 함으로써 근로자의 경제생활을 위협하는 일이 없도록 그 보호를 도모하려는데 있으므로, 사용자가 근로자에 대하여 가지는 채권을 가지고 일방적으로 근로자의 임금채권을 상계하는 것은 금지된다고 할 것이지만, 사용자가 근로자의 동의를 얻어 근로자의 임금채권에 대하여 상계하는 경우에 그 동의가 근로자의 자유로운 의사에 터잡아 이루어진 것이라고 인정할 만한 합리적인 이유가 객관적으로 존재하는 때에는 근로기준법 제42조 제1항 본문에 위반하지 아니한다고 보아야 할 것이고, 다만 임금 전액지급의 원칙의 취지에 비추어 볼 때 그 동의가 근로자의 자유로운 의사에 기한 것이라는 판단은 엄격하고 신중하게 이루어져야 한다(대법원 2001. 10. 23. 선고 2001다25184 판결).
구체적 판단
이 사건 근로계약 제4조 제3항에 의하면 특약사항(이하 '이 사건 특약사항'이라 한다)으로 비보험급여 매출액 월 90,000,000원 기준 초과 시 수당으로 매출액10,000,000원당 1,000,000원을 추가 지급하고, 미달 시 매출액 10,000,000원당2,000,000원을 공제한다고 규정되어 있는 사실은 앞서 본 것과 같고, 갑 제6호증, 을 제1호증의 각 기재에 의하면 피고는 원고의 2022년 9월 매출액이 76,787,000원으로 매출액 목표 90,000,000원에서 13,213,000원 미달되었다는 이유로 2022년 10월 급여15,000,000원에서 4,000,000원(= 2,000,000원 × 2)을 공제한 11,000,000원을 지급한 사실이 인정된다. 이 사건 특약사항은 초과 매출액당 일정 비율의 성과수당을 지급하되, 일정 매출액에 미달하면 월 급여에서 일정 비율의 금액을 삭감하여 지급하는 것으로 예정되어 있고, 원고가 자유로운 의사에 따라 이에 동의하였으므로, 위 특약사항이 근로계약 불이행에 대한 위약금이나 손해배상금을 약정하여 근로자의 퇴직의 자유를 제한하거나, 사용자가 근로자에 대하여 가지는 채권을 가지고 일방적으로 근로자의 임금채권을 상계하는 것이라고 보기 어렵다. 이 사건 특약사항은 일정 매출액 발생이 일정액의 임금 지급의 정지조건으로 부가되어 있는 것으로 해석할 수 있고, 위와 같은 정지조건 자체가 근로기준법에 위반된다고 보기 어려우나, 삭감된 임금액이 근로기준법및 최저임금법에서 정한 기준에 미치지 못하는 한도에서는 무효라고 할 것이다. 원고가 지급받은 2022년 10월 급여 11,000,000원은 근로기준법 및 최저임금법상 기준을 상회하므로 2022년 10월 급여는 11,000,000원만 발생하였다고 할 것이어서 미지급 임금이 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
퇴직금
원고가 2024. 3. 31. 퇴직한 사실, 원고가 받은 세금 공제 전 월 급여는 2023년23,505,890원, 2024년 23,508,050원인 사실은 앞서 본 것과 같다. 한편, 원고는 2024년 2월과 3월에 육아기 단축근무를 하면서 월 12,000,000원을 받은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 위 기간은 평균임금 산정기간에서 제외하고(남녀고용평등과 일 · 가정양립 지원에 관한 법률 제19조의3 제4항) 이전 3개월간 받은 임금 총액을 기준으로 평균임금을 산정하면, 1일 평균임금은 766,519원{= (23,505,890원 × 2 + 23,508,050원) /총 근로일수 92일}이다. 2024년도 시간당 통상임금은 110,887원은 앞서 본 것과 같은바, 일 통상임금이 820,563원(= 110,887원 × 37시간 / 5일)으로 평균임금보다 많으므로 근로기준법 제2조 제2항에 따라 통상임금을 기준으로 퇴직금을 산정하면 46,266,264원(= 일 통상임금 820,563원 × 재직일수 686일 / 365일 × 30일)이 된다.
변제충당
피고는 원고에게 47,250,877원(= 연차휴가미사용수당 984,613원 + 퇴직금 46,266,264원) 및 이에 대하여 퇴직 후 14일이 경과한 2024. 4. 15.부터 근로기준법에서 정한 연 20%의 지연손해금을 지급할 의무가 있다.
을 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 피고는 2025. 5. 20. 원고에게 노동청에서 시정지시한 퇴직금 48,879,466원 중 퇴직소득세 5,476,790원, 퇴직지방소득세 547,670원을 원천징수한 후 42,855,506원을 지급하였는바, 피고가 원고가 납부하여야 하는 소득세를 대납하여 퇴직금 48,879,466원을 변제하였다고 봄이 타당하고, 위 변제금은 민법 제479조에서 정한 법정변제충당의 순서에 따라 지연손해금 10,382,247원(= 47,250,877원 × 2024. 4. 15.부터 2025. 5. 20.까지 401일 / 365일 ×연 20%), 원금 38,497,219원(= 48,879,466원 - 10,382,247원)에 충당되므로, 2025. 5. 20. 기준 원금 8,753,658원(= 47,250,877원 - 38,497,219원)이 남는다.
따라서 피고는 원고에게 8,753,658원 및 이에 대하여 2025. 5. 21.부터 다 갚는 날까지 연 20%의 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.
결론
원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유없어 이를 기각한다.
판사 신정민
12023년 재계약 당시 위 매출액 기준은 80,000,000원으로 감액되었다.
2소수점 이하 버림. 이하 같다.
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.26.