주문
원고의 청구를 기각한다.
소송비용은 원고가 부담한다.
이유
처분의 경위
원고는 전기공사업, 신재생에너지사업 등을 목적으로 2018. 1. 26. 설립된 법인이다. 주식회사 B(이하 'B'라 한다)는 태양광, 신재생에너지 시스템 판매 시공 및 컨설팅업 등을 목적으로 2021. 3. 29. 설립된 법인이고, 주식회사 C(이하 'C'라 한다)는 태양광발전사업, 신·재생에너지 관련기기의 제조 및 설치, 판매업 등을 목적으로 2013. 9.2. 설립된 법인이다.
B는 2021년 제2기부터 2022년 제1기 과세기간 동안 원고로부터 공급가액 합계 4,350,000,000원의 세금계산서를 수취하고 그에 따라 부가가치세를 신고·납부하였고, C는 같은 과세기간 중에 원고에게 공급가액 합계 4,260,000,000원의 세금계산서를 발급하고 그에 따라 부가가치세를 신고·납부하였다(원고가 위와 같이 수취 또는 발급한 세금계산서를 이하 '이 사건 각 세금계산서'라고 한다).
인천지방국세청장은 2023. 3. 7.부터 2023. 5. 31.까지 B, C, 원고 등에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시하여(이하 '이 사건 세무조사'라 한다), B는 용역의 공급없이 원고로부터 위와 같이 세금계산서를 수취하고 C는 용역의 공급 없이 원고에게 위와 같이 세금계산서를 발급한 것으로 보아 피고에게 원고에 대한 과세자료를 통보하였다.
이에 피고는 원고에게 아래와 같이 부가가치세 경정 · 고지를 하였다(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다).
원고는 2023. 7. 25. 이 사건 각 처분에 불복하여 이의신청을 하였고, 광주지방국세청장은 2023. 9. 26. 원고의 이의신청을 기각하였다. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 조세심판을 청구하였고, 조세심판원은 2024. 12. 11. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다. 원고는 그 결정문을 2024. 12. 13. 수령하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제10 내지 13, 16호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
이 사건 각 처분의 적법 여부
원고 주장의 요지
B가 원고에게 태양광발전소 건설공사 일부를 도급하였고, 원고는 다시 이를 C에게 도급하였으므로, 이 사건 각 세금계산서는 가공세금계산서가 아니다. 따라서 이에 반하는 이 사건 각 처분은 위법하다.
관계 법령
별지 기재와 같다.
인정사실
주식회사 D[이하 주식회사의 경우 처음 명칭을 기재하는 경우 외에는 '주식회사' 또는 '㈜'를 생략한다]는 투자자별로 아래와 같은 특수목적법인(이하 '이 사건 특수목적법인'이라 한다)을 설립하여 서산시 E 일대에 10개의 태양광발전소를 설치·운영하는 사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다)을 진행하였는데, D의 사업진행이 여의치 않자, B는 2021. 12. 8. D와 사이에 합의서를 체결함으로써 D에게 8억 원을 지급하고 D를 대신하여 이 사건 사업을 추진하기로 하였다.
B는 2021. 9. 17.부터 2022. 1. 10. 사이에 이 사건 특수목적법인 중 F, O, M, I, J, G, H, K의 이 사건 사업관련 사업권 또는 경영권을 양수하였다.
B는 이 사건 특수목적법인과 사이에 이 사건 사업에 따른 태양광발전소 건립계약을 체결하였는데, 각 계약의 체결일자는 아래와 같다.
B는 2021. 12. 10.경 ① 주식회사 P에 이 사건 사업을 위한 태양광발전소 설치공사 중 K, O의 태양광발전소에 관한 공사를, ② 원고에게 이 사건 사업을 위한 태양광발전소 설치공사 중 H, F, G의 태양광발전소에 관한 공사를, ③ Q 주식회사에 이 사건 사업을 위한 태양광발전소 설치공사 I, J, M의 태양광발전소에 관한 공사를 각 도급하였다. 원고는 2021. 12. 13. 위와 같이 도급받은 각 태양광발전소 설치공사를 C에게 다시 도급하였다.
원고는 2022. 1. 6. B와 위 도급계약의 공사금액을 발전소 1개당 14억 원에서 14.5억 원으로 변경하는 계약을 체결하였다. 원고는 2022. 1. 7. C와 위 도급계약의 공사금액을 발전소 1개당 13.5억 원에서 14.2억 원으로 변경하는 계약을 체결하였다.
원고는 2022. 4. 1. C와 사이에 이 사건 사업을 위한 태양광발전소 설치공사 중M, J, N, K, G의 태양광발전소에 관한 전기공사를 대금 5억 500만 원에 도급받아 수행하기로 하는 계약을 체결하였다.
이 사건 사업을 위한 태양광발전소 설치공사는 2022. 6. 16.경 사용전검사를 마친 후 가동 중이다.
이 사건 세무조사의 결과
R의 진술
B와 C의 대표이사 또는 사내이사이자 경영주였던 R는 이 사건 세무조사 과정에서 다음과 같은 취지로 진술하였다.
T의 진술
원고의 대표이사 T은 이 사건 세무조사 과정에서 다음과 같이 진술하였다.
U의 진술
R의 처이자 B와 C의 회계담당이었던 U(B의 감사와 C의 사내이사로도 각 등재되어 있다)은 이 사건 세무조사 당시 다음과 같이 진술하였다.
B, C의 사무소
이 사건 세무조사 당시 B, C의 본점 주소지는 모두 인천 서구 Y이었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제5, 6, 8, 9, 14, 15호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 가지번호를 특정하지 않는 한 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
판단
부가가치세법 제17조 제2항 제2호는 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득 · 수익 · 계산 · 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재 사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키고(대법원1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조), 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두26695 판결 등 참조). 이러한 사실과 다른 세금계산서의 한 유형으로 중간자가 대금을 지급하고 재화의 공급을 받는 것과 같은 외관을 취하고 있지만 중간자의 거래는 형식에 불과하다고 볼 여지가 있는 '끼워넣기 거래'를 들 수 있다.
살피건대, 갑 제5호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 R가 인천삼산경찰서장으로부터 '이 사건 각 공사와 관련하여 이 사건 각 발급법인으로부터 재화 또는 용역을 공급받지 아니하였음에도 허위 세금계산서를 발급받고, C로부터 용역을 공급받았음에도 세금계산서를 수취하지 않았다'는 내용의 조세범처벌법위반, 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 혐의에 대하여 불송치결정(혐의없음)을 받은 점, C와 R가 서울중앙지방검찰청 검사로부터 위와 같은 세금계산서를 발급하지 아니하였다는 내용의 조세범처벌법위반, 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 혐의에 대하여 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분을 받은 점, 원고와 원고의 대표이사 T이 전북전주완산경찰서장으로부터 '원고의 공사와 관련하여 B에 용역을 공급하지 아니하였음에도 허위 세금계산서를 발급하고, C로부터 용역을 공급받지 아니하였음에도 허위 세금계산서를 수취하였다'는 내용의 조세범처벌법위반, 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 혐의에 대하여 불송치결정(혐의없음)을 받은 점 등의 사정을 인정할 수 있기는 하다.
그러나 행정재판은 검사의 불기소처분이나 경찰서장의 불송치결정 사실에 의하여 구속받는 것이 아니고 증거에 의한 자유심증으로 그와 반대되는 사실을 충분히 인정할 수 있는바(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조), 위 인정사실과 앞서 거시한 증거, 갑 제19, 20, 24호증, 을 제19, 21호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있거나 추단할 수 있는 아래와 같은 사실 또는 사정들을 종합해 보면, B는 실제로는 원고가 아닌 C로부터 이 사건 공사 용역을 공급받았음에도 원고에게 경제적 이익을 제공하기 위한 방편 등으로 이른바 '끼워넣기 거래'를 통해 원고로부터 위 용역을 공급받는 것처럼 외관을 갖추었다고 봄이 타당하다. 이 사건 각 세금계산서를 발급 또는 수취한 명의자인 원고는 이 사건 각 세금계산서에 기재된 용역을 실제 공급하거나 공급받은 것이 아니므로, 결과적으로 용역의 공급 없이 가공으로 세금계산서를 발급·수취한 것에 해당한다(대법원 2025. 5. 29. 선고 2023두41314 판결 참조). 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
B가 원고에게 태양광발전소 설치공사를 도급한 주요 목적은 원고가 전기공사실적을 인정받을 수 있도록 하는 등 원고에게 경제적 이익을 공여하거나(앞서 본 바와 같이 U은 '원고를 끼워준 이유는 같이 먹고 살자는 것이 R의 인생철학이기 때문이다'라고 진술하였다) 아래 나)항에서 보는 바와 같이 R나 C의 경제적 이익을 위한 것 으로 보인다.
원고가 B로부터 수급하여 C에 하도급한 태양광발전소 설치공사와 관련하여, B가 2021. 12. 10. 원고에 지급한 1차 대금 2,310,000,000원과 원고가 2021. 12. 13. C에 지급한 1차 하도급 대금 2,227,500,000원의 차액은 82,500,000원이다. 그런데 원고가 수급인으로서 위 차액 상당의 이익을 취득하는 것이 아니라 위 차액 상당액을 C로부터 원고가 도급받아 수행한 다른 공사대금의 일부를 받은 것으로 처리하기로 하였던 것으로 보인다. U은 R에게 'A 대요리 자금 돌렸던 것 중엔 8천2백5십 받아야하는데 Z공사비에서 까기로 한거였잖아요'라는 카카오톡 메시지를 보냈고(을 제19호증), 실제로 위 차액은 R가 운영하는 C가 원고에 지급하여야 하는 'Z태양광발전소' 공사비에 충당되었다(을 제21호증).
이와 관련하여 원고는 C가 2023. 11. 16. 원고에게 'Z태양광발전소' 공사비잔금으로 82,500,000원을 지급하였으므로(갑 제25호증), 위 차액이 위 'Z태양광발전소'공사비에 충당된 것이 아니라고 주장한다. 그러나 위 82,500,000원의 지급시기인 2023.11. 16.은 이 사건 세무조사 이후 5개월 이상, 이 사건 각 처분 이후 4개월 이상이 각각 경과한 시점인 점, 갑 제24호증의 기재에 의하여 인정되는 위 'Z태양광발전소' 공사의 기간(2022. 1. 3.~2022. 6. 30.), 원고의 전산자료(을 제21호증), T에 대한 심문조서(을 제23호증의4), R의 PC에서 확보된 전산자료(을 제22호증)의 각 기재에 비추어 보면, 위와 같이 2023. 11. 16. 지급된 82,500,000원은 이 사건 세무조사에서 원고와 C가위 차액을 'Z태양광발전소' 공사비에 충당한 것이 문제되고 이 사건 각 처분이 이루어지자 'Z태양광발전소' 공사비 잔금 82,500,000원을 별도로 지급하였다는 근거를 만들기 위한 것으로 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.
원고는 2021. 12. 13. C와 보험료 납부 인수계약을 체결함으로써(을 제20호증) 고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 관한 법률 제9조, 동법 시행령 제7조, 동법 시행규칙 제6조에 따라 원고가 B로부터 수급한 설치공사와 관련한 고용보험과 산재보험료 납부의무를 C에 전가하였다.
원고는 B, C와의 도급계약의 조건을 독자적으로 결정한 바 없고, R가 제시하는 조건을 수용하였다. 그에 따라 원고와 B, C 사이의 도급계약은 계약금액을 제외한 계약내용(대금지급, 계약기간, 설치물의 범위, 발전소 설치공사의 범위, 계약조건)이 모두 동일하다.
원고는 이 사건 사업에 따른 태양광발전소 설치공사에 일부 참여하기는 하였으나 이는 원고와 B 사이의 도급계약에 따른 것이 아니다. 원고는 발전소 배치, 토목, 구조물 등 여러 도면을 수령 및 검토한 후 현장과 비교 확인하면서 발전소 공사에 필요한 의견을 교환하고 기타 발전소 건설을 위한 사전 작업을 하는 등 본격적인 공사에 앞서 공사 방향을 기획·계획 및 수정 · 보완하였을 뿐만 아니라 핵심공정 중 하나인특고압 무정전 전기공사 및 관련 토목 공사 등을 직접 하였다고 주장한다. 그러나 위 업무들은 앞서 본 U의 진술 내용과 같이 원고의 전문분야에 관한 것으로서, 원고가 B와의 도급계약에 따라 설치하기로 한 특정된 태양광발전소의 설치를 위한 것이 아니고, C의 재하수급인으로 이 사건 사업에 따른 태양광발전소 설치공사 전반(계약서는 5개 태양광발전소에 관하여만 작성하였으나 실제로는 나머지 태양광발전소에도 관여하였다)에 관하여 원고의 전문분야 별로 특정 공종 또는 업무를 수행한 것에 불과한 것 으로 보인다.
원고는 B로부터 도급계약에 따른 공급가액 및 부가가치세 합계 4,785,000,000원 중 2,810,000,000원만 지급받고, 그에 따라 C와의 하도급계약에 따른 공급가액 및 부가가치세 합계 4,686,000,000원 중 2,727,500,000원만 C에 지급한 반면, 원고가 B로부터 수급한 설치공사가 완공되어 2022. 6. 16.경 사용전검사가 완료되었음에도 B에 잔금 및 부가가치세의 지급을 독촉하거나 소송을 제기한 바 없고, C로부터 지급을 독촉받거나 소송을 제기당한 사실도 없는 것으로 보인다. 원고가 잔금 및 부가가치세를 B로부터 지급받아 C에 지급한 것은 이 사건 세무조사 이후인 2023. 5. 31.부터 2023. 10. 31.까지 사이이다.
결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판사 이건희(재판장) 이동진 임현준
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.26.