대전지방법원 2026. 6. 11. 선고 2024구합203258 판결

원고의 지위

원고(변경 전 상호: B 주식회사, 원고를 포함한 이하 각 회사 명칭에서 '주식회사'는 생략한다)는 C의 계열사(원고, D, E, F)로서, 1979. 4. 28. 화장품, 의약품, 완구류의 제조 및 판매업 등을 영위하기 위하여 설립된 회사이다.

원고는 아래에서 살펴 볼 보조금 신청 시점인 2011. 10. 10. 당시 본사를 서울 강남구에, 공장(이하 '기존 공장'이라 한다)을 안산시에 각 두고 있었고, 사내에 별도의 물류 담당 부서를 두지 않은 채 군포시에 소재한 물류센터(이하 '기존 물류센터'라 한다)를 통하여 기존 공장에서 생산한 제품을 시장에 유통해왔다.

보조금 지급 경위

C은 2008. 7. 14. 충청남도 및 예산군과 농공단지 개발 및 4개 계열사 기업이전에 관한 투자협약을 체결하였고, 이에 따라 D은 2008. 10. 29. 피고로부터 충남 예산군G리, H리 일원을 사업부지로 한 전문농공단지(이하 '이 사건 단지'라 한다) 지구지정및 개발계획 승인을 받았고, 2009. 11. 19. 이 사건 단지 실시계획 승인을 받았으며,2013. 3. 27. 준공인가를 받았다.

원고는 2011. 9. 15. 피고로부터 이 사건 단지 내 I 외 2필지(J) 22,115.80㎡에 신규 공장(이하 '신규 공장'이라고만 한다)을 건축하기 위한 허가를 받은 다음 2011. 10.10. 피고에게 구 국가균형발전 특별법 제19조(2012. 5. 23. 법률 제11433호로 개정되기 전의 것), 구 국가균형발전 특별법 시행령(2013. 3. 23. 대통령령 제24441호로 개정되기 전의 것) 제17조에 따라 고시된 구 지방자치단체의 지방투자기업 유치에 대한 국가의 재정자금 지원기준(2012. 1. 4. 지식경제부고시 제2012-4호로 개정되기 전의 것, 이하 '이 사건 재정자금 지원기준'이라 한다) 제6조 제2항 제3호에서 정한 수도권기업 이전 지원대상 기업에 해당함을 이유로 보조금 75억 원(국비 60억 원, 도비 4억 5,000만 원, 군비 10억 5,000만 원)의 교부신청을 하면서, '이 사건 단지 내 면적 30,471㎡의 부지에 면적 29,122㎡의 신규 공장을 설립하여, 기존 공장 전부를 위 신규 공장으로 이전하겠다'는 취지로 보조금(이하 '이 사건 보조금'이라 한다)을 신청하였다. 이 사건 보조금 신청서의 주된 내용은 아래와 같다.

피고는 원고의 이 사건 보조금 신청에 대하여 타당성 평가를 한 후, 2011. 10.27. 지식경제부장관(현 산업통상자원부장관, 이하 '산업통산자원부장관'이라 한다)에게 보조금 지원신청을 하였다. 그 후 피고는 2012. 1. 13. 원고에게 '고용인원은 투자계획서상의 고용인원을 충족시켜야 한다'는 등을 지원조건으로 하여 합계 75억 원의 보조금을 지급하되, 1차로 60억 원을 지급하고, 사업완료 시 나머지 15억 원을 지급하기로 결정하고, 2012. 1. 19. 원고에게 60억 원을 지급하였다.

신규 물류센터 및 공장 건축과정 등

원고는 2015. 1. 29. 피고로부터 이 사건 단지 내 M(N) 6,735.8㎡에 창고시설(이하 '신규 물류센터'라 한다)을 건축하기 위한 허가를 받았고, 2015. 7. 22. 그 건축을 마쳐 사용승인을 받았다.

원고는 위와 같이 2011. 9. 15. 신규 공장에 관한 건축허가를 받고도 그 착공을 지연하다가, 2017. 3. 16. 착공하였고, 2018. 12. 14. 그 건축을 마쳐 사용승인을 받았으며, 2018. 12. 19. 기존 공장을 폐쇄한 다음 2019. 3. 29. 신규 공장에 대한 공장등록절차를 마쳤다.

투자계획 변경 등

원고는 2011. 11. 10. 이 사건 보조금 신청 당시, 사업기간을 '2015. 6. 30.까지'로, 신규 공장 이전 후 상시고용인원을 '354명'으로 한 투자계획을 수립하였으나, 위와 같이 이 사건 단지가 준공인가 된 후에도 신규 공장의 착공을 지연하던 중 2013. 3.27. 및 2013. 7. 1. 두 차례에 걸쳐 피고로부터 이 사건 보조금 지원에 따른 의무이행을 촉구받자, 2013. 9. 12. 사업기간을 '2016. 6. 30.까지'로 연장하는 것으로 투자계획변경을 신청하여 산업통상자원부장관으로부터 승인을 받았다(이하 위 승인에 따른 투자계획 변경을 '1차 투자계획 변경'이라 한다).

이어서 원고는 2016. 1. 15. 사업기간을 '2018. 12. 30.까지'로 연장하는 것으로 투자계획변경을 신청하였으나, 산업통상자원부장관은 2017. 3. 17. 아래와 같은 검토결과에 따라 그 승인을 보류하였다.

원고는 위 승인보류에 따른 보완 준비 과정에서 신축 공장 이전 후 상시고용인원 산정에 착오<1>가 있음을 발견하였다며, 2017. 9. 22. 사업기간을 '2018. 12. 30.까지'로, 신축 공장 이전 후 상시고용인원을 '142명(= 신청 시 상시고용인원 42명 + 신규고용인원 100명)'으로 축소하는 것으로 다시 투자계획변경을 신청하였고, 이에 대하여 산업통상자원부장관은 2017. 11. 27. 계획달성 불확실 등을 이유로 불승인하였다가, 피고와 충청남도의 이의신청에 따라 2018. 4. 16. 확약서 징구를 조건으로 승인하였으며(이하위 조건부 승인에 따른 투자계획 변경을 '2차 투자계획 변경'이라 한다), 이에 따라 원고는 2018. 6. 29. 아래와 같은 확약서를 제출하였다.

보조금 환수처분 경위 등

원고는 2019. 3. 29. 위와 같이 신규 공장에 관한 공장등록을 마치고, 피고에게 아래와 같이 보조금 지원 결정 시점(2012. 1. 13.)과 투자완료 시점(2018. 12. 31.)의 각 상시고용인원 변동내역 등을 기재한 사업집행비 정산신청서를 제출하였다.

이에 대하여 피고가 고용인원 증빙서류 등을 보완할 것을 촉구하자, 원고는 2019.10. 28. '정산신청 시점(2019. 3. 29.)에 신축 공장과 신축 물류센터에서 근무하는 원고등의 고용인원은 총 101명(원고 23명, O 27명, P 21명, Q 30명)'이라는 취지의 의견서를 제출하였다.

피고는 회계법인을 통해 원고의 투자계획 준수 여부 등에 대하여 조사하여, 2023. 9. 13. 원고에게 '투자완료 시점에 신축 공장과 신축 물류센터에서 근무하는 원고 등의 고용인원은 총 111명(원고 19명, O 40명, P 18명, Q 34명)이나, 그 중 원고가 신축 공장으로 이전한 후 상시 고용한 인원은 30인 미만이다. 따라서 원고는 이 사건 재정자금 지원기준 제2조 제3호, 제6조 제2항 제4호에서 정한 수도권 이전 지원대상 기업의 지방 이전 후 상시고용인원 기준을 충족하지 못하였다'라는 취지로 정산결과 통보와이 사건 보조금의 환수에 관한 사전통지를 하였고, 2024. 3. 19. 이 사건 보조금에 관한 환수처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

처분사유의 부존재

재량권 일탈 · 남용

피고는 원고가 신축 공장뿐만 아니라 그 지원시설인 신축 물류센터에 대하여 투자할 계획임을 알면서 이 사건 보조금을 지급하였고, 원고도 피고를 신뢰하여 신축 공장과 신축 물류센터를 설립 · 운영하면서 고용창출까지 한 것인바, 이 사건 처분은 신뢰보호 원칙에 반한다.

피고는 원고의 신축 공장 이전 등으로 이미 고용창출과 지역경제 활성화 등 이익을 얻은 반면, 원고는 이 사건 처분으로 막대한 비용과 경영상 손실을 부담하게 되는바, 원고에게 이 사건 보조금 전액의 환수를 명한 이 사건 처분은 비례의 원칙에 반한다.

처분사유의 존부에 대한 판단

이 사건 재정자금 지원기준 제2조 제3호는 상시고용인원에 관하여 '기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률 제2조의 규정에 따른 근로자 중 1년 미만의 기간으로 근로계약을 체결한 근로자 및 근로기준법 제2조의 규정에 따른 단시간 근로자는 제외하고 당해 기업에 임금을 목적으로 근로를 제공하는 자로서 다음 각 목 중 1에 해당하는 인원으로 「파견근로자 보호 등에 관한 법률」제20조 규정에 의한 근로자파견계약서 등 객관적인 증빙자료에 의하여 확인 가능한 파견근로자의 수를 포함한다'고 정하고 있는바, 원칙적으로 상시고용인원 산정은 보조금 지원대상인 당해 기업에 임금을 목적으로 근로를 제공하는 자를 기준으로 산정하되, 「파견근로자 보호 등에 관한 법률」제20조 규정에 의한 근로자파견계약서 등 객관적인 증빙자료에 의하여 확인 가능한 파견근로자의 수를 포함하여 산정하여야 한다.

원고가 주장하는 O 직원들을 원고의 상시고용인원으로 산입할 수 있는지 여부에 관하여 구체적으로 본다. 원고용주가 어느 근로자로 하여금 제3자를 위한 업무를 수행하도록 하는 경우 그 법률관계가 파견근로자 보호 등에 관한 법률의 적용을 받는 근로자파견에 해당하는지는 당사자가 붙인 계약의 명칭이나 형식에 구애될 것이 아니라, 제3자가 그 근로자에 대하여 직간접적으로 업무수행 자체에 관한 구속력 있는 지시를 하는 등 상당한 지휘·명령을 하는지, 그 근로자가 제3자 소속 근로자와 하나의 작업집단으로 구성되어 직접 공동 작업을 하는 등 제3자의 사업에 실질적으로 편입되었다고 볼 수 있는지, 원고용주가 작업에 투입될 근로자의 선발이나 근로자의 수, 교육 및 훈련, 작업·휴게시간, 휴가, 근무태도 점검 등에 관한 결정 권한을 독자적으로 행사하는지, 계약의 목적이 구체적으로 범위가 한정된 업무의 이행으로 확정되고 그 근로자가맡은 업무가 제3자 소속 근로자의 업무와 구별되며 그러한 업무에 전문성·기술성이 있는지, 원고용주가 계약의 목적을 달성하기 위하여 필요한 독립적 기업조직이나 설비를 갖추고 있는지 등의 요소를 바탕으로 근로관계의 실질에 따라 판단하여야 한다(대법원 2024. 7. 11. 선고 2021다274069 판결 등 참조). 파견근로자 보호 등에 관한 법률 제2조 제1호에서는 근로자파견에 관하여 '파견사업주가 근로자를 고용한 후 그 고용관계를 유지하면서 근로자파견계약의 내용에 따라 사용사업주의 지휘 · 명령을 받아 사용사업주를 위한 근로에 종사하게 하는 것을 말한다'고 정의하고 있는데, 원고와 O 사이에는 근로자파견계약서가 작성된 바 없이 업무위탁계약서(갑 제7호증)만 작성되었다. 위 업무위탁계약서 제4조 제1항에 'O은 스스로 업무처리계획을 입안하고 종업원의 지시, 감독 등을 통하여 도급업무를 성실히 처리하여야 한다'고 규정되어 있어, O 직원들에 대한 지휘 · 명령권은 원고가 아니라 O에게 귀속되는바, 위 업무위탁계약서를 근로자파견계약서라고 보기도 어렵다. 위 업무위탁계약서에 첨부된 제조업무 위탁 계약에 따른 약정서 '1. 계약 작업 내용'에 '가. 수유기, 스킨케어, 일상용품 제조 및 품질관리 등, 나. 상기 작업 이외에 추가작업을 도급/수행할 경우에는 별도의 추가계약서의 체결에 의한다'고 명시되어 있고, 이에 따라 O 직원들은 원고가 영위하는 제조업의 직접생산공정업무를 수행한 것으로 보이는데, 파견근로자 보호 등에 관한 법률 제5조 제1항에서는 제조업의 직접생산공정업무를 근로자파견 대상 업무에서 명시적으로 제외하고 있다. 원고가 제출한 O 직원들의 산재보험 사업장 근로자 고용 정보 현황과 산업재해 보험가입 증명원(을 제9호증의3)에 따르면 O 직원 대다수가 기존 공장에 근무하다가 신규 공장의 공장등록일 이전에 고용종료한 것으로 기재되어 있다<2>. 이와 같은 사정들을 종합하면, O 직원들을 원고의 상시고용인원으로 산입할 수 없다고 봄이 타당하다.

원고가 주장하는 P 직원과 Q 직원들을 원고의 상시고용인원으로 산입할 수 있는 지 여부에 관하여 구체적으로 본다. 앞서 살펴 본 바와 같이 상시고용인원 산정은 원칙적으로 보조금 지원대상인 당해 기업에 임금을 목적으로 근로를 제공하는 자를 기준으로 산정하여야 하므로, 당해 기업과 별개 법인격을 가진 자회사를 설립하였다고 하여 해당 자회사에 임금을 목적으로 근로를 제공한 자를 당해 기업의 상시고용인원으로 보기 어렵다. 이 사건 재정자금 지원기준 제2조 제11호에서는 수도권기업 이전지원을, 같은 조 제12호에서는 신·증설기업 지원을 각각 별개로 규정하고 있는데, 원고는 이 사건 보조금 신청서에 의하여 신·증설기업 지원이 아닌 수도권기업 이전지원에 관한 보조금을 신청하였고, 이전 부문도 공장만 기재하여 이 사건 보조금을 지급받았다. 이 사건 재정자금 지원기준 제6조 제3항에서 '신·증설기업 지원에 대하여는 지방자치단체가 다음 각 호에 모두 해당하는 기업을 유치하는 경우로 한다'고 정하면서, 같은 항 각 호에서 '영위하려는 사업이 지역전략산업, 지역선도산업 또는 특화업종에 해당하는 경우(제1호)', '국내에서 3년 이상 사업을 영위하고 상시고용인원이 10인 이상인 기업을 투자유치하는 경우(제2호)', '신규투자 금액이 10억원 이상 중소기업인 경우(제3호)', '투자로 인한 신규 고용창출 인원이 상시고용인원의 10% 이상인 경우(제4호)'로 각 정하고 있는데, P 등이 위 각 호에 모두 해당하는 기업이라고 보기도 어렵다. 산업통상자원부장관이 원고의 1차 투자계획 변경 신청을 보류하면서, 그 검토결과에 신축 물류센터는 이전대상이 아님을 명시하였고, 원고도 2차 투지계획 변경 시 투자사업장을 신축공장이라고 기재한 확약서를 제출하기도 하였다. 이와 같은 사정들을 종합하면, 원고가 기존 공장을 신축 공장으로 이전하며, 신축 공장 운영에 필수적인 신축 물류센터를 함께 신축한 다음 100% 자회사로 P를 설립하여 원고와 P 사이, P와 Q 사이에 각 위탁운영계약을 체결하였다고 하더라도, 이 사건 보조금의 지원대상인 원고의 상시고용인원을 산정함에 있어서 P 직원과 Q 직원을 포함할 수 없다고 봄이 타당하다.

이에 대하여 원고는 대법원 2024. 10. 25. 선고 2023두57876 판결의 법리가 이 사건에 원용되어야 한다고 주장한다.

한편, 상시고용인원에 관한 규정이 '당해 기업에 임금을 목적으로 근로를 제공하는 자(이 사건 재정자금 지원기준 제2조 제3항)'였다가, 이후 '독립된 사업장에서 기업에 임금을 목적으로 근로를 제공하는 자[구 지방자치단체의 지방투자기업 유치에 대한 국가의 재정자금 지원기준(2019. 4. 2. 산업통상자원부고시 제2019-51호로 개정되기 전의 것) 제6조]'로 개정되었는바, 이에 비추어 보더라도 원고의 신축 공장과 독립된 사업장인 신축 물류센터에서 근무한 P 등 직원들을 원고의 상시고용인원에 산입하기 어렵다.

신뢰보호의 원칙 위반으로 인한 재량권 일탈 · 남용 주장에 대한 판단

관련 법리

구체적 판단

앞서 살펴 본 바와 같이, 피고는 원고가 기존 공장의 이전에 관한 내용만 기재한 이 사건 보조금 신청서로 수도권기업 이전지원 보조금을 신청하자, 이를 검토하여 이 사건 보조금을 지급하였을 뿐 원고의 상시고용인원 산정 기준에 관하여 어떠한 공적 견해표명도 한 사실이 없다.

원고가 피고에게 이 사건 보조금 신청 시 '투자목적: 생산시설 및 지원시설 이전'이라고 기재된 이전 및 투자 이행 각서(을 제3호증의 2)를 제출하였고, 이후 신축공장의 지원시설로 신축 물류센터를 건축한 사실, 신축 공장에서 근무할 P 등의 신규인력 채용면접이 예산군청에서 실시된 사실, 피고는 감사원으로부터 신축 물류센터 건축비 97억 원은 이 사건 보조금 지원대상이 아닌 것으로 지적받자, 2차 투자계획 변경 과정에서 기존 물류센터 면적 대비 신축 물류센터 면적만큼 신축 물류센터의 건축비중 일부를 이 사건 보조금 지원대상으로 인정하는 방안에 대하여 검토한 사실(갑 제20호증)은 각 인정된다. 그러나 피고가 원고의 신축 물류센터 건축 계획에 대하여 사전에 알고 있었고, 감사원의 지적에도 신축 물류센터 건축비의 일부를 이 사건 보조금 지원대상으로 보는 사안을 일시적으로 내부 검토하였다고 하더라도, 이는 원고의 상시고용 인원 산정 기준과 무관한 점, 오히려 원고도 최종 2차 투자계획 변경이 됨에 따라 확약서를 제출하면서 제1항에 'I'를 투자 장소로 기재하였고, 제2항에 '투자사업장 공장'을 준공하겠다고 기재함으로써 'M'에 건축한 신축 물류창고에 관한 사항은 이 사건 보조금 지원대상이 아님을 인정한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 피고가 신축 물류센터에 근무하게 될 인원들을 원고의 상시고용인원 산정 시 포함하는 것에 관하여 공적 견해표명을 하였다고 보기 어렵고, 원고도 그에 관하여 어떠한 신뢰가 있었다고 보기 어렵다.

비례의 원칙 위반으로 인한 재량권 일탈 · 남용 주장에 대한 판단