주문
피고의 항소를 기각한다.
항소비용은 피고가 부담한다.
이유
제1심판결의 인용
피고가 항소하면서 당심에서 주장하는 사유는 제1심에서 피고가 주장한 내용과 크게 다르지 않고, 당심에서 추가로 제출된 증거를 피고의 주장과 함께 다시 살펴보더라도 원고의 청구를 일부 인용한 제1심의 판단은 정당하다고 인정된다.
이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 수정하는 부분을 제외하고는, 제1심판결의 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.
[수정하는 부분]
제1심판결문 제6면 아래에서 제4행의 “20.자”를 “1.자”로 고친다.
제1심판결문 제7면 제5 내지 13행을 아래와 같이 고친다.
「원고가 B에 대하여 2013년까지 매월 또는 매년 중간정산하여 지급한 퇴직금은 주주총회의 결의 없이 지급된 것으로서 사법상 무효이므로, 퇴직금 산정의 기초가 되는 B의 근속연수는 1985년부터 기산함이 타당하다. 또한 B은 그간 적립한 확정기여형 퇴직연금 부담금을 중도인출한 것일 뿐 실제로 퇴직한 것이 아니므로 법인세법에 따른 손금불산입 시기가 아직 도래하지 않았다. 그럼에도 불구하고, 피고가 B의 근속연수가 2008년부터 기산된다는 전제하에 근속연수를 8년으로 보고 산정한 퇴직급여 한도액(= 483,756,320원)을 기준으로, 이 사건 부담금에서 위 한도액을 공제한 2,328,077,290원(= 2,811,833,610원 – 483,756,320원)을 손금산입 한도 초과액으로 보고 손금불산입한 것은 위법하다. 설령 위 초과액이 손금불산입 대상이 된다고 하더라도 퇴직연금 사업자에게 지급한 퇴직연금 부담금을 업무무관 가지급금으로 보아 그에 상당하는 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입할 수는 없다(조세심판원에서 이 사건 부담금이 업무무관 가지급금이 아니라는 전제 아래, 그중 483,756,320원을 초과하는 금원인 2,328,077,290원에 대한 손금불산입만을 하여야 한다고 결정하였음에도 불구하고, 피고가 이를 업무무관 가지급금으로 보아 그에 대한 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입한 것은 조세심판원 결정의 기속력에 반하여 이 점에서도 위법하다.」
제1심판결문 제8면 제15행부터 제15면 제21행까지 부분을 아래와 같이 고친다.
「1) 쟁점① 주장에 관한 판단(원고 주장 인용)
퇴직급여 및 퇴직연금 부담금의 손금산입 관련 법인세법령의 규정 내용
구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조는 “다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고 그 제1호에서 그와 같이 손금불산입할 손비로 인건비를 규정하고 있다.
구 법인세법의 위와 같은 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제44조는 퇴직급여의 손금불산입에 관하여 규정하고 있는데, 제1항에서 “법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직급여(근로자퇴직급여 보장법 제2조 제5호의 규정에 따른 급여를 말한다. 이하 같다)는 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직(이하 이 조에서 ‘현실적인 퇴직’이라 한다)하는 경우에 지급하는 것에 한하여 손금에 산입한다.”라고 규정하고, 제2항은 “현실적인 퇴직은 법인이 퇴직급여를 실제로 지급한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함하는 것으로 한다.”라고 하면서 제3호에서 ‘근로자퇴직급여 보장법 제8조 제2항에 따라 퇴직급여를 중간정산하여 지급한 때(중간정산시점부터 새로 근무연수를 기산하여 퇴직급여를 계산하는 경우에 한정한다)’를, 제5호에서 ‘정관 또는 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 장기 요양 등 기획재정부령으로 정하는 사유로 그때까지의 퇴직급여를 중간정산하여 임원에게 지급한 때(중간정산시점부터 새로 근무연수를 기산하여 퇴직급여를 계산하는 경우에 한정한다)’를 규정하고 있다. 또한 같은 조 제4항은 “법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 1. 정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액, 2. 제1호 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년 동안 해당 임원에게 지급한 총급여액[소득세법 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 금액(같은 법 제12조에 따른 비과세소득은 제외한다)으로 하되, 제43조에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액은 제외한다]의 10분의 1에 상당하는 금액에 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액. 이 경우 해당 임원이 사용인에서 임원으로 된 때에 퇴직금을 지급하지 아니한 경우에는 사용인으로 근무한 기간을 근속연수에 합산할 수 있다.”라고 규정하고 있고, 제5항은 “제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다.”라고 규정한다.
한편, 구 법인세법 시행령 제44조의2는 퇴직보험료 등의 손금불산입에 대하여 규정하고 있는데, 제1항은 “내국법인이 임원 또는 사용인의 퇴직급여를 지급하기 위하여 납입하거나 부담하는 보험료ㆍ부금 또는 부담금(이하 이 조에서 ‘보험료등’이라 한다) 중 제2항에서 제4항까지의 규정에 따라 손금에 산입하는 것 외의 보험료등은 이를 손금에 산입하지 아니한다.”고 규정하고, 제2항은 “내국법인이 임원 또는 사용인의 퇴직을 퇴직급여의 지급사유로 하고 임원 또는 사용인을 수급자로 하는 연금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 이 조에서 ‘퇴직연금등’이라 한다)의 부담금으로서 지출하는 금액은 해당 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.”라고 규정하고 있으며, 제3항은 “제2항에 따라 지출하는 금액 중 확정기여형 퇴직연금등의 부담금은 전액 손금에 산입한다. 다만, 임원에 대한 부담금은 법인이 퇴직 시까지 부담한 부담금의 합계액을 퇴직급여로 보아 제44조 제4항을 적용하되, 손금산입 한도 초과금액이 있는 경우에는 퇴직일이 속하는 사업연도의 부담금 중 손금산입 한도 초과금액 상당액을 손금에 산입하지 아니하고, 손금산입 한도 초과금액이 퇴직일이 속하는 사업연도의 부담금을 초과하는 경우 그 초과금액은 퇴직일이 속하는 사업연도의 익금에 산입한다.”라고 정하고 있다.
손금불산입 한도액 초과 여부
관련 법리
상법 제388조에 의하면 주식회사의 이사의 보수는 정관에 그 액을 정하지 아니한 때에는 주주총회의 결의로 이를 정한다고 규정되어 있다. 이는 이사가 자신의 보수와 관련하여 개인적 이익을 도모하는 폐해를 방지하여 회사와 주주 및 회사채권자의 이익을 보호하기 위한 강행규정이다. 따라서 정관 등에서 이사의 보수에 관하여 주주총회의 결의로 정한다고 규정되어 있는 경우 그 금액ㆍ지급방법ㆍ지급시기 등에 관한 주주총회의 결의가 있었음을 인정할 증거가 없는 한 이사의 보수 청구권을 행사할 수 없다. 이사의 퇴직금은 상법 제388조에 규정된 보수에 포함되고, 퇴직금을 미리 정산하여 지급받는 형식을 취하는 퇴직금 중간정산금도 퇴직금과 성격이 동일하다. 다만 이사에 대한 퇴직금은 성격상 퇴직한 이사에 대해 재직 중 직무집행의 대가로 지급되는 보수의 일종이므로, 이사가 재직하는 한 이사에 대한 퇴직금 지급의무가 발생할 여지가 없고 이사가 퇴직하는 때에 비로소 지급의무가 생긴다. 그런데 퇴직금 중간정산금은 지급시기가 일반적으로 정해져 있는 정기적 보수 또는 퇴직금과 달리 권리자인 이사의 신청을 전제로 이사의 퇴직 전에 지급의무가 발생하게 되므로, 이사가 중간정산의 형태로 퇴직금을 지급받을 수 있는지 여부는 퇴직금의 지급시기와 지급방법에 관한 매우 중요한 요소이다. 따라서 정관 등에서 이사의 퇴직금에 관하여 주주총회의 결의로 정한다고 규정하면서 퇴직금의 액수에 관하여만 정하고 있다면, 퇴직금 중간정산에 관한 주주총회의 결의가 있었음을 인정할 증거가 없는 한 이사는 퇴직금 중간정산금 청구권을 행사할 수 없다(대법원 2019. 7. 4. 선고 2017다17436 판결 등 참조)
인정사실
임원의 퇴직금과 관련한 원고 정관의 개정 과정은 아래와 같다
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2007. 1. 31. 개정되어 2007. 3. 시행된 정관 제31조(보수와 퇴직금)
이사 및 감사의 보수는 주주총회의 결의로 이를 정한다.
퇴직한 임원의 퇴직금의 지급은 주주총회의 결의를 거친 임원퇴직금지급규정에 의
한다.
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2011. 11. 28. 개정되어 2011. 12. 1. 시행된 정관 제31조(보수와 퇴직금)
이사 및 감사의 보수는 주주총회의 결의로 이를 정한다.
퇴직한 임원의 퇴직금 및 퇴직위로금은 주주총회의 결의를 거친 임원퇴직금지급규정
및 임원퇴직위로금지급규정에 의한다.
한편, 임원퇴직금지급규정은 2011. 11. 28. 제정되어 같은 해 12. 1.부터 시행되었는데, 이 사건에 관련한 임원퇴직금지급규정의 내용은 아래와 같다(다만, 아래에서 보는 바와 같이 위 임원퇴직금지급규정의 효력을 인정할 수 없다).
원고의 2011. 11. 28.자 임시주주총회 의사록에는 발행주식총수의 과반수에 해당하는 주식을 가진 5인의 주주가 출석하여 ‘정관 일부 변경의 건’에 대하여 의장의 제안 설명을 듣고 출석주주 전원의 찬성으로 위 안건을 의결하였다는 취지로 기재되어 있다. 위 의사록에는 정관 변경 안이 아래와 같이 첨부되어 있다.
원고는 1999년경부터 2013년경까지 B의 매월 또는 매년 급여에 퇴직금 명목의 금액을 포함하여 지급하면서 퇴직소득을 원천징수하고 과세관청에 퇴직급여지급명세서를 제출하였는데, 피고는 2014년 실시한 원고에 대한 세무조사(이하 ‘이전 세무조사’라 한다)에서 원고가 B에게 위와 같이 중간정산하여 지급한 퇴직금(이하 ‘이전 중간정산 퇴직금’이라 한다) 중 2008년부터 지급된 금액이 구 법인세법 시행령 제44조에 정한 요건을 갖추지 못한 퇴직급여로서, B에 대한 업무무관 가지급금에 해당한다고 보아 이를 손금불산입하고 그에 관련한 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 결정(이하 ‘종전 처분’이라 한다)을 하였다.
출처: 대법원 종합법률정보 · 수집일 2026.10.25.